ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Pseudophoenix vinifera plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020364	TACT	3	43	54	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020364	CAG	4	766	777	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45606163
3	NC_020364	AAGT	3	872	882	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45606163
4	NC_020364	TCTAT	4	1725	1743	19	20 %	60 %	0 %	20 %	5 %	Non-Coding
5	NC_020364	CTT	4	1882	1893	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45606163
6	NC_020364	A	13	2684	2696	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45606163
7	NC_020364	AAAATA	4	3014	3037	24	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	4 %	45606163
8	NC_020364	A	15	3656	3670	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_020364	T	16	3853	3868	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_020364	ATA	4	3960	3970	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_020364	AAAT	3	4167	4178	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020364	ACA	4	4291	4301	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
13	NC_020364	ATCT	3	4468	4479	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020364	TAAA	3	4586	4596	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_020364	C	12	4789	4800	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020364	TCTCT	3	4997	5010	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45606164
17	NC_020364	AGAA	3	5226	5237	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606164
18	NC_020364	TTTG	3	5502	5512	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	45606164
19	NC_020364	TCTA	3	6065	6076	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020364	ATTT	3	6663	6674	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020364	A	14	7360	7373	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_020364	A	12	8019	8030	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020364	TTAAA	3	8482	8496	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
24	NC_020364	AAG	5	8563	8577	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_020364	TA	7	8821	8833	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_020364	TATAAC	3	9047	9063	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
27	NC_020364	TTTA	3	9073	9085	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_020364	T	12	9574	9585	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_020364	GAAA	3	10135	10145	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_020364	T	16	11874	11889	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_020364	TATTTG	5	12628	12656	29	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10 %	45606164
32	NC_020364	TATT	6	12699	12723	25	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45606164
33	NC_020364	T	14	13411	13424	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
34	NC_020364	TAA	4	13779	13789	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_020364	A	14	13810	13823	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020364	TTTC	3	14372	14383	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_020364	CATT	3	14388	14399	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_020364	GTATTT	3	14818	14835	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
39	NC_020364	AACT	3	15725	15736	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
40	NC_020364	AATC	3	16783	16793	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_020364	TCAA	3	17081	17092	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45606164
42	NC_020364	T	13	18848	18860	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45606164
43	NC_020364	AT	6	20212	20222	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606164
44	NC_020364	TCT	4	22479	22489	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45606164
45	NC_020364	TTCA	3	22961	22972	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45606164
46	NC_020364	GTT	4	23917	23928	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45606164
47	NC_020364	GAAAA	3	26562	26576	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	45606165
48	NC_020364	AATA	3	28252	28262	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_020364	T	12	28573	28584	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_020364	ATCA	3	29202	29212	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
51	NC_020364	ATAAAT	3	29391	29408	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_020364	TA	6	29736	29748	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_020364	TCT	4	30490	30502	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
54	NC_020364	ATG	4	31665	31676	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_020364	ATC	4	31674	31685	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
56	NC_020364	CATT	3	32120	32131	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
57	NC_020364	TA	6	32826	32838	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_020364	TA	6	32854	32866	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
59	NC_020364	AT	6	32864	32874	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
60	NC_020364	GAAA	3	34542	34553	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606165
61	NC_020364	AG	6	35650	35660	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_020364	GTTC	3	35679	35689	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
63	NC_020364	AT	6	35861	35871	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_020364	TC	6	36241	36251	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45606165
65	NC_020364	ATA	4	36390	36401	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_020364	AT	11	36476	36495	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
67	NC_020364	TC	6	37278	37288	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45606165
68	NC_020364	ATG	4	38828	38838	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45606165
69	NC_020364	AAGA	3	39922	39933	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606165
70	NC_020364	AATG	3	40321	40332	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45606165
71	NC_020364	GCA	4	40726	40737	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45606165
72	NC_020364	TTAA	3	42553	42564	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_020364	TTAA	3	42907	42919	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45606165
74	NC_020364	AAGAA	3	43088	43102	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	45606165
75	NC_020364	TTTC	3	43440	43451	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45606165
76	NC_020364	GAAAAA	3	44380	44398	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	45606165
77	NC_020364	AGT	4	45900	45911	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45606166
78	NC_020364	GAAT	3	46273	46285	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_020364	TTAAT	4	46643	46662	20	40 %	60 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_020364	ATT	4	46723	46735	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_020364	TA	6	46769	46780	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_020364	AT	12	46822	46845	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_020364	ATTT	4	46906	46921	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_020364	TAAGA	3	46977	46991	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
85	NC_020364	A	14	47066	47079	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_020364	TTGA	3	47414	47426	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_020364	AT	6	47727	47740	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_020364	TA	6	48496	48507	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_020364	A	17	48666	48682	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
90	NC_020364	TTCTA	3	48803	48816	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
91	NC_020364	TTACG	3	48832	48846	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
92	NC_020364	ATT	4	50809	50821	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
93	NC_020364	TTA	4	50893	50903	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_020364	TCTCTA	3	51094	51112	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
95	NC_020364	AAAAG	3	51192	51206	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
96	NC_020364	ACTAAT	3	51359	51376	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
97	NC_020364	GAAAA	3	51430	51444	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_020364	A	12	51890	51901	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_020364	TTGTT	3	51968	51981	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_020364	AAACT	3	52703	52717	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
101	NC_020364	T	23	53688	53710	23	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
102	NC_020364	CTTA	4	58126	58141	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
103	NC_020364	TTTA	3	58406	58417	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020364	AAAT	3	59377	59387	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45606166
105	NC_020364	A	14	60262	60275	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020364	AAAAT	3	60470	60484	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_020364	A	12	60518	60529	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_020364	TAGA	3	60704	60715	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_020364	AATTA	3	60953	60966	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_020364	TA	6	61012	61022	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_020364	ATT	4	61035	61045	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_020364	TA	6	61114	61124	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
113	NC_020364	A	14	62442	62455	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45606167
114	NC_020364	AATG	3	63122	63133	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	45606167
115	NC_020364	ATAAAA	3	66841	66858	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_020364	ATTT	3	67085	67096	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
117	NC_020364	TTA	4	67159	67170	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_020364	TTGAA	3	67483	67497	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	45606167
119	NC_020364	A	12	68520	68531	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
120	NC_020364	TAGGA	4	68825	68845	21	40 %	20 %	40 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_020364	TTA	7	69059	69080	22	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_020364	TTC	4	69205	69216	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
123	NC_020364	GAAA	3	69457	69468	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606167
124	NC_020364	AGGAAG	3	69497	69514	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	Non-Coding
125	NC_020364	TA	6	69640	69650	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_020364	TATAA	3	69653	69666	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_020364	AATA	3	69707	69718	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_020364	AAAT	3	70151	70161	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_020364	CTTA	3	70215	70227	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
130	NC_020364	TTTC	3	70711	70723	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
131	NC_020364	AAATA	3	70884	70898	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
132	NC_020364	TGA	6	71562	71580	19	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10 %	45606170
133	NC_020364	A	13	71969	71981	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45606170
134	NC_020364	TTTA	3	72167	72178	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45606170
135	NC_020364	TAT	5	72458	72473	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	45606170
136	NC_020364	ATAA	3	72704	72715	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	45606170
137	NC_020364	T	12	72942	72953	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	45606170
138	NC_020364	TCT	4	72986	72997	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606170
139	NC_020364	TTTC	3	76887	76897	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45606170
140	NC_020364	AAATA	3	77153	77166	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	45606170
141	NC_020364	TGTA	4	78692	78707	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	45606170
142	NC_020364	CTTT	3	79677	79688	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45606170
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172	NC_020364	AGTT	3	114529	114539	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	45606171
173	NC_020364	A	12	115284	115295	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45606171
174	NC_020364	TAAAA	3	115297	115310	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	45606171
175	NC_020364	ATA	4	115319	115331	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45606171
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177	NC_020364	AT	12	115348	115372	25	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606171
178	NC_020364	AT	6	115382	115392	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606171
179	NC_020364	TGTTA	3	115394	115408	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	45606171
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186	NC_020364	AT	7	120059	120074	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45606171
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211	NC_020364	ACTAAT	7	141665	141706	42	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	9 %	45606171
212	NC_020364	AGTAAT	11	141665	141730	66	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	9 %	45606171
213	NC_020364	AAAT	3	142277	142288	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45606171
214	NC_020364	GTA	4	142809	142820	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45606171
215	NC_020364	TAGA	3	147479	147490	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
216	NC_020364	TGAA	3	149651	149662	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45606172
217	NC_020364	ATCA	3	150626	150638	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	45606172
218	NC_020364	ATC	4	152291	152302	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45606172
219	NC_020364	ATTT	3	153504	153515	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45606172
220	NC_020364	ATC	4	155326	155336	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
221	NC_020364	CATT	3	157371	157381	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
222	NC_020364	AT	6	157779	157789	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Pseudophoenix vinifera plastid