ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cephalotaxus oliveri chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021110	TAAA	3	679	690	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_021110	GTTAT	3	2770	2784	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	50159508
3	NC_021110	TAAG	3	4037	4047	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50159508
4	NC_021110	ATA	4	4306	4318	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50159508
5	NC_021110	GAG	4	4365	4375	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	50159508
6	NC_021110	AGAC	3	4560	4570	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	50159508
7	NC_021110	TTCT	3	4723	4733	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_021110	TCCATC	3	6085	6103	19	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10 %	50159508
9	NC_021110	TTTC	3	7505	7516	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159503
10	NC_021110	CTAT	3	8029	8039	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
11	NC_021110	GATC	3	8123	8133	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	50159503
12	NC_021110	GGA	4	8722	8733	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_021110	ATTT	3	10292	10302	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_021110	TTA	4	11204	11215	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50159503
15	NC_021110	CTT	4	11732	11742	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_021110	AAAG	3	11941	11951	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_021110	AATA	3	12219	12230	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_021110	TTTG	3	12381	12392	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	50159508
19	NC_021110	TTGT	3	12922	12933	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_021110	ACAT	3	13275	13286	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
21	NC_021110	ATA	4	14172	14183	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021110	CTT	4	15284	15294	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
23	NC_021110	AATA	3	15744	15755	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50159504
24	NC_021110	ATA	4	16467	16477	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_021110	GCAT	3	16667	16677	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	50159508
26	NC_021110	TAGA	3	17485	17495	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_021110	ATT	4	17843	17854	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50159511
28	NC_021110	TTTA	3	18171	18182	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159511
29	NC_021110	GTTG	3	18639	18651	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	50159511
30	NC_021110	ATA	4	18759	18769	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50159511
31	NC_021110	TGT	4	18923	18933	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50159511
32	NC_021110	TA	6	19197	19208	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50159511
33	NC_021110	ATA	4	19475	19486	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50159511
34	NC_021110	AATT	3	19771	19781	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
35	NC_021110	GC	6	20118	20128	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	50159511
36	NC_021110	TCTT	3	20397	20408	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159511
37	NC_021110	TTTC	3	20427	20438	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159511
38	NC_021110	TTC	4	20472	20483	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50159511
39	NC_021110	TTAT	3	20902	20912	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159511
40	NC_021110	TCT	4	22306	22317	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50159511
41	NC_021110	TA	6	23086	23096	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
42	NC_021110	TAATT	3	23201	23215	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	50159511
43	NC_021110	CTCTT	3	23437	23450	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	50159511
44	NC_021110	CT	6	23586	23597	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	50159511
45	NC_021110	ATATTA	5	26187	26217	31	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
46	NC_021110	AATTC	3	26716	26730	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	50159511
47	NC_021110	GA	6	27480	27491	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	50159511
48	NC_021110	ATTT	3	27802	27813	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159511
49	NC_021110	TATT	3	27852	27863	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159511
50	NC_021110	ATA	4	27999	28010	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50159511
51	NC_021110	ATCTA	3	29480	29493	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	50159511
52	NC_021110	TTTA	3	29617	29627	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159511
53	NC_021110	TCGA	3	30632	30643	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	50159511
54	NC_021110	AT	6	31073	31083	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
55	NC_021110	TCAA	3	31656	31667	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	50159511
56	NC_021110	GTT	4	31724	31735	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
57	NC_021110	TAAT	3	33521	33533	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50159511
58	NC_021110	TTAA	3	34335	34346	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50159511
59	NC_021110	ATTT	3	34402	34413	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159511
60	NC_021110	T	13	35379	35391	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50159511
61	NC_021110	TCAA	3	35591	35602	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	50159511
62	NC_021110	GATT	3	37191	37202	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	50159511
63	NC_021110	TTTA	3	37206	37216	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159511
64	NC_021110	CTTGAT	3	37433	37450	18	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	5 %	50159511
65	NC_021110	TCT	4	40353	40363	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	50159511
66	NC_021110	TTA	4	40799	40811	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50159511
67	NC_021110	GTT	4	41786	41797	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
68	NC_021110	TTGA	4	41826	41840	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	50159511
69	NC_021110	ATAA	3	43740	43751	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50159511
70	NC_021110	GTTT	3	44264	44274	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	50159511
71	NC_021110	TATT	3	44970	44981	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159511
72	NC_021110	AATT	3	46243	46253	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
73	NC_021110	GAAAG	3	46649	46663	15	60 %	0 %	40 %	0 %	0 %	50159511
74	NC_021110	ATTT	3	48142	48152	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159511
75	NC_021110	TAGT	3	48484	48494	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	50159511
76	NC_021110	ATAA	3	48585	48595	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	50159511
77	NC_021110	ATAG	3	49106	49117	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	50159511
78	NC_021110	CTAAT	3	49156	49170	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	50159511
79	NC_021110	TCAT	3	49410	49421	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50159511
80	NC_021110	TAA	4	50253	50264	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50159511
81	NC_021110	TTG	4	52542	52552	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50159511
82	NC_021110	AT	7	53428	53442	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	50159511
83	NC_021110	TA	6	53940	53950	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
84	NC_021110	TCTT	3	54630	54641	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159511
85	NC_021110	ATG	4	56171	56181	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50159511
86	NC_021110	AAG	4	57262	57272	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	50159511
87	NC_021110	ATG	4	58392	58402	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50159511
88	NC_021110	ATTT	3	60549	60560	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50159511
89	NC_021110	AAAT	3	61641	61651	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	50159511
90	NC_021110	TTCC	3	61803	61814	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	50159511
91	NC_021110	ATC	4	62476	62486	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	50159511
92	NC_021110	TTA	4	62714	62726	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	50159511
93	NC_021110	ATTT	3	63241	63251	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50159511
94	NC_021110	TATTAA	4	63769	63792	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50159511
95	NC_021110	ATTTC	3	63947	63961	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	50159511
96	NC_021110	TTAA	3	67995	68005	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
97	NC_021110	TTTC	3	68141	68152	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50159511
98	NC_021110	TCT	4	69241	69252	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	50159511
99	NC_021110	TA	6	71329	71340	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50159511
100	NC_021110	CATA	3	71414	71425	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	50159511
101	NC_021110	TCTA	3	73923	73933	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50159511
102	NC_021110	TTC	4	74240	74252	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	50159511
103	NC_021110	ATGG	3	74736	74747	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	50159511
104	NC_021110	ATCC	3	74754	74766	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	50159511
105	NC_021110	GAT	4	75567	75577	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50159511
106	NC_021110	TCGAT	3	75580	75593	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	50159511
107	NC_021110	ATTC	3	75782	75793	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50159511
108	NC_021110	AATA	3	75878	75889	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50159511
109	NC_021110	ATTA	3	75977	75988	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	50159511
110	NC_021110	ATCC	3	76073	76085	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	50159511
111	NC_021110	TTA	4	76502	76513	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	50159511
112	NC_021110	CAG	4	77473	77484	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50159511
113	NC_021110	TA	6	78143	78155	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50159511
114	NC_021110	AATAT	3	79063	79077	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	50159511
115	NC_021110	TAA	4	79590	79602	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	50159511
116	NC_021110	TA	6	81092	81102	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	50159511
117	NC_021110	GAA	4	82668	82679	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
118	NC_021110	AAG	4	82839	82850	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
119	NC_021110	GATA	3	83175	83186	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	50159511
120	NC_021110	GAA	4	83559	83570	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
121	NC_021110	ATG	4	84640	84651	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
122	NC_021110	AGA	4	84665	84676	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
123	NC_021110	AAT	4	85190	85201	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50159511
124	NC_021110	TTAA	3	86289	86301	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50159511
125	NC_021110	TAAA	3	86393	86404	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	50159511
126	NC_021110	GAA	4	87219	87230	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	50159511
127	NC_021110	GAAA	3	87387	87398	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50159511
128	NC_021110	A	14	87460	87473	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	50159511
129	NC_021110	AGAAC	5	87734	87756	23	60 %	0 %	20 %	20 %	8 %	50159511
130	NC_021110	AGAA	4	87757	87773	17	75 %	0 %	25 %	0 %	5 %	50159511
131	NC_021110	ACAA	4	87841	87856	16	75 %	0 %	0 %	25 %	6 %	50159511
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208	NC_021110	TAA	5	134201	134214	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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