ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Medicago truncatula cultivar Jemalong 2HA plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_022099	ATT	4	919	930	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53330989
2	NC_022099	AAG	4	1576	1587	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53330989
3	NC_022099	TTA	4	2651	2661	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_022099	TAA	4	2745	2757	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_022099	ATA	4	2767	2779	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_022099	GAA	4	3726	3736	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_022099	AAT	4	8496	8507	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_022099	TTC	5	9474	9488	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	53330990
9	NC_022099	TCT	4	10137	10148	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53330990
10	NC_022099	TCT	4	12927	12938	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53330990
11	NC_022099	TAT	5	13116	13129	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_022099	CTT	4	14652	14663	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53330991
13	NC_022099	CTT	4	17787	17798	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53330991
14	NC_022099	TAT	4	28541	28554	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_022099	AGA	4	28906	28917	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_022099	AAT	5	28937	28951	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_022099	TCT	4	31536	31548	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	53330991
18	NC_022099	ATC	8	35068	35091	24	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	4 %	53330991
19	NC_022099	ACC	4	35815	35825	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	53330991
20	NC_022099	AAG	4	36076	36087	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53330991
21	NC_022099	CTT	8	36973	36995	23	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53330991
22	NC_022099	CTT	4	38250	38262	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	53330991
23	NC_022099	ATC	4	39505	39515	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	53330991
24	NC_022099	TGG	4	41272	41283	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	53330991
25	NC_022099	GAA	5	41343	41357	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	53330991
26	NC_022099	TTA	4	43556	43567	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53330991
27	NC_022099	TTG	4	44786	44797	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	53330991
28	NC_022099	ATA	4	44896	44906	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53330991
29	NC_022099	ATG	4	44909	44920	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	53330991
30	NC_022099	ATA	4	45304	45317	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	53330991
31	NC_022099	TAT	4	45615	45625	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53330991
32	NC_022099	AGA	4	48196	48207	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53330991
33	NC_022099	CAA	4	53142	53152	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	53330991
34	NC_022099	ATT	4	54814	54825	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53330991
35	NC_022099	ATT	4	55110	55120	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53330991
36	NC_022099	TGA	4	56266	56277	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	53330991
37	NC_022099	ACT	4	56542	56552	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	53330991
38	NC_022099	TTC	4	58177	58188	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
39	NC_022099	GTT	4	58517	58527	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	53330993
40	NC_022099	GAA	4	59163	59174	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_022099	ATA	4	59801	59813	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_022099	TTA	5	59961	59974	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_022099	TAA	4	61290	61302	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_022099	ATT	4	62845	62856	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_022099	ATT	4	63730	63741	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53330994
46	NC_022099	ATA	4	66894	66905	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_022099	ATC	4	68247	68258	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	53330994
48	NC_022099	ATC	5	68427	68441	15	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	6 %	53330994
49	NC_022099	ATC	4	68535	68546	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	53330994
50	NC_022099	TCC	4	68665	68676	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	53330994
51	NC_022099	ATA	4	69959	69969	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_022099	ATA	4	70010	70022	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_022099	CAT	4	70439	70449	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
54	NC_022099	TAA	5	75724	75739	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_022099	CAG	4	76380	76391	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53330995
56	NC_022099	TAA	4	76452	76462	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_022099	TAG	4	76711	76721	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_022099	AAT	4	80302	80313	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53330995
59	NC_022099	ATT	5	80543	80558	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	53330995
60	NC_022099	AAT	4	89432	89443	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53330995
61	NC_022099	CAA	4	89930	89940	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
62	NC_022099	TAG	5	90012	90025	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_022099	ATA	5	90478	90492	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_022099	GAG	4	90765	90776	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_022099	TAT	4	91315	91326	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_022099	TAT	4	91346	91358	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_022099	TAT	4	91364	91376	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_022099	TAT	4	91380	91390	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_022099	TAA	4	91391	91401	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_022099	AAT	4	91749	91760	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_022099	ATT	4	99447	99458	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_022099	AAG	4	100143	100154	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_022099	ATG	4	102111	102121	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	53330996
74	NC_022099	GCA	4	104009	104020	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53330996
75	NC_022099	ATG	4	104335	104345	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	53330996
76	NC_022099	ATT	4	108386	108397	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_022099	ATA	4	109597	109608	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_022099	TAA	4	113736	113747	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_022099	GTT	4	115200	115211	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	53330997
80	NC_022099	ATA	4	119272	119282	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_022099	ATA	4	120640	120651	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53330997
82	NC_022099	ATT	4	121282	121292	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53330997

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