ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Secale cereale chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021761	CAG	4	668	679	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52578219
2	NC_021761	AAGT	3	774	784	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	52578219
3	NC_021761	TAA	4	1575	1585	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021761	TCTTT	3	2576	2590	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	52578219
5	NC_021761	A	13	3391	3403	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_021761	AAT	4	4461	4472	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_021761	TTTA	3	4491	4502	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021761	TCTCT	3	4675	4688	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	52578219
9	NC_021761	TTCT	3	6875	6885	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52578219
10	NC_021761	T	15	7223	7237	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_021761	CTTT	3	7715	7726	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
12	NC_021761	TTCT	3	7771	7781	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_021761	TTA	4	7892	7903	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_021761	A	12	7949	7960	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021761	GAA	4	8214	8225	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021761	CAAAT	3	8502	8516	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
17	NC_021761	TTG	4	10570	10580	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	52578220
18	NC_021761	A	14	11238	11251	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021761	AG	6	11282	11292	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_021761	TAAA	3	11415	11425	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021761	AGCGT	3	12192	12205	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_021761	AAT	4	13895	13906	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021761	CT	6	14270	14280	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
24	NC_021761	TC	8	14658	14673	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
25	NC_021761	TA	7	14681	14693	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_021761	CTTT	3	14917	14928	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_021761	AAAT	3	16643	16653	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_021761	TTTC	3	16981	16991	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_021761	ATA	4	17070	17081	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_021761	ATCA	3	17530	17540	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_021761	TACCT	3	17836	17849	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
32	NC_021761	ATGA	3	17897	17908	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_021761	A	13	18101	18113	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_021761	ATA	4	18877	18887	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021761	TTTC	3	20273	20285	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	52578220
36	NC_021761	AGA	4	20299	20310	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52578220
37	NC_021761	CAACTT	3	20743	20760	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	52578220
38	NC_021761	AAAGCA	3	21066	21083	18	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	5 %	52578220
39	NC_021761	AAC	4	22964	22975	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	52578220
40	NC_021761	AAT	5	24652	24666	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	52578220
41	NC_021761	AGAA	3	24883	24894	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52578220
42	NC_021761	AT	6	25955	25966	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52578220
43	NC_021761	TTCA	3	27538	27548	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	52578220
44	NC_021761	A	12	29538	29549	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	52578220
45	NC_021761	TTAA	3	29788	29799	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_021761	ATT	4	29866	29878	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
47	NC_021761	AGAA	3	30774	30784	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_021761	AT	6	30816	30826	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_021761	GTT	6	31547	31564	18	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	5 %	52578221
50	NC_021761	ATTG	3	32206	32217	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_021761	TGC	4	32276	32287	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52578221
52	NC_021761	CTTT	3	32544	32554	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
53	NC_021761	A	14	33564	33577	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	52578221
54	NC_021761	GAAA	3	33827	33838	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52578221
55	NC_021761	TAGTT	3	36045	36059	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_021761	T	17	36182	36198	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_021761	TA	6	36269	36279	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_021761	ATTG	3	38223	38233	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	52578221
59	NC_021761	AAGA	3	39470	39481	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52578221
60	NC_021761	GACT	3	39509	39520	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	52578221
61	NC_021761	AATG	3	39869	39880	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	52578221
62	NC_021761	CTA	4	39939	39950	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52578221
63	NC_021761	TG	6	40311	40321	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	52578221
64	NC_021761	CTAG	3	40413	40425	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	52578221
65	NC_021761	ATCA	3	42502	42512	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	52578221
66	NC_021761	AGAA	4	42655	42669	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	52578221
67	NC_021761	AGT	4	42866	42876	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	52578221
68	NC_021761	TCCT	3	42915	42926	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	52578221
69	NC_021761	T	15	43015	43029	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	52578221
70	NC_021761	CCATA	3	43792	43806	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	52578221
71	NC_021761	AAAAG	3	44009	44022	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	52578221
72	NC_021761	TTCA	3	44190	44201	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
73	NC_021761	TTTTC	3	44565	44579	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
74	NC_021761	AAT	4	44935	44945	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_021761	CTTAT	3	44948	44962	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
76	NC_021761	GAAA	3	45029	45039	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_021761	GGGGAA	3	45128	45146	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_021761	TA	6	45957	45967	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_021761	AAAT	3	46284	46295	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_021761	TAAA	3	46348	46358	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_021761	AGAA	3	46484	46495	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_021761	TTGA	3	46809	46821	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_021761	ATA	4	47145	47156	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_021761	T	12	47229	47240	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021761	TAACTA	3	47471	47487	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
86	NC_021761	TAT	5	47488	47503	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_021761	A	12	47890	47901	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_021761	ATAAAT	3	47983	48001	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
89	NC_021761	TTATCT	3	48147	48163	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
90	NC_021761	CAGA	3	48633	48643	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	52578221
91	NC_021761	AGAA	3	50434	50444	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021761	TAA	6	50469	50485	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
93	NC_021761	AAACT	3	50984	50998	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
94	NC_021761	AATT	3	54121	54132	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_021761	TGCA	3	55673	55685	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	52578222
96	NC_021761	GATCAT	3	56393	56409	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
97	NC_021761	AT	6	56452	56462	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_021761	ATA	4	56468	56479	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021761	AATA	3	56481	56492	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_021761	TAGTTT	3	56750	56766	17	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_021761	AAAG	3	57375	57386	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_021761	AAAATC	3	57401	57417	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
103	NC_021761	TTTTA	4	57839	57857	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
104	NC_021761	GAA	4	58633	58643	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_021761	ACTA	3	58887	58897	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021761	TTC	4	60853	60864	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52578222
107	NC_021761	T	12	62754	62765	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_021761	TTGT	3	63007	63019	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_021761	TTA	4	63464	63475	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_021761	TTCA	3	64285	64296	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021761	AAAG	3	64402	64412	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_021761	TCT	4	64565	64577	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
113	NC_021761	TCT	4	64582	64594	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
114	NC_021761	TATT	3	65303	65313	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_021761	TTC	5	65365	65379	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
116	NC_021761	GAAA	3	65639	65650	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52578223
117	NC_021761	TAAA	3	65862	65873	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_021761	TA	7	66458	66470	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_021761	TAA	4	67144	67155	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_021761	ATGT	3	67757	67767	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	52578223
121	NC_021761	AGAA	3	68618	68629	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	52578223
122	NC_021761	ACTT	3	70904	70914	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	52578223
123	NC_021761	GAAA	3	72018	72029	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52578223
124	NC_021761	AGA	4	74485	74496	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52578223
125	NC_021761	TAT	5	75542	75555	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52578223
126	NC_021761	A	16	76432	76447	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	52578223
127	NC_021761	TTTTC	4	77309	77327	19	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	52578223
128	NC_021761	AGTCAA	3	78515	78533	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	52578223
129	NC_021761	TAT	5	78985	78999	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	52578223
130	NC_021761	AAAG	3	79322	79332	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52578223
131	NC_021761	TTAT	3	80105	80116	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52578223
132	NC_021761	CTT	5	80677	80690	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	52578223
133	NC_021761	AGAAT	3	81163	81176	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	52578223
134	NC_021761	GAAA	3	81188	81198	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52578223
135	NC_021761	TTC	4	81792	81802	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	52578223
136	NC_021761	TA	6	84797	84808	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52578223
137	NC_021761	ATAGA	3	84815	84828	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	52578223
138	NC_021761	TCAAAA	4	85731	85754	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	52578223
139	NC_021761	ATTCTT	3	88500	88518	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	52578223
140	NC_021761	TTTGTT	3	88984	89002	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	52578223
141	NC_021761	TTCT	3	89123	89133	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52578223
142	NC_021761	TAC	4	89876	89887	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52578223
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144	NC_021761	ATCC	3	94154	94165	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	52578226
145	NC_021761	ACGG	3	97273	97284	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
146	NC_021761	AGGT	3	97557	97568	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
147	NC_021761	AACG	3	98882	98893	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021761	AAAG	4	100205	100220	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
149	NC_021761	TTATA	3	100509	100523	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021761	GAAT	3	101819	101829	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
151	NC_021761	AAAT	3	104498	104509	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	52578226
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157	NC_021761	TCAA	3	112602	112613	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	52578226
158	NC_021761	TC	6	114635	114646	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	52578226

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Secale cereale chloroplast