ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Glycine syndetika voucher CSIRO:G1300 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021650	TTCT	3	133	144	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_021650	AAGT	3	1013	1023	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	52617631
3	NC_021650	CATT	3	1557	1569	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
4	NC_021650	TA	6	1604	1615	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021650	TCT	4	2107	2118	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52617631
6	NC_021650	ATAA	3	2603	2614	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	52617631
7	NC_021650	ATA	4	2964	2975	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52617631
8	NC_021650	AAAT	4	3936	3950	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_021650	ATT	4	4508	4518	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_021650	TA	8	4518	4532	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_021650	TAT	4	4839	4850	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021650	TAAA	3	4886	4897	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_021650	CGAAAT	3	4959	4977	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
14	NC_021650	AT	22	5167	5208	42	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_021650	GGAA	3	9056	9068	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	52617631
16	NC_021650	C	12	9635	9646	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021650	A	13	9647	9659	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_021650	AAAT	3	10259	10270	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_021650	AAGA	3	10307	10317	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_021650	GTTT	3	10420	10432	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_021650	ATA	4	10483	10494	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021650	ATA	4	10502	10513	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021650	ATA	4	10563	10573	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_021650	ATA	4	10620	10631	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_021650	ACTAAT	3	10695	10713	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
26	NC_021650	CAAA	3	11197	11208	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	52617631
27	NC_021650	CAA	4	12692	12703	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
28	NC_021650	A	16	12945	12960	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_021650	A	15	13226	13240	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_021650	TTTTG	3	13284	13298	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_021650	GAAAA	3	13432	13446	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_021650	TCTA	3	14195	14205	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_021650	TTTC	3	14414	14424	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_021650	ATT	4	14614	14625	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_021650	AAT	4	14644	14655	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_021650	AAT	4	15795	15807	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	52617632
37	NC_021650	TA	6	16809	16820	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52617632
38	NC_021650	AAAG	3	17831	17842	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52617632
39	NC_021650	TA	7	17918	17930	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52617632
40	NC_021650	T	13	18378	18390	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_021650	TATC	4	18410	18425	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
42	NC_021650	TAGA	4	18434	18449	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_021650	A	15	18677	18691	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_021650	TCTT	3	21183	21194	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	52617632
45	NC_021650	TAT	4	23677	23687	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_021650	AGA	4	23808	23818	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	52617632
47	NC_021650	ATTTTT	3	24110	24128	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_021650	TAAA	3	24362	24373	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021650	ATTA	3	24703	24713	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_021650	TAT	4	24738	24750	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_021650	TCTA	3	24759	24770	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_021650	AAGA	3	24826	24836	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_021650	CT	7	25854	25866	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
54	NC_021650	AAGAAA	3	25932	25950	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
55	NC_021650	AAGC	3	26603	26613	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	52617632
56	NC_021650	TA	6	26907	26917	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52617632
57	NC_021650	AATA	3	28639	28649	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_021650	ATT	4	28983	28996	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_021650	AATTGA	3	29198	29215	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021650	TTCT	3	29669	29680	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_021650	ATA	5	29984	29998	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_021650	AATAA	3	30443	30457	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
63	NC_021650	ATCAT	3	30533	30547	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
64	NC_021650	A	14	31390	31403	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_021650	TGTTT	3	31504	31517	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_021650	A	12	31944	31955	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_021650	AT	10	32190	32209	20	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_021650	TAATA	3	32401	32415	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
69	NC_021650	AATT	3	32682	32693	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_021650	A	14	32781	32794	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021650	TTCA	3	32994	33005	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
72	NC_021650	AATCT	3	33335	33348	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
73	NC_021650	AT	6	33823	33834	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_021650	A	14	33874	33887	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_021650	AT	6	34131	34141	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_021650	ATA	4	34417	34428	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_021650	A	12	35401	35412	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	52617633
78	NC_021650	AAC	4	38020	38031	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	52617633
79	NC_021650	A	12	38668	38679	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	52617633
80	NC_021650	A	14	39011	39024	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	52617633
81	NC_021650	CTTTT	3	39134	39148	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	52617633
82	NC_021650	GAA	4	39521	39533	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	52617633
83	NC_021650	CAT	4	41333	41344	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52617633
84	NC_021650	A	13	43217	43229	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	52617633
85	NC_021650	AAT	4	46340	46351	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021650	ACTT	3	46502	46512	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	52617633
87	NC_021650	GTT	5	46986	47000	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	52617633
88	NC_021650	TAGA	4	47235	47250	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_021650	A	14	47300	47313	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_021650	TTAA	3	47323	47334	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_021650	A	14	47460	47473	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_021650	TAA	4	47558	47568	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_021650	AT	7	47802	47814	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_021650	GAAA	3	48043	48053	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_021650	TAT	4	48083	48094	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_021650	CTG	4	48241	48252	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52617633
97	NC_021650	CTCTT	3	48642	48655	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
98	NC_021650	AT	8	48814	48829	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_021650	TA	7	48835	48848	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_021650	AATT	3	49980	49992	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52617633
101	NC_021650	TAAA	3	50257	50268	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_021650	TGT	4	50495	50506	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	52617633
103	NC_021650	A	12	51937	51948	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_021650	AAAT	3	52481	52492	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021650	TAAA	3	52978	52988	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021650	AT	6	53245	53255	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_021650	AATCGA	3	53563	53579	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
108	NC_021650	T	12	53620	53631	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021650	GAT	4	54350	54360	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_021650	AAAG	3	54556	54566	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52617633
111	NC_021650	TTTTTG	3	54739	54756	18	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_021650	TA	6	54785	54798	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_021650	TTTA	3	54921	54932	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_021650	TTTC	3	55383	55394	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
115	NC_021650	TATCTA	3	55439	55455	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
116	NC_021650	ATTT	3	56571	56581	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52617634
117	NC_021650	GAAAAA	3	57114	57131	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
118	NC_021650	TTAT	3	57287	57299	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_021650	TAT	4	57385	57395	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_021650	ATG	4	57868	57879	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	52617634
121	NC_021650	AAT	4	57912	57923	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52617634
122	NC_021650	ATA	4	59103	59114	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_021650	ATA	4	59123	59135	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_021650	TATT	3	60019	60029	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_021650	TAT	4	60121	60131	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_021650	TTCT	3	60278	60288	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
127	NC_021650	TTC	4	62210	62221	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52617634
128	NC_021650	AATA	3	62403	62414	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_021650	A	14	63012	63025	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
130	NC_021650	TA	7	63427	63439	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_021650	TTCT	4	64204	64218	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
132	NC_021650	TTG	4	64447	64458	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_021650	T	12	64563	64574	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_021650	AT	6	64600	64610	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
135	NC_021650	AT	13	65587	65611	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_021650	AT	15	65895	65926	32	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_021650	AGAATA	3	66030	66048	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
138	NC_021650	GAAA	3	66954	66965	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52617635
139	NC_021650	A	12	67507	67518	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	52617635
140	NC_021650	AATT	3	67523	67533	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52617635
141	NC_021650	AAGA	3	67625	67635	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
142	NC_021650	AAAT	3	68323	68333	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_021650	CTTT	3	68459	68470	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021650	AT	7	69059	69073	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	52617635
145	NC_021650	CTG	4	69282	69293	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52617635
146	NC_021650	T	13	69767	69779	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	52617635
147	NC_021650	AAAG	3	69784	69794	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52617635
148	NC_021650	A	17	70021	70037	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	52617635
149	NC_021650	GATA	3	70069	70081	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	52617635
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152	NC_021650	ATTC	3	71171	71182	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	52617635
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155	NC_021650	AGTAAA	3	73677	73695	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	52617635
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161	NC_021650	AGAAA	3	77256	77269	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	52617635
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176	NC_021650	AT	6	83030	83040	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52617635
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178	NC_021650	AATT	3	83469	83480	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52617635
179	NC_021650	T	22	83512	83533	22	0 %	100 %	0 %	0 %	9 %	52617635
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198	NC_021650	TTCTAT	3	99042	99058	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	52617635
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223	NC_021650	AT	7	119266	119278	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52617635
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233	NC_021650	TA	6	122917	122929	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52617635
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239	NC_021650	AAAT	3	125614	125624	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	52617635
240	NC_021650	CATT	3	126071	126081	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	52617635
241	NC_021650	ATAA	3	127069	127080	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	52617635
242	NC_021650	TATT	3	127215	127225	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52617635
243	NC_021650	TCGG	3	130526	130536	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	52617635
244	NC_021650	TTTTC	3	133513	133527	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	52617635
245	NC_021650	TAA	4	137222	137233	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52617635
246	NC_021650	AATAGA	3	137557	137573	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	52617635
247	NC_021650	T	21	143327	143347	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
248	NC_021650	TCAA	3	143947	143959	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	52617639
249	NC_021650	ATCA	3	145716	145728	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	52617639
250	NC_021650	ACC	4	145905	145915	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	52617639
251	NC_021650	AAAG	3	147558	147568	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52617639
252	NC_021650	TATT	3	148602	148613	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52617639
253	NC_021650	TATT	3	150553	150564	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
254	NC_021650	ATC	4	150714	150724	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
255	NC_021650	ATC	4	152131	152141	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	52617639
256	NC_021650	GAA	5	152597	152611	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	52617639

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Glycine syndetika voucher CSIRO:G1300 chloroplast