ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Triticum monococcum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021760	CAG	4	675	686	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52577848
2	NC_021760	AAGT	3	781	791	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	52577848
3	NC_021760	TCTTT	3	2575	2589	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	52577848
4	NC_021760	A	17	3543	3559	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_021760	CATT	3	3707	3718	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
6	NC_021760	AT	6	4169	4179	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_021760	AT	6	4185	4195	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_021760	AT	7	4201	4213	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_021760	AAT	4	4485	4496	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_021760	TCTCT	3	4699	4712	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	52577848
11	NC_021760	TTTAA	3	5951	5964	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_021760	TTCT	3	6885	6895	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52577848
13	NC_021760	T	14	7459	7472	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_021760	CTTT	3	7720	7731	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
15	NC_021760	GAA	4	8192	8203	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021760	CAAAT	3	8478	8492	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
17	NC_021760	GAAA	3	10147	10158	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52577849
18	NC_021760	TTG	4	10552	10562	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	52577849
19	NC_021760	AAAAAT	3	11224	11240	17	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_021760	AG	6	11270	11280	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021760	CGTAG	3	12178	12191	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_021760	AAT	4	13871	13882	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021760	CT	6	14246	14256	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
24	NC_021760	TC	8	14631	14646	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
25	NC_021760	TA	7	14654	14666	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_021760	CTTT	3	14890	14901	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_021760	AAAT	3	16611	16621	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_021760	TTTC	3	16949	16959	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_021760	ATCA	3	17503	17513	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_021760	T	14	17745	17758	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021760	TACCT	3	17814	17827	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
32	NC_021760	ATGA	3	17876	17887	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_021760	A	15	18075	18089	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_021760	ATA	4	18850	18860	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021760	TTTC	3	20246	20258	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	52577849
36	NC_021760	AGA	4	20272	20283	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52577849
37	NC_021760	CAACTT	3	20716	20733	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	52577849
38	NC_021760	AAC	4	22928	22939	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	52577849
39	NC_021760	AAT	5	24616	24630	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	52577849
40	NC_021760	AGAA	3	24847	24858	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52577849
41	NC_021760	TTCA	3	27502	27512	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	52577849
42	NC_021760	A	12	29502	29513	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	52577849
43	NC_021760	TTAA	3	29717	29728	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_021760	ATT	4	29795	29807	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_021760	AGAA	3	30702	30712	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_021760	AT	6	30744	30754	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_021760	GTT	5	31478	31492	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	52577849
48	NC_021760	TA	6	31956	31967	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_021760	ATTG	3	32138	32149	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_021760	TGC	4	32208	32219	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52577850
51	NC_021760	CTTT	3	32476	32486	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_021760	TAGTT	3	35980	35994	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_021760	TA	6	36203	36213	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_021760	ATTG	3	38157	38167	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	52577850
55	NC_021760	AAGA	3	39404	39415	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52577850
56	NC_021760	GACT	3	39443	39454	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	52577850
57	NC_021760	AATG	3	39803	39814	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	52577850
58	NC_021760	CTA	4	39873	39884	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52577850
59	NC_021760	TG	6	40245	40255	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	52577850
60	NC_021760	CTAG	3	40347	40359	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	52577850
61	NC_021760	ATCA	3	42440	42450	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	52577850
62	NC_021760	AGT	4	42800	42810	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	52577850
63	NC_021760	TCCT	3	42849	42860	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	52577850
64	NC_021760	T	15	42949	42963	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	52577850
65	NC_021760	CCATA	3	43726	43740	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	52577850
66	NC_021760	TTCA	3	44127	44138	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_021760	AAT	4	44868	44878	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_021760	ATCTT	3	44879	44893	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
69	NC_021760	GAAA	3	44962	44972	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_021760	GGGGAA	3	45061	45079	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
71	NC_021760	TA	6	45890	45900	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_021760	AAAT	3	46217	46228	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_021760	TAAA	3	46281	46291	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_021760	AGAA	3	46417	46428	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_021760	TTGA	3	46741	46753	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_021760	TAT	5	47401	47416	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_021760	T	16	47421	47436	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_021760	CTTTT	3	47446	47459	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
79	NC_021760	A	14	47833	47846	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_021760	ATAAAT	3	47928	47946	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
81	NC_021760	CTT	4	47956	47967	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
82	NC_021760	TTATCT	3	48091	48107	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
83	NC_021760	CAGA	3	48572	48582	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	52577850
84	NC_021760	AGAA	3	50380	50390	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_021760	ATA	5	50417	50430	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_021760	AAACT	3	50926	50940	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
87	NC_021760	AATT	3	54063	54074	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_021760	TGCA	3	55626	55638	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	52577851
89	NC_021760	GATCAT	3	56339	56355	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
90	NC_021760	AT	6	56398	56408	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_021760	AATA	3	56421	56432	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_021760	AAAG	3	57610	57621	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_021760	AAAATC	3	57636	57652	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
94	NC_021760	TTTTA	4	58107	58125	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_021760	GAA	4	58895	58905	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_021760	ACTA	3	59149	59159	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021760	TTC	4	61115	61126	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52577851
98	NC_021760	TTGT	3	63262	63274	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_021760	T	12	63454	63465	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021760	TTA	4	63721	63732	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_021760	TTCA	3	64544	64555	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021760	AAAG	3	64661	64671	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_021760	TCT	4	64824	64836	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
104	NC_021760	AAAGA	3	65320	65333	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_021760	TATT	3	65537	65547	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021760	TTC	5	65587	65601	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
107	NC_021760	GAAA	3	65861	65872	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52577852
108	NC_021760	TAAA	3	66084	66095	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_021760	TA	7	66688	66700	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_021760	TAA	4	67374	67385	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_021760	ATGT	3	67986	67996	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	52577852
112	NC_021760	AGAA	3	68847	68858	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	52577852
113	NC_021760	GAAA	4	72229	72244	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	52577852
114	NC_021760	AGA	4	74701	74712	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	52577852
115	NC_021760	TAT	5	75758	75771	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	52577852
116	NC_021760	A	17	76648	76664	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	52577852
117	NC_021760	T	12	76973	76984	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	52577852
118	NC_021760	T	12	76991	77002	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	52577852
119	NC_021760	TTAT	3	80320	80331	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52577852
120	NC_021760	CTT	5	80892	80905	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	52577852
121	NC_021760	TCTT	3	80985	80996	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	52577852
122	NC_021760	AGAAT	3	81377	81390	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	52577852
123	NC_021760	GAAA	3	81402	81412	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52577852
124	NC_021760	TTC	4	82006	82016	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	52577852
125	NC_021760	TA	6	85296	85307	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52577852
126	NC_021760	ATAGA	3	85314	85327	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	52577852
127	NC_021760	TCAAAA	4	86225	86248	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	52577852
128	NC_021760	CTT	4	86975	86986	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52577852
129	NC_021760	ATTCTT	3	90068	90086	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	52577852
130	NC_021760	TTTGTT	3	90552	90570	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	52577852
131	NC_021760	TTCT	3	90691	90701	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	52577852
132	NC_021760	TAC	4	91444	91455	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52577852
133	NC_021760	AAAC	3	95570	95582	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	52577855
134	NC_021760	ATCC	3	95704	95715	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	52577855
135	NC_021760	ACGG	3	98817	98828	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
136	NC_021760	AGGT	3	99101	99112	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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139	NC_021760	GAAT	3	103363	103373	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Triticum monococcum chloroplast