ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Salvia miltiorrhiza chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020431	CATT	3	4011	4022	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020431	TCTT	3	5197	5207	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45901447
3	NC_020431	TATTT	3	5525	5538	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	45901447
4	NC_020431	AACA	3	5804	5816	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	45901447
5	NC_020431	AT	8	6206	6221	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_020431	TTTG	3	6717	6727	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_020431	ATTAT	3	6858	6872	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
8	NC_020431	CTTT	3	7307	7318	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020431	AAT	4	7564	7574	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
10	NC_020431	A	14	8147	8160	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_020431	ATAA	3	8201	8212	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020431	T	13	8560	8572	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_020431	CAA	4	8665	8676	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020431	TAAA	3	9250	9261	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_020431	CTT	4	10100	10111	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45901447
16	NC_020431	GTCT	3	11041	11052	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	45901447
17	NC_020431	T	16	11604	11619	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_020431	ATGA	3	12193	12205	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	45901447
19	NC_020431	A	17	12287	12303	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45901447
20	NC_020431	TTTCT	3	12324	12337	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	45901447
21	NC_020431	TAA	5	12424	12438	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45901447
22	NC_020431	ATTT	3	14002	14012	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_020431	ATTT	3	14272	14282	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_020431	TTTCT	3	14325	14339	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
25	NC_020431	AT	6	15091	15101	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45901448
26	NC_020431	ATAA	3	15302	15312	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_020431	A	12	16103	16114	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_020431	TGTTT	3	16410	16424	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	45901448
29	NC_020431	TCAA	3	16533	16544	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45901448
30	NC_020431	ATTT	3	17358	17368	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45901448
31	NC_020431	T	13	18327	18339	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45901448
32	NC_020431	AT	7	19700	19712	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45901448
33	NC_020431	CCTA	3	24340	24350	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	45901448
34	NC_020431	ATT	4	27016	27027	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020431	AAAG	3	27075	27086	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_020431	T	12	27100	27111	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020431	A	15	29638	29652	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
38	NC_020431	TA	13	30623	30646	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_020431	ATA	4	31794	31805	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_020431	GAAA	3	33615	33626	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45901448
41	NC_020431	AT	6	34637	34647	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_020431	GA	6	34832	34843	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_020431	TC	6	35431	35441	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45901449
44	NC_020431	AGA	4	35537	35548	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_020431	A	17	35947	35963	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
46	NC_020431	ATTG	3	37830	37840	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	45901449
47	NC_020431	ATG	4	37983	37993	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45901449
48	NC_020431	GCA	4	39879	39889	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	45901449
49	NC_020431	TG	6	39918	39928	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	45901449
50	NC_020431	ATG	4	40207	40217	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45901449
51	NC_020431	ATTT	3	41217	41228	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_020431	AT	6	41465	41475	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_020431	ATTT	3	41733	41745	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
54	NC_020431	ATAAAT	3	41826	41842	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_020431	T	17	42723	42739	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45901449
56	NC_020431	TTG	4	43390	43400	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45901449
57	NC_020431	GTA	4	44010	44020	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_020431	GATA	3	44297	44308	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_020431	ATTC	3	45629	45641	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
60	NC_020431	T	16	45642	45657	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
61	NC_020431	TAT	4	45796	45808	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_020431	ATA	4	45809	45821	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_020431	TAGAA	3	46127	46141	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
64	NC_020431	ACTC	3	47097	47108	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
65	NC_020431	TAAA	3	47802	47813	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020431	CTTT	3	47827	47838	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
67	NC_020431	ATT	4	50155	50165	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_020431	AGA	4	50423	50434	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_020431	TTA	4	50846	50857	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_020431	ATA	4	53793	53803	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45901450
71	NC_020431	AATA	3	53804	53815	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_020431	TCCAA	3	53926	53940	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
73	NC_020431	TGCA	3	55463	55475	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45901450
74	NC_020431	GA	6	55588	55599	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	45901450
75	NC_020431	CCTT	3	58156	58167	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45901450
76	NC_020431	ATTT	3	58206	58216	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_020431	TAAT	4	58526	58540	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_020431	T	12	58788	58799	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020431	TAA	4	59972	59983	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_020431	AT	6	61284	61294	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45901450
81	NC_020431	AT	7	62724	62736	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_020431	TA	7	62909	62924	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
83	NC_020431	ATA	4	65779	65790	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_020431	GAAA	3	66704	66715	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45901451
85	NC_020431	AAAC	5	66862	66882	21	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
86	NC_020431	TTGT	3	67192	67202	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_020431	A	16	68039	68054	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
88	NC_020431	AATA	4	68064	68079	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_020431	A	25	69588	69612	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45901447
90	NC_020431	TTTC	3	69671	69681	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45901447
91	NC_020431	GAA	4	70074	70084	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45901447
92	NC_020431	TCT	4	72595	72606	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45901447
93	NC_020431	A	12	72863	72874	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45901447
94	NC_020431	T	13	73881	73893	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45901447
95	NC_020431	ATTG	3	75479	75491	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45901447
96	NC_020431	ACTTAG	3	75698	75715	18	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45901447
97	NC_020431	TTTG	3	76808	76819	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	45901447
98	NC_020431	ATA	4	77598	77609	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45901447
99	NC_020431	CAT	4	78092	78102	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45901447
100	NC_020431	T	18	79346	79363	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45901447
101	NC_020431	AAAT	3	79868	79878	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45901447
102	NC_020431	TTTC	3	80411	80421	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45901447
103	NC_020431	A	13	80470	80482	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45901447
104	NC_020431	TA	6	81949	81959	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45901447
105	NC_020431	CTT	4	82850	82861	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45901447
106	NC_020431	ATCG	3	87138	87150	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45901447
107	NC_020431	GAT	4	87716	87727	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45901447
108	NC_020431	TGA	4	89404	89415	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45901447
109	NC_020431	AATA	3	90290	90302	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45901447
110	NC_020431	TTTCG	3	95387	95400	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	45901447
111	NC_020431	TTTGTT	3	95779	95797	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	45901447
112	NC_020431	CCCT	3	96641	96651	11	0 %	25 %	0 %	75 %	9 %	45901447
113	NC_020431	TTC	4	97159	97170	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45901451
114	NC_020431	TTAGAT	3	97711	97727	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	45901451
115	NC_020431	ATCC	3	100779	100790	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	45901451
116	NC_020431	TCTA	3	101172	101183	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45901451
117	NC_020431	AAGG	3	101305	101315	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45901451
118	NC_020431	AGGT	3	104240	104251	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45901451
119	NC_020431	TAAG	3	105360	105370	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45901451
120	NC_020431	GGAA	3	107328	107338	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45901451
121	NC_020431	ATT	4	108929	108941	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	45901451
122	NC_020431	TAA	4	109346	109357	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45901451
123	NC_020431	GAA	4	110332	110343	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45901451
124	NC_020431	T	14	110702	110715	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45901451
125	NC_020431	ACTT	3	111320	111331	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45901451
126	NC_020431	AAT	4	111847	111859	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45901451
127	NC_020431	CTTA	3	112890	112900	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45901451
128	NC_020431	GAAA	3	113175	113186	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45901451
129	NC_020431	A	17	114702	114718	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45901451
130	NC_020431	T	14	116379	116392	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45901451
131	NC_020431	TTA	4	116511	116521	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45901451
132	NC_020431	TTC	5	117647	117661	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	45901451
133	NC_020431	TATAAT	3	117993	118010	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	45901451
134	NC_020431	ATGC	3	120067	120077	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	45901451
135	NC_020431	TTTG	3	123992	124002	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	45901451
136	NC_020431	TCTTTT	3	124102	124120	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	45901451
137	NC_020431	TCTTTT	3	124509	124527	19	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	10 %	45901451
138	NC_020431	AAAG	3	124606	124616	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45901451
139	NC_020431	AAAG	3	125775	125785	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45901451
140	NC_020431	TTCC	3	126686	126696	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45901451
141	NC_020431	CTTA	3	128654	128664	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45901451
142	NC_020431	CCTT	3	132709	132719	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45901451
143	NC_020431	GGAT	3	133234	133245	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45901451
144	NC_020431	AATCTA	3	136296	136312	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	45901451
145	NC_020431	GAA	4	136854	136865	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45901451
146	NC_020431	CT	6	139621	139632	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45901455
147	NC_020431	CATAC	3	142060	142073	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	45901455
148	NC_020431	TATT	3	143722	143734	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	45901455
149	NC_020431	TGAT	3	144754	144766	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45901455
150	NC_020431	ATC	4	146297	146308	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45901455
151	NC_020431	CGAT	3	146874	146886	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45901455
152	NC_020431	TTTG	3	148258	148268	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	45901455
153	NC_020431	AT	6	150671	150681	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45901455
154	NC_020431	GAA	5	151162	151176	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	45901455

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Salvia miltiorrhiza chloroplast