ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pleodorina starrii plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021109	TAA	4	177	188	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_021109	AAAT	3	424	434	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_021109	AT	6	848	858	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
4	NC_021109	TCT	4	1616	1628	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	48475977
5	NC_021109	TTGAA	4	1895	1913	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	48475977
6	NC_021109	TTCT	3	2216	2228	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	48475977
7	NC_021109	TGTT	3	2812	2822	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	48475977
8	NC_021109	AATT	3	2995	3006	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021109	TTTTA	3	3381	3394	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_021109	TACT	3	3911	3922	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021109	TTGG	3	4163	4173	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_021109	TTTTG	3	4743	4756	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	48475977
13	NC_021109	ATAA	3	4801	4812	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48475977
14	NC_021109	AGGG	3	5893	5903	11	25 %	0 %	75 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_021109	GTAT	3	7073	7084	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_021109	AAT	4	9988	9999	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_021109	A	13	10327	10339	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021109	ATGG	3	10545	10556	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_021109	AGCT	3	10901	10911	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_021109	ACGT	3	13400	13410	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021109	AATT	3	13510	13521	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_021109	TTTA	3	13930	13940	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_021109	TTG	4	14500	14511	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_021109	A	19	19772	19790	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	48475977
25	NC_021109	A	13	20051	20063	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	48475977
26	NC_021109	AT	6	20752	20762	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48475977
27	NC_021109	CTAAA	3	21039	21052	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	48475977
28	NC_021109	TATT	3	21342	21352	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	48475977
29	NC_021109	TAA	4	21638	21648	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48475977
30	NC_021109	AAAT	3	22660	22670	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	48475977
31	NC_021109	AATTT	3	23284	23298	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	48475977
32	NC_021109	TTAA	3	23482	23493	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	48475977
33	NC_021109	TTA	4	23638	23649	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475977
34	NC_021109	TCAA	3	23894	23904	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	48475977
35	NC_021109	TCAA	3	24801	24812	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	48475977
36	NC_021109	ACA	5	25029	25042	14	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	7 %	48475977
37	NC_021109	TATT	3	25226	25237	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48475977
38	NC_021109	GTAA	3	26934	26944	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	48475977
39	NC_021109	AAAT	3	28334	28345	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48475977
40	NC_021109	ATTT	3	30173	30183	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
41	NC_021109	CCAA	3	31726	31736	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	48475977
42	NC_021109	TTAT	3	32165	32175	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	48475977
43	NC_021109	ATTT	3	32507	32519	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	48475977
44	NC_021109	TTGC	3	32523	32534	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	48475977
45	NC_021109	TCT	4	34058	34068	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	48475977
46	NC_021109	TTG	4	34649	34660	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_021109	TAT	4	37937	37947	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_021109	AATT	3	38193	38205	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	48475978
49	NC_021109	ATA	5	38961	38976	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
50	NC_021109	TGT	4	39092	39102	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_021109	CAAA	3	39762	39772	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_021109	AT	8	39789	39804	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_021109	TAAT	5	41485	41504	20	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
54	NC_021109	CAAA	3	43181	43191	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	48475978
55	NC_021109	A	15	46079	46093	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	48475978
56	NC_021109	ACAA	3	46492	46502	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	48475978
57	NC_021109	AAGT	3	47170	47181	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	48475978
58	NC_021109	ATTTT	3	51069	51082	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	48475978
59	NC_021109	CTAC	3	51597	51608	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
60	NC_021109	G	12	52461	52472	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021109	ATCT	3	54741	54751	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
62	NC_021109	GTTA	3	56679	56690	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_021109	TATAA	3	56752	56766	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_021109	GTAA	3	58490	58500	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
65	NC_021109	TAAA	3	58586	58596	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_021109	A	13	59107	59119	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	48475978
67	NC_021109	CAAA	3	59512	59523	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	48475978
68	NC_021109	TTAC	3	61348	61358	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
69	NC_021109	TA	6	61669	61679	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_021109	ATA	7	61697	61718	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_021109	TTA	5	61716	61731	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_021109	ATTC	3	62422	62434	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
73	NC_021109	TACT	3	63678	63688	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
74	NC_021109	ATG	4	64295	64307	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_021109	GTATA	3	64872	64885	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_021109	AGT	4	66882	66892	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_021109	TAAA	3	68034	68045	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_021109	ATTT	3	68111	68121	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_021109	AT	6	69538	69548	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_021109	TAAC	3	69879	69890	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021109	TTAA	3	70189	70201	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_021109	GTT	4	70723	70734	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021109	G	13	71718	71730	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021109	ATAA	4	72214	72229	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_021109	AAT	4	72550	72560	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_021109	ATT	4	72787	72797	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_021109	TA	6	74708	74720	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_021109	AATA	6	74840	74863	24	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_021109	AAAG	3	74864	74874	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_021109	ATT	4	75427	75437	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_021109	CTAACG	3	77760	77777	18	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	5 %	48475979
92	NC_021109	TTC	4	77872	77883	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	48475979
93	NC_021109	TTA	4	78173	78184	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475979
94	NC_021109	ATT	4	78403	78414	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475979
95	NC_021109	TAAA	3	78472	78484	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	48475979
96	NC_021109	AAAC	3	80149	80160	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
97	NC_021109	CAC	5	80922	80936	15	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	6 %	48475979
98	NC_021109	G	12	82403	82414	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021109	AT	6	83243	83255	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_021109	TAA	4	83276	83286	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_021109	AAT	4	83460	83471	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_021109	CCAA	3	84586	84597	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	48475979
103	NC_021109	CAAAT	3	85281	85295	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	48475979
104	NC_021109	AATAT	3	86257	86271	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	48475979
105	NC_021109	TTTA	5	90088	90106	19	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
106	NC_021109	TGG	4	92253	92264	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	48475979
107	NC_021109	TAAA	3	93036	93046	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_021109	CTAC	3	94013	94024	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
109	NC_021109	ATAA	3	95495	95505	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_021109	CAA	4	95787	95798	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
111	NC_021109	AG	6	95863	95873	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_021109	AGCG	3	96552	96562	11	25 %	0 %	50 %	25 %	9 %	Non-Coding
113	NC_021109	ACAA	3	97154	97166	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
114	NC_021109	TTA	4	98093	98104	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_021109	AAT	4	98157	98168	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_021109	TTA	4	99214	99225	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475979
117	NC_021109	ATTTTT	3	99636	99654	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
118	NC_021109	AT	6	100876	100886	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_021109	AACGT	3	100934	100948	15	40 %	20 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
120	NC_021109	AAGA	3	102021	102031	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	48475980
121	NC_021109	TTTG	3	102202	102214	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	48475980
122	NC_021109	TTG	4	102219	102229	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_021109	ATA	9	103108	103134	27	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_021109	TTTAT	3	104648	104662	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	48475980
125	NC_021109	TTTG	3	106537	106547	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	48475980
126	NC_021109	ATTT	3	106932	106943	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48475980
127	NC_021109	TTA	4	107580	107591	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475980
128	NC_021109	ATA	4	108215	108226	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	48475980
129	NC_021109	TAT	4	108832	108843	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475980
130	NC_021109	TAA	4	109838	109848	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48475980
131	NC_021109	ACT	4	111808	111818	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	48475980
132	NC_021109	GTTT	3	113469	113479	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	48475980
133	NC_021109	ACT	4	113526	113538	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	48475980
134	NC_021109	TTAA	3	113646	113657	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	48475980
135	NC_021109	TTTAT	3	115022	115036	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	48475980
136	NC_021109	ATA	4	115262	115272	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48475980
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157	NC_021109	TATT	3	129415	129425	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	48475980
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249	NC_021109	CGTG	3	191284	191294	11	0 %	25 %	50 %	25 %	9 %	48475980
250	NC_021109	TA	8	193941	193957	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	48475980
251	NC_021109	TAAA	3	196908	196918	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	48475980
252	NC_021109	ATT	4	197058	197069	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48475980
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255	NC_021109	ATAAA	3	200346	200359	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
256	NC_021109	AGGG	3	200421	200432	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
257	NC_021109	G	40	201214	201253	40	0 %	0 %	100 %	0 %	5 %	Non-Coding
258	NC_021109	ACA	4	201475	201486	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
259	NC_021109	TTTTG	3	203669	203683	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
260	NC_021109	ACGT	3	205925	205935	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
261	NC_021109	AAAT	3	206805	206816	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48475983
262	NC_021109	A	13	207403	207415	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	48475983
263	NC_021109	GAA	5	207730	207744	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	48475983
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265	NC_021109	TGAA	3	210224	210235	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
266	NC_021109	TTA	4	211407	211417	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48475983
267	NC_021109	CAAAA	3	212125	212138	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	48475983
268	NC_021109	TAA	4	213388	213398	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
269	NC_021109	G	13	213714	213726	13	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_021109	G	16	213773	213788	16	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_021109	TA	6	213933	213943	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
272	NC_021109	CTCC	3	214653	214664	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
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274	NC_021109	AT	7	219131	219143	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
275	NC_021109	GTTT	4	220076	220090	15	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	48475983
276	NC_021109	AAGG	3	220841	220852	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
277	NC_021109	TAA	4	221110	221121	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
278	NC_021109	CTAC	3	223954	223965	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
279	NC_021109	GCT	4	224197	224208	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48475984
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281	NC_021109	TTTA	3	227496	227506	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
282	NC_021109	ATTT	3	229195	229205	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
283	NC_021109	CAGGTC	3	230020	230037	18	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	5 %	48475984
284	NC_021109	TAA	4	231121	231135	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
285	NC_021109	A	14	231494	231507	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
286	NC_021109	ACT	4	231664	231675	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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288	NC_021109	TAAA	3	233493	233503	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	48475984
289	NC_021109	ATAG	3	233660	233670	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	48475984
290	NC_021109	AAAC	3	234038	234048	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	48475984
291	NC_021109	A	14	234159	234172	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	48475984
292	NC_021109	ATTT	3	235048	235059	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
293	NC_021109	ACGT	3	235429	235439	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
294	NC_021109	ACGT	3	235449	235459	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
295	NC_021109	G	12	235757	235768	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_021109	TTTA	3	237461	237471	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
297	NC_021109	A	12	238818	238829	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	48475984
298	NC_021109	TAT	4	240768	240779	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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302	NC_021109	AAC	4	245105	245115	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
303	NC_021109	A	14	245493	245506	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
304	NC_021109	TAT	4	245512	245522	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
305	NC_021109	CTTT	3	245887	245898	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
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307	NC_021109	TTTC	3	248242	248253	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	48475985
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311	NC_021109	AAAT	3	253302	253313	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
312	NC_021109	TAAA	3	253350	253360	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
313	NC_021109	GATT	3	253609	253619	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	48475985
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323	NC_021109	TACC	3	265311	265322	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
324	NC_021109	GAAT	4	265537	265552	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
325	NC_021109	TCAT	3	265743	265758	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
326	NC_021109	ATA	4	265759	265770	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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331	NC_021109	TATTT	7	268824	268858	35	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
332	NC_021109	ATAAA	3	269228	269242	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_021109	TTA	4	269502	269512	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pleodorina starrii plastid