ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Chondrus crispus plastid complete genome

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020795	AAAT	3	1698	1709	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	47143488
2	NC_020795	TAA	4	1936	1946	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_020795	TATT	3	2061	2072	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	47143488
4	NC_020795	AT	6	3043	3055	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	47143488
5	NC_020795	TA	6	3285	3295	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_020795	ACT	4	3453	3463	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	47143488
7	NC_020795	TA	6	3765	3775	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143488
8	NC_020795	AAAC	3	3824	3835	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	47143488
9	NC_020795	AAAT	3	5058	5068	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_020795	AGA	4	5274	5286	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	47143488
11	NC_020795	TAG	4	5561	5572	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	47143488
12	NC_020795	TGC	4	5634	5645	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	47143488
13	NC_020795	AGA	4	5667	5678	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143488
14	NC_020795	ATA	4	6175	6187	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_020795	TAT	4	6184	6196	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
16	NC_020795	AATA	3	6213	6223	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
17	NC_020795	CAA	4	7129	7140	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	47143489
18	NC_020795	TTTA	3	7640	7651	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_020795	TA	6	8235	8245	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_020795	ATCC	3	9544	9554	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	47143489
21	NC_020795	AT	6	10927	10938	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143489
22	NC_020795	AATAAA	3	11000	11018	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	47143489
23	NC_020795	AATA	3	11921	11932	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020795	ATTA	3	12341	12352	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143489
25	NC_020795	CTA	4	12662	12674	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	47143489
26	NC_020795	TTA	4	13518	13529	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
27	NC_020795	TTTA	3	13538	13549	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_020795	ATT	4	13709	13720	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_020795	ATCCAA	3	13893	13910	18	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	0 %	47143489
30	NC_020795	TAAA	3	14180	14191	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	47143490
31	NC_020795	GTAA	3	14535	14545	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	47143490
32	NC_020795	TAAA	3	14723	14735	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	47143490
33	NC_020795	AAAT	3	15413	15424	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	47143490
34	NC_020795	ATT	5	15634	15648	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	47143490
35	NC_020795	AT	6	15668	15678	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143490
36	NC_020795	ATT	4	16219	16231	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	47143490
37	NC_020795	ATT	4	16567	16579	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	47143490
38	NC_020795	AAG	5	16704	16718	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	47143490
39	NC_020795	TCT	4	17470	17480	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	47143490
40	NC_020795	CTG	7	17734	17754	21	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	47143490
41	NC_020795	AAAC	3	18528	18538	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	47143490
42	NC_020795	TGA	4	19091	19101	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_020795	AT	6	19195	19205	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_020795	TTA	4	19570	19580	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143490
45	NC_020795	TAAT	3	21364	21376	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	47143490
46	NC_020795	ATA	4	22820	22830	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_020795	AAT	4	23037	23048	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143491
48	NC_020795	TA	6	23660	23671	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143491
49	NC_020795	TA	6	23766	23777	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143491
50	NC_020795	AATA	3	25535	25545	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_020795	TACTT	3	26952	26965	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
52	NC_020795	TCCT	3	27597	27609	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
53	NC_020795	ATA	4	29058	29068	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_020795	TAG	4	29733	29743	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	47143491
55	NC_020795	AATT	3	30074	30085	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_020795	TA	6	30097	30107	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_020795	TCTG	3	30812	30823	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	47143491
58	NC_020795	ATA	4	33093	33105	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_020795	TAA	4	34032	34042	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_020795	TA	6	34071	34081	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_020795	AGA	4	34174	34185	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143491
62	NC_020795	AT	6	35188	35198	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143492
63	NC_020795	TCA	4	35820	35831	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	47143492
64	NC_020795	ATCAA	3	37362	37375	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	47143492
65	NC_020795	ATT	4	38002	38013	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143492
66	NC_020795	AT	6	38335	38346	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143492
67	NC_020795	AAG	4	39039	39050	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143492
68	NC_020795	AATCC	3	39929	39943	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	47143492
69	NC_020795	GCAA	3	39997	40007	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	47143492
70	NC_020795	TAA	4	41463	41474	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_020795	ATTAT	3	41801	41815	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_020795	AAG	4	41977	41988	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143492
73	NC_020795	CCA	4	42666	42677	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	47143492
74	NC_020795	TAC	4	42756	42766	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	47143492
75	NC_020795	ATC	4	43598	43609	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	47143492
76	NC_020795	AAAT	3	43839	43850	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	47143492
77	NC_020795	AAT	4	43996	44007	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143492
78	NC_020795	TGA	4	44055	44065	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	47143492
79	NC_020795	TCTT	3	45727	45739	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	47143493
80	NC_020795	TCT	4	45904	45915	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	47143493
81	NC_020795	TTAAAT	3	46296	46313	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	47143493
82	NC_020795	AAC	4	46630	46641	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	47143493
83	NC_020795	TTAA	3	46923	46933	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143493
84	NC_020795	AAT	4	47974	47985	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143493
85	NC_020795	ATAC	3	48178	48189	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	47143493
86	NC_020795	TA	6	48489	48499	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143493
87	NC_020795	AAT	4	48947	48958	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143493
88	NC_020795	ATTT	3	49019	49030	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	47143493
89	NC_020795	AT	6	50465	50475	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143493
90	NC_020795	TAT	6	50512	50530	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	47143493
91	NC_020795	AT	11	51481	51500	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
92	NC_020795	TTGC	3	52257	52267	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	47143493
93	NC_020795	TGCACC	4	53089	53112	24	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	8 %	47143493
94	NC_020795	TTGC	4	53492	53506	15	0 %	50 %	25 %	25 %	6 %	47143493
95	NC_020795	CTT	5	53909	53924	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	47143493
96	NC_020795	ATA	4	54015	54025	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_020795	TAT	4	54141	54151	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143493
98	NC_020795	TTA	4	54736	54747	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_020795	AAT	4	54935	54946	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_020795	TA	6	54978	54988	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_020795	GAAA	3	55116	55127	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	47143493
102	NC_020795	TAAT	3	55779	55790	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143494
103	NC_020795	AAT	4	56099	56110	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143494
104	NC_020795	ATCAAT	3	56597	56614	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	47143494
105	NC_020795	CCA	4	56868	56879	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	47143494
106	NC_020795	TAA	4	57217	57229	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	47143494
107	NC_020795	AAAT	3	57559	57570	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020795	ATTT	3	57643	57654	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020795	ATTT	3	57665	57676	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	47143494
110	NC_020795	ATGT	3	57884	57895	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
111	NC_020795	GTAT	3	58585	58595	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	47143494
112	NC_020795	TAAA	3	58654	58664	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	47143494
113	NC_020795	TAT	4	59154	59166	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_020795	TTA	4	59590	59601	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_020795	TTTG	3	59720	59731	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_020795	TA	6	59794	59804	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_020795	ATTT	3	59850	59862	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_020795	TAAAA	4	60030	60048	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
119	NC_020795	AATA	3	61042	61053	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_020795	TCT	4	61947	61959	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	47143494
121	NC_020795	ATT	4	62194	62205	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143494
122	NC_020795	TAT	4	63026	63036	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143494
123	NC_020795	TAA	4	63520	63531	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143494
124	NC_020795	TA	6	64141	64153	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_020795	AATT	3	65840	65850	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_020795	ATTA	3	67023	67035	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_020795	TA	6	67513	67524	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	47143495
128	NC_020795	CTT	4	68020	68030	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	47143495
129	NC_020795	TAG	6	68200	68217	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	47143495
130	NC_020795	TCA	4	68565	68576	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	47143495
131	NC_020795	ATA	4	68632	68642	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	47143495
132	NC_020795	CAG	4	68668	68679	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	47143495
133	NC_020795	AATT	3	70012	70022	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143495
134	NC_020795	TTAA	3	70577	70587	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143495
135	NC_020795	ATT	4	70857	70867	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143495
136	NC_020795	GTAT	3	71140	71151	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	47143495
137	NC_020795	TATAAT	3	73188	73204	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
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140	NC_020795	ATT	4	74006	74017	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	47143496
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144	NC_020795	GATT	3	75784	75795	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	47143496
145	NC_020795	ATTG	3	75963	75974	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
146	NC_020795	CAA	4	76691	76702	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	47143496
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152	NC_020795	TTCT	3	78828	78838	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	47143497
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160	NC_020795	ATAA	3	85008	85018	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
161	NC_020795	GCAA	3	85230	85240	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	47143498
162	NC_020795	TATT	3	85498	85509	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020795	AGAA	3	86414	86425	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	47143498
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174	NC_020795	TAAT	3	95734	95745	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
175	NC_020795	ATA	5	95951	95964	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
176	NC_020795	TTATA	3	96872	96886	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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180	NC_020795	AATT	3	99219	99229	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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238	NC_020795	TA	6	132728	132738	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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246	NC_020795	TAAA	3	135885	135895	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	47143503
247	NC_020795	TA	6	136186	136196	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143503
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249	NC_020795	GTTTT	3	137598	137611	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	47143503
250	NC_020795	TA	9	138309	138326	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
251	NC_020795	TA	6	139433	139443	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
252	NC_020795	ATTT	3	139679	139689	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
253	NC_020795	AATT	3	140492	140502	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	47143503
254	NC_020795	AATT	4	140748	140763	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	47143503
255	NC_020795	TAT	4	140941	140951	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143503
256	NC_020795	TAT	4	141385	141397	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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258	NC_020795	ACT	4	145341	145351	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	47143504
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Chondrus crispus plastid complete genome