ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus taeda chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021440	T	15	1375	1389	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021440	GATG	3	1623	1635	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_021440	ATC	4	2955	2965	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272169
4	NC_021440	AGA	4	3167	3178	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272169
5	NC_021440	TCTA	3	4270	4280	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_021440	ATGA	3	5168	5179	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_021440	AAT	4	5462	5473	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021440	CCTT	3	7032	7042	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272170
9	NC_021440	CTA	4	7105	7115	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272170
10	NC_021440	ATGT	3	7778	7788	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_021440	TTCGA	3	7841	7854	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_021440	CTCTT	4	8032	8050	19	0 %	60 %	0 %	40 %	10 %	51272170
13	NC_021440	CTTT	3	8098	8108	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_021440	GA	6	8774	8785	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_021440	ATTC	3	9432	9443	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021440	A	14	10316	10329	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_021440	A	13	10755	10767	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_021440	TTTA	3	11064	11074	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51272170
19	NC_021440	ATTT	3	13760	13772	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	51272170
20	NC_021440	AAGGA	3	13827	13841	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	51272170
21	NC_021440	T	13	16119	16131	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51272170
22	NC_021440	TA	6	19900	19911	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272170
23	NC_021440	CAT	4	21125	21135	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
24	NC_021440	TCT	4	22134	22144	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
25	NC_021440	A	12	22552	22563	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51272171
26	NC_021440	CTT	4	22708	22718	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
27	NC_021440	TGCTT	3	22781	22794	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	51272171
28	NC_021440	GTT	4	23558	23569	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51272171
29	NC_021440	TA	6	26391	26401	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
30	NC_021440	ATGA	3	27042	27053	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_021440	ATCC	3	27288	27298	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
32	NC_021440	TC	6	28007	28017	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
33	NC_021440	A	15	28439	28453	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021440	ATT	4	29492	29502	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021440	AATTC	3	32775	32789	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	51272171
36	NC_021440	GTT	4	32981	32991	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51272171
37	NC_021440	GTA	4	33321	33332	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51272171
38	NC_021440	AT	6	34071	34081	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
39	NC_021440	TAGA	3	34155	34165	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51272171
40	NC_021440	AGA	4	37299	37309	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51272171
41	NC_021440	TAA	4	38235	38246	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51272171
42	NC_021440	AT	6	41223	41234	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272171
43	NC_021440	GAAA	3	41242	41252	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51272171
44	NC_021440	TGTATA	3	41312	41329	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	51272171
45	NC_021440	TA	7	41346	41359	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51272171
46	NC_021440	TTTA	3	42146	42157	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	51272171
47	NC_021440	AAT	4	42353	42363	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272171
48	NC_021440	AT	6	43574	43585	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272171
49	NC_021440	TA	6	43607	43618	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272171
50	NC_021440	GGA	4	46429	46440	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	51272171
51	NC_021440	GATG	4	48858	48877	20	25 %	25 %	50 %	0 %	5 %	51272171
52	NC_021440	T	12	48966	48977	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51272171
53	NC_021440	ATA	4	49934	49944	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272171
54	NC_021440	GAAA	3	50402	50412	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51272171
55	NC_021440	TC	6	51552	51562	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272171
56	NC_021440	AG	6	51572	51582	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	51272171
57	NC_021440	GAAG	3	51614	51625	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	51272171
58	NC_021440	TCTA	3	51752	51763	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	51272171
59	NC_021440	TGAA	3	51857	51868	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51272171
60	NC_021440	CTT	4	52152	52162	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
61	NC_021440	TC	6	52516	52527	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	51272171
62	NC_021440	GATCC	3	53222	53235	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	51272171
63	NC_021440	ATTC	3	53507	53518	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51272171
64	NC_021440	AAT	4	57652	57662	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272171
65	NC_021440	AATTC	3	59590	59603	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	51272171
66	NC_021440	TA	6	60324	60334	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
67	NC_021440	TCGT	3	61950	61960	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51272171
68	NC_021440	ATA	4	63097	63108	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51272171
69	NC_021440	CT	6	63276	63286	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272171
70	NC_021440	CTT	5	64329	64342	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	51272171
71	NC_021440	CCTTT	3	64425	64438	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51272171
72	NC_021440	TC	7	65189	65201	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	51272171
73	NC_021440	TAT	4	65368	65378	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51272171
74	NC_021440	AATT	3	65543	65553	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
75	NC_021440	TAT	4	66307	66317	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51272171
76	NC_021440	AAT	4	66951	66961	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272171
77	NC_021440	TTC	4	68726	68736	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
78	NC_021440	A	16	68740	68755	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	51272171
79	NC_021440	TTCT	4	70164	70178	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	51272171
80	NC_021440	T	17	72733	72749	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	51272171
81	NC_021440	AT	6	74249	74260	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272171
82	NC_021440	GGT	4	76089	76100	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	51272171
83	NC_021440	TTC	4	79050	79061	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272171
84	NC_021440	AGA	4	79225	79235	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51272171
85	NC_021440	AT	6	79920	79932	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51272171
86	NC_021440	AATT	3	80004	80014	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
87	NC_021440	AT	6	80528	80538	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
88	NC_021440	CT	6	80698	80708	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272171
89	NC_021440	CTG	4	80957	80968	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51272171
90	NC_021440	TTTC	3	81853	81864	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51272171
91	NC_021440	A	12	83426	83437	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51272171
92	NC_021440	GATC	3	83510	83521	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	51272171
93	NC_021440	TC	6	83720	83730	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272171
94	NC_021440	TTC	4	83834	83845	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272171
95	NC_021440	A	12	86797	86808	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51272171
96	NC_021440	ATCC	3	87278	87289	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	51272171
97	NC_021440	GAGG	3	90530	90541	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	51272171
98	NC_021440	AGGT	3	90738	90749	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	51272171
99	NC_021440	AACC	3	92358	92370	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	51272171
100	NC_021440	TCA	4	93126	93136	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
101	NC_021440	TGG	4	94537	94548	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	51272171
102	NC_021440	AGA	4	94954	94965	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272171
103	NC_021440	AATTGG	3	95109	95127	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	51272171
104	NC_021440	GAA	4	100523	100534	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272171
105	NC_021440	A	15	101261	101275	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	51272171
106	NC_021440	ATGG	3	101644	101655	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	51272171
107	NC_021440	TCTGT	3	102110	102123	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	51272171
108	NC_021440	TTCT	3	102664	102674	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51272171
109	NC_021440	ATA	4	103184	103195	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51272171
110	NC_021440	AT	6	104387	104397	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
111	NC_021440	A	14	106239	106252	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	51272171
112	NC_021440	AGA	4	108708	108720	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	51272171
113	NC_021440	TAA	4	109559	109569	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272171
114	NC_021440	TA	6	109627	109637	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272171
115	NC_021440	TTGA	3	109955	109965	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51272171
116	NC_021440	TAC	4	109994	110004	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
117	NC_021440	A	12	110250	110261	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	51272171
118	NC_021440	ACAA	3	110783	110794	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	51272171
119	NC_021440	TCA	4	110822	110832	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272171
120	NC_021440	GTA	4	111625	111636	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51272171
121	NC_021440	A	13	111872	111884	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51272171
122	NC_021440	ATAA	3	112928	112938	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_021440	AAAG	3	112939	112949	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_021440	TGAG	3	116648	116660	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	51272176
125	NC_021440	TCTTCC	5	117031	117060	30	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	51272176
126	NC_021440	TCAA	3	118545	118555	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	51272176
127	NC_021440	TTGA	3	120440	120450	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51272176
128	NC_021440	TAC	4	120479	120489	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272176
129	NC_021440	TCT	4	120692	120703	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272176

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus taeda chloroplast