ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pyropia haitanensis voucher PH-38 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021189	AGA	4	1300	1311	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50100011
2	NC_021189	TCTT	3	3316	3326	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50100011
3	NC_021189	TCT	4	3866	3876	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50100011
4	NC_021189	TATT	3	4376	4386	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100011
5	NC_021189	AAT	4	4629	4639	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100011
6	NC_021189	AT	7	5584	5598	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_021189	TATC	3	6209	6219	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50100012
8	NC_021189	TAAA	3	6524	6535	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	50100012
9	NC_021189	TGA	4	6707	6718	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50100012
10	NC_021189	AATT	3	7170	7182	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_021189	AGT	4	7978	7989	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50100012
12	NC_021189	AAT	4	8578	8589	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_021189	TA	7	8623	8636	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
14	NC_021189	AT	6	10845	10855	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_021189	TA	6	11353	11363	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_021189	AATT	3	14133	14144	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50100013
17	NC_021189	TGAT	3	15139	15149	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	50100013
18	NC_021189	TTAT	3	16243	16253	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
19	NC_021189	ATA	4	16548	16558	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100013
20	NC_021189	AAT	4	17316	17327	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100013
21	NC_021189	TCT	4	20163	20174	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100013
22	NC_021189	CTG	7	20425	20445	21	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	4 %	50100013
23	NC_021189	TAT	4	21051	21061	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100014
24	NC_021189	ATA	4	21114	21125	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100014
25	NC_021189	ATTTTT	3	21806	21824	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	50100014
26	NC_021189	TGAT	3	22519	22529	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	50100014
27	NC_021189	TTAA	3	24373	24384	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_021189	ATTT	3	25379	25389	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100014
29	NC_021189	TA	6	25464	25474	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100014
30	NC_021189	ATGA	3	25868	25879	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	50100014
31	NC_021189	AT	6	27478	27488	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100014
32	NC_021189	TAT	7	27505	27525	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100014
33	NC_021189	TTAT	3	28831	28842	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50100015
34	NC_021189	TTA	4	29094	29105	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100015
35	NC_021189	CTG	4	30195	30206	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	50100015
36	NC_021189	ACTCT	3	30399	30412	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	50100015
37	NC_021189	TTCC	3	31065	31076	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	50100015
38	NC_021189	ATT	4	31271	31281	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100015
39	NC_021189	TTAA	3	31684	31695	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50100015
40	NC_021189	AAGA	3	34001	34011	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	50100015
41	NC_021189	ATT	4	34487	34499	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100016
42	NC_021189	AAAC	3	34690	34701	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	50100016
43	NC_021189	CT	6	35015	35025	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	50100016
44	NC_021189	ATA	5	35135	35148	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50100016
45	NC_021189	AAT	4	35424	35434	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100016
46	NC_021189	ACTTT	3	35760	35774	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	50100016
47	NC_021189	ATA	5	36969	36983	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	50100016
48	NC_021189	CTAT	3	37320	37331	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50100016
49	NC_021189	ATT	4	37675	37686	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100016
50	NC_021189	AGTT	3	38170	38180	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_021189	AT	6	38374	38385	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_021189	TTTA	3	38446	38456	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100016
53	NC_021189	AT	6	40101	40111	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100016
54	NC_021189	CTTTTT	3	40674	40692	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	50100016
55	NC_021189	TAA	4	42058	42069	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100016
56	NC_021189	AG	6	42675	42685	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	50100016
57	NC_021189	TAG	4	43002	43012	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50100016
58	NC_021189	TTAA	3	47792	47803	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_021189	ATTTTG	3	54634	54651	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	50100017
60	NC_021189	AATT	3	55191	55202	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_021189	TTTA	3	58642	58652	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100018
62	NC_021189	TGTC	3	58890	58901	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021189	AAAT	3	59268	59279	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_021189	AT	7	59430	59443	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50100018
65	NC_021189	ATA	4	59844	59856	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
66	NC_021189	ATA	4	59861	59871	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_021189	ATTA	3	60061	60072	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50100018
68	NC_021189	TTAA	3	61178	61188	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100018
69	NC_021189	ATA	4	61862	61873	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	50100018
70	NC_021189	TCA	4	62567	62578	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100018
71	NC_021189	TTATT	3	62618	62631	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	50100018
72	NC_021189	TTAA	3	65337	65349	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50100018
73	NC_021189	TATT	3	65812	65823	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_021189	AATGCT	3	68705	68722	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	50100019
75	NC_021189	TGC	4	69644	69654	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	50100019
76	NC_021189	TTTATT	3	70274	70291	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	50100019
77	NC_021189	TAT	5	70784	70797	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100019
78	NC_021189	AT	6	71059	71070	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_021189	CTT	4	73652	73663	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100019
80	NC_021189	CATC	3	73799	73811	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	50100019
81	NC_021189	TAAAA	3	74691	74704	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_021189	ATT	4	74732	74743	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021189	ATC	4	74787	74797	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100019
84	NC_021189	TA	7	76510	76522	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_021189	ATT	4	76598	76609	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100019
86	NC_021189	TCTG	3	77641	77652	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	50100020
87	NC_021189	TAAA	3	78148	78159	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_021189	TATT	3	78238	78248	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100020
89	NC_021189	AGT	4	78531	78541	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50100020
90	NC_021189	TTA	4	79009	79019	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_021189	TTA	4	79138	79148	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021189	TAT	4	79147	79158	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_021189	TTTA	3	80104	80114	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100020
94	NC_021189	AAAT	3	82079	82090	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50100020
95	NC_021189	AAAT	3	82398	82408	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_021189	TA	6	82574	82584	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_021189	TA	6	82589	82599	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_021189	AGA	4	82698	82709	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50100020
99	NC_021189	TA	6	83597	83607	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_021189	ATTT	3	83808	83818	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100020
101	NC_021189	TA	6	83916	83926	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100020
102	NC_021189	TA	6	85717	85727	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_021189	TAA	4	85993	86004	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100021
104	NC_021189	TCA	4	87320	87331	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100021
105	NC_021189	TAA	4	88550	88560	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100021
106	NC_021189	ATTAGC	3	89720	89737	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	50100021
107	NC_021189	AAT	4	89928	89939	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100021
108	NC_021189	TAC	4	90301	90313	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	50100021
109	NC_021189	AATT	3	90932	90944	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_021189	TTAA	3	91004	91014	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100021
111	NC_021189	TCC	4	94069	94080	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	50100021
112	NC_021189	TA	6	94338	94348	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50100022
113	NC_021189	CTTT	3	94959	94969	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50100022
114	NC_021189	CTT	4	95344	95355	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
115	NC_021189	CTA	4	95524	95535	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
116	NC_021189	CTT	4	96423	96434	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
117	NC_021189	TTC	4	97578	97589	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
118	NC_021189	TGTC	3	99887	99898	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	50100022
119	NC_021189	CTT	4	100110	100120	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50100022
120	NC_021189	CTA	4	101762	101772	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100023
121	NC_021189	TA	6	101837	101850	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
122	NC_021189	CAAT	3	102658	102668	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	50100023
123	NC_021189	GCA	4	103440	103450	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	50100023
124	NC_021189	ATA	4	103914	103924	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100023
125	NC_021189	TAA	4	103937	103947	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100023
126	NC_021189	CAC	4	104072	104083	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	50100023
127	NC_021189	AATC	3	104579	104590	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	50100023
128	NC_021189	ATTT	3	105398	105408	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50100024
129	NC_021189	CAC	4	105488	105499	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	50100024
130	NC_021189	TTA	4	106599	106609	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
131	NC_021189	AAAG	3	108433	108443	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	50100024
132	NC_021189	AAAC	3	108908	108919	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
133	NC_021189	TAT	4	109446	109458	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_021189	GCAA	3	109603	109613	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	50100024
135	NC_021189	TCA	4	110333	110344	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
136	NC_021189	CTT	4	111757	111768	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100024
137	NC_021189	TAA	4	111894	111904	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_021189	TA	6	112038	112049	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50100024
139	NC_021189	ATT	4	112962	112974	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100025
140	NC_021189	TAG	4	113088	113099	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
141	NC_021189	TTAA	3	115202	115212	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
142	NC_021189	ATT	4	115587	115598	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100025
143	NC_021189	AG	6	115824	115834	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_021189	TAAA	3	116089	116100	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021189	GAA	4	117296	117308	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	50100025
146	NC_021189	AG	6	118207	118217	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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149	NC_021189	TTAAT	3	120158	120172	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021189	AGG	4	120945	120956	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	50100025
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154	NC_021189	TCT	4	125261	125272	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100026
155	NC_021189	TA	6	125934	125945	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
156	NC_021189	ATT	4	126982	126994	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100026
157	NC_021189	AT	6	128330	128340	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
158	NC_021189	TC	6	128539	128550	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
159	NC_021189	CCA	4	129567	129578	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	50100026
160	NC_021189	TTAA	3	130315	130327	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
161	NC_021189	AATA	3	130344	130354	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
162	NC_021189	ATT	4	130858	130869	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
163	NC_021189	TAAA	3	131076	131087	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50100026
164	NC_021189	AATA	3	133237	133247	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	50100027
165	NC_021189	ATT	4	133414	133424	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
166	NC_021189	TAC	4	133570	133580	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100027
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169	NC_021189	TATC	3	136647	136657	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50100027
170	NC_021189	TAT	5	137019	137033	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	50100027
171	NC_021189	ATTT	3	139174	139185	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
172	NC_021189	TTCA	3	139790	139801	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
173	NC_021189	TTG	4	140877	140889	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	50100027
174	NC_021189	ATTT	3	141886	141897	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50100027
175	NC_021189	AAAT	3	142524	142534	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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179	NC_021189	TAAG	3	144915	144925	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50100028
180	NC_021189	CAATAG	3	144955	144972	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	50100028
181	NC_021189	TA	6	145724	145734	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
182	NC_021189	TTA	4	146542	146553	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100028
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185	NC_021189	TAAA	3	149268	149279	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
186	NC_021189	CAT	4	149837	149847	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100028
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188	NC_021189	AAAT	3	155212	155224	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
189	NC_021189	AAACA	3	155751	155765	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	50100028
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191	NC_021189	TCTCT	3	157476	157489	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	50100029
192	NC_021189	ACAA	3	157718	157728	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	50100029
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196	NC_021189	ATA	4	159207	159217	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
197	NC_021189	TTTA	3	159263	159274	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
198	NC_021189	TGT	4	159399	159410	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
199	NC_021189	TTAT	3	159428	159439	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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205	NC_021189	CAG	4	165112	165123	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50100030
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212	NC_021189	TAT	4	172706	172716	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
213	NC_021189	TATT	3	172753	172764	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
214	NC_021189	TA	6	173062	173073	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
215	NC_021189	AGC	4	173871	173883	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	50100030
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220	NC_021189	AATA	3	176386	176397	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50100030
221	NC_021189	AACT	3	177997	178007	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	50100031
222	NC_021189	GGCG	3	178531	178543	13	0 %	0 %	75 %	25 %	7 %	50100031
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227	NC_021189	CTAT	3	184565	184577	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
228	NC_021189	TTTG	3	187387	187398	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	50100032
229	NC_021189	ATAAA	4	187997	188016	20	80 %	20 %	0 %	0 %	5 %	50100032
230	NC_021189	TACA	3	188224	188234	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	50100032
231	NC_021189	AAT	4	188485	188496	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100032
232	NC_021189	TTC	4	189095	189106	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100032
233	NC_021189	TTGT	3	190126	190137	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	50100032
234	NC_021189	TAA	4	195451	195461	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pyropia haitanensis voucher PH-38 chloroplast