ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Secale cereale chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021761	CAG	4	668	679	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52578219
2	NC_021761	TAA	4	1575	1585	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_021761	AAT	4	4461	4472	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_021761	TTA	4	7892	7903	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021761	GAA	4	8214	8225	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_021761	TTG	4	10570	10580	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	52578220
7	NC_021761	AAT	4	13895	13906	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021761	ATA	4	17070	17081	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021761	ATA	4	18877	18887	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_021761	AGA	4	20299	20310	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52578220
11	NC_021761	AAC	4	22964	22975	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	52578220
12	NC_021761	AAT	5	24652	24666	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	52578220
13	NC_021761	ATT	4	29866	29878	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_021761	GTT	6	31547	31564	18	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	5 %	52578221
15	NC_021761	TGC	4	32276	32287	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52578221
16	NC_021761	CTA	4	39939	39950	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52578221
17	NC_021761	AGT	4	42866	42876	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	52578221
18	NC_021761	AAT	4	44935	44945	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_021761	ATA	4	47145	47156	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021761	TAT	5	47488	47503	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_021761	TAA	6	50469	50485	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
22	NC_021761	ATA	4	56468	56479	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021761	GAA	4	58633	58643	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_021761	TTC	4	60853	60864	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52578222
25	NC_021761	TTA	4	63464	63475	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_021761	TCT	4	64565	64577	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
27	NC_021761	TCT	4	64582	64594	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
28	NC_021761	TTC	5	65365	65379	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
29	NC_021761	TAA	4	67144	67155	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_021761	AGA	4	74485	74496	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52578223
31	NC_021761	TAT	5	75542	75555	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52578223
32	NC_021761	TAT	5	78985	78999	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	52578223
33	NC_021761	CTT	5	80677	80690	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	52578223
34	NC_021761	TTC	4	81792	81802	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	52578223
35	NC_021761	TAC	4	89876	89887	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52578223
36	NC_021761	CAA	4	108914	108924	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	52578226

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Secale cereale chloroplast