ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pachycladon cheesemanii chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021102	ACTAA	4	327	347	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
2	NC_021102	TACC	3	573	583	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	48475962
3	NC_021102	TCT	4	687	697	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	48475962
4	NC_021102	TTTA	3	3758	3769	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021102	AT	6	3796	3807	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_021102	T	15	4089	4103	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021102	CAAA	3	4329	4339	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_021102	GT	7	4395	4407	13	0 %	50 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_021102	GAAAA	3	4495	4509	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_021102	ATA	4	4639	4651	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_021102	TAA	4	4862	4873	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_021102	TTCA	3	4991	5002	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	48475962
13	NC_021102	TCTCT	3	5167	5180	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	48475962
14	NC_021102	TA	8	6326	6341	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
15	NC_021102	TTC	4	6459	6469	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
16	NC_021102	TTCT	3	6817	6828	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
17	NC_021102	TTCT	3	7581	7592	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	48475962
18	NC_021102	TA	7	7941	7953	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_021102	TA	7	7978	7991	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
20	NC_021102	TA	12	8026	8050	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_021102	T	14	8235	8248	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_021102	T	13	9296	9308	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_021102	T	17	9399	9415	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021102	TA	7	9554	9566	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_021102	TTTA	3	9781	9792	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48475963
26	NC_021102	TATTCA	3	11972	11988	17	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	48475963
27	NC_021102	AAT	4	12841	12852	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021102	AAAT	3	13391	13402	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_021102	TAAT	3	13443	13454	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_021102	TTTA	3	14688	14699	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_021102	GAT	4	15074	15086	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	48475963
32	NC_021102	T	13	17796	17808	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	48475963
33	NC_021102	TTCA	3	21928	21939	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	48475963
34	NC_021102	T	13	22332	22344	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	48475963
35	NC_021102	GTT	4	22932	22943	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	48475963
36	NC_021102	TCA	4	25286	25296	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	48475963
37	NC_021102	T	12	25559	25570	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	48475963
38	NC_021102	GAATA	4	26699	26717	19	60 %	20 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
39	NC_021102	TA	6	27255	27266	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_021102	A	20	27280	27299	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
41	NC_021102	TC	6	27734	27745	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	48475963
42	NC_021102	CAAA	3	28026	28037	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021102	TAT	4	28438	28449	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_021102	T	14	28446	28459	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_021102	A	13	29018	29030	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_021102	AAT	4	29270	29281	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_021102	CAAAA	3	29342	29356	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
48	NC_021102	AAGA	3	29819	29830	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_021102	TTTC	3	30242	30252	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
50	NC_021102	AT	8	30907	30922	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_021102	TAA	6	31130	31148	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_021102	TAT	4	31730	31740	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_021102	A	27	31828	31854	27	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_021102	GAAA	3	33635	33646	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48475964
55	NC_021102	GGGA	3	33755	33766	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	48475964
56	NC_021102	AG	6	34780	34790	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021102	ATTTCT	3	34880	34896	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
58	NC_021102	AAAT	3	35591	35602	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_021102	AT	11	35740	35760	21	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_021102	AAAC	3	36180	36191	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
61	NC_021102	ATG	4	38147	38157	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	48475964
62	NC_021102	GCA	4	40045	40056	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	48475964
63	NC_021102	TG	6	40082	40092	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	48475964
64	NC_021102	ATG	4	40371	40381	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	48475964
65	NC_021102	GAAAA	4	41714	41732	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
66	NC_021102	TAGA	3	41736	41747	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
67	NC_021102	A	14	41945	41958	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_021102	TTAA	5	42346	42365	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	48475964
69	NC_021102	AGA	5	43512	43527	16	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	48475964
70	NC_021102	TAG	4	43615	43625	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	48475964
71	NC_021102	AAATA	3	43820	43834	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	48475964
72	NC_021102	GTAA	3	43860	43870	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	48475964
73	NC_021102	TTAT	3	45760	45771	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_021102	TAAA	3	45833	45844	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021102	T	12	45941	45952	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021102	TTGT	3	45980	45991	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_021102	TAT	6	46005	46021	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
78	NC_021102	CTTT	3	46023	46034	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
79	NC_021102	CAAA	3	48468	48479	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	48475964
80	NC_021102	T	13	49296	49308	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_021102	ATT	4	49303	49314	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_021102	GATT	3	49857	49868	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021102	TAATA	4	49927	49945	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
84	NC_021102	GATA	3	50326	50337	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021102	AGAA	3	50457	50468	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021102	TTA	4	50593	50604	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_021102	CTTTT	3	51529	51542	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
88	NC_021102	T	13	51585	51597	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021102	A	13	53715	53727	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_021102	T	17	53865	53881	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
91	NC_021102	TTG	4	54256	54266	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021102	ATTAG	3	55756	55770	15	40 %	40 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021102	T	12	56179	56190	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
94	NC_021102	ATTT	3	56240	56251	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_021102	TTACTT	3	56255	56271	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
96	NC_021102	TA	6	56543	56553	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48475965
97	NC_021102	A	12	56708	56719	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	48475965
98	NC_021102	T	12	57945	57956	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_021102	AT	6	58393	58403	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_021102	T	13	59635	59647	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_021102	AT	6	60978	60988	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48475965
102	NC_021102	TCT	4	62326	62337	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
103	NC_021102	TA	6	62392	62402	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_021102	TA	6	62427	62437	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_021102	T	14	62482	62495	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_021102	CAGC	3	63324	63335	12	25 %	0 %	25 %	50 %	8 %	48475966
107	NC_021102	T	15	63837	63851	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
108	NC_021102	ATA	6	64207	64224	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
109	NC_021102	TAAA	3	64427	64439	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_021102	A	13	64602	64614	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_021102	TAGA	3	64680	64690	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_021102	GAAAA	3	65171	65185	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_021102	TA	6	66094	66104	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_021102	C	14	66347	66360	14	0 %	0 %	0 %	100 %	7 %	Non-Coding
115	NC_021102	AT	7	66993	67008	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
116	NC_021102	AT	7	67005	67017	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_021102	A	17	67585	67601	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
118	NC_021102	TTAT	3	67765	67776	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48475966
119	NC_021102	T	13	69709	69721	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	48475966
120	NC_021102	TTGA	3	70514	70525	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	48475966
121	NC_021102	TGTC	3	70747	70757	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	48475966
122	NC_021102	GCTG	3	72577	72589	13	0 %	25 %	50 %	25 %	7 %	48475966
123	NC_021102	AGAA	3	72748	72759	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48475966
124	NC_021102	TCTT	4	73338	73353	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	48475966
125	NC_021102	T	16	77411	77426	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	48475966
126	NC_021102	TCT	4	77500	77510	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	48475966
127	NC_021102	TTCA	3	79253	79264	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	48475966
128	NC_021102	ATC	4	81157	81167	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	48475966
129	NC_021102	TTTC	4	81727	81742	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	48475966
130	NC_021102	ATCT	3	81853	81865	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	48475966
131	NC_021102	CAAT	3	82269	82279	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	48475966
132	NC_021102	AATT	3	82601	82611	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	48475966
133	NC_021102	TTTC	3	83299	83309	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48475966
134	NC_021102	GAT	4	84231	84241	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	48475966
135	NC_021102	ATATG	3	85577	85591	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	48475966
136	NC_021102	TTCT	3	87329	87339	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48475966
137	NC_021102	CTTT	3	88540	88550	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	48475966
138	NC_021102	AGA	4	89378	89388	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	48475966
139	NC_021102	TGAT	3	90407	90419	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	48475966
140	NC_021102	AATA	3	91254	91266	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	48475966
141	NC_021102	GAAGGA	3	92040	92057	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	48475966
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197	NC_021102	TATC	3	126889	126901	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	48475967
198	NC_021102	TCT	4	127324	127334	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	48475967
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203	NC_021102	TC	6	135929	135940	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	48475967
204	NC_021102	A	15	138491	138505	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	48475967
205	NC_021102	ACTAAT	3	138851	138867	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	48475967
206	NC_021102	T	15	139295	139309	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	48475967
207	NC_021102	AAAT	3	139458	139469	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48475967
208	NC_021102	AATA	3	139470	139481	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	48475967
209	NC_021102	GAA	4	139487	139498	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48475967
210	NC_021102	CATA	3	140551	140562	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	48475967
211	NC_021102	AT	6	144152	144163	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
212	NC_021102	CATAC	3	145123	145136	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
213	NC_021102	CTCCTT	3	145991	146008	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	48475970
214	NC_021102	ATCA	3	147672	147684	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	48475970
215	NC_021102	TGAT	3	147767	147779	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	48475970
216	NC_021102	AGA	4	149121	149132	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	48475970
217	NC_021102	AAAG	3	149499	149509	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	48475970
218	NC_021102	ATC	4	153808	153818	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	48475970

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pachycladon cheesemanii chloroplast