ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Glycine canescens voucher CSIRO:G1232 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021647	TTCT	3	133	144	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_021647	AAGT	3	1013	1023	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	52617604
3	NC_021647	CATT	3	1557	1569	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
4	NC_021647	TA	6	1604	1615	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021647	TCT	4	2107	2118	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52617604
6	NC_021647	ATAA	3	2603	2614	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	52617604
7	NC_021647	ATA	4	2964	2975	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52617604
8	NC_021647	AAAT	4	3936	3950	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_021647	ATT	4	4507	4517	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_021647	TA	6	4517	4527	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_021647	TAAA	3	4877	4888	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_021647	CGAAAT	3	4950	4968	19	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
13	NC_021647	AT	20	5168	5205	38	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_021647	GGAA	3	9051	9063	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	52617604
15	NC_021647	A	12	9639	9650	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021647	TA	6	9649	9660	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_021647	AAAT	3	10254	10265	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_021647	AAGA	3	10302	10312	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_021647	GTTT	3	10415	10427	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_021647	ATA	4	10478	10489	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_021647	ATA	4	10497	10508	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021647	ATA	4	10558	10568	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_021647	AAT	4	10625	10636	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_021647	ACTAAT	3	10701	10719	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
25	NC_021647	CAAA	3	11203	11214	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	52617605
26	NC_021647	CAA	4	12698	12709	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
27	NC_021647	A	17	12951	12967	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
28	NC_021647	A	15	13233	13247	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_021647	TTTTG	3	13291	13305	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_021647	A	12	13365	13376	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021647	A	17	13440	13456	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
32	NC_021647	TCTA	3	14204	14214	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
33	NC_021647	TTTC	3	14421	14431	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_021647	ATT	4	14614	14625	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_021647	AAT	4	14644	14655	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_021647	AAT	4	15804	15816	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	52617605
37	NC_021647	TA	6	16811	16822	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	52617605
38	NC_021647	AAAG	3	17833	17844	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	52617605
39	NC_021647	TA	7	17920	17932	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52617605
40	NC_021647	T	13	18380	18392	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_021647	TATC	4	18412	18427	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
42	NC_021647	TAGA	4	18436	18451	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_021647	A	15	18679	18693	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_021647	TCTT	3	21185	21196	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	52617605
45	NC_021647	TAT	4	23679	23689	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_021647	AGA	4	23810	23820	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	52617605
47	NC_021647	ATTTTT	3	24112	24130	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
48	NC_021647	TAAA	3	24364	24375	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021647	ATTA	3	24704	24714	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_021647	TAT	4	24739	24751	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_021647	TCTA	3	24760	24771	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
52	NC_021647	TTTTA	3	24807	24820	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_021647	AAGA	3	24827	24837	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_021647	ATTTTT	3	24984	25002	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
55	NC_021647	CT	7	25857	25869	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
56	NC_021647	AAGAAA	3	25935	25953	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
57	NC_021647	AAGC	3	26606	26616	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	52617605
58	NC_021647	TA	6	26910	26920	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52617605
59	NC_021647	AATA	3	28642	28652	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_021647	ATT	4	28986	28999	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_021647	AATTGA	3	29201	29218	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021647	TTCT	3	29672	29683	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021647	ATA	4	29976	29987	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_021647	A	14	30435	30448	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_021647	ATCAT	3	30522	30536	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
66	NC_021647	A	14	31379	31392	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_021647	TGTT	3	31492	31503	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_021647	A	13	31928	31940	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_021647	AT	7	32176	32189	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_021647	TAATA	3	32385	32399	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_021647	AATT	3	32666	32677	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_021647	A	13	32765	32777	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021647	TTCA	3	32976	32987	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
74	NC_021647	AATCT	3	33317	33330	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
75	NC_021647	AT	6	33799	33810	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_021647	AT	6	34109	34119	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_021647	ATA	4	34395	34406	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_021647	A	12	35378	35389	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	52617606
79	NC_021647	AAC	4	37997	38008	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	52617606
80	NC_021647	A	13	38971	38983	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	52617606
81	NC_021647	CTTTT	3	39093	39107	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	52617606
82	NC_021647	GAA	4	39480	39492	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	52617606
83	NC_021647	CAT	4	41292	41303	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	52617606
84	NC_021647	A	13	43176	43188	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	52617606
85	NC_021647	AAT	4	46299	46310	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021647	ACTT	3	46461	46471	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	52617606
87	NC_021647	GTT	5	46945	46959	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	52617606
88	NC_021647	A	15	47255	47269	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_021647	TTAA	3	47279	47290	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_021647	A	12	47416	47427	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_021647	TAA	4	47512	47522	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021647	AT	7	47756	47768	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_021647	GAAA	3	47997	48007	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_021647	TAT	4	48037	48048	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_021647	CTG	4	48195	48206	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	52617606
96	NC_021647	CTCTT	3	48596	48609	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
97	NC_021647	AT	7	48768	48781	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_021647	TA	8	48787	48802	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_021647	AATT	3	49934	49946	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	52617606
100	NC_021647	TAAA	3	50211	50222	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_021647	TGT	4	50449	50460	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	52617606
102	NC_021647	A	15	51891	51905	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_021647	AAAT	3	52443	52454	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_021647	TAAA	3	52940	52950	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_021647	AT	6	53200	53210	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021647	A	12	53468	53479	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021647	AATCGA	3	53518	53534	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
108	NC_021647	T	14	53575	53588	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021647	GAT	4	54307	54317	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_021647	AAAG	3	54513	54523	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52617607
111	NC_021647	TTTTTG	3	54696	54712	17	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_021647	TA	6	54741	54754	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_021647	TTTA	3	54876	54887	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_021647	TA	6	54981	54992	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_021647	TTTC	3	55338	55349	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
116	NC_021647	TATCTA	3	55394	55410	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
117	NC_021647	T	19	55430	55448	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
118	NC_021647	ATTT	3	56527	56537	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52617607
119	NC_021647	TTAT	3	57242	57254	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_021647	TAT	4	57340	57350	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_021647	ATG	4	57823	57834	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	52617607
122	NC_021647	AAT	4	57867	57878	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52617607
123	NC_021647	AT	6	58963	58973	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_021647	ATA	4	59058	59069	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
125	NC_021647	ATA	4	59078	59090	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
126	NC_021647	TATT	3	59974	59984	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_021647	TAT	4	60077	60087	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_021647	TTCT	3	60234	60244	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
129	NC_021647	TTC	4	62166	62177	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	52617607
130	NC_021647	AATA	3	62359	62370	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_021647	A	13	62968	62980	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_021647	A	13	63027	63039	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_021647	TA	7	63384	63396	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_021647	TTCT	4	64146	64160	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
135	NC_021647	TTG	4	64389	64400	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_021647	T	13	64505	64517	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_021647	AT	6	64543	64553	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_021647	AT	12	65506	65528	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
139	NC_021647	AT	17	65795	65828	34	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
140	NC_021647	AGAATA	3	65932	65950	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
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143	NC_021647	AATT	3	67288	67298	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	52617608
144	NC_021647	AAGA	3	67390	67400	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
145	NC_021647	T	12	68062	68073	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_021647	AAAT	3	68089	68099	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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148	NC_021647	AT	7	68825	68839	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	52617608
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245	NC_021647	TATT	3	126955	126965	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	52617608
246	NC_021647	TCGG	3	130266	130276	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	52617608
247	NC_021647	TTTTC	3	133253	133267	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	52617608
248	NC_021647	TAA	4	136962	136973	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	52617608
249	NC_021647	AATAGA	3	137297	137313	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	52617608
250	NC_021647	T	21	143067	143087	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
251	NC_021647	TCAA	3	143687	143699	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	52617612
252	NC_021647	ATCA	3	145456	145468	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	52617612
253	NC_021647	ACC	4	145645	145655	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	52617612
254	NC_021647	AAAG	3	147298	147308	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	52617612
255	NC_021647	TATT	3	148342	148353	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	52617612
256	NC_021647	TATT	3	150293	150304	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
257	NC_021647	ATC	4	150454	150464	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
258	NC_021647	ATCTAT	4	151809	151832	24	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	8 %	52617612
259	NC_021647	ATC	4	151866	151876	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	52617612
260	NC_021647	GAA	5	152332	152346	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	52617612

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Glycine canescens voucher CSIRO:G1232 chloroplast