ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nuclearia simplex mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020369	CG	6	85	96	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020369	CAAA	3	485	496	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
3	NC_020369	ACTA	3	1855	1865	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
4	NC_020369	AATTG	3	2501	2514	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_020369	TAGC	3	2644	2654	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
6	NC_020369	TTA	4	3203	3214	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_020369	AAAT	4	3256	3270	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	45284992
8	NC_020369	ATA	4	3391	3401	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284992
9	NC_020369	CTT	4	3673	3684	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284992
10	NC_020369	TTA	4	3910	3921	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284992
11	NC_020369	AATT	3	4187	4198	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020369	AAT	4	5140	5151	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_020369	TTA	4	5170	5180	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_020369	TAA	7	6543	6563	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284992
15	NC_020369	TTA	4	6817	6828	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284992
16	NC_020369	ATTTA	3	8603	8616	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	45284992
17	NC_020369	GCCC	3	10077	10088	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	45284992
18	NC_020369	GCGG	3	10090	10101	12	0 %	0 %	75 %	25 %	8 %	45284992
19	NC_020369	A	12	10163	10174	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284992
20	NC_020369	TAAA	3	11632	11642	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284992
21	NC_020369	ATA	4	12146	12157	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284992
22	NC_020369	AAT	4	12936	12947	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284992
23	NC_020369	AATT	3	13509	13519	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284992
24	NC_020369	AAT	4	14210	14222	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284992
25	NC_020369	TTTA	3	15611	15622	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284992
26	NC_020369	TAAT	3	15684	15694	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284992
27	NC_020369	AATC	3	17638	17649	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45284992
28	NC_020369	AAT	4	17699	17710	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284992
29	NC_020369	TAA	4	18461	18471	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284992
30	NC_020369	AAAC	3	19554	19565	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	45284992
31	NC_020369	AATTG	4	20841	20859	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
32	NC_020369	TAA	4	23889	23900	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020369	TAT	4	24198	24209	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_020369	AAAGAA	3	24373	24390	18	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
35	NC_020369	ATA	4	24599	24610	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020369	TAT	4	24728	24739	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
37	NC_020369	AAAT	5	24878	24896	19	75 %	25 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
38	NC_020369	CAC	4	24927	24937	11	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	9 %	45284993
39	NC_020369	TAT	4	25361	25372	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	45284993
40	NC_020369	TTGA	3	25595	25606	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	45284993
41	NC_020369	CG	6	27753	27763	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	45284993
42	NC_020369	AACC	3	27800	27811	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	45284993
43	NC_020369	GCCC	3	29123	29134	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	45284993
44	NC_020369	CG	6	29282	29292	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	45284993
45	NC_020369	A	13	29659	29671	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45284993
46	NC_020369	TAA	5	29669	29683	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45284993
47	NC_020369	TAT	4	30421	30432	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	45284993
48	NC_020369	G	14	31109	31122	14	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
49	NC_020369	CGCCC	3	31791	31805	15	0 %	0 %	20 %	80 %	6 %	Non-Coding
50	NC_020369	AGTT	3	33386	33396	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_020369	CCCG	3	33446	33456	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
52	NC_020369	AATG	3	33706	33717	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020369	AAAG	3	33754	33765	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
54	NC_020369	TAAT	3	34142	34152	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284993
55	NC_020369	TAA	5	34487	34501	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45284993
56	NC_020369	CGCC	3	35025	35036	12	0 %	0 %	25 %	75 %	8 %	45284993
57	NC_020369	GC	6	35342	35352	11	0 %	0 %	50 %	50 %	9 %	45284993
58	NC_020369	AAAT	3	35371	35381	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284993
59	NC_020369	CCCG	3	36047	36057	11	0 %	0 %	25 %	75 %	9 %	Non-Coding
60	NC_020369	T	13	36959	36971	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284993
61	NC_020369	TAT	4	37472	37482	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284993
62	NC_020369	AAAT	3	37597	37608	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284993
63	NC_020369	TGAA	3	38682	38692	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_020369	CCCCGC	3	38756	38773	18	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	5 %	Non-Coding
65	NC_020369	AATA	3	40174	40184	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284993
66	NC_020369	ATAA	3	40322	40333	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284993
67	NC_020369	TAA	4	40396	40406	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284993
68	NC_020369	A	13	40613	40625	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45284993
69	NC_020369	AGA	5	40646	40659	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	45284993
70	NC_020369	TAT	4	40822	40833	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284993
71	NC_020369	AATA	4	41159	41174	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	45284994
72	NC_020369	ATA	4	41241	41252	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284994
73	NC_020369	ATA	5	41305	41318	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284994
74	NC_020369	ATT	4	41423	41435	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	45284994
75	NC_020369	TAAA	3	41492	41503	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284994
76	NC_020369	TAA	4	41848	41858	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284994
77	NC_020369	TAT	4	42089	42100	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_020369	CCT	4	42690	42702	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
79	NC_020369	TTA	5	43354	43367	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	45284994
80	NC_020369	TAT	4	43541	43552	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284994
81	NC_020369	CTTTTA	3	43946	43963	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	45284994
82	NC_020369	AAATT	4	44494	44514	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	45284994
83	NC_020369	TTA	4	46847	46858	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284994
84	NC_020369	ATT	4	47396	47406	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284994
85	NC_020369	TAAA	3	48066	48077	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284994
86	NC_020369	AAAT	3	50943	50954	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284994
87	NC_020369	ATA	4	51396	51407	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284994
88	NC_020369	ATGG	3	52328	52338	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	45284994
89	NC_020369	ATTTT	4	53241	53260	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	45284994
90	NC_020369	TTTA	3	53772	53783	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284994
91	NC_020369	TTAT	3	54377	54387	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45284994
92	NC_020369	TA	6	54851	54861	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284994
93	NC_020369	TTA	4	54943	54954	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284994
94	NC_020369	ATTT	3	55015	55025	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45284994
95	NC_020369	ATA	4	55094	55104	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284994
96	NC_020369	AAT	4	55147	55158	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
97	NC_020369	CTT	4	56948	56959	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284995
98	NC_020369	TAT	4	57679	57691	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	45284995
99	NC_020369	ATTT	3	58017	58027	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45284995
100	NC_020369	CAT	4	58621	58631	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45284995
101	NC_020369	GAATT	3	59254	59268	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_020369	TAT	4	59957	59967	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
103	NC_020369	AT	6	61337	61347	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_020369	TAA	5	61537	61550	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_020369	AAT	4	61702	61714	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284995
106	NC_020369	TAT	4	61752	61763	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	45284995
107	NC_020369	T	15	62972	62986	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	45284995
108	NC_020369	GCCC	3	63505	63517	13	0 %	0 %	25 %	75 %	7 %	45284995
109	NC_020369	ATTTT	3	64096	64110	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	45284995
110	NC_020369	AATA	3	64383	64393	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284995
111	NC_020369	TAAT	3	66508	66518	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284995
112	NC_020369	ATT	4	66961	66971	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284995
113	NC_020369	ATA	4	67339	67350	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284995
114	NC_020369	TAA	4	67358	67369	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284995
115	NC_020369	TAAA	3	67552	67562	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284995
116	NC_020369	ATT	4	68252	68263	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284995
117	NC_020369	TTA	4	68535	68545	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284995
118	NC_020369	CG	6	71295	71306	12	0 %	0 %	50 %	50 %	8 %	Non-Coding
119	NC_020369	TAT	4	71381	71392	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_020369	AAAT	4	71433	71448	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_020369	TTGA	3	72308	72318	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_020369	AAT	4	72421	72431	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_020369	ATTT	3	73274	73284	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45284995
124	NC_020369	CCGGCC	3	73516	73533	18	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	5 %	Non-Coding
125	NC_020369	AAGACC	3	74052	74069	18	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	5 %	45284995

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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