ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Najas flexilis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021936	CAG	4	981	992	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52924974
2	NC_021936	TTAA	3	1934	1946	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52924973
3	NC_021936	GAA	4	2021	2032	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52924973
4	NC_021936	CTT	4	2058	2069	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52924973
5	NC_021936	GAA	4	3119	3130	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52924973
6	NC_021936	TAGAT	5	4390	4413	24	40 %	40 %	20 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_021936	ACAAGA	3	4835	4852	18	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
8	NC_021936	AAAG	3	4879	4890	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021936	CTT	4	4957	4968	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
10	NC_021936	TGTA	3	5396	5407	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	52924973
11	NC_021936	TA	6	5569	5580	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52924973
12	NC_021936	TA	13	5598	5621	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52924973
13	NC_021936	TA	7	5743	5755	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52924973
14	NC_021936	CTTT	3	6229	6239	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52924973
15	NC_021936	TAA	4	6832	6843	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021936	AT	13	7097	7120	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_021936	ATAC	3	8044	8054	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
18	NC_021936	AAGAAT	3	8186	8204	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
19	NC_021936	AAGA	3	8213	8224	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021936	CATAT	3	8585	8600	16	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
21	NC_021936	TA	6	8747	8757	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_021936	TTCT	3	9326	9336	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52924977
23	NC_021936	CAGT	3	9357	9367	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	52924977
24	NC_021936	TTCT	3	10380	10391	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_021936	AT	11	12124	12144	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_021936	CTTT	3	12344	12354	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
27	NC_021936	AAAG	3	14059	14070	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_021936	TTGA	3	14774	14785	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	52924974
29	NC_021936	AGGAA	3	15480	15493	14	60 %	0 %	40 %	0 %	7 %	52924974
30	NC_021936	TAAA	3	16274	16286	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_021936	ATA	4	18102	18113	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52924975
32	NC_021936	A	15	18864	18878	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_021936	TAAA	3	18894	18905	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021936	AAAT	3	19017	19027	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021936	TCAA	3	19311	19322	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	52924972
36	NC_021936	ATT	4	20245	20257	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52924972
37	NC_021936	AAT	4	21642	21653	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52924972
38	NC_021936	TGA	4	21859	21871	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	52924972
39	NC_021936	TTCCT	3	23742	23756	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	52924972
40	NC_021936	AT	7	25252	25265	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52924972
41	NC_021936	GAAT	3	25378	25388	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	52924972
42	NC_021936	TTTA	3	25561	25572	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52924972
43	NC_021936	TCGA	3	26069	26080	12	25 %	25 %	25 %	25 %	0 %	52924972
44	NC_021936	TACA	3	30364	30375	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_021936	ACTT	3	30993	31004	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
46	NC_021936	TTTTA	3	31027	31040	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_021936	TCAT	3	31673	31684	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
48	NC_021936	TTCT	3	32618	32629	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
49	NC_021936	TA	7	33054	33066	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_021936	AT	7	33580	33592	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_021936	GAT	4	33625	33635	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_021936	AATA	3	33716	33727	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_021936	ATAAAT	3	34669	34685	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
54	NC_021936	TA	7	34865	34878	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_021936	TCTT	3	35454	35465	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
56	NC_021936	TAAG	3	36152	36162	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021936	AGAA	3	36213	36223	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_021936	GAAA	3	37819	37830	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52924974
59	NC_021936	GGA	4	37940	37950	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	52924974
60	NC_021936	TTG	4	38224	38234	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	52924974
61	NC_021936	CTTT	3	38857	38867	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_021936	GAAA	3	38901	38912	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021936	AG	6	38928	38938	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_021936	TATT	4	39152	39170	19	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
65	NC_021936	AGA	4	43626	43636	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	52924972
66	NC_021936	GCA	4	44429	44440	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52924972
67	NC_021936	ATG	4	44755	44765	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	52924972
68	NC_021936	CCAA	3	46245	46255	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
69	NC_021936	TCTTT	3	48082	48095	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	52924973
70	NC_021936	AAT	4	48542	48552	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_021936	TTTG	3	48953	48964	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_021936	AGT	4	49329	49340	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	52924975
73	NC_021936	AATAGA	3	49654	49672	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
74	NC_021936	ATATTA	4	49758	49782	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_021936	TA	7	49781	49793	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_021936	AAAG	3	49975	49986	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_021936	GAT	4	50234	50246	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_021936	TTAG	3	50405	50415	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_021936	GAAA	3	50868	50880	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_021936	TTAGTA	3	51295	51312	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
81	NC_021936	ATATA	3	51721	51735	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_021936	CTTA	3	51805	51816	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021936	ACTT	3	51824	51835	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
84	NC_021936	TAT	4	52594	52605	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_021936	AT	6	53004	53014	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_021936	CTAT	3	54467	54479	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
87	NC_021936	TCTT	3	54498	54509	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
88	NC_021936	TCAAT	3	56798	56811	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
89	NC_021936	ATTAT	3	57048	57062	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_021936	TGCA	3	58550	58562	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	52924974
91	NC_021936	ATTC	3	59138	59149	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_021936	ATA	4	61295	61306	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52924973
93	NC_021936	TA	7	63139	63151	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_021936	GAA	4	63334	63345	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021936	TTTGA	3	63933	63947	15	20 %	60 %	20 %	0 %	0 %	52924975
96	NC_021936	GTTC	3	64067	64077	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021936	ATTT	3	64735	64746	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_021936	GAAA	3	64896	64907	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_021936	AT	6	65876	65886	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52924974
100	NC_021936	CTTT	3	66822	66833	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
101	NC_021936	T	14	66883	66896	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_021936	CATCA	4	67429	67447	19	40 %	20 %	0 %	40 %	10 %	Non-Coding
103	NC_021936	ATT	4	68479	68490	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_021936	A	13	69457	69469	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_021936	TTTA	3	69918	69928	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021936	AT	8	70088	70103	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_021936	TTCTT	3	70353	70366	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
108	NC_021936	AT	7	70454	70466	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_021936	TC	6	70797	70808	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
110	NC_021936	GCAATA	3	71433	71449	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
111	NC_021936	TA	11	71471	71492	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_021936	CTT	4	72098	72109	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
113	NC_021936	TA	6	72494	72504	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52924976
114	NC_021936	CTTT	4	72780	72794	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	52924976
115	NC_021936	TTCTT	3	72947	72961	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
116	NC_021936	A	14	74430	74443	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	52924972
117	NC_021936	TAT	5	74863	74878	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	52924972
118	NC_021936	ATT	4	75729	75741	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52924972
119	NC_021936	TA	11	76603	76623	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52924972
120	NC_021936	TA	6	76657	76667	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52924972
121	NC_021936	ATCT	3	79056	79067	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	52924972
122	NC_021936	AATC	4	82563	82578	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	52924972
123	NC_021936	CTCTTG	3	83291	83309	19	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	5 %	52924972
124	NC_021936	A	12	83884	83895	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	52924972
125	NC_021936	GAAA	3	85625	85636	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52924972
126	NC_021936	ATTCT	3	86291	86305	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	52924972
127	NC_021936	AAT	4	86390	86401	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52924972
128	NC_021936	TA	6	87578	87588	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52924972
129	NC_021936	AT	7	87660	87672	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52924972
130	NC_021936	TTATTG	3	87725	87742	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	52924972
131	NC_021936	ATA	4	87860	87871	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52924972
132	NC_021936	TATTT	3	88170	88183	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	52924972
133	NC_021936	TCAAAT	3	88680	88698	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	52924972
134	NC_021936	TCTT	3	89602	89613	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	52924972
135	NC_021936	CAAT	3	92899	92910	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	52924972
136	NC_021936	GAT	4	93381	93392	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	52924972
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141	NC_021936	TCTA	3	98450	98461	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	52924972
142	NC_021936	AT	10	98962	98980	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	52924972
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153	NC_021936	GAGG	3	110599	110610	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	52924972
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156	NC_021936	TAAT	3	113603	113614	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52924972
157	NC_021936	GGAA	3	113806	113816	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	52924972
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189	NC_021936	TCCTTT	4	130036	130060	25	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52924972
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201	NC_021936	TAGA	3	146602	146613	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
202	NC_021936	GAT	4	148228	148239	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	52924972
203	NC_021936	GATA	3	148522	148533	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	52924972
204	NC_021936	GAAA	3	148830	148840	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52924972
205	NC_021936	TTC	4	150992	151002	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
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207	NC_021936	ATTG	3	152153	152164	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_021936	ATTT	3	152698	152709	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
209	NC_021936	AAAG	3	155450	155461	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52924973

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Najas flexilis chloroplast