ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Chondrus crispus plastid complete genome

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020795	TAA	4	1936	1946	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
2	NC_020795	ACT	4	3453	3463	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	47143488
3	NC_020795	AGA	4	5274	5286	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	47143488
4	NC_020795	TAG	4	5561	5572	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	47143488
5	NC_020795	TGC	4	5634	5645	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	47143488
6	NC_020795	AGA	4	5667	5678	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143488
7	NC_020795	ATA	4	6175	6187	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_020795	TAT	4	6184	6196	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_020795	CAA	4	7129	7140	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	47143489
10	NC_020795	CTA	4	12662	12674	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	47143489
11	NC_020795	TTA	4	13518	13529	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020795	ATT	4	13709	13720	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_020795	ATT	5	15634	15648	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	47143490
14	NC_020795	ATT	4	16219	16231	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	47143490
15	NC_020795	ATT	4	16567	16579	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	47143490
16	NC_020795	AAG	5	16704	16718	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	47143490
17	NC_020795	TCT	4	17470	17480	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	47143490
18	NC_020795	CTG	7	17734	17754	21	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	47143490
19	NC_020795	TGA	4	19091	19101	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_020795	TTA	4	19570	19580	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143490
21	NC_020795	ATA	4	22820	22830	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_020795	AAT	4	23037	23048	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143491
23	NC_020795	ATA	4	29058	29068	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_020795	TAG	4	29733	29743	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	47143491
25	NC_020795	ATA	4	33093	33105	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_020795	TAA	4	34032	34042	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_020795	AGA	4	34174	34185	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143491
28	NC_020795	TCA	4	35820	35831	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	47143492
29	NC_020795	ATT	4	38002	38013	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143492
30	NC_020795	AAG	4	39039	39050	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143492
31	NC_020795	TAA	4	41463	41474	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_020795	AAG	4	41977	41988	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	47143492
33	NC_020795	CCA	4	42666	42677	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	47143492
34	NC_020795	TAC	4	42756	42766	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	47143492
35	NC_020795	ATC	4	43598	43609	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	47143492
36	NC_020795	AAT	4	43996	44007	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143492
37	NC_020795	TGA	4	44055	44065	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	47143492
38	NC_020795	TCT	4	45904	45915	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	47143493
39	NC_020795	AAC	4	46630	46641	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	47143493
40	NC_020795	AAT	4	47974	47985	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143493
41	NC_020795	AAT	4	48947	48958	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143493
42	NC_020795	TAT	6	50512	50530	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	47143493
43	NC_020795	CTT	5	53909	53924	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	47143493
44	NC_020795	ATA	4	54015	54025	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_020795	TAT	4	54141	54151	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143493
46	NC_020795	TTA	4	54736	54747	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_020795	AAT	4	54935	54946	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_020795	AAT	4	56099	56110	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143494
49	NC_020795	CCA	4	56868	56879	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	47143494
50	NC_020795	TAA	4	57217	57229	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	47143494
51	NC_020795	TAT	4	59154	59166	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
52	NC_020795	TTA	4	59590	59601	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_020795	TCT	4	61947	61959	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	47143494
54	NC_020795	ATT	4	62194	62205	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143494
55	NC_020795	TAT	4	63026	63036	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143494
56	NC_020795	TAA	4	63520	63531	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143494
57	NC_020795	CTT	4	68020	68030	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	47143495
58	NC_020795	TAG	6	68200	68217	18	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	5 %	47143495
59	NC_020795	TCA	4	68565	68576	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	47143495
60	NC_020795	ATA	4	68632	68642	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	47143495
61	NC_020795	CAG	4	68668	68679	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	47143495
62	NC_020795	ATT	4	70857	70867	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143495
63	NC_020795	TAT	4	73234	73244	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143496
64	NC_020795	ATT	4	74006	74017	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	47143496
65	NC_020795	AAT	4	74047	74057	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	47143496
66	NC_020795	CTT	4	74178	74189	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	47143496
67	NC_020795	CAA	4	76691	76702	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	47143496
68	NC_020795	AAT	4	77541	77551	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	47143496
69	NC_020795	TAT	4	78545	78556	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143497
70	NC_020795	TAT	4	79372	79383	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143497
71	NC_020795	TAT	4	79460	79471	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143497
72	NC_020795	GTT	4	81352	81363	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	47143497
73	NC_020795	TTA	4	84612	84622	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143498
74	NC_020795	ATC	4	84802	84814	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	47143498
75	NC_020795	ACC	4	86453	86464	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	47143498
76	NC_020795	TGT	4	86558	86570	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	47143498
77	NC_020795	TGT	4	90290	90301	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	47143498
78	NC_020795	ATT	4	91329	91341	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_020795	TTA	4	92144	92155	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143498
80	NC_020795	TTA	4	92766	92776	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143498
81	NC_020795	ATA	5	95951	95964	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_020795	AAT	5	98512	98525	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_020795	AGT	4	100150	100161	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	47143500
84	NC_020795	TAT	4	100270	100282	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_020795	TTA	4	100352	100363	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_020795	TAT	5	103636	103650	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_020795	TGT	4	110524	110535	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	47143501
88	NC_020795	ATT	4	110592	110603	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_020795	ATA	4	111491	111502	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_020795	ATA	4	112184	112196	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	47143501
91	NC_020795	TAA	4	113254	113265	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143501
92	NC_020795	TAA	4	113851	113862	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143501
93	NC_020795	AAT	4	114556	114566	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_020795	GTA	4	117517	117527	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	47143501
95	NC_020795	AAG	4	119183	119193	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	47143501
96	NC_020795	AAG	4	122322	122334	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	47143501
97	NC_020795	TCT	4	122423	122434	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	47143501
98	NC_020795	ATA	4	124069	124079	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	47143501
99	NC_020795	AAT	4	125081	125092	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143502
100	NC_020795	CTT	4	127393	127404	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	47143502
101	NC_020795	GTT	4	129119	129130	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	47143502
102	NC_020795	TAA	4	130608	130619	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143502
103	NC_020795	TCT	4	132368	132379	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	47143502
104	NC_020795	AAT	4	132414	132426	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	47143502
105	NC_020795	TAG	4	133033	133043	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	47143502
106	NC_020795	AAT	4	133374	133384	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	47143502
107	NC_020795	TAA	4	133562	133574	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	47143502
108	NC_020795	ATT	4	135552	135563	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143503
109	NC_020795	ATT	7	136304	136324	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143503
110	NC_020795	TAT	4	140941	140951	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	47143503
111	NC_020795	TAT	4	141385	141397	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
112	NC_020795	ACT	4	145341	145351	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	47143504
113	NC_020795	ATT	4	151191	151203	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	47143505
114	NC_020795	ATT	4	154090	154101	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143505
115	NC_020795	ATA	4	154134	154145	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143505
116	NC_020795	ATA	4	154817	154828	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	47143505
117	NC_020795	TGC	4	155687	155698	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	47143505
118	NC_020795	TTA	4	157298	157308	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_020795	TAA	4	157349	157360	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_020795	GCT	4	157925	157936	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	47143506
121	NC_020795	TAA	4	159303	159314	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	47143506
122	NC_020795	GTG	5	162315	162328	14	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	7 %	47143506
123	NC_020795	ATT	4	164529	164540	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	47143506
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Chondrus crispus plastid complete genome