ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Paphnutius ruficeps mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_021100	TTA	4	65	75	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_021100	TCT	4	188	199	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
3	NC_021100	TTTA	3	1180	1190	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	48265101
4	NC_021100	TAAA	3	1232	1243	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_021100	AT	7	1333	1345	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_021100	TTTG	3	1930	1941	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	48265101
7	NC_021100	TTGG	3	2187	2198	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	48265101
8	NC_021100	TAT	4	2624	2634	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48265101
9	NC_021100	ATT	5	3079	3093	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	48265102
10	NC_021100	GTTA	3	3118	3130	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	48265102
11	NC_021100	TTTAT	3	4172	4185	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	48265102
12	NC_021100	TATT	3	4728	4739	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	48265102
13	NC_021100	T	13	4885	4897	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	48265102
14	NC_021100	TTTTC	3	5255	5269	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	48265102
15	NC_021100	GTTT	3	5353	5364	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	48265102
16	NC_021100	TTA	4	5507	5518	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48265102
17	NC_021100	ATT	4	5524	5535	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48265102
18	NC_021100	TAT	5	5688	5702	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	48265102
19	NC_021100	TAT	4	5748	5759	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	48265102
20	NC_021100	TAAA	3	5911	5921	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_021100	TTA	4	6807	6817	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48265102
22	NC_021100	TAA	4	7596	7608	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	48265102
23	NC_021100	ATA	4	8825	8835	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	48265102
24	NC_021100	TAA	4	9023	9034	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	48265102
25	NC_021100	TCAAAA	3	9180	9198	19	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	10 %	48265102
26	NC_021100	TAAATA	3	9434	9450	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	48265102
27	NC_021100	TA	9	9544	9561	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	48265102
28	NC_021100	CAT	4	9745	9756	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	48265102
29	NC_021100	TTTA	3	9899	9910	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	48265102
30	NC_021100	TAT	4	10781	10791	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	48265102
31	NC_021100	ATTA	3	11352	11363	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	48265102
32	NC_021100	ATAAAA	3	11828	11845	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	48265103
33	NC_021100	ATA	4	11856	11867	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	48265103
34	NC_021100	TAA	4	11901	11912	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	48265103
35	NC_021100	AAGA	3	12043	12054	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	48265103
36	NC_021100	AAAATC	3	12328	12345	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	48265103
37	NC_021100	AAT	4	12694	12706	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_021100	ATA	4	12793	12804	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_021100	ATT	4	12813	12824	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_021100	ATA	4	13187	13198	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_021100	AAATA	3	13203	13216	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_021100	AAAT	3	13664	13675	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_021100	TAAAT	3	13688	13702	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_021100	TAA	4	14154	14165	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_021100	AAATA	3	14247	14260	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Paphnutius ruficeps mitochondrion