ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cymbidium tortisepalum voucher KUN:HJL091027 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021431	TCATA	4	83	101	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
2	NC_021431	TAAA	4	1384	1398	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_021431	AATA	3	1616	1626	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021431	AT	7	1699	1713	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_021431	ATGG	3	2840	2852	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	51272140
6	NC_021431	ATA	7	3482	3503	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
7	NC_021431	A	29	3810	3838	29	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_021431	TCT	4	4095	4106	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021431	ATT	4	4110	4120	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_021431	T	25	4122	4146	25	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_021431	ATATAA	4	4705	4728	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_021431	ATAA	3	4739	4750	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_021431	AT	9	4752	4769	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_021431	AGAAAA	4	4819	4841	23	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	4 %	Non-Coding
15	NC_021431	TCTCT	3	5101	5114	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51272142
16	NC_021431	ATTT	3	6587	6597	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_021431	ATTTTC	3	6665	6683	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
18	NC_021431	A	16	6879	6894	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_021431	GA	6	8351	8362	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021431	TA	8	9835	9849	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_021431	T	12	9941	9952	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021431	CTAT	3	10060	10071	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021431	TAGA	3	10283	10293	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51272141
24	NC_021431	GTCT	3	11197	11208	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	51272141
25	NC_021431	AAAT	3	12429	12439	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51272141
26	NC_021431	CAAAAA	3	12488	12505	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	51272141
27	NC_021431	A	12	12501	12512	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51272141
28	NC_021431	AAAG	3	12518	12528	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51272141
29	NC_021431	CTTT	3	12788	12798	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51272141
30	NC_021431	T	14	13393	13406	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021431	ACTA	3	14027	14038	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
32	NC_021431	AT	6	14951	14961	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272142
33	NC_021431	TCT	4	15258	15268	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
34	NC_021431	GAATC	3	15362	15375	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	51272142
35	NC_021431	TGC	4	15750	15761	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51272142
36	NC_021431	TCTTTT	3	16028	16045	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
37	NC_021431	TTTA	3	16146	16156	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_021431	TCAA	3	16464	16475	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51272140
39	NC_021431	CTGCT	3	16620	16633	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	51272140
40	NC_021431	T	15	18243	18257	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	51272140
41	NC_021431	AT	6	19615	19625	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51272140
42	NC_021431	TCT	4	21887	21897	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51272140
43	NC_021431	TTC	4	22279	22290	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272140
44	NC_021431	TTCA	3	22359	22370	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51272140
45	NC_021431	A	16	22474	22489	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	51272140
46	NC_021431	GTT	4	23393	23404	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51272140
47	NC_021431	GAAA	3	26039	26051	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51272140
48	NC_021431	AT	6	26802	26812	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_021431	AGCT	3	27261	27272	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_021431	TCTA	3	27344	27354	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_021431	AATAGA	3	27915	27933	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_021431	AT	9	27968	27984	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_021431	TA	7	27986	27998	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_021431	AAGT	3	28483	28493	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_021431	GAAA	3	29143	29153	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_021431	AT	6	29552	29562	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021431	TAA	4	29848	29860	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_021431	TAA	4	29875	29887	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_021431	TATT	3	29895	29906	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_021431	AATT	3	29910	29921	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_021431	TTAA	3	29922	29933	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_021431	TCTT	3	30652	30663	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021431	AGTA	3	31006	31016	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_021431	AAAG	3	31127	31138	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_021431	TATAGA	3	32042	32060	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
66	NC_021431	TAAA	4	32239	32254	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
67	NC_021431	AGT	5	32254	32267	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_021431	TCATAT	3	32353	32371	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
69	NC_021431	TAA	4	32487	32498	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_021431	A	12	33160	33171	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_021431	TTCT	3	33797	33807	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
72	NC_021431	AGAA	3	33895	33905	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_021431	GAAA	3	35501	35512	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51272141
74	NC_021431	TTCT	3	36509	36519	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_021431	A	14	36797	36810	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_021431	TC	6	37113	37123	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51272145
77	NC_021431	AT	11	37340	37359	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
78	NC_021431	ATTCT	3	37844	37857	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
79	NC_021431	ACAA	3	38328	38339	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
80	NC_021431	ATG	4	39726	39736	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51272140
81	NC_021431	AAGA	3	40820	40831	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51272140
82	NC_021431	AATG	3	41219	41230	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51272140
83	NC_021431	TG	6	41661	41671	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51272140
84	NC_021431	TTTA	3	42967	42978	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_021431	T	14	43227	43240	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021431	TCTT	3	44361	44372	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51272140
87	NC_021431	ATT	4	44758	44769	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	51272140
88	NC_021431	TTG	4	45053	45063	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51272140
89	NC_021431	A	13	45330	45342	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51272140
90	NC_021431	TC	6	45884	45895	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
91	NC_021431	AGAAAT	3	46029	46046	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_021431	TAA	4	46379	46390	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51272143
93	NC_021431	AGT	4	46531	46542	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51272143
94	NC_021431	TA	9	46932	46949	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_021431	TTC	4	47293	47304	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
96	NC_021431	ATTT	6	47309	47330	22	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021431	CAAT	3	47467	47478	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
98	NC_021431	A	16	47506	47521	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_021431	AT	7	47582	47595	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_021431	TTGA	3	47871	47883	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_021431	TA	9	48264	48280	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_021431	T	14	48813	48826	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021431	TCT	4	50115	50126	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272143
104	NC_021431	T	12	51488	51499	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021431	AAT	4	51774	51785	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_021431	CTA	4	51900	51911	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
107	NC_021431	ATT	4	53229	53241	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51272143
108	NC_021431	ATCATA	3	54933	54951	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	51272141
109	NC_021431	AATCC	3	55070	55084	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
110	NC_021431	TA	7	55337	55350	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_021431	ATT	6	55552	55568	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
112	NC_021431	TAAT	3	55586	55596	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_021431	TTG	4	55860	55870	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_021431	TA	7	57519	57534	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
115	NC_021431	TAT	4	58622	58633	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51272141
116	NC_021431	TAT	4	59281	59292	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51272141
117	NC_021431	AAAT	3	59678	59689	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51272141
118	NC_021431	AAAT	3	59694	59704	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_021431	TTATAA	4	60004	60028	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_021431	TTAA	3	60367	60378	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_021431	CTT	4	61786	61797	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
122	NC_021431	TACAA	3	62707	62720	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
123	NC_021431	GAAA	3	63178	63190	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51272142
124	NC_021431	TAT	4	64089	64101	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_021431	TTA	4	65700	65711	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_021431	T	12	65836	65847	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021431	A	15	67173	67187	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_021431	AGA	5	67564	67579	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_021431	TATAGA	3	67830	67846	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
130	NC_021431	TTCTTT	4	67854	67877	24	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
131	NC_021431	GAAA	3	68131	68142	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51272145
132	NC_021431	TA	6	68294	68305	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_021431	TCTT	3	68764	68775	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
134	NC_021431	TTC	4	68820	68832	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
135	NC_021431	T	25	68923	68947	25	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51272144
136	NC_021431	TTTC	3	69340	69352	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
137	NC_021431	TTC	4	70502	70513	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51272139
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230	NC_021431	TAGA	3	145236	145247	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
231	NC_021431	TGAA	3	147384	147395	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51272139
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239	NC_021431	CATT	3	155053	155063	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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