ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pharus latifolius chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021372	CAG	4	690	701	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51134756
2	NC_021372	AAGT	3	796	806	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51134756
3	NC_021372	AT	6	1258	1268	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021372	AAAAT	3	2324	2337	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	51134756
5	NC_021372	TCTTT	3	2639	2653	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	51134756
6	NC_021372	AAAAG	3	3627	3641	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_021372	ATAA	5	4458	4478	21	75 %	25 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
8	NC_021372	TTTA	3	4598	4609	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021372	TCTCT	3	4782	4795	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	51134756
10	NC_021372	TTG	4	5143	5154	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	51134756
11	NC_021372	TTCT	3	5246	5256	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134756
12	NC_021372	ATAGAA	3	5323	5340	18	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	51134756
13	NC_021372	ATAA	3	5508	5518	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	51134756
14	NC_021372	CATAT	3	5913	5927	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
15	NC_021372	TTTAA	3	6085	6098	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_021372	CTTAC	3	6419	6434	16	20 %	40 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
17	NC_021372	TAAA	3	6513	6523	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_021372	AT	6	6530	6541	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_021372	CATA	3	6542	6553	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021372	AAAG	3	7564	7574	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021372	TTCT	3	7811	7821	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134756
22	NC_021372	AAATTC	3	7916	7933	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
23	NC_021372	GAAA	3	11023	11034	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51134756
24	NC_021372	TTG	4	11428	11438	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	51134756
25	NC_021372	AG	6	12140	12150	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_021372	TAAG	3	12434	12444	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_021372	TAT	4	12496	12506	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_021372	TA	6	13198	13210	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_021372	ATCTA	3	13839	13852	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
30	NC_021372	TTTA	3	14231	14241	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_021372	TTAA	3	14656	14668	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_021372	T	26	15384	15409	26	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_021372	AT	9	15613	15630	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_021372	AGAT	3	15631	15642	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_021372	T	13	15875	15887	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
36	NC_021372	GTAT	3	16784	16794	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_021372	TATT	3	17283	17294	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_021372	ATAA	3	17504	17515	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021372	A	14	17983	17996	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
40	NC_021372	TAT	4	18250	18260	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_021372	TTTC	3	18312	18322	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
42	NC_021372	A	25	18351	18375	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_021372	GTAAAA	3	18477	18495	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
44	NC_021372	ATCT	6	18827	18851	25	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
45	NC_021372	CTAT	4	18852	18868	17	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
46	NC_021372	ATT	5	19134	19149	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
47	NC_021372	T	13	19158	19170	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_021372	ATCA	3	19420	19430	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_021372	TTTC	3	19767	19778	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
50	NC_021372	CCA	4	20130	20141	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
51	NC_021372	T	12	20568	20579	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021372	ATA	4	20640	20650	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_021372	AATA	3	20787	20797	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_021372	AT	6	20812	20824	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_021372	TGGA	3	20886	20897	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_021372	CTA	4	20980	20991	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
57	NC_021372	TTTC	3	22102	22114	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	51134757
58	NC_021372	AAAAG	3	22897	22910	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	51134757
59	NC_021372	AAC	4	24779	24790	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	51134757
60	NC_021372	AAT	4	26467	26478	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	51134757
61	NC_021372	AGAA	3	26692	26703	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51134757
62	NC_021372	AT	6	27755	27765	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51134757
63	NC_021372	TTCA	3	29353	29363	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51134757
64	NC_021372	CTTA	3	30305	30315	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51134757
65	NC_021372	A	14	31353	31366	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	51134757
66	NC_021372	ATT	4	31655	31667	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_021372	A	17	31729	31745	17	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021372	AGA	4	32135	32145	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	51134757
69	NC_021372	AT	8	32589	32603	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
70	NC_021372	AT	6	32616	32626	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_021372	GTT	5	33355	33369	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	51134757
72	NC_021372	T	13	33522	33534	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021372	AT	6	33837	33847	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_021372	T	23	34272	34294	23	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021372	A	12	35674	35685	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	51134757
76	NC_021372	ATT	4	35740	35751	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	51134757
77	NC_021372	AGG	4	37198	37209	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	51134757
78	NC_021372	TCTTAG	3	38151	38169	19	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
79	NC_021372	TCC	4	39028	39039	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
80	NC_021372	ATG	4	40474	40484	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51134758
81	NC_021372	AAGA	3	41568	41579	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	51134758
82	NC_021372	GCA	4	42372	42383	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	51134758
83	NC_021372	TG	6	42409	42419	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	51134758
84	NC_021372	CTAG	3	42511	42523	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	51134758
85	NC_021372	AAG	4	44560	44571	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51134758
86	NC_021372	AGT	4	44962	44972	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	51134758
87	NC_021372	TTTC	3	45114	45124	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134758
88	NC_021372	GTAA	3	46158	46168	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	51134758
89	NC_021372	GGGGAA	3	47170	47188	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_021372	AGT	4	47564	47575	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	51134758
91	NC_021372	TA	6	47993	48003	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021372	ATCTTA	3	48262	48280	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
93	NC_021372	A	12	48317	48328	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_021372	T	14	48637	48650	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021372	AGAA	3	48793	48804	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_021372	TTGA	3	49109	49121	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_021372	TTA	5	49900	49915	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_021372	CAT	4	50803	50813	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	51134758
99	NC_021372	T	14	51964	51977	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_021372	ATAAAA	3	54130	54148	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_021372	TAGG	6	54297	54319	23	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_021372	GCAA	3	58453	58464	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	51134759
103	NC_021372	TATT	3	59447	59458	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_021372	TAT	4	59523	59534	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021372	TTGAA	3	61436	61450	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	51134759
106	NC_021372	GAA	4	61464	61474	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_021372	A	15	61788	61802	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
108	NC_021372	ATGA	3	62540	62551	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	51134759
109	NC_021372	ATTC	3	62552	62562	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
110	NC_021372	ATTC	3	62659	62669	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
111	NC_021372	TTGAA	3	66773	66787	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
112	NC_021372	T	17	67085	67101	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021372	AGAA	4	67361	67375	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
114	NC_021372	AGAA	3	70983	70994	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	51134763
115	NC_021372	TTC	4	71020	71031	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51134763
116	NC_021372	TTC	4	71080	71091	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	51134763
117	NC_021372	T	12	74152	74163	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	51134763
118	NC_021372	TTTA	4	74354	74370	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	51134763
119	NC_021372	AT	6	75370	75380	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	51134763
120	NC_021372	T	13	75821	75833	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	51134763
121	NC_021372	AGA	4	76973	76984	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51134763
122	NC_021372	TAT	4	78057	78067	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134763
123	NC_021372	ATT	4	78633	78643	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	51134763
124	NC_021372	A	19	78917	78935	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	51134763
125	NC_021372	TTCT	3	79227	79237	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134763
126	NC_021372	TTTTC	4	79797	79815	19	0 %	80 %	0 %	20 %	10 %	51134763
127	NC_021372	TTCT	3	81572	81583	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	51134763
128	NC_021372	GTTA	3	81750	81760	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	51134763
129	NC_021372	T	15	81810	81824	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	51134763
130	NC_021372	GATC	3	88460	88471	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	51134763
131	NC_021372	TA	7	88806	88819	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	51134763
132	NC_021372	TA	6	88858	88869	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	51134763
133	NC_021372	TCAAAA	4	89888	89911	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	51134763
134	NC_021372	ATA	4	92210	92220	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	51134763
135	NC_021372	TTTGTT	3	93130	93148	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	51134763
136	NC_021372	TTCT	3	93269	93279	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	51134763
137	NC_021372	TAC	4	94027	94038	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	51134763
138	NC_021372	AAG	4	94425	94436	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	51134759
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140	NC_021372	CTAT	3	98703	98714	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	51134759
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169	NC_021372	AGAA	3	132138	132148	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	51134763
170	NC_021372	GAAAA	3	132697	132712	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
171	NC_021372	TTTTGA	4	135506	135529	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
172	NC_021372	GGCAAT	3	136327	136344	18	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
173	NC_021372	TA	6	136550	136561	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
174	NC_021372	TA	6	136600	136613	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
175	NC_021372	TCTTCA	3	137695	137712	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
176	NC_021372	TGAA	3	138837	138848	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
177	NC_021372	CATT	3	141647	141657	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	51134763

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pharus latifolius chloroplast