ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cymbidium sinense voucher KUN:YJB100605 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021430	TCATA	4	83	101	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
2	NC_021430	TAAA	4	1372	1386	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_021430	AATA	3	1588	1598	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021430	AT	7	1671	1685	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_021430	ATGG	3	2812	2824	13	25 %	25 %	50 %	0 %	7 %	51194334
6	NC_021430	ATA	7	3446	3467	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
7	NC_021430	A	17	3762	3778	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
8	NC_021430	TCT	4	4032	4043	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021430	ATT	4	4047	4057	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_021430	T	24	4059	4082	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_021430	A	12	4644	4655	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_021430	TAAA	3	4656	4667	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_021430	AT	13	4669	4694	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_021430	AGAAAA	4	4734	4756	23	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	4 %	Non-Coding
15	NC_021430	TCTCT	3	5016	5029	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51194335
16	NC_021430	ATTT	3	6514	6524	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_021430	ATTTTC	3	6592	6610	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
18	NC_021430	A	16	6806	6821	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_021430	CATTT	3	7317	7332	16	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
20	NC_021430	GA	6	8278	8289	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_021430	TA	8	9762	9776	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
22	NC_021430	T	12	9868	9879	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_021430	CTAT	3	9987	9998	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
24	NC_021430	TAGA	3	10210	10220	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51194334
25	NC_021430	GTCT	3	11124	11135	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	51194334
26	NC_021430	AAAT	3	12356	12366	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51194335
27	NC_021430	CAAAAA	3	12415	12432	18	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	5 %	51194335
28	NC_021430	A	12	12428	12439	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51194335
29	NC_021430	AAAG	3	12445	12455	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51194335
30	NC_021430	CTTT	3	12715	12725	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51194335
31	NC_021430	T	13	13320	13332	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021430	ACTA	3	13953	13964	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
33	NC_021430	AT	6	14877	14887	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194336
34	NC_021430	TCT	4	15184	15194	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
35	NC_021430	GAATC	3	15288	15301	14	40 %	20 %	20 %	20 %	7 %	51194336
36	NC_021430	TGC	4	15676	15687	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51194336
37	NC_021430	TCTTTT	3	15954	15971	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
38	NC_021430	TTTA	3	16071	16081	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_021430	TCAA	3	16389	16400	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	51194333
40	NC_021430	CTGCT	3	16545	16558	14	0 %	40 %	20 %	40 %	7 %	51194333
41	NC_021430	T	15	18168	18182	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	51194333
42	NC_021430	AT	6	19540	19550	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51194333
43	NC_021430	TCT	4	21812	21822	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	51194334
44	NC_021430	TTC	4	22204	22215	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194334
45	NC_021430	TTCA	3	22284	22295	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51194334
46	NC_021430	A	16	22399	22414	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	51194334
47	NC_021430	GTT	4	23318	23329	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51194334
48	NC_021430	GAAA	3	25964	25976	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51194334
49	NC_021430	AT	6	26727	26737	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_021430	AGCT	3	27186	27197	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
51	NC_021430	TCTA	3	27269	27279	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_021430	AATAGA	3	27840	27858	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
53	NC_021430	AT	9	27893	27909	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
54	NC_021430	TA	7	27911	27923	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_021430	AAGT	3	28399	28409	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_021430	TTTTTC	3	28733	28750	18	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
57	NC_021430	GAAA	3	29073	29083	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_021430	AT	6	29482	29492	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
59	NC_021430	TAA	4	29778	29790	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_021430	TAA	4	29805	29817	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_021430	TATT	3	29825	29836	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_021430	AATT	3	29840	29851	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021430	TTAA	3	29852	29863	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_021430	TCTT	3	30582	30593	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
65	NC_021430	AAAG	3	31057	31068	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_021430	TATAGA	3	31972	31990	19	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_021430	TAAA	4	32141	32156	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
68	NC_021430	AGT	5	32156	32169	14	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_021430	TCATAT	3	32255	32273	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
70	NC_021430	TAA	4	32389	32400	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_021430	A	12	33062	33073	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_021430	TTCT	3	33699	33709	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
73	NC_021430	GAAA	3	35403	35414	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194335
74	NC_021430	TTCT	3	36411	36421	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
75	NC_021430	A	14	36699	36712	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_021430	TC	6	37015	37025	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	51194339
77	NC_021430	AT	11	37242	37261	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
78	NC_021430	ATTCT	3	37746	37759	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
79	NC_021430	ACAA	3	38230	38241	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
80	NC_021430	ATG	4	39628	39638	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51194334
81	NC_021430	AAGA	3	40722	40733	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194334
82	NC_021430	AATG	3	41121	41132	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51194334
83	NC_021430	TG	6	41563	41573	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51194334
84	NC_021430	TTTA	3	42869	42880	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_021430	T	14	43129	43142	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021430	TCTT	3	44263	44274	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	51194334
87	NC_021430	ATT	4	44660	44671	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	51194334
88	NC_021430	TTG	4	44955	44965	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51194334
89	NC_021430	A	13	45232	45244	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51194334
90	NC_021430	TC	6	45786	45797	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
91	NC_021430	AGAAAT	3	45931	45948	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
92	NC_021430	TAA	4	46281	46292	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51194336
93	NC_021430	AGT	4	46433	46444	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51194336
94	NC_021430	A	13	46725	46737	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_021430	TA	9	46836	46853	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_021430	TTC	4	47197	47208	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
97	NC_021430	CAAT	3	47358	47369	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
98	NC_021430	A	17	47397	47413	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
99	NC_021430	AT	7	47474	47487	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_021430	TTGA	3	47763	47775	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_021430	TA	9	48156	48172	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
102	NC_021430	TCTT	4	48708	48723	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
103	NC_021430	T	14	48718	48731	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021430	TCT	4	50020	50031	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194337
105	NC_021430	T	12	51393	51404	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_021430	AAT	4	51671	51682	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_021430	CTA	4	51797	51808	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
108	NC_021430	ATT	4	53126	53138	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	51194337
109	NC_021430	ATCATA	3	54830	54848	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	51194335
110	NC_021430	AATCC	3	54967	54981	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
111	NC_021430	TA	7	55234	55247	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_021430	ATT	6	55449	55465	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
113	NC_021430	TAAT	3	55483	55493	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_021430	TTG	4	55770	55780	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_021430	TA	7	57429	57444	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_021430	TAT	4	58505	58516	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194335
117	NC_021430	TAT	4	59164	59175	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51194335
118	NC_021430	AAAT	3	59561	59572	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	51194335
119	NC_021430	AAAT	3	59577	59587	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
120	NC_021430	TTATAA	4	59933	59957	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
121	NC_021430	TTAA	3	60296	60307	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_021430	A	12	61216	61227	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_021430	CTT	4	61716	61727	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
124	NC_021430	TACAA	3	62647	62660	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
125	NC_021430	GAAA	3	63118	63130	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	51194336
126	NC_021430	T	13	63820	63832	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_021430	TAT	4	64031	64043	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_021430	TTA	4	65642	65653	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
129	NC_021430	T	12	65778	65789	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021430	A	19	67101	67119	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
131	NC_021430	AGA	5	67496	67511	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
132	NC_021430	ATTA	6	67556	67578	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_021430	TTCTTT	4	67811	67834	24	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
134	NC_021430	GAAA	3	68088	68099	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51194339
135	NC_021430	TA	6	68251	68262	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_021430	TCTT	3	68721	68732	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_021430	TTC	4	68777	68789	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
138	NC_021430	T	24	68880	68903	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51194337
139	NC_021430	TTTC	3	69296	69308	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
140	NC_021430	TTC	4	70458	70469	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51194333
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233	NC_021430	TAGA	3	145148	145159	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
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241	NC_021430	ATC	4	152920	152930	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
242	NC_021430	CATT	3	154974	154984	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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