ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cistanche deserticola chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021111	CTT	4	53	64	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50159512
2	NC_021111	GAT	4	521	531	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50159512
3	NC_021111	TACT	3	1837	1847	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021111	GAT	4	1904	1914	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
5	NC_021111	GAT	4	4895	4906	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50159512
6	NC_021111	AGAA	3	5572	5583	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50159512
7	NC_021111	TGAT	3	6583	6595	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	50159512
8	NC_021111	TGA	4	7078	7089	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50159512
9	NC_021111	AATA	3	7442	7454	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	50159512
10	NC_021111	TTTGTT	3	10917	10935	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	50159512
11	NC_021111	TTC	4	12308	12319	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50159513
12	NC_021111	T	12	12356	12367	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	50159513
13	NC_021111	AT	7	12366	12378	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50159513
14	NC_021111	TTA	4	12837	12847	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50159513
15	NC_021111	T	20	13178	13197	20	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	50159513
16	NC_021111	TTCT	3	15400	15412	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	50159513
17	NC_021111	ATCC	3	15908	15919	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	50159513
18	NC_021111	TCTA	3	16301	16312	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50159513
19	NC_021111	AAGG	3	16442	16452	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	50159513
20	NC_021111	AGGT	3	19409	19420	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	50159513
21	NC_021111	TAAG	3	20534	20544	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50159513
22	NC_021111	TCTATT	3	22283	22300	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	50159513
23	NC_021111	CTTT	3	22703	22714	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159513
24	NC_021111	ATT	4	22966	22976	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	50159513
25	NC_021111	AATA	3	23951	23962	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50159513
26	NC_021111	GAAAA	3	24639	24652	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	50159513
27	NC_021111	GGATT	3	24923	24936	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	50159513
28	NC_021111	TTTA	3	25232	25242	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159513
29	NC_021111	A	13	25446	25458	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	50159513
30	NC_021111	ATA	4	25501	25512	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50159513
31	NC_021111	A	13	25667	25679	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	50159513
32	NC_021111	A	14	25724	25737	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	50159513
33	NC_021111	ACAA	3	26169	26179	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	50159513
34	NC_021111	AAGA	3	26292	26303	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50159513
35	NC_021111	A	13	27670	27682	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	50159513
36	NC_021111	ATT	4	27989	28000	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50159513
37	NC_021111	ATTT	3	28351	28362	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159513
38	NC_021111	TGCA	3	28865	28875	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	50159513
39	NC_021111	T	13	29005	29017	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50159513
40	NC_021111	TAA	4	29309	29319	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50159513
41	NC_021111	ATTC	3	29570	29580	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50159513
42	NC_021111	T	14	29957	29970	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	50159513
43	NC_021111	AAATAA	3	31982	32000	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	50159513
44	NC_021111	GGGA	3	32307	32318	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	50159513
45	NC_021111	CTTA	3	32984	32994	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50159513
46	NC_021111	CCTT	3	37076	37086	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	50159513
47	NC_021111	GGAT	3	37609	37620	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	50159513
48	NC_021111	AGAA	3	38116	38128	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	50159513
49	NC_021111	A	18	40333	40350	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	50159513
50	NC_021111	AT	6	41153	41164	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50159513
51	NC_021111	A	14	41163	41176	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	50159513
52	NC_021111	GAA	4	41209	41220	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50159513
53	NC_021111	A	13	42376	42388	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	50159512
54	NC_021111	CGAAA	3	42990	43003	14	60 %	0 %	20 %	20 %	7 %	50159512
55	NC_021111	ATTT	3	43445	43455	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159512
56	NC_021111	CATAC	3	44431	44444	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	50159512
57	NC_021111	TCTTCA	3	44939	44956	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	50159512
58	NC_021111	TCA	4	45143	45154	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50159512
59	NC_021111	TATT	3	46074	46086	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	50159512
60	NC_021111	ATTC	3	46204	46216	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	50159512
61	NC_021111	CAT	4	46440	46451	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50159512
62	NC_021111	TGAT	3	47070	47082	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	50159512
63	NC_021111	GAAA	3	47369	47380	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50159512
64	NC_021111	TTCT	3	47945	47956	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159512
65	NC_021111	ATC	4	48622	48633	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	50159512
66	NC_021111	ATC	4	51614	51624	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50159512
67	NC_021111	AGTA	3	51681	51691	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50159512
68	NC_021111	ATC	4	52997	53007	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50159512
69	NC_021111	GAA	5	53463	53477	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	50159512
70	NC_021111	T	15	53538	53552	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50159512
71	NC_021111	A	18	53561	53578	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	50159512
72	NC_021111	TTA	4	53926	53938	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50159512
73	NC_021111	AATT	3	54653	54663	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159512
74	NC_021111	ATTG	3	54985	54995	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	50159512
75	NC_021111	TCGT	3	55146	55157	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	50159512
76	NC_021111	ATA	4	55595	55605	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50159512
77	NC_021111	TAA	4	55993	56005	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50159512
78	NC_021111	TAAAA	3	56012	56026	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	50159512
79	NC_021111	ATTT	3	56515	56525	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159512
80	NC_021111	GTT	4	56773	56784	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	50159512
81	NC_021111	ATTG	3	57078	57089	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	50159512
82	NC_021111	TAAA	3	58703	58715	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	50159512
83	NC_021111	A	14	59239	59252	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	50159512
84	NC_021111	ATTATA	3	59593	59611	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	50159512
85	NC_021111	TTCT	3	59668	59679	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159512
86	NC_021111	A	18	60274	60291	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	50159512
87	NC_021111	T	14	60420	60433	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50159512
88	NC_021111	ATAAAA	3	62176	62193	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
89	NC_021111	AAAT	3	62512	62522	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_021111	A	16	62556	62571	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
91	NC_021111	A	16	62679	62694	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_021111	TA	6	63666	63677	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_021111	ATTTAA	3	63979	63996	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_021111	GAAA	3	64000	64011	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_021111	TA	6	64353	64363	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_021111	TAT	4	64374	64385	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_021111	A	15	64403	64417	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_021111	T	13	64720	64732	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_021111	A	23	64944	64966	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_021111	TTTA	3	65358	65369	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_021111	ATT	4	65558	65568	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_021111	TTA	5	67108	67122	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_021111	AAATT	3	67125	67138	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_021111	AT	6	67259	67271	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_021111	AAGG	3	67655	67666	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_021111	ATA	4	68208	68220	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_021111	TCCTCT	3	68257	68274	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
108	NC_021111	TCCTCT	3	68344	68361	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
109	NC_021111	TCCTCT	3	68374	68391	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	Non-Coding
110	NC_021111	TCTTCC	4	68401	68424	24	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
111	NC_021111	TAA	4	71633	71645	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_021111	A	14	71774	71787	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
113	NC_021111	AATA	3	71973	71984	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_021111	TA	6	73952	73963	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_021111	TTTA	3	74403	74413	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_021111	CTTT	3	74569	74579	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
117	NC_021111	A	13	74589	74601	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_021111	TA	6	74763	74773	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_021111	A	15	75125	75139	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_021111	GAAT	3	76195	76207	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
121	NC_021111	TTTC	3	76871	76883	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
122	NC_021111	GTT	4	77060	77072	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
123	NC_021111	ATT	4	77656	77666	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
124	NC_021111	TTAC	3	77830	77840	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
125	NC_021111	TA	6	78430	78440	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_021111	TTTA	4	78690	78704	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
127	NC_021111	AT	6	78727	78737	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_021111	T	15	78909	78923	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_021111	AAAT	3	79189	79200	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_021111	ATTGG	3	81207	81220	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_021111	ATT	4	82168	82178	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_021111	CT	6	82521	82531	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
133	NC_021111	ATAA	3	83777	83788	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
134	NC_021111	A	15	84206	84220	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_021111	TCCATA	3	84269	84287	19	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
136	NC_021111	ATA	4	85306	85316	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_021111	A	28	86059	86086	28	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
138	NC_021111	ATTTAC	3	86105	86121	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
139	NC_021111	TCTT	3	86301	86312	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
140	NC_021111	AAAC	3	86443	86454	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
141	NC_021111	AAAT	3	86884	86895	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
142	NC_021111	T	15	88030	88044	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
143	NC_021111	TTCC	3	88516	88527	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
144	NC_021111	AATT	3	89922	89933	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
145	NC_021111	T	13	90179	90191	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
146	NC_021111	TCAT	3	91199	91211	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
147	NC_021111	A	12	91212	91223	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021111	CCGC	3	92653	92664	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	Non-Coding
149	NC_021111	TTAC	3	93188	93199	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
150	NC_021111	ATTTT	3	93505	93519	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
151	NC_021111	TTA	4	93525	93535	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
152	NC_021111	TA	6	94616	94626	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
153	NC_021111	T	14	94815	94828	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
154	NC_021111	CTT	4	95331	95342	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
155	NC_021111	A	12	96249	96260	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
156	NC_021111	TA	11	96281	96301	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
157	NC_021111	TTTTA	4	96302	96321	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
158	NC_021111	ATA	4	96381	96391	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
159	NC_021111	ATTT	3	96701	96712	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159515
160	NC_021111	AATAA	3	98053	98066	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
161	NC_021111	TA	7	98154	98167	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
162	NC_021111	TA	6	98170	98180	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
163	NC_021111	TAAA	3	98739	98750	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
164	NC_021111	A	15	98938	98952	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021111	TCAAT	3	99343	99356	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	50159515
166	NC_021111	A	21	101869	101889	21	100 %	0 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
167	NC_021111	ATTT	3	102049	102060	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
168	NC_021111	AATT	3	102142	102153	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
169	NC_021111	T	24	102594	102617	24	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cistanche deserticola chloroplast