ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Zingiber spectabile plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020363	CAG	4	799	810	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45606153
2	NC_020363	T	17	1489	1505	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
3	NC_020363	TTC	4	1962	1973	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606153
4	NC_020363	AT	6	2715	2728	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45606153
5	NC_020363	TCTTT	3	2748	2762	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	45606153
6	NC_020363	AAAATA	3	3096	3113	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	45606153
7	NC_020363	TCT	4	3354	3366	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	45606153
8	NC_020363	AAT	4	3519	3530	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_020363	ATA	4	3721	3733	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_020363	TTGA	3	4305	4316	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_020363	ATTT	3	4409	4420	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020363	TA	8	4853	4868	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_020363	CTTT	3	4884	4894	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
14	NC_020363	TCTT	3	4902	4912	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
15	NC_020363	TTAA	3	4930	4941	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_020363	TTTG	3	5498	5508	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	45606153
17	NC_020363	TA	6	5520	5531	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606153
18	NC_020363	TA	7	6565	6577	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
19	NC_020363	TA	6	7550	7560	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_020363	TTTC	3	7836	7846	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45606153
21	NC_020363	ATT	4	7994	8005	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_020363	TTA	4	8519	8529	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_020363	AT	6	8809	8819	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_020363	ATT	4	8826	8836	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_020363	CAA	4	9069	9079	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
26	NC_020363	AT	7	9082	9095	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_020363	TTCT	3	10109	10119	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
28	NC_020363	A	12	12565	12576	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45606154
29	NC_020363	ATA	5	12710	12724	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45606154
30	NC_020363	AAAT	3	12872	12884	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45606154
31	NC_020363	T	14	13421	13434	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_020363	TTTA	3	13439	13450	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020363	AAAG	5	13643	13662	20	75 %	0 %	25 %	0 %	10 %	Non-Coding
34	NC_020363	ATA	4	14175	14186	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020363	TTTC	3	14290	14301	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
36	NC_020363	CATT	3	14306	14317	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
37	NC_020363	TAC	4	14333	14343	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
38	NC_020363	ATA	4	14543	14555	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_020363	GATA	3	14688	14698	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_020363	AT	7	14703	14716	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_020363	T	12	16992	17003	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020363	TCAA	3	17468	17479	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45606154
43	NC_020363	CAA	4	18107	18118	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	45606154
44	NC_020363	T	17	19129	19145	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45606154
45	NC_020363	T	14	19234	19247	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45606154
46	NC_020363	AT	6	19710	19720	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606154
47	NC_020363	AT	6	20610	20620	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606154
48	NC_020363	TTA	6	21896	21913	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	45606154
49	NC_020363	TCT	5	22892	22905	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	45606154
50	NC_020363	CA	6	23912	23922	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	45606154
51	NC_020363	GTT	4	24321	24332	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45606154
52	NC_020363	GTTCCA	3	25886	25902	17	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	5 %	45606154
53	NC_020363	TCA	4	26675	26685	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45606154
54	NC_020363	TAT	4	27945	27956	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
55	NC_020363	TA	8	28205	28219	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_020363	AT	7	28504	28516	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_020363	A	13	30649	30661	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_020363	ACTAT	3	30833	30847	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
59	NC_020363	ATTT	3	31645	31657	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
60	NC_020363	ATAGT	3	32867	32880	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
61	NC_020363	ATTT	4	33002	33017	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
62	NC_020363	TATTTG	3	33029	33046	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
63	NC_020363	AGTTTT	3	33201	33218	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_020363	T	12	33240	33251	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_020363	ATT	4	33351	33362	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_020363	TTAA	3	33450	33460	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_020363	TTG	4	33463	33475	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
68	NC_020363	TCT	5	33756	33771	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
69	NC_020363	AATA	3	33786	33797	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_020363	TTG	4	36177	36187	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45606155
71	NC_020363	AG	6	36880	36890	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_020363	AT	8	37120	37135	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_020363	TA	6	37276	37287	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_020363	TTAT	3	37554	37564	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_020363	AT	7	37712	37724	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_020363	TAG	4	37919	37929	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_020363	C	13	37959	37971	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020363	TAT	4	38568	38578	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_020363	ATG	4	40073	40083	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45606155
80	NC_020363	GCA	4	41971	41982	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45606155
81	NC_020363	ATG	4	42297	42307	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45606155
82	NC_020363	TATT	3	43306	43317	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_020363	TTAA	3	43780	43791	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_020363	ATATAG	3	44315	44331	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	45606155
85	NC_020363	AGAA	3	44377	44387	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45606155
86	NC_020363	AAATA	3	45919	45933	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
87	NC_020363	AAT	4	46648	46659	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_020363	ATTTTT	3	46722	46740	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
89	NC_020363	GTAT	3	47530	47541	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_020363	TA	7	47559	47572	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_020363	CACATA	3	47861	47879	19	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
92	NC_020363	TAACTA	3	48053	48070	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
93	NC_020363	AT	7	48074	48086	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_020363	AATT	3	48275	48287	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_020363	A	13	48563	48575	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_020363	AT	6	48731	48744	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_020363	CAAA	3	48836	48847	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020363	TTGA	3	48925	48937	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_020363	AAT	4	49253	49264	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_020363	ATTT	3	52362	52372	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_020363	AT	7	52535	52550	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_020363	TAT	4	52548	52559	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_020363	AAT	4	52598	52609	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_020363	ATTA	4	52638	52652	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
105	NC_020363	TTACA	3	53112	53126	15	40 %	40 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
106	NC_020363	AAATA	3	53720	53734	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_020363	ATTT	4	54508	54524	17	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
108	NC_020363	CTAT	3	54562	54574	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
109	NC_020363	CTT	4	54828	54839	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
110	NC_020363	TTCT	3	56107	56119	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	45606156
111	NC_020363	TA	6	58959	58969	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_020363	ATTT	3	59604	59614	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	45606156
113	NC_020363	TGATTA	4	60433	60456	24	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	8 %	45606156
114	NC_020363	AAT	4	61307	61318	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
115	NC_020363	ATT	4	61317	61327	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
116	NC_020363	ATT	7	61347	61367	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
117	NC_020363	AT	6	61371	61381	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
118	NC_020363	AAT	4	61466	61476	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
119	NC_020363	TTTC	3	61655	61666	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45606156
120	NC_020363	ATATG	3	61765	61779	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
121	NC_020363	AT	6	61821	61831	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_020363	CTAA	6	62718	62739	22	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
123	NC_020363	TCA	4	63860	63870	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
124	NC_020363	TCCT	3	63883	63893	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
125	NC_020363	GTTT	3	66370	66380	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_020363	ATA	4	66557	66568	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_020363	TAA	4	66582	66594	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
128	NC_020363	AT	7	66618	66630	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
129	NC_020363	GAAA	6	66697	66721	25	75 %	0 %	25 %	0 %	4 %	Non-Coding
130	NC_020363	AATAA	3	67017	67030	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_020363	T	13	67698	67710	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
132	NC_020363	ATTG	3	68286	68297	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_020363	TTTCA	4	68632	68650	19	20 %	60 %	0 %	20 %	10 %	Non-Coding
134	NC_020363	AAT	5	68772	68786	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_020363	ATT	5	68862	68875	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
136	NC_020363	TTAC	3	68903	68914	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_020363	TTTAAT	3	69360	69378	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
138	NC_020363	A	12	69791	69802	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45606157
139	NC_020363	T	17	69959	69975	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
140	NC_020363	ATTTGA	3	70073	70089	17	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	45606157
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142	NC_020363	AAAT	3	70620	70630	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_020363	TAGC	3	70856	70867	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
144	NC_020363	AT	6	71044	71055	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
145	NC_020363	ATAA	3	71759	71770	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45606160
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150	NC_020363	TTTC	3	72734	72744	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45606160
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152	NC_020363	TCTTT	4	75593	75613	21	0 %	80 %	0 %	20 %	9 %	45606160
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156	NC_020363	ATTA	3	79567	79578	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606160
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159	NC_020363	ATA	4	80610	80621	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45606160
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171	NC_020363	TGTA	3	85704	85715	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	45606160
172	NC_020363	CTT	4	86362	86373	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606160
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227	NC_020363	TAT	5	125267	125281	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	45606161
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230	NC_020363	TCTT	3	126434	126445	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45606161
231	NC_020363	AAAGA	3	126778	126791	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	45606161
232	NC_020363	AT	7	127121	127134	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45606161
233	NC_020363	CTA	4	127324	127335	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45606161
234	NC_020363	CATT	3	127395	127406	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	45606161
235	NC_020363	CTTTT	4	127978	127997	20	0 %	80 %	0 %	20 %	5 %	45606161
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237	NC_020363	TCT	7	128808	128829	22	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45606161
238	NC_020363	A	12	128968	128979	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45606161
239	NC_020363	TTC	4	129341	129352	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606161
240	NC_020363	TTC	5	129362	129376	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	45606161
241	NC_020363	GGAT	3	137479	137490	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45606161
242	NC_020363	A	15	141344	141358	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45606161
243	NC_020363	GTA	4	141710	141721	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45606161
244	NC_020363	ACAA	3	143490	143501	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	45606161
245	NC_020363	ACCGG	3	145604	145618	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
246	NC_020363	CTT	4	145695	145705	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
247	NC_020363	AT	6	145756	145767	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
248	NC_020363	TGAA	3	148146	148157	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45606161
249	NC_020363	TCTT	3	149030	149041	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45606161
250	NC_020363	TCA	4	149083	149094	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45606161
251	NC_020363	ATCA	3	149133	149145	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	45606161
252	NC_020363	TTCAGA	3	149401	149417	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	45606161
253	NC_020363	TC	6	150392	150403	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45606161
254	NC_020363	ATC	4	150816	150827	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45606161
255	NC_020363	ACAA	3	152664	152675	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	45606161
256	NC_020363	ATTT	3	153428	153439	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
257	NC_020363	AT	6	153443	153454	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
258	NC_020363	ATC	4	153613	153623	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
259	NC_020363	CATT	3	155667	155677	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Zingiber spectabile plastid