ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Cymbidium aloifolium voucher KUN:YJB100604 chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_021429TCATA31001141540 %40 %0 %20 %0 %Non-Coding
2NC_021429AT61211321250 %50 %0 %0 %0 %Non-Coding
3NC_021429A181417143418100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
4NC_021429ATGG3146114721225 %25 %50 %0 %8 %Non-Coding
5NC_021429AATA3160616161175 %25 %0 %0 %9 %Non-Coding
6NC_021429AT7168016941550 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
7NC_021429TTC418731884120 %66.67 %0 %33.33 %8 %52085049
8NC_021429ATA4345434651266.67 %33.33 %0 %0 %0 %Non-Coding
9NC_021429TAA4376837791266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
10NC_021429A173775379117100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
11NC_021429TCT440454056120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
12NC_021429A154549456315100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
13NC_021429AAAT3461046211275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
14NC_021429TCTCT349114924140 %60 %0 %40 %7 %52085050
15NC_021429T2252725293220 %100 %0 %0 %9 %52085050
16NC_021429TTTCA4553755562020 %60 %0 %20 %5 %52085050
17NC_021429ATA4637563851166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
18NC_021429AAAG3641464251275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
19NC_021429ATTT3649965091125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
20NC_021429ATTTTC3657765951916.67 %66.67 %0 %16.67 %10 %Non-Coding
21NC_021429A166799681416100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
22NC_021429ATTT3721872291225 %75 %0 %0 %0 %Non-Coding
23NC_021429CATTT3729673111620 %60 %0 %20 %6 %Non-Coding
24NC_021429GT679107920110 %50 %50 %0 %9 %Non-Coding
25NC_021429GA6824382541250 %0 %50 %0 %8 %Non-Coding
26NC_021429CTAT3995499651225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
27NC_021429GTCT31109011101120 %50 %25 %25 %0 %52085049
28NC_021429AAAT312322123321175 %25 %0 %0 %9 %52085050
29NC_021429TTAT312359123701225 %75 %0 %0 %0 %52085050
30NC_021429CAAAAA312381123981883.33 %0 %0 %16.67 %5 %52085050
31NC_021429AAAG312423124331175 %0 %25 %0 %9 %52085050
32NC_021429CTTT31270612716110 %75 %0 %25 %9 %52085050
33NC_021429T121331113322120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
34NC_021429ACTA313919139301250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
35NC_021429AT614903149131150 %50 %0 %0 %9 %52085051
36NC_021429A12150881509912100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
37NC_021429TCT41521115221110 %66.67 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
38NC_021429GAATC315315153281440 %20 %20 %20 %7 %52085051
39NC_021429TGC41570315714120 %33.33 %33.33 %33.33 %8 %52085051
40NC_021429TCTTTT31598115998180 %83.33 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
41NC_021429TTTA316099161091125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
42NC_021429TCAA316417164281250 %25 %0 %25 %8 %52085048
43NC_021429CTGCT31657316586140 %40 %20 %40 %7 %52085048
44NC_021429AT619568195781150 %50 %0 %0 %9 %52085048
45NC_021429TCT42184021850110 %66.67 %0 %33.33 %9 %52085049
46NC_021429TTC42223222243120 %66.67 %0 %33.33 %8 %52085049
47NC_021429TTCA322312223231225 %50 %0 %25 %8 %52085049
48NC_021429TAAAAA322414224311883.33 %16.67 %0 %0 %5 %52085049
49NC_021429GTT42334823359120 %66.67 %33.33 %0 %8 %52085049
50NC_021429GAAA325994260061375 %0 %25 %0 %7 %52085049
51NC_021429ATCT327212272231225 %50 %0 %25 %8 %Non-Coding
52NC_021429CTAT327300273101125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
53NC_021429AAGT328352283621150 %25 %25 %0 %9 %Non-Coding
54NC_021429TATTTT328698287161916.67 %83.33 %0 %0 %5 %Non-Coding
55NC_021429GAAA329051290611175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
56NC_021429TGAA329216292271250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
57NC_021429ATA429767297781266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
58NC_021429TAAT329785298001650 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
59NC_021429TTCT33050530516120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
60NC_021429AGTA330861308711150 %25 %25 %0 %9 %Non-Coding
61NC_021429AAAG330974309851275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
62NC_021429TA731867318801450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
63NC_021429AAAG432060320751675 %0 %25 %0 %6 %Non-Coding
64NC_021429TAG432076320861133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
65NC_021429TAA432318323291266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
66NC_021429TGAAAA332846328631866.67 %16.67 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
67NC_021429A16330023301716100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
68NC_021429TTCT33365233662110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
69NC_021429GAAA335356353671275 %0 %25 %0 %8 %52085050
70NC_021429TTCT33638536395110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
71NC_021429TC63698536995110 %50 %0 %50 %9 %52085054
72NC_021429AT637120371301150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
73NC_021429AT1137202372212050 %50 %0 %0 %10 %Non-Coding
74NC_021429ACAA338188381991275 %0 %0 %25 %8 %Non-Coding
75NC_021429ATG439586395961133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %52085049
76NC_021429AAGA340680406911275 %0 %25 %0 %8 %52085049
77NC_021429AATG341079410901250 %25 %25 %0 %8 %52085049
78NC_021429TG64152141531110 %50 %50 %0 %9 %52085049
79NC_021429TTTA342827428381225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
80NC_021429T124306843079120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
81NC_021429TCTT34421144222120 %75 %0 %25 %8 %52085049
82NC_021429ATT544608446221533.33 %66.67 %0 %0 %6 %52085049
83NC_021429TTG44490644916110 %66.67 %33.33 %0 %9 %52085049
84NC_021429GTT44577345784120 %66.67 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
85NC_021429TC64598145992120 %50 %0 %50 %8 %Non-Coding
86NC_021429AGAAAT346126461431866.67 %16.67 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
87NC_021429AGT446627466381233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %52085051
88NC_021429TA847028470431650 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
89NC_021429TTC44736647377120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
90NC_021429CATA347641476521250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
91NC_021429TA647653476641250 %50 %0 %0 %8 %Non-Coding
92NC_021429TTGA347945479571325 %50 %25 %0 %7 %Non-Coding
93NC_021429AT648340483521350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
94NC_021429TAA448457484681266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
95NC_021429TATAT349396494101540 %60 %0 %0 %0 %Non-Coding
96NC_021429TCT45007350084120 %66.67 %0 %33.33 %8 %52085052
97NC_021429TCTTAT451600516252616.67 %66.67 %0 %16.67 %7 %Non-Coding
98NC_021429CTA451879518901233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
99NC_021429T165288252897160 %100 %0 %0 %6 %Non-Coding
100NC_021429ATT453214532261333.33 %66.67 %0 %0 %7 %52085052
101NC_021429ATCATA354918549361950 %33.33 %0 %16.67 %5 %52085050
102NC_021429AATCC355055550691540 %20 %0 %40 %6 %Non-Coding
103NC_021429T195512655144190 %100 %0 %0 %5 %Non-Coding
104NC_021429TA855329553441650 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
105NC_021429TA1155371553912150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
106NC_021429T125570455715120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
107NC_021429TTCA355902559121125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
108NC_021429TTG45600356013110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
109NC_021429AAAG358226582361175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
110NC_021429TAT459381593921233.33 %66.67 %0 %0 %8 %52085050
111NC_021429AAAT359778597891275 %25 %0 %0 %0 %52085050
112NC_021429ATCA360668606791250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
113NC_021429GAAAAA361434614511883.33 %0 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
114NC_021429CTT46194061951120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
115NC_021429TACAA362871628841460 %20 %0 %20 %7 %Non-Coding
116NC_021429GAAA363342633541375 %0 %25 %0 %7 %52085051
117NC_021429TTTAT364032640461520 %80 %0 %0 %0 %Non-Coding
118NC_021429TTTTC36446464477140 %80 %0 %20 %7 %Non-Coding
119NC_021429TA764484644971450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
120NC_021429CTA465183651941233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
121NC_021429T126640266413120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
122NC_021429TAGA467490675051650 %25 %25 %0 %6 %Non-Coding
123NC_021429A16677536776816100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
124NC_021429AGA568145681601666.67 %0 %33.33 %0 %6 %Non-Coding
125NC_021429TATAGA368411684271750 %33.33 %16.67 %0 %5 %Non-Coding
126NC_021429TTCTTT46843568458240 %83.33 %0 %16.67 %8 %Non-Coding
127NC_021429GAAA368712687231275 %0 %25 %0 %8 %52085054
128NC_021429TA768875688881450 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
129NC_021429TCTT36934869359120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
130NC_021429TTC46940469416130 %66.67 %0 %33.33 %7 %Non-Coding
131NC_021429T166951069525160 %100 %0 %0 %6 %52085052
132NC_021429TTTC36991369925130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
133NC_021429TTC47106871079120 %66.67 %0 %33.33 %8 %52085048
134NC_021429AAAG371553715631175 %0 %25 %0 %9 %52085048
135NC_021429TAT471733717451333.33 %66.67 %0 %0 %7 %52085048
136NC_021429T137222672238130 %100 %0 %0 %0 %52085048
137NC_021429ATT472616726281333.33 %66.67 %0 %0 %7 %52085048
138NC_021429AATA372930729411275 %25 %0 %0 %8 %52085048
139NC_021429TTCTT47320073219200 %80 %0 %20 %5 %52085048
140NC_021429TATAG373313733271540 %40 %20 %0 %6 %52085048
141NC_021429TA1173333733532150 %50 %0 %0 %9 %52085048
142NC_021429TTTC37567775688120 %75 %0 %25 %8 %52085048
143NC_021429A13768107682213100 %0 %0 %0 %7 %52085048
144NC_021429TATT377882778921125 %75 %0 %0 %9 %52085048
145NC_021429AT677980779911250 %50 %0 %0 %8 %52085048
146NC_021429TAGTAT378250782681933.33 %50 %16.67 %0 %5 %52085048
147NC_021429TA678305783151150 %50 %0 %0 %9 %52085048
148NC_021429AATG378577785871150 %25 %25 %0 %9 %52085048
149NC_021429AATC479806798211650 %25 %0 %25 %6 %52085048
150NC_021429CT68165881668110 %50 %0 %50 %9 %52085048
151NC_021429TTTA382171821811125 %75 %0 %0 %9 %52085048
152NC_021429CTTTTA382791828081816.67 %66.67 %0 %16.67 %5 %52085048
153NC_021429ATTT683953839742225 %75 %0 %0 %9 %52085048
154NC_021429TTCT38414184152120 %75 %0 %25 %8 %52085048
155NC_021429AT685620856311250 %50 %0 %0 %8 %52085048
156NC_021429GAA486386863961166.67 %0 %33.33 %0 %9 %52085048
157NC_021429CTT48642186432120 %66.67 %0 %33.33 %8 %52085048
158NC_021429GAT488260882701133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %52085048
159NC_021429GCAA388669886791150 %0 %25 %25 %9 %52085048
160NC_021429TTCT38994389953110 %75 %0 %25 %9 %52085048
161NC_021429GAT491276912871233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %52085048
162NC_021429GA691701917111150 %0 %50 %0 %9 %52085048
163NC_021429TGAT392934929461325 %50 %25 %0 %7 %52085048
164NC_021429TGA492985929961233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %52085048
165NC_021429TTTC39388593896120 %75 %0 %25 %8 %52085048
166NC_021429TCTA396034960451225 %50 %0 %25 %8 %52085048
167NC_021429TTTGTT39975699774190 %83.33 %16.67 %0 %10 %52085048
168NC_021429TAC41006571006681233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %52085048
169NC_021429AAG41010651010761266.67 %0 %33.33 %0 %8 %52085056
170NC_021429T14101183101196140 %100 %0 %0 %7 %52085056
171NC_021429TAT41016181016281133.33 %66.67 %0 %0 %9 %52085056
172NC_021429ATTAG41016811016991940 %40 %20 %0 %10 %52085056
173NC_021429TCTA31053501053611225 %50 %0 %25 %8 %52085056
174NC_021429GAGG31081801081911225 %0 %75 %0 %8 %52085056
175NC_021429AGGT31083921084031225 %25 %50 %0 %8 %52085056
176NC_021429TAAG31095121095221150 %25 %25 %0 %9 %52085056
177NC_021429ATTC31108191108291125 %50 %0 %25 %9 %52085056
178NC_021429TGAA51108431108611950 %25 %25 %0 %10 %52085056
179NC_021429GAAA31123011123131375 %0 %25 %0 %7 %52085056
180NC_021429TA61123431123541250 %50 %0 %0 %8 %52085056
181NC_021429A1611301011302516100 %0 %0 %0 %6 %52085056
182NC_021429AAG41136461136571266.67 %0 %33.33 %0 %8 %52085056
183NC_021429ATA41145851145961266.67 %33.33 %0 %0 %8 %52085056
184NC_021429TTTA31146521146621125 %75 %0 %0 %9 %52085056
185NC_021429ATA41150891151011366.67 %33.33 %0 %0 %7 %52085056
186NC_021429AAAT31153951154061275 %25 %0 %0 %8 %52085056
187NC_021429TATTT31155411155541420 %80 %0 %0 %7 %52085056
188NC_021429TTA41159371159491333.33 %66.67 %0 %0 %7 %52085056
189NC_021429TAGA31174851174951150 %25 %25 %0 %9 %52085056
190NC_021429ATGA31194151194261250 %25 %25 %0 %8 %52085056
191NC_021429ATATT31203211203351540 %60 %0 %0 %6 %52085056
192NC_021429TAC41207931208041233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %52085056
193NC_021429TTTC3121080121090110 %75 %0 %25 %9 %52085056
194NC_021429ATTTCT31216741216921916.67 %66.67 %0 %16.67 %10 %52085056
195NC_021429AAGA31226381226491275 %0 %25 %0 %0 %52085056
196NC_021429TTA41226801226901133.33 %66.67 %0 %0 %9 %52085056
197NC_021429A1612515612517116100 %0 %0 %0 %6 %52085056
198NC_021429TAA41251661251771266.67 %33.33 %0 %0 %8 %52085056
199NC_021429AAGA31251851251961275 %0 %25 %0 %8 %52085056
200NC_021429ATA41252211252321266.67 %33.33 %0 %0 %8 %52085056
201NC_021429ATA41255791255901266.67 %33.33 %0 %0 %8 %52085056
202NC_021429TTCC3126382126394130 %50 %0 %50 %7 %52085056
203NC_021429T14126740126753140 %100 %0 %0 %7 %52085056
204NC_021429TTAT31272851272961225 %75 %0 %0 %8 %52085056
205NC_021429TTTG3127331127342120 %75 %25 %0 %8 %52085056
206NC_021429CATT31275451275561225 %50 %0 %25 %0 %52085056
207NC_021429CTT4127861127872120 %66.67 %0 %33.33 %8 %52085056
208NC_021429TTGATT31281471281651916.67 %66.67 %16.67 %0 %5 %52085056
209NC_021429TTCA31282881283001325 %50 %0 %25 %7 %52085056
210NC_021429TTC5129449129463150 %66.67 %0 %33.33 %6 %52085056
211NC_021429T13129556129568130 %100 %0 %0 %7 %52085056
212NC_021429T14129800129813140 %100 %0 %0 %0 %52085056
213NC_021429CAT41298141298241133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %52085056
214NC_021429TTTC3130226130238130 %75 %0 %25 %7 %52085056
215NC_021429CTTT4130491130506160 %75 %0 %25 %6 %52085056
216NC_021429ATGA31317041317151250 %25 %25 %0 %8 %52085056
217NC_021429CTTA31330171330271125 %50 %0 %25 %9 %52085056
218NC_021429A1214029114030212100 %0 %0 %0 %8 %52085056
219NC_021429GAAT31412231412331150 %25 %25 %0 %9 %52085056
220NC_021429GAG41413001413111233.33 %0 %66.67 %0 %8 %52085056
221NC_021429GTA41418781418891233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %52085056
222NC_021429TAGA31465011465121250 %25 %25 %0 %8 %Non-Coding
223NC_021429TGAA31486491486601250 %25 %25 %0 %8 %52085048
224NC_021429ATCA31496001496121350 %25 %0 %25 %7 %52085048
225NC_021429TGAT31496951497071325 %50 %25 %0 %7 %52085048
226NC_021429TC6150835150845110 %50 %0 %50 %9 %52085048
227NC_021429ATC41512591512701233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %52085048
228NC_021429ATTT31524661524771225 %75 %0 %0 %8 %52085048
229NC_021429TTGC3153867153877110 %50 %25 %25 %9 %52085048
230NC_021429ATC41542761542861133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
231NC_021429CATT31563301563401125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding