ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cymbidium mannii voucher KUN:YJB100602 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021433	AT	6	99	110	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021433	AAATAA	4	1391	1415	25	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_021433	ATGG	3	1437	1448	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
4	NC_021433	AATA	3	1582	1592	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_021433	AT	7	1656	1670	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_021433	TTC	4	1859	1870	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194356
7	NC_021433	TCT	4	4009	4020	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
8	NC_021433	ATT	4	4024	4034	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_021433	T	13	4041	4053	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021433	AAGAA	3	4510	4524	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
11	NC_021433	TCTCT	3	4900	4913	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51194357
12	NC_021433	T	12	5263	5274	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51194357
13	NC_021433	TTTCA	4	5518	5537	20	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	51194357
14	NC_021433	TA	6	5576	5587	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51194357
15	NC_021433	TAAA	3	6181	6192	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021433	TGAA	3	6350	6361	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_021433	GTTT	3	6585	6596	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_021433	CATTT	3	7255	7270	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
19	NC_021433	GA	6	8202	8213	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021433	CTAT	3	9941	9952	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_021433	TAGA	3	10163	10173	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194356
22	NC_021433	GTCT	3	11077	11088	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	51194356
23	NC_021433	AAAT	3	12309	12319	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51194356
24	NC_021433	CTTT	3	12634	12644	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194356
25	NC_021433	T	14	13235	13248	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021433	ACTA	3	13845	13856	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_021433	AT	6	14829	14839	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194357
28	NC_021433	A	12	15014	15025	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_021433	TGC	4	15629	15640	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51194358
30	NC_021433	TCTTTT	3	15907	15924	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
31	NC_021433	TTTA	3	16023	16033	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_021433	GTCT	3	16132	16142	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	51194355
33	NC_021433	TCAA	3	16341	16352	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51194355
34	NC_021433	CTGCT	3	16497	16510	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	51194355
35	NC_021433	AT	6	19492	19502	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194355
36	NC_021433	TCT	4	21741	21751	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51194355
37	NC_021433	TTC	4	22133	22144	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194355
38	NC_021433	TTCA	3	22213	22224	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51194355
39	NC_021433	GTT	4	23239	23250	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51194355
40	NC_021433	AGCT	3	27107	27118	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
41	NC_021433	TCTA	3	27190	27200	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
42	NC_021433	AAGT	3	28229	28239	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_021433	TATTTT	3	28577	28595	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
44	NC_021433	T	12	28612	28623	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021433	GAAA	3	28932	28942	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_021433	TGAA	3	29097	29108	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_021433	AT	6	29347	29357	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_021433	TAAT	3	29667	29682	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
49	NC_021433	TTCT	3	30396	30407	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_021433	AGTA	3	30751	30761	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_021433	AAAG	3	30864	30875	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_021433	TATAGA	3	31779	31797	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_021433	AAAG	4	31966	31981	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_021433	TAG	4	31982	31992	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_021433	CATATT	3	32050	32068	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
56	NC_021433	TAA	4	32242	32253	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_021433	GAAA	3	35270	35281	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194357
58	NC_021433	TTTA	3	36243	36253	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_021433	TTCT	3	36278	36288	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
60	NC_021433	TC	6	36881	36891	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51194360
61	NC_021433	AT	11	37098	37117	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
62	NC_021433	ACAA	3	38076	38087	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021433	ATG	4	39474	39484	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51194355
64	NC_021433	AAGA	3	40568	40579	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194355
65	NC_021433	AATG	3	40967	40978	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194355
66	NC_021433	TG	6	41409	41419	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51194355
67	NC_021433	TCTT	3	44097	44108	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194355
68	NC_021433	ATT	5	44494	44508	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	51194355
69	NC_021433	TTG	4	44792	44802	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51194355
70	NC_021433	GTT	4	45657	45668	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_021433	TC	6	45864	45875	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
72	NC_021433	AGAAAT	3	46009	46026	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
73	NC_021433	AGT	4	46518	46529	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51194358
74	NC_021433	TA	7	46919	46932	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_021433	TTC	4	47255	47266	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
76	NC_021433	AT	9	47542	47559	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_021433	TTGA	3	47836	47848	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_021433	TA	7	48250	48263	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_021433	TAA	4	48375	48386	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_021433	TCT	4	50003	50014	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194358
81	NC_021433	AAT	4	51553	51564	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_021433	CTA	4	51679	51690	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021433	ATT	4	53013	53025	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51194358
84	NC_021433	ATCATA	3	54717	54735	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	51194356
85	NC_021433	AATCC	3	54854	54868	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
86	NC_021433	T	40	54920	54959	40	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_021433	TA	7	55148	55161	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_021433	TTCA	3	55635	55645	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
89	NC_021433	TTG	4	55745	55755	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_021433	TA	7	57404	57419	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_021433	AAAG	3	57968	57978	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021433	TAT	4	59123	59134	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194356
93	NC_021433	AAAT	3	59520	59531	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	51194356
94	NC_021433	AAAT	3	59536	59546	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
95	NC_021433	ATCA	3	60412	60423	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
96	NC_021433	CTT	4	61670	61681	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_021433	TACAA	3	62599	62612	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
98	NC_021433	GAAA	3	63070	63082	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51194357
99	NC_021433	TTTC	3	64210	64221	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
100	NC_021433	AGAA	3	64241	64252	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_021433	CTA	4	64888	64899	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
102	NC_021433	AAAT	3	65825	65836	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_021433	TTTA	3	65877	65887	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_021433	TTA	4	65970	65981	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021433	A	14	67458	67471	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_021433	AAGA	3	67729	67740	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021433	AGA	5	67847	67862	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
108	NC_021433	ATTA	4	67907	67921	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_021433	TATAGA	3	68100	68116	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
110	NC_021433	CTTT	3	68126	68136	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_021433	GAAA	3	68395	68406	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194360
112	NC_021433	TCTT	3	69029	69040	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
113	NC_021433	TTC	4	69085	69097	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
114	NC_021433	T	17	69191	69207	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	51194359
115	NC_021433	TTTC	3	69595	69607	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
116	NC_021433	TTC	4	70750	70761	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194354
117	NC_021433	TAT	4	71415	71427	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51194354
118	NC_021433	AAAT	3	71483	71494	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51194354
119	NC_021433	ATT	4	72293	72305	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51194354
120	NC_021433	AATA	3	72568	72579	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51194354
121	NC_021433	TA	7	72951	72963	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51194354
122	NC_021433	TTTC	3	75204	75215	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194354
123	NC_021433	CAAT	3	76128	76139	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51194354
124	NC_021433	TATT	3	77408	77418	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51194354
125	NC_021433	TAGTAT	3	77772	77790	19	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	51194354
126	NC_021433	TA	6	77820	77830	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194354
127	NC_021433	AATG	3	78094	78104	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194354
128	NC_021433	AATC	4	79321	79336	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	51194354
129	NC_021433	CT	6	81173	81183	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51194354
130	NC_021433	TTTA	3	81686	81696	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	51194354
131	NC_021433	A	14	82267	82280	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51194354
132	NC_021433	CTTTTA	3	82342	82359	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	51194354
133	NC_021433	AAAG	3	82923	82933	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51194354
134	NC_021433	TTTA	3	83655	83666	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	51194354
135	NC_021433	TTCT	3	83723	83734	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194354
136	NC_021433	ATT	4	84184	84195	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194354
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138	NC_021433	AT	6	85191	85202	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51194354
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142	NC_021433	TTCT	3	89524	89534	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194354
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199	NC_021433	TAGA	3	144895	144906	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
200	NC_021433	TGAA	3	147043	147054	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194355
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206	NC_021433	ATC	4	152670	152680	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
207	NC_021433	CATT	3	154724	154734	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

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