ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Medicago truncatula cultivar Borung plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_022100	ATT	4	919	930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53330999
2	NC_022100	AAG	4	1576	1587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53330999
3	NC_022100	TTA	4	2651	2661	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_022100	TAA	4	2743	2755	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_022100	ATA	4	2765	2777	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_022100	GAA	4	3730	3740	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_022100	AAT	4	8500	8511	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_022100	TTC	5	9478	9492	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	53330999
9	NC_022100	TCT	4	10141	10152	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53330999
10	NC_022100	TCT	4	12931	12942	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53331000
11	NC_022100	TAT	5	13119	13132	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_022100	CTT	4	14670	14681	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53331000
13	NC_022100	CTT	4	17817	17828	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53331000
14	NC_022100	TAT	4	28553	28566	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_022100	AGA	4	28918	28929	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_022100	AAT	5	28949	28963	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_022100	TCT	4	31548	31560	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	53331000
18	NC_022100	ATC	8	35080	35103	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	4 %	53331000
19	NC_022100	ACC	4	35827	35837	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	53331000
20	NC_022100	AAG	4	36088	36099	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53331000
21	NC_022100	CTT	8	36985	37007	23	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53331000
22	NC_022100	CTT	4	38262	38274	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	53331000
23	NC_022100	ATC	4	39561	39571	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	53331000
24	NC_022100	TGG	4	41328	41339	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	53331000
25	NC_022100	GAA	5	41399	41413	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	53331000
26	NC_022100	TTA	4	43612	43623	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331000
27	NC_022100	TTG	4	44842	44853	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	53331000
28	NC_022100	ATA	4	44952	44962	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53331000
29	NC_022100	ATG	4	44965	44976	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	53331000
30	NC_022100	ATA	4	45360	45373	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	53331000
31	NC_022100	TAT	4	45665	45675	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331000
32	NC_022100	AGA	4	48243	48254	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53331000
33	NC_022100	CAA	4	53207	53217	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	53331000
34	NC_022100	ATT	4	54880	54891	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331000
35	NC_022100	ATT	4	55176	55186	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331000
36	NC_022100	TGA	4	56310	56321	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	53331000
37	NC_022100	ACT	4	56561	56571	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	53331000
38	NC_022100	TTC	4	58196	58207	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
39	NC_022100	GTT	4	58539	58549	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	53331002
40	NC_022100	GAA	4	59185	59196	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_022100	ATA	4	59820	59832	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_022100	TTA	5	59980	59993	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_022100	TAA	4	61316	61328	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_022100	ATT	4	62871	62882	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_022100	ATT	4	63756	63767	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331003
46	NC_022100	ATA	4	66920	66931	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_022100	ATC	4	68021	68032	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	53331003
48	NC_022100	ATC	5	68261	68275	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	53331003
49	NC_022100	ATC	4	68369	68380	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	53331003
50	NC_022100	TCC	4	68499	68510	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	53331003
51	NC_022100	ATA	4	69792	69802	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_022100	ATA	4	69843	69855	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_022100	CAT	4	70272	70282	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
54	NC_022100	TAA	5	75545	75560	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_022100	CAG	4	76186	76197	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53331004
56	NC_022100	TAA	4	76258	76268	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_022100	TAG	4	76513	76523	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_022100	AAT	4	80102	80113	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331004
59	NC_022100	ATT	5	80343	80358	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	53331004
60	NC_022100	AAT	4	89231	89242	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331004
61	NC_022100	CAA	4	89729	89739	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
62	NC_022100	TAG	5	89811	89824	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_022100	ATA	5	90277	90291	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_022100	GAG	4	90564	90575	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_022100	TAT	4	91114	91125	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_022100	TAT	5	91145	91160	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_022100	TAT	4	91166	91178	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_022100	TAT	4	91182	91192	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_022100	TAA	4	91193	91203	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_022100	AAT	4	91552	91563	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_022100	ATT	4	99248	99259	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_022100	AAG	4	99949	99960	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_022100	ATG	4	101918	101928	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	53331005
74	NC_022100	GCA	4	103816	103827	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53331005
75	NC_022100	ATG	4	104142	104152	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	53331005
76	NC_022100	ATT	4	108185	108196	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_022100	ATA	4	109396	109407	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_022100	TAA	4	113534	113545	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_022100	GTT	4	114999	115010	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	53331006
80	NC_022100	ATA	4	119071	119081	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_022100	ATA	4	120440	120451	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331006
82	NC_022100	ATT	4	121082	121092	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331006

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