ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Francoa sonchifolia plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021101	CAG	5	1030	1044	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	50177083
2	NC_021101	AAGT	3	1136	1146	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50177083
3	NC_021101	TGAA	4	1680	1696	17	50 %	25 %	25 %	0 %	5 %	Non-Coding
4	NC_021101	TCAA	3	1942	1953	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021101	AAAT	3	3844	3854	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_021101	AAAT	4	4394	4409	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_021101	CTT	4	4610	4620	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
8	NC_021101	TAGA	3	4711	4722	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_021101	A	14	4805	4818	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_021101	TTTA	3	4838	4849	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_021101	TAT	4	4860	4870	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_021101	TTCA	3	5133	5144	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_021101	TCTCT	3	5507	5520	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	50177083
14	NC_021101	TCT	5	5733	5746	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	50177083
15	NC_021101	TGAA	3	6568	6578	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_021101	A	18	6661	6678	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021101	TTTC	3	7376	7386	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50177083
18	NC_021101	GATAA	3	7490	7504	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_021101	A	19	7933	7951	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
20	NC_021101	GTTT	3	7956	7966	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021101	TAT	4	8251	8261	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_021101	ATATT	4	8269	8288	20	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
23	NC_021101	TA	7	8290	8302	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_021101	CTTT	3	8421	8432	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
25	NC_021101	TTAG	3	8672	8682	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_021101	AATT	3	9630	9641	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_021101	T	13	9712	9724	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021101	A	13	11591	11603	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
29	NC_021101	TTTCT	3	12310	12323	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	50177084
30	NC_021101	CCTT	3	12399	12410	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	50177084
31	NC_021101	ATTT	3	12663	12674	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50177084
32	NC_021101	TTCTA	3	12980	12993	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
33	NC_021101	ATTTT	3	13005	13019	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021101	AAAT	3	13593	13604	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_021101	TCT	4	13784	13795	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
36	NC_021101	A	13	16237	16249	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
37	NC_021101	TTCT	3	17795	17806	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	50177084
38	NC_021101	T	13	18460	18472	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	50177084
39	NC_021101	TTCA	3	22593	22604	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50177084
40	NC_021101	GTT	4	23573	23584	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	50177084
41	NC_021101	T	12	26194	26205	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	50177084
42	NC_021101	CATT	3	26813	26824	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	50177084
43	NC_021101	AT	7	27405	27418	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_021101	TTCTG	3	28127	28141	15	0 %	60 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
45	NC_021101	A	12	29509	29520	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_021101	ACA	4	29708	29719	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
47	NC_021101	GA	6	30436	30446	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_021101	TGAT	3	30654	30665	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_021101	AATT	3	31440	31451	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_021101	A	12	32252	32263	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
51	NC_021101	TA	7	32313	32325	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_021101	A	15	32901	32915	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
53	NC_021101	GAAA	3	34830	34841	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	50177085
54	NC_021101	GGA	4	35032	35043	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	50177085
55	NC_021101	TTGC	3	35231	35241	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	50177085
56	NC_021101	AG	6	36033	36043	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_021101	AAAT	4	36320	36335	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
58	NC_021101	TGGTA	3	36336	36349	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_021101	TC	6	36659	36669	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	50177085
60	NC_021101	A	12	36824	36835	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021101	TAAA	3	36942	36954	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_021101	CCCA	3	37248	37258	11	25 %	0 %	0 %	75 %	9 %	Non-Coding
63	NC_021101	ATG	4	39317	39327	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	50177085
64	NC_021101	AATG	3	40810	40821	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	50177085
65	NC_021101	GCA	4	41215	41226	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	50177085
66	NC_021101	TG	6	41252	41262	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	50177085
67	NC_021101	AT	6	42785	42796	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_021101	GTCA	3	42815	42825	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
69	NC_021101	AT	6	42904	42914	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
70	NC_021101	AAAT	3	43093	43103	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_021101	TTTA	3	43898	43909	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	50177085
72	NC_021101	ATA	6	44359	44377	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	50177085
73	NC_021101	TTG	4	44701	44711	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	50177085
74	NC_021101	TTTA	3	44889	44900	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	50177085
75	NC_021101	CTTT	3	44949	44959	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50177085
76	NC_021101	A	13	45720	45732	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_021101	TTA	4	47004	47016	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_021101	T	13	47197	47209	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_021101	AAAT	3	47451	47462	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_021101	AT	8	47567	47581	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_021101	ATCA	3	47684	47694	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
82	NC_021101	TTTC	3	47732	47743	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
83	NC_021101	ATTT	3	47744	47755	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_021101	AT	6	47925	47936	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_021101	TAA	4	47990	48001	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_021101	AT	6	48246	48257	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021101	T	14	49133	49146	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_021101	T	13	49211	49223	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_021101	ATG	4	49351	49362	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_021101	AT	6	49520	49530	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_021101	TGCA	3	49913	49923	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
92	NC_021101	CTTTT	3	51440	51453	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
93	NC_021101	GTTT	3	51958	51970	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_021101	TTTATG	3	52231	52249	19	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
95	NC_021101	A	13	52851	52863	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_021101	AACC	3	52984	52995	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
97	NC_021101	T	12	53064	53075	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021101	TCAG	3	54097	54107	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
99	NC_021101	TAG	4	56052	56063	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	50177086
100	NC_021101	ATA	4	56075	56085	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50177086
101	NC_021101	TGCA	3	57655	57667	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	50177086
102	NC_021101	T	12	58712	58723	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021101	ATA	4	59120	59130	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	50177086
104	NC_021101	TAGT	3	60389	60400	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_021101	T	16	60490	60505	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021101	AGA	4	60820	60831	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_021101	ATAAGA	3	60853	60869	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_021101	AAAT	3	60903	60914	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_021101	TA	6	60945	60955	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_021101	GGCGT	3	61366	61379	14	0 %	20 %	60 %	20 %	7 %	Non-Coding
111	NC_021101	TTTC	3	62214	62224	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
112	NC_021101	T	12	62323	62334	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021101	AT	6	62467	62477	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_021101	AT	7	63659	63671	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	50177086
115	NC_021101	T	12	64756	64767	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021101	CTC	4	65500	65510	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
117	NC_021101	TTCTC	3	65831	65845	15	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
118	NC_021101	AGTA	3	66861	66871	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_021101	TTA	5	67138	67151	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
120	NC_021101	ATA	4	68373	68383	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_021101	AT	7	68426	68441	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
122	NC_021101	AGAA	3	68599	68610	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_021101	TCT	4	69128	69139	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
124	NC_021101	TA	7	69454	69466	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_021101	AT	6	69493	69503	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_021101	AAATA	3	69921	69934	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	50177087
127	NC_021101	A	23	70035	70057	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_021101	GAA	4	70066	70077	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021101	TTTC	3	70612	70624	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
130	NC_021101	TTCT	3	71331	71343	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
131	NC_021101	GAATA	3	71563	71577	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	50177087
132	NC_021101	ATAA	3	71587	71597	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	50177087
133	NC_021101	ATA	4	71957	71968	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50177087
134	NC_021101	T	13	72197	72209	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	50177087
135	NC_021101	A	16	73740	73755	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	50177087
136	NC_021101	TGAA	3	73892	73902	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	50177087
137	NC_021101	TTTC	3	76845	76855	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50177087
138	NC_021101	TAA	4	77071	77082	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	50177087
139	NC_021101	TATT	3	78199	78209	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50177087
140	NC_021101	TA	8	78882	78897	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	50177087
141	NC_021101	AAATA	3	79485	79500	16	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	50177087
142	NC_021101	TTTC	3	79895	79905	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50177087
143	NC_021101	TTTA	3	81250	81260	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	50177087
144	NC_021101	TATT	3	81261	81272	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	50177087
145	NC_021101	TCCTT	3	82079	82094	16	0 %	60 %	0 %	40 %	6 %	50177087
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151	NC_021101	GAAT	3	83760	83771	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	50177087
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154	NC_021101	TTTG	3	84428	84438	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	50177087
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162	NC_021101	CTTT	3	90831	90841	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	50177087
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180	NC_021101	AGGT	3	108379	108390	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	50177091
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216	NC_021101	CTTA	3	133780	133790	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	50177091
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223	NC_021101	A	18	142221	142238	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	50177091
224	NC_021101	ATAA	6	142251	142274	24	75 %	25 %	0 %	0 %	4 %	50177091
225	NC_021101	AT	6	144083	144094	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
226	NC_021101	ACCGG	3	146696	146710	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
227	NC_021101	CCT	4	147630	147641	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
228	NC_021101	CATAC	3	148028	148041	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
229	NC_021101	ATCA	3	150612	150624	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
230	NC_021101	ACC	4	150816	150826	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	Non-Coding
231	NC_021101	ATC	4	152292	152303	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
232	NC_021101	AAAG	3	152448	152458	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
233	NC_021101	TATT	3	153492	153503	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
234	NC_021101	ATC	4	155326	155336	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
235	NC_021101	ATC	4	156718	156728	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
236	NC_021101	GAA	5	157184	157198	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Francoa sonchifolia plastid