ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Prinsepia utilis plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021455	TAT	4	65	77	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_021455	TAA	4	256	267	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_021455	CAG	4	1020	1031	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51194365
4	NC_021455	AAGT	3	1126	1136	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194365
5	NC_021455	TCTT	3	2284	2294	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194365
6	NC_021455	TA	6	4467	4477	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_021455	TTTAAT	3	4491	4509	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_021455	TA	6	4771	4782	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021455	TAA	4	5103	5114	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_021455	AACA	3	5150	5161	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
11	NC_021455	ATTA	3	5581	5592	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	51194365
12	NC_021455	AAAAT	3	5631	5644	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	51194365
13	NC_021455	TATT	3	5713	5725	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	51194365
14	NC_021455	ATTC	3	5782	5792	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51194365
15	NC_021455	TA	6	6258	6268	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194365
16	NC_021455	ATA	4	6937	6947	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_021455	ATA	4	7338	7349	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_021455	TTA	5	8379	8393	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_021455	TTTTAT	3	8499	8517	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_021455	AT	6	9576	9587	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_021455	AAAT	3	9631	9642	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021455	TA	6	9701	9712	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021455	ACA	4	11120	11131	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	51194365
24	NC_021455	T	18	12426	12443	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51194366
25	NC_021455	TAT	4	12742	12753	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_021455	AAAT	3	13398	13409	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_021455	ATA	4	13515	13526	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_021455	TTTG	3	13949	13959	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_021455	T	13	14329	14341	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021455	TTATT	3	14413	14426	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_021455	ACT	4	14650	14661	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	51194366
32	NC_021455	ACTT	3	15317	15328	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_021455	TTA	4	16358	16369	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_021455	T	15	18405	18419	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	51194366
35	NC_021455	GAAT	3	18810	18820	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194366
36	NC_021455	ATT	4	21071	21081	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51194366
37	NC_021455	TTCA	3	22520	22531	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51194366
38	NC_021455	TTTTA	4	22539	22558	20	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	51194366
39	NC_021455	GAAT	3	22628	22638	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194366
40	NC_021455	GTT	4	23514	23525	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51194366
41	NC_021455	T	12	26140	26151	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51194366
42	NC_021455	TCAT	3	26830	26840	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
43	NC_021455	GA	6	27258	27268	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_021455	TATT	3	27628	27639	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_021455	ATT	4	28265	28277	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_021455	T	16	28302	28317	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_021455	T	24	29455	29478	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_021455	GAA	5	29634	29647	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_021455	TA	7	29819	29831	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_021455	TGTATA	3	29832	29848	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
51	NC_021455	T	14	30453	30466	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_021455	AT	7	30738	30751	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_021455	TTTA	3	30835	30845	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_021455	ATA	4	31490	31500	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_021455	TAAT	3	32467	32478	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_021455	TA	6	32542	32552	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021455	ATA	4	32861	32872	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_021455	T	13	33028	33040	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021455	AT	6	33605	33615	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_021455	GAAA	3	35384	35395	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194367
61	NC_021455	AG	6	36625	36635	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_021455	TACTA	3	36801	36814	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
63	NC_021455	TA	7	36856	36870	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_021455	ATA	4	36868	36878	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_021455	CT	7	37281	37293	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	51194367
66	NC_021455	TA	7	37518	37530	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_021455	TCT	4	38253	38263	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51194367
68	NC_021455	ATTG	3	39639	39649	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51194367
69	NC_021455	ATG	4	39792	39802	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51194367
70	NC_021455	AATG	3	41285	41296	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194367
71	NC_021455	GCA	4	41690	41701	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51194367
72	NC_021455	ATA	4	43567	43577	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_021455	T	12	43881	43892	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51194367
74	NC_021455	GTTC	3	44437	44448	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	51194367
75	NC_021455	A	13	45391	45403	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51194367
76	NC_021455	AAACTA	3	47206	47223	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
77	NC_021455	AAATA	3	47343	47357	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_021455	AT	6	47708	47718	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_021455	ATCA	3	47856	47866	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
80	NC_021455	ATTT	4	47960	47974	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_021455	AT	6	48319	48329	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_021455	TA	6	48339	48350	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021455	T	14	48935	48948	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_021455	A	15	48991	49005	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_021455	TAAT	3	49068	49079	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021455	AT	6	49349	49359	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_021455	T	13	49455	49467	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_021455	ATACA	3	50034	50048	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
89	NC_021455	ATAA	4	50310	50326	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_021455	T	14	50381	50394	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_021455	GTCT	3	51486	51497	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	51194367
92	NC_021455	TATAA	3	52323	52336	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_021455	AT	7	52498	52510	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_021455	AAATAT	3	52514	52532	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
95	NC_021455	AAATAT	3	52546	52564	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
96	NC_021455	ATTT	3	52589	52599	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021455	TTA	4	52665	52676	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_021455	ATA	4	55688	55698	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51194368
99	NC_021455	TTTC	3	56013	56023	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_021455	TGCA	3	57328	57340	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	51194368
101	NC_021455	TA	6	58010	58021	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_021455	A	13	58021	58033	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_021455	TAT	5	58179	58193	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
104	NC_021455	TTAA	3	60010	60021	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021455	T	13	60152	60164	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_021455	TAT	4	60322	60333	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_021455	ATTT	3	60377	60387	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_021455	T	15	60862	60876	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021455	TTTA	3	60910	60921	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_021455	TTA	4	61122	61132	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_021455	TGAA	3	61854	61864	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_021455	T	22	61996	62017	22	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021455	T	18	62028	62045	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
114	NC_021455	CTTTT	3	62768	62782	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	51194368
115	NC_021455	GATC	3	63011	63022	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	51194368
116	NC_021455	TA	7	63282	63294	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51194368
117	NC_021455	TA	6	64329	64339	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_021455	T	12	64655	64666	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
119	NC_021455	TGTT	3	66159	66169	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_021455	AATA	6	66249	66271	23	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_021455	ATT	4	66286	66297	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021455	A	12	66512	66523	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021455	TTTA	3	66648	66659	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021455	CCT	4	67363	67374	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
125	NC_021455	GGGA	3	68298	68309	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_021455	TCCCT	3	68346	68360	15	0 %	40 %	0 %	60 %	6 %	Non-Coding
127	NC_021455	TCTT	3	68361	68372	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
128	NC_021455	T	12	68375	68386	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_021455	A	15	68397	68411	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
130	NC_021455	TTA	4	68606	68617	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
131	NC_021455	TA	6	69004	69014	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_021455	TGAA	3	69934	69945	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194369
133	NC_021455	TTTC	3	69968	69980	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
134	NC_021455	T	12	70577	70588	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021455	TTAC	3	71348	71360	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	51194373
136	NC_021455	TTTA	3	71481	71492	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	51194373
137	NC_021455	T	12	72686	72697	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51194373
138	NC_021455	T	16	76127	76142	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	51194373
139	NC_021455	AT	6	77334	77344	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194373
140	NC_021455	ATTT	3	77466	77476	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51194373
141	NC_021455	TCTT	3	78087	78097	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194373
142	NC_021455	AAATA	3	78746	78759	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	51194373
143	NC_021455	ATTT	3	79002	79012	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51194373
144	NC_021455	TCT	4	79228	79239	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194373
145	NC_021455	T	12	80486	80497	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51194373
146	NC_021455	GTTT	3	80545	80556	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	51194373
147	NC_021455	TTTC	3	81593	81604	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194373
148	NC_021455	A	18	82129	82146	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	51194373
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152	NC_021455	GAAT	3	83011	83022	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194373
153	NC_021455	TTTC	3	83356	83367	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194373
154	NC_021455	TATT	4	83428	83443	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	51194373
155	NC_021455	TAT	4	84980	84991	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194373
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159	NC_021455	ATATG	3	87185	87199	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	51194373
160	NC_021455	GAT	4	87228	87238	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51194373
161	NC_021455	CTT	4	88744	88754	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51194373
162	NC_021455	TTCT	3	88916	88926	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194373
163	NC_021455	CTTT	3	90106	90116	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194373
164	NC_021455	GAT	4	90261	90272	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51194373
165	NC_021455	TGAT	3	91946	91958	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	51194373
166	NC_021455	TGAT	3	91988	92000	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	51194373
167	NC_021455	AATA	3	92829	92841	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	51194373
168	NC_021455	AAAT	3	94599	94609	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51194373
169	NC_021455	AT	10	95490	95513	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51194373
170	NC_021455	TCCGG	3	95776	95790	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	51194373
171	NC_021455	TTTCG	3	98363	98376	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	51194373
172	NC_021455	TTTGTT	3	98780	98798	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	51194373
173	NC_021455	TGT	4	100470	100480	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51194373
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178	NC_021455	AAGG	3	104406	104416	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	51194373
179	NC_021455	GAGG	3	107142	107153	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	51194373
180	NC_021455	AGGT	3	107354	107365	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	51194373
181	NC_021455	TAAG	3	108474	108484	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194373
182	NC_021455	T	15	109536	109550	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	51194373
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200	NC_021455	AAGA	3	117468	117479	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194373
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207	NC_021455	AATC	3	122604	122615	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51194373
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213	NC_021455	GATA	3	127543	127554	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194373
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215	NC_021455	A	15	128709	128723	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	51194373
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217	NC_021455	TTCT	3	129527	129537	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194373
218	NC_021455	TTC	6	130691	130709	19	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10 %	51194373
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220	NC_021455	A	15	131719	131733	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	51194373
221	NC_021455	CTTA	3	132779	132789	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51194373
222	NC_021455	TCGG	3	133660	133670	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	51194373
223	NC_021455	GGAT	3	137381	137392	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	51194373
224	NC_021455	A	12	140103	140114	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51194373
225	NC_021455	CTT	4	140151	140162	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194373
226	NC_021455	ACTAAT	4	140652	140674	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	51194373
227	NC_021455	ACA	5	140785	140798	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	51194373
228	NC_021455	ACCGG	3	145472	145486	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
229	NC_021455	ATA	4	145728	145740	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
230	NC_021455	AT	9	145759	145775	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
231	NC_021455	TATT	3	146656	146666	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
232	NC_021455	CATAC	3	146759	146772	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
233	NC_021455	ATCA	3	149308	149320	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	51194373
234	NC_021455	ACC	4	149503	149513	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	51194373
235	NC_021455	ATC	4	150985	150996	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	51194373
236	NC_021455	AAAG	3	151141	151151	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51194373
237	NC_021455	TATT	3	152203	152214	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	51194373
238	NC_021455	GAA	4	152502	152512	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51194373
239	NC_021455	ATC	4	154019	154029	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
240	NC_021455	AT	7	155343	155355	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51194373
241	NC_021455	ATC	4	155387	155397	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51194373
242	NC_021455	GAA	5	155856	155870	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	51194373
243	NC_021455	ATTT	4	156226	156241	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
244	NC_021455	ATT	4	156279	156291	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
245	NC_021455	TA	6	156297	156309	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

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