ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pinus massoniana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021439	T	15	1376	1390	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021439	GATG	3	1625	1637	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_021439	ATC	4	2152	2162	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272162
4	NC_021439	AGA	4	2364	2375	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272162
5	NC_021439	TCTA	3	3467	3477	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_021439	ATGA	3	4365	4376	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_021439	AAT	4	4659	4670	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021439	CCTT	3	6198	6208	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272162
9	NC_021439	CTA	4	6271	6281	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272162
10	NC_021439	ATGT	3	6945	6955	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_021439	TTCGA	3	7008	7021	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
12	NC_021439	CTTT	3	7269	7279	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
13	NC_021439	TCCGT	3	7889	7903	15	0 %	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021439	GA	6	7951	7962	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_021439	ATTC	3	8609	8620	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021439	TTA	4	9341	9351	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_021439	TTTA	3	10232	10242	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51272163
18	NC_021439	TGT	4	12376	12387	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51272163
19	NC_021439	ATTT	3	12928	12940	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	51272163
20	NC_021439	AAGGA	3	12995	13009	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	51272163
21	NC_021439	AAAT	3	15192	15203	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021439	T	23	15275	15297	23	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021439	TA	6	19106	19117	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272163
24	NC_021439	CAT	4	20331	20341	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272163
25	NC_021439	TCT	5	21337	21350	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	51272163
26	NC_021439	CTT	4	21905	21915	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272163
27	NC_021439	TGCTT	3	21978	21991	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	51272163
28	NC_021439	GTT	4	22757	22768	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51272163
29	NC_021439	CTT	4	25396	25407	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272163
30	NC_021439	A	14	26179	26192	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021439	ATGA	3	26245	26256	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_021439	ATCC	3	26491	26501	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
33	NC_021439	AATTC	3	31687	31701	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	51272164
34	NC_021439	GTT	4	31893	31903	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51272164
35	NC_021439	AT	7	32986	32998	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51272164
36	NC_021439	TAGA	3	33071	33081	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51272164
37	NC_021439	AGA	4	36200	36210	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51272164
38	NC_021439	TAA	4	37132	37143	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51272164
39	NC_021439	TCT	4	39168	39179	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272164
40	NC_021439	GAAA	3	40487	40497	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51272164
41	NC_021439	TGTATA	4	40557	40580	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	51272164
42	NC_021439	TTTA	3	41408	41419	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	51272164
43	NC_021439	AAT	4	41615	41625	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272164
44	NC_021439	AT	6	42832	42843	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272164
45	NC_021439	GATA	3	42863	42874	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51272164
46	NC_021439	ATTT	3	44988	44998	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51272164
47	NC_021439	GGA	4	45688	45699	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	51272164
48	NC_021439	TATTTT	3	48198	48215	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	51272164
49	NC_021439	GAAA	3	48827	48838	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	51272164
50	NC_021439	ATA	4	49172	49182	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272164
51	NC_021439	GAAA	3	49640	49650	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51272164
52	NC_021439	TC	6	50799	50809	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272164
53	NC_021439	GA	6	50817	50827	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	51272164
54	NC_021439	GAAG	3	50858	50869	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	51272164
55	NC_021439	TCTA	3	50995	51006	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	51272164
56	NC_021439	TGAA	3	51100	51111	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51272164
57	NC_021439	TC	6	51759	51770	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	51272164
58	NC_021439	ACGGA	3	51818	51832	15	40 %	0 %	40 %	20 %	0 %	51272164
59	NC_021439	GATCC	3	52498	52511	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	51272164
60	NC_021439	ATTC	3	52783	52794	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51272164
61	NC_021439	AAT	4	56925	56935	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272164
62	NC_021439	AATTC	3	58874	58887	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	51272164
63	NC_021439	TA	6	59608	59618	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
64	NC_021439	TCGT	3	61236	61246	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51272164
65	NC_021439	ATA	4	62378	62389	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51272164
66	NC_021439	CT	6	62557	62567	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272164
67	NC_021439	CTT	5	63610	63623	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	51272164
68	NC_021439	T	13	63717	63729	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51272164
69	NC_021439	TC	7	64473	64485	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	51272164
70	NC_021439	TAT	4	64652	64662	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51272164
71	NC_021439	AATT	3	64827	64837	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
72	NC_021439	TAT	4	65592	65602	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51272164
73	NC_021439	ATTGT	3	66163	66176	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	51272164
74	NC_021439	ATA	4	66211	66223	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	51272164
75	NC_021439	AAAGA	3	67136	67150	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	51272164
76	NC_021439	TTC	4	68000	68010	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272164
77	NC_021439	A	22	68014	68035	22	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	51272164
78	NC_021439	TTCT	4	69436	69450	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	51272164
79	NC_021439	T	14	72005	72018	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51272164
80	NC_021439	AT	7	73510	73523	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51272164
81	NC_021439	TTC	4	78317	78328	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272164
82	NC_021439	AGA	4	78492	78502	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51272164
83	NC_021439	AT	6	79183	79194	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51272164
84	NC_021439	AATT	3	79267	79277	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
85	NC_021439	CT	6	79951	79961	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272164
86	NC_021439	A	12	79996	80007	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51272164
87	NC_021439	CTG	4	80211	80222	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51272164
88	NC_021439	GAA	4	80257	80268	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272164
89	NC_021439	TTTC	3	81107	81118	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51272164
90	NC_021439	GATC	3	82763	82774	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	51272164
91	NC_021439	TC	6	82973	82983	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272164
92	NC_021439	TTC	4	83087	83098	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272164
93	NC_021439	ATCC	3	86533	86544	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	51272164
94	NC_021439	TTA	4	87312	87323	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51272164
95	NC_021439	T	18	87321	87338	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51272164
96	NC_021439	GAGG	3	89803	89814	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	51272164
97	NC_021439	AGGT	3	90011	90022	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	51272164
98	NC_021439	CTAT	3	91406	91417	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51272164
99	NC_021439	AACC	3	91635	91647	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	51272164
100	NC_021439	TATGA	3	92068	92082	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	51272164
101	NC_021439	TCA	4	92394	92404	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272164
102	NC_021439	TGG	4	93750	93761	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	51272164
103	NC_021439	AGA	4	94167	94178	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272164
104	NC_021439	AATTGG	3	94322	94340	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	51272164
105	NC_021439	AT	6	95370	95380	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
106	NC_021439	TA	6	95452	95462	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
107	NC_021439	AT	6	95488	95498	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
108	NC_021439	GAA	4	99913	99924	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51272164
109	NC_021439	ATGG	3	100446	100457	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	51272164
110	NC_021439	TCTGT	3	100912	100925	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	51272164
111	NC_021439	TTCT	3	101088	101098	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51272164
112	NC_021439	TTCT	3	101460	101470	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51272164
113	NC_021439	TCCA	3	104929	104940	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	51272164
114	NC_021439	ATT	4	106534	106545	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51272164
115	NC_021439	AGA	4	106901	106913	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	51272164
116	NC_021439	ATA	4	107048	107058	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272164
117	NC_021439	TTCA	3	107663	107674	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51272164
118	NC_021439	TAA	4	107759	107769	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51272164
119	NC_021439	TA	6	107827	107837	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272164
120	NC_021439	TTGA	3	108155	108165	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51272164
121	NC_021439	TAC	4	108194	108204	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272164
122	NC_021439	GTA	4	109817	109828	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51272164
123	NC_021439	A	12	110064	110075	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_021439	AAAG	3	110302	110313	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021439	TCTA	3	111031	111042	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
126	NC_021439	ATAA	3	111121	111131	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_021439	AAAG	3	111132	111142	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_021439	AT	6	111978	111989	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021439	TGAG	3	114766	114778	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	51272169
130	NC_021439	TCTTCG	6	115149	115184	36	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	8 %	51272169
131	NC_021439	TCAA	3	116690	116700	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	51272169
132	NC_021439	ATTTT	3	117904	117918	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	51272169
133	NC_021439	TTGA	3	118630	118640	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51272169
134	NC_021439	TAC	4	118669	118679	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51272169
135	NC_021439	TCT	4	118876	118887	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272169

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pinus massoniana chloroplast