All Imperfect Repeats of Pinus taeda chloroplast
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S.No. | Genome ID | Motif | Iterations | Start | End | Tract Length | A% | T% | G% | C% | Imperfection % | Protein ID |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | NC_021440 | T | 15 | 1375 | 1389 | 15 | 0 % | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | Non-Coding |
2 | NC_021440 | GATG | 3 | 1623 | 1635 | 13 | 25 % | 25 % | 50 % | 0 % | 7 % | Non-Coding |
3 | NC_021440 | ATC | 4 | 2955 | 2965 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272169 |
4 | NC_021440 | AGA | 4 | 3167 | 3178 | 12 | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 0 % | 8 % | 51272169 |
5 | NC_021440 | TCTA | 3 | 4270 | 4280 | 11 | 25 % | 50 % | 0 % | 25 % | 9 % | Non-Coding |
6 | NC_021440 | ATGA | 3 | 5168 | 5179 | 12 | 50 % | 25 % | 25 % | 0 % | 8 % | Non-Coding |
7 | NC_021440 | AAT | 4 | 5462 | 5473 | 12 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 8 % | Non-Coding |
8 | NC_021440 | CCTT | 3 | 7032 | 7042 | 11 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 9 % | 51272170 |
9 | NC_021440 | CTA | 4 | 7105 | 7115 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272170 |
10 | NC_021440 | ATGT | 3 | 7778 | 7788 | 11 | 25 % | 50 % | 25 % | 0 % | 9 % | Non-Coding |
11 | NC_021440 | TTCGA | 3 | 7841 | 7854 | 14 | 20 % | 40 % | 20 % | 20 % | 7 % | Non-Coding |
12 | NC_021440 | CTCTT | 4 | 8032 | 8050 | 19 | 0 % | 60 % | 0 % | 40 % | 10 % | 51272170 |
13 | NC_021440 | CTTT | 3 | 8098 | 8108 | 11 | 0 % | 75 % | 0 % | 25 % | 9 % | Non-Coding |
14 | NC_021440 | GA | 6 | 8774 | 8785 | 12 | 50 % | 0 % | 50 % | 0 % | 8 % | Non-Coding |
15 | NC_021440 | ATTC | 3 | 9432 | 9443 | 12 | 25 % | 50 % | 0 % | 25 % | 8 % | Non-Coding |
16 | NC_021440 | A | 14 | 10316 | 10329 | 14 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 7 % | Non-Coding |
17 | NC_021440 | A | 13 | 10755 | 10767 | 13 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 7 % | Non-Coding |
18 | NC_021440 | TTTA | 3 | 11064 | 11074 | 11 | 25 % | 75 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272170 |
19 | NC_021440 | ATTT | 3 | 13760 | 13772 | 13 | 25 % | 75 % | 0 % | 0 % | 7 % | 51272170 |
20 | NC_021440 | AAGGA | 3 | 13827 | 13841 | 15 | 60 % | 0 % | 40 % | 0 % | 6 % | 51272170 |
21 | NC_021440 | T | 13 | 16119 | 16131 | 13 | 0 % | 100 % | 0 % | 0 % | 7 % | 51272170 |
22 | NC_021440 | TA | 6 | 19900 | 19911 | 12 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272170 |
23 | NC_021440 | CAT | 4 | 21125 | 21135 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
24 | NC_021440 | TCT | 4 | 22134 | 22144 | 11 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
25 | NC_021440 | A | 12 | 22552 | 22563 | 12 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
26 | NC_021440 | CTT | 4 | 22708 | 22718 | 11 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
27 | NC_021440 | TGCTT | 3 | 22781 | 22794 | 14 | 0 % | 60 % | 20 % | 20 % | 7 % | 51272171 |
28 | NC_021440 | GTT | 4 | 23558 | 23569 | 12 | 0 % | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
29 | NC_021440 | TA | 6 | 26391 | 26401 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
30 | NC_021440 | ATGA | 3 | 27042 | 27053 | 12 | 50 % | 25 % | 25 % | 0 % | 8 % | Non-Coding |
31 | NC_021440 | ATCC | 3 | 27288 | 27298 | 11 | 25 % | 25 % | 0 % | 50 % | 9 % | Non-Coding |
32 | NC_021440 | TC | 6 | 28007 | 28017 | 11 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 9 % | Non-Coding |
33 | NC_021440 | A | 15 | 28439 | 28453 | 15 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 0 % | Non-Coding |
34 | NC_021440 | ATT | 4 | 29492 | 29502 | 11 | 33.33 % | 66.67 % | 0 % | 0 % | 9 % | Non-Coding |
35 | NC_021440 | AATTC | 3 | 32775 | 32789 | 15 | 40 % | 40 % | 0 % | 20 % | 6 % | 51272171 |
36 | NC_021440 | GTT | 4 | 32981 | 32991 | 11 | 0 % | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
37 | NC_021440 | GTA | 4 | 33321 | 33332 | 12 | 33.33 % | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
38 | NC_021440 | AT | 6 | 34071 | 34081 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
39 | NC_021440 | TAGA | 3 | 34155 | 34165 | 11 | 50 % | 25 % | 25 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
40 | NC_021440 | AGA | 4 | 37299 | 37309 | 11 | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
41 | NC_021440 | TAA | 4 | 38235 | 38246 | 12 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
42 | NC_021440 | AT | 6 | 41223 | 41234 | 12 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
43 | NC_021440 | GAAA | 3 | 41242 | 41252 | 11 | 75 % | 0 % | 25 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
44 | NC_021440 | TGTATA | 3 | 41312 | 41329 | 18 | 33.33 % | 50 % | 16.67 % | 0 % | 5 % | 51272171 |
45 | NC_021440 | TA | 7 | 41346 | 41359 | 14 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 7 % | 51272171 |
46 | NC_021440 | TTTA | 3 | 42146 | 42157 | 12 | 25 % | 75 % | 0 % | 0 % | 0 % | 51272171 |
47 | NC_021440 | AAT | 4 | 42353 | 42363 | 11 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
48 | NC_021440 | AT | 6 | 43574 | 43585 | 12 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
49 | NC_021440 | TA | 6 | 43607 | 43618 | 12 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
50 | NC_021440 | GGA | 4 | 46429 | 46440 | 12 | 33.33 % | 0 % | 66.67 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
51 | NC_021440 | GATG | 4 | 48858 | 48877 | 20 | 25 % | 25 % | 50 % | 0 % | 5 % | 51272171 |
52 | NC_021440 | T | 12 | 48966 | 48977 | 12 | 0 % | 100 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
53 | NC_021440 | ATA | 4 | 49934 | 49944 | 11 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
54 | NC_021440 | GAAA | 3 | 50402 | 50412 | 11 | 75 % | 0 % | 25 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
55 | NC_021440 | TC | 6 | 51552 | 51562 | 11 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 9 % | 51272171 |
56 | NC_021440 | AG | 6 | 51572 | 51582 | 11 | 50 % | 0 % | 50 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
57 | NC_021440 | GAAG | 3 | 51614 | 51625 | 12 | 50 % | 0 % | 50 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
58 | NC_021440 | TCTA | 3 | 51752 | 51763 | 12 | 25 % | 50 % | 0 % | 25 % | 0 % | 51272171 |
59 | NC_021440 | TGAA | 3 | 51857 | 51868 | 12 | 50 % | 25 % | 25 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
60 | NC_021440 | CTT | 4 | 52152 | 52162 | 11 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
61 | NC_021440 | TC | 6 | 52516 | 52527 | 12 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 8 % | 51272171 |
62 | NC_021440 | GATCC | 3 | 53222 | 53235 | 14 | 20 % | 20 % | 20 % | 40 % | 7 % | 51272171 |
63 | NC_021440 | ATTC | 3 | 53507 | 53518 | 12 | 25 % | 50 % | 0 % | 25 % | 8 % | 51272171 |
64 | NC_021440 | AAT | 4 | 57652 | 57662 | 11 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
65 | NC_021440 | AATTC | 3 | 59590 | 59603 | 14 | 40 % | 40 % | 0 % | 20 % | 7 % | 51272171 |
66 | NC_021440 | TA | 6 | 60324 | 60334 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
67 | NC_021440 | TCGT | 3 | 61950 | 61960 | 11 | 0 % | 50 % | 25 % | 25 % | 9 % | 51272171 |
68 | NC_021440 | ATA | 4 | 63097 | 63108 | 12 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
69 | NC_021440 | CT | 6 | 63276 | 63286 | 11 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 9 % | 51272171 |
70 | NC_021440 | CTT | 5 | 64329 | 64342 | 14 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 7 % | 51272171 |
71 | NC_021440 | CCTTT | 3 | 64425 | 64438 | 14 | 0 % | 60 % | 0 % | 40 % | 7 % | 51272171 |
72 | NC_021440 | TC | 7 | 65189 | 65201 | 13 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 7 % | 51272171 |
73 | NC_021440 | TAT | 4 | 65368 | 65378 | 11 | 33.33 % | 66.67 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
74 | NC_021440 | AATT | 3 | 65543 | 65553 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
75 | NC_021440 | TAT | 4 | 66307 | 66317 | 11 | 33.33 % | 66.67 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
76 | NC_021440 | AAT | 4 | 66951 | 66961 | 11 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
77 | NC_021440 | TTC | 4 | 68726 | 68736 | 11 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
78 | NC_021440 | A | 16 | 68740 | 68755 | 16 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 6 % | 51272171 |
79 | NC_021440 | TTCT | 4 | 70164 | 70178 | 15 | 0 % | 75 % | 0 % | 25 % | 6 % | 51272171 |
80 | NC_021440 | T | 17 | 72733 | 72749 | 17 | 0 % | 100 % | 0 % | 0 % | 5 % | 51272171 |
81 | NC_021440 | AT | 6 | 74249 | 74260 | 12 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
82 | NC_021440 | GGT | 4 | 76089 | 76100 | 12 | 0 % | 33.33 % | 66.67 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
83 | NC_021440 | TTC | 4 | 79050 | 79061 | 12 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 8 % | 51272171 |
84 | NC_021440 | AGA | 4 | 79225 | 79235 | 11 | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
85 | NC_021440 | AT | 6 | 79920 | 79932 | 13 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 7 % | 51272171 |
86 | NC_021440 | AATT | 3 | 80004 | 80014 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
87 | NC_021440 | AT | 6 | 80528 | 80538 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
88 | NC_021440 | CT | 6 | 80698 | 80708 | 11 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 9 % | 51272171 |
89 | NC_021440 | CTG | 4 | 80957 | 80968 | 12 | 0 % | 33.33 % | 33.33 % | 33.33 % | 8 % | 51272171 |
90 | NC_021440 | TTTC | 3 | 81853 | 81864 | 12 | 0 % | 75 % | 0 % | 25 % | 8 % | 51272171 |
91 | NC_021440 | A | 12 | 83426 | 83437 | 12 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
92 | NC_021440 | GATC | 3 | 83510 | 83521 | 12 | 25 % | 25 % | 25 % | 25 % | 8 % | 51272171 |
93 | NC_021440 | TC | 6 | 83720 | 83730 | 11 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 9 % | 51272171 |
94 | NC_021440 | TTC | 4 | 83834 | 83845 | 12 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 8 % | 51272171 |
95 | NC_021440 | A | 12 | 86797 | 86808 | 12 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
96 | NC_021440 | ATCC | 3 | 87278 | 87289 | 12 | 25 % | 25 % | 0 % | 50 % | 8 % | 51272171 |
97 | NC_021440 | GAGG | 3 | 90530 | 90541 | 12 | 25 % | 0 % | 75 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
98 | NC_021440 | AGGT | 3 | 90738 | 90749 | 12 | 25 % | 25 % | 50 % | 0 % | 0 % | 51272171 |
99 | NC_021440 | AACC | 3 | 92358 | 92370 | 13 | 50 % | 0 % | 0 % | 50 % | 7 % | 51272171 |
100 | NC_021440 | TCA | 4 | 93126 | 93136 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
101 | NC_021440 | TGG | 4 | 94537 | 94548 | 12 | 0 % | 33.33 % | 66.67 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
102 | NC_021440 | AGA | 4 | 94954 | 94965 | 12 | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
103 | NC_021440 | AATTGG | 3 | 95109 | 95127 | 19 | 33.33 % | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 10 % | 51272171 |
104 | NC_021440 | GAA | 4 | 100523 | 100534 | 12 | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
105 | NC_021440 | A | 15 | 101261 | 101275 | 15 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 6 % | 51272171 |
106 | NC_021440 | ATGG | 3 | 101644 | 101655 | 12 | 25 % | 25 % | 50 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
107 | NC_021440 | TCTGT | 3 | 102110 | 102123 | 14 | 0 % | 60 % | 20 % | 20 % | 7 % | 51272171 |
108 | NC_021440 | TTCT | 3 | 102664 | 102674 | 11 | 0 % | 75 % | 0 % | 25 % | 9 % | 51272171 |
109 | NC_021440 | ATA | 4 | 103184 | 103195 | 12 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
110 | NC_021440 | AT | 6 | 104387 | 104397 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
111 | NC_021440 | A | 14 | 106239 | 106252 | 14 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 0 % | 51272171 |
112 | NC_021440 | AGA | 4 | 108708 | 108720 | 13 | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 0 % | 7 % | 51272171 |
113 | NC_021440 | TAA | 4 | 109559 | 109569 | 11 | 66.67 % | 33.33 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
114 | NC_021440 | TA | 6 | 109627 | 109637 | 11 | 50 % | 50 % | 0 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
115 | NC_021440 | TTGA | 3 | 109955 | 109965 | 11 | 25 % | 50 % | 25 % | 0 % | 9 % | 51272171 |
116 | NC_021440 | TAC | 4 | 109994 | 110004 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
117 | NC_021440 | A | 12 | 110250 | 110261 | 12 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 0 % | 51272171 |
118 | NC_021440 | ACAA | 3 | 110783 | 110794 | 12 | 75 % | 0 % | 0 % | 25 % | 8 % | 51272171 |
119 | NC_021440 | TCA | 4 | 110822 | 110832 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272171 |
120 | NC_021440 | GTA | 4 | 111625 | 111636 | 12 | 33.33 % | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 8 % | 51272171 |
121 | NC_021440 | A | 13 | 111872 | 111884 | 13 | 100 % | 0 % | 0 % | 0 % | 7 % | 51272171 |
122 | NC_021440 | ATAA | 3 | 112928 | 112938 | 11 | 75 % | 25 % | 0 % | 0 % | 9 % | Non-Coding |
123 | NC_021440 | AAAG | 3 | 112939 | 112949 | 11 | 75 % | 0 % | 25 % | 0 % | 9 % | Non-Coding |
124 | NC_021440 | TGAG | 3 | 116648 | 116660 | 13 | 25 % | 25 % | 50 % | 0 % | 7 % | 51272176 |
125 | NC_021440 | TCTTCC | 5 | 117031 | 117060 | 30 | 0 % | 50 % | 0 % | 50 % | 6 % | 51272176 |
126 | NC_021440 | TCAA | 3 | 118545 | 118555 | 11 | 50 % | 25 % | 0 % | 25 % | 9 % | 51272176 |
127 | NC_021440 | TTGA | 3 | 120440 | 120450 | 11 | 25 % | 50 % | 25 % | 0 % | 9 % | 51272176 |
128 | NC_021440 | TAC | 4 | 120479 | 120489 | 11 | 33.33 % | 33.33 % | 0 % | 33.33 % | 9 % | 51272176 |
129 | NC_021440 | TCT | 4 | 120692 | 120703 | 12 | 0 % | 66.67 % | 0 % | 33.33 % | 8 % | 51272176 |