ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Pyropia haitanensis voucher PH-38 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021189	AGA	4	1300	1311	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50100011
2	NC_021189	TCT	4	3866	3876	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50100011
3	NC_021189	AAT	4	4629	4639	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100011
4	NC_021189	TGA	4	6707	6718	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50100012
5	NC_021189	AGT	4	7978	7989	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50100012
6	NC_021189	AAT	4	8578	8589	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_021189	ATA	4	16548	16558	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100013
8	NC_021189	AAT	4	17316	17327	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100013
9	NC_021189	TCT	4	20163	20174	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100013
10	NC_021189	CTG	7	20425	20445	21	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	4 %	50100013
11	NC_021189	TAT	4	21051	21061	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100014
12	NC_021189	ATA	4	21114	21125	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100014
13	NC_021189	TAT	7	27505	27525	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100014
14	NC_021189	TTA	4	29094	29105	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100015
15	NC_021189	CTG	4	30195	30206	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	50100015
16	NC_021189	ATT	4	31271	31281	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100015
17	NC_021189	ATT	4	34487	34499	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100016
18	NC_021189	ATA	5	35135	35148	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50100016
19	NC_021189	AAT	4	35424	35434	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100016
20	NC_021189	ATA	5	36969	36983	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	50100016
21	NC_021189	ATT	4	37675	37686	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100016
22	NC_021189	TAA	4	42058	42069	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100016
23	NC_021189	TAG	4	43002	43012	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50100016
24	NC_021189	ATA	4	59844	59856	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_021189	ATA	4	59861	59871	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_021189	ATA	4	61862	61873	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	50100018
27	NC_021189	TCA	4	62567	62578	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100018
28	NC_021189	TGC	4	69644	69654	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	50100019
29	NC_021189	TAT	5	70784	70797	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100019
30	NC_021189	CTT	4	73652	73663	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100019
31	NC_021189	ATT	4	74732	74743	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_021189	ATC	4	74787	74797	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100019
33	NC_021189	ATT	4	76598	76609	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100019
34	NC_021189	AGT	4	78531	78541	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50100020
35	NC_021189	TTA	4	79009	79019	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_021189	TTA	4	79138	79148	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
37	NC_021189	TAT	4	79147	79158	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_021189	AGA	4	82698	82709	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50100020
39	NC_021189	TAA	4	85993	86004	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100021
40	NC_021189	TCA	4	87320	87331	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100021
41	NC_021189	TAA	4	88550	88560	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100021
42	NC_021189	AAT	4	89928	89939	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100021
43	NC_021189	TAC	4	90301	90313	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	50100021
44	NC_021189	TCC	4	94069	94080	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	50100021
45	NC_021189	CTT	4	95344	95355	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
46	NC_021189	CTA	4	95524	95535	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
47	NC_021189	CTT	4	96423	96434	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
48	NC_021189	TTC	4	97578	97589	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100022
49	NC_021189	CTT	4	100110	100120	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50100022
50	NC_021189	CTA	4	101762	101772	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100023
51	NC_021189	GCA	4	103440	103450	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	50100023
52	NC_021189	ATA	4	103914	103924	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100023
53	NC_021189	TAA	4	103937	103947	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100023
54	NC_021189	CAC	4	104072	104083	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	50100023
55	NC_021189	CAC	4	105488	105499	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	50100024
56	NC_021189	TTA	4	106599	106609	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021189	TAT	4	109446	109458	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_021189	TCA	4	110333	110344	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
59	NC_021189	CTT	4	111757	111768	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100024
60	NC_021189	TAA	4	111894	111904	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_021189	ATT	4	112962	112974	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100025
62	NC_021189	TAG	4	113088	113099	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021189	ATT	4	115587	115598	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100025
64	NC_021189	GAA	4	117296	117308	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	50100025
65	NC_021189	GCT	4	119243	119254	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50100025
66	NC_021189	TCA	4	120076	120086	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100025
67	NC_021189	AGG	4	120945	120956	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	50100025
68	NC_021189	ATT	5	121705	121719	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	50100025
69	NC_021189	TCT	4	122712	122723	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100026
70	NC_021189	CAA	4	123275	123285	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
71	NC_021189	TCT	4	125261	125272	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100026
72	NC_021189	ATT	4	126982	126994	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50100026
73	NC_021189	CCA	4	129567	129578	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	50100026
74	NC_021189	ATT	4	130858	130869	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_021189	ATT	4	133414	133424	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_021189	TAC	4	133570	133580	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100027
77	NC_021189	TAA	5	133666	133680	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	50100027
78	NC_021189	ATA	4	135030	135041	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100027
79	NC_021189	TAT	5	137019	137033	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	50100027
80	NC_021189	TTG	4	140877	140889	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	50100027
81	NC_021189	AAC	4	142805	142816	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	50100027
82	NC_021189	AGT	4	143936	143947	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50100027
83	NC_021189	TAT	4	144703	144713	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100028
84	NC_021189	TTA	4	146542	146553	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100028
85	NC_021189	CAG	4	146724	146735	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50100028
86	NC_021189	CAT	4	149837	149847	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50100028
87	NC_021189	CAA	4	149980	149991	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	50100028
88	NC_021189	TAA	4	156409	156420	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100029
89	NC_021189	TAA	4	158112	158122	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50100029
90	NC_021189	TAT	4	158253	158263	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50100029
91	NC_021189	TAT	5	158298	158313	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	50100029
92	NC_021189	ATA	4	159207	159217	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_021189	TGT	4	159399	159410	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_021189	ATA	4	160328	160339	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100029
95	NC_021189	TTC	4	161110	161121	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100029
96	NC_021189	AGC	4	162639	162650	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50100029
97	NC_021189	TAC	4	162854	162865	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50100029
98	NC_021189	CAG	4	165112	165123	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50100030
99	NC_021189	ATA	4	167761	167772	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100030
100	NC_021189	ATT	4	168767	168778	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100030
101	NC_021189	GAG	4	169432	169443	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	50100030
102	NC_021189	TAT	4	172706	172716	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_021189	AGC	4	173871	173883	13	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	7 %	50100030
104	NC_021189	ATT	4	181121	181132	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50100031
105	NC_021189	AAT	4	188485	188496	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50100032
106	NC_021189	TTC	4	189095	189106	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50100032
107	NC_021189	TAA	4	195451	195461	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Pyropia haitanensis voucher PH-38 chloroplast