ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Rhizoctonia solani strain AG3 Rhs1AP mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021436	AAAT	3	491	501	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_021436	GGAT	3	2373	2383	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	51134865
3	NC_021436	GAAA	3	4576	4586	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021436	TAA	4	6071	6082	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021436	TTGCG	3	9954	9968	15	0 %	40 %	40 %	20 %	6 %	Non-Coding
6	NC_021436	TTAA	3	9981	9992	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_021436	TAAA	3	10259	10270	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021436	TTAT	3	11128	11138	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_021436	GTAA	3	13494	13504	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_021436	AAGT	3	13554	13564	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_021436	A	15	13602	13616	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_021436	TTCTAA	3	15372	15390	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
13	NC_021436	CTTTAA	3	16042	16058	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	51134866
14	NC_021436	TAT	4	16086	16097	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51134866
15	NC_021436	TATAAC	3	16295	16311	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	51134866
16	NC_021436	TTA	4	16445	16456	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51134866
17	NC_021436	AGT	4	18447	18458	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_021436	AATT	3	19139	19149	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_021436	A	13	19935	19947	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51134866
20	NC_021436	AATT	3	21412	21422	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021436	AT	6	22042	22052	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_021436	TAA	4	23848	23859	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021436	TGAA	3	24032	24044	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	51134867
24	NC_021436	A	12	24403	24414	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51134867
25	NC_021436	A	22	24727	24748	22	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
26	NC_021436	TAT	5	24849	24864	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_021436	A	13	25063	25075	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_021436	AAAC	3	26116	26126	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	51134867
29	NC_021436	CTTT	3	29237	29247	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_021436	TAA	4	29369	29381	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
31	NC_021436	CAGA	3	30215	30226	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_021436	AAG	4	32950	32961	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
33	NC_021436	TTTAA	3	34554	34569	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_021436	AGTA	3	36202	36213	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51134867
35	NC_021436	T	14	38674	38687	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51134867
36	NC_021436	TAAA	3	39227	39237	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_021436	ATT	4	39650	39660	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134867
38	NC_021436	TAAA	3	41081	41091	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_021436	A	12	41718	41729	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_021436	TCT	4	41854	41865	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51134867
41	NC_021436	TATT	3	42512	42522	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51134867
42	NC_021436	ATT	4	44011	44021	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134867
43	NC_021436	ATGG	3	44541	44551	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	51134867
44	NC_021436	TAAAA	3	45231	45244	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	51134867
45	NC_021436	AGA	4	47712	47722	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51134867
46	NC_021436	GGTT	3	48087	48097	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51134867
47	NC_021436	TTTTTC	3	48311	48327	17	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	51134867
48	NC_021436	A	13	48952	48964	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51134867
49	NC_021436	GTTTTT	3	49615	49632	18	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	51134867
50	NC_021436	TAT	5	50370	50383	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51134867
51	NC_021436	TAT	4	50560	50570	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134867
52	NC_021436	ATAA	4	54555	54570	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_021436	AT	6	54694	54704	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_021436	ATA	4	56533	56543	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51134868
55	NC_021436	TAAA	3	57436	57447	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_021436	CCGG	3	58415	58426	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
57	NC_021436	T	15	60727	60741	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_021436	ATA	5	66176	66190	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	51134869
59	NC_021436	AAAAT	3	67458	67472	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	51134869
60	NC_021436	TATT	3	70291	70301	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51134869
61	NC_021436	CAGC	3	71743	71753	11	25 %	0 %	25 %	50 %	9 %	51134869
62	NC_021436	CTAG	3	74152	74164	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
63	NC_021436	ATTT	3	75413	75423	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51134870
64	NC_021436	T	14	80742	80755	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
65	NC_021436	AAGA	3	80763	80774	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_021436	AAG	4	80846	80857	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_021436	ATTTTA	3	81290	81307	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
68	NC_021436	GAATTC	3	83158	83174	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	51134870
69	NC_021436	TTCTTT	3	84942	84959	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
70	NC_021436	A	16	84971	84986	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_021436	ATT	4	86251	86262	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_021436	ATA	4	86390	86402	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_021436	ATT	4	86423	86434	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_021436	TTTCTT	3	87592	87610	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
75	NC_021436	ATT	4	87691	87702	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_021436	CTT	4	88856	88866	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
77	NC_021436	ATT	4	89937	89947	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_021436	AAC	4	90568	90580	13	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	51134870
79	NC_021436	ATTT	3	92590	92600	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_021436	AAAT	3	97894	97904	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_021436	CTAC	3	101232	101242	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
82	NC_021436	AATT	5	103425	103445	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_021436	TTAT	3	104935	104946	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021436	TAT	4	105038	105049	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_021436	TTAA	3	105453	105464	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021436	ATAA	3	106850	106861	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_021436	ATTT	3	108345	108356	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	51134871
88	NC_021436	TTATA	3	108641	108654	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_021436	T	16	110527	110542	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_021436	A	15	111739	111753	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_021436	TTCT	3	113313	113324	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
92	NC_021436	TTA	4	113974	113985	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_021436	A	16	115540	115555	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
94	NC_021436	GGA	4	115856	115867	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021436	TTTC	3	117347	117357	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
96	NC_021436	CTTT	3	119962	119972	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021436	TAAC	3	123149	123160	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021436	TGCT	3	123877	123887	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51134873
99	NC_021436	GCA	4	124506	124517	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51134873
100	NC_021436	GAAT	3	125346	125357	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51134873
101	NC_021436	TGCT	3	126101	126111	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
102	NC_021436	CAAT	3	126759	126770	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51134873
103	NC_021436	A	12	129715	129726	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021436	CTAG	3	130216	130228	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
105	NC_021436	GC	6	130334	130344	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	Non-Coding
106	NC_021436	A	13	131563	131575	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51134873
107	NC_021436	AATA	3	131627	131639	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	51134873
108	NC_021436	AATT	3	131874	131884	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51134873
109	NC_021436	TA	7	133577	133589	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51134873
110	NC_021436	TAT	4	134665	134676	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51134873
111	NC_021436	AAAT	3	134853	134864	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	51134873
112	NC_021436	AAAT	3	135022	135033	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51134873
113	NC_021436	ATTTT	3	138215	138229	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	51134873
114	NC_021436	ATAA	3	138571	138582	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51134873
115	NC_021436	TGTTTT	3	138905	138922	18	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	5 %	51134873
116	NC_021436	AATT	3	141259	141269	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_021436	AAATT	3	141318	141331	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_021436	CATG	3	143382	143393	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	51134873
119	NC_021436	AATT	3	144097	144107	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_021436	ATTT	4	145214	145228	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	51134874
121	NC_021436	AAAAT	3	146408	146422	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	51134874
122	NC_021436	AATTT	3	147311	147326	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
123	NC_021436	GTT	4	147439	147450	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_021436	TACA	3	149516	149527	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_021436	GCCT	3	150759	150769	11	0 %	25 %	25 %	50 %	9 %	Non-Coding
126	NC_021436	GAAAA	3	151507	151520	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	51134874
127	NC_021436	TTAA	3	151799	151809	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_021436	TAA	5	152833	152846	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_021436	TTA	4	155028	155038	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134874
130	NC_021436	TTTC	3	156241	156252	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51134874
131	NC_021436	TAT	4	156608	156618	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134874
132	NC_021436	AAAT	3	157250	157261	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51134874
133	NC_021436	A	14	157619	157632	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51134874
134	NC_021436	ATGT	3	158503	158513	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51134874
135	NC_021436	TTAA	3	159042	159053	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51134874
136	NC_021436	TTTC	3	162124	162135	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51134874
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138	NC_021436	T	14	167138	167151	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51134874
139	NC_021436	T	14	168005	168018	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51134874
140	NC_021436	AATT	3	169777	169787	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51134874
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142	NC_021436	T	12	174291	174302	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021436	TTATC	3	174576	174590	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
144	NC_021436	CTTT	3	174738	174748	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134875
145	NC_021436	A	14	176458	176471	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
146	NC_021436	AATT	3	176947	176957	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
147	NC_021436	TTTAT	3	178602	178615	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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150	NC_021436	TTGC	3	179604	179615	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
151	NC_021436	TTGC	3	180916	180927	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
152	NC_021436	ATTT	3	181439	181450	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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154	NC_021436	AACT	3	182302	182312	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
155	NC_021436	ACC	4	182371	182381	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	51134875
156	NC_021436	TGG	4	183500	183510	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
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164	NC_021436	ATTAA	3	189718	189732	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	51134876
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168	NC_021436	TTTA	3	192302	192314	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	51134876
169	NC_021436	TTAA	3	194080	194091	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51134876
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175	NC_021436	A	14	200577	200590	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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188	NC_021436	AATT	3	214503	214513	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51134876
189	NC_021436	TGCT	3	215538	215548	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51134876
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196	NC_021436	TATT	3	224973	224983	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
197	NC_021436	AATT	3	226339	226349	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
198	NC_021436	TATT	3	227010	227020	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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204	NC_021436	AAAT	3	232075	232086	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
205	NC_021436	ATT	4	232144	232154	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134878

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Rhizoctonia solani strain AG3 Rhs1AP mitochondrion