ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Podocarpus totara chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020361	TCAA	4	308	323	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
2	NC_020361	GATT	3	613	625	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45606133
3	NC_020361	CTC	4	937	949	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	45606133
4	NC_020361	GCAT	3	2252	2263	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	45606133
5	NC_020361	AAT	5	2855	2868	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_020361	TGAA	3	3164	3174	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
7	NC_020361	GAAC	3	3732	3742	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
8	NC_020361	TAA	4	5936	5947	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45606133
9	NC_020361	AAT	4	5960	5971	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45606133
10	NC_020361	ATTA	3	7009	7020	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606133
11	NC_020361	CTAT	3	7868	7878	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_020361	ATAG	3	7888	7899	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_020361	AT	6	8905	8915	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606133
14	NC_020361	AAAG	3	8982	8992	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_020361	CATT	3	11107	11118	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	45606134
16	NC_020361	ATA	4	12911	12923	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45606134
17	NC_020361	AGAA	3	13338	13349	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_020361	CT	6	13939	13949	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
19	NC_020361	TCT	4	16199	16210	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606134
20	NC_020361	TGT	4	21003	21013	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45606134
21	NC_020361	CTT	4	21673	21684	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45606134
22	NC_020361	TGAT	4	24065	24080	16	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
23	NC_020361	G	13	24404	24416	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020361	A	14	26474	26487	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45606134
25	NC_020361	ATCA	3	27420	27431	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
26	NC_020361	T	12	27790	27801	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020361	CGTT	3	27916	27926	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
28	NC_020361	AT	8	30359	30374	16	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020361	AT	8	30484	30499	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_020361	AT	9	30502	30519	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
31	NC_020361	ATATCT	3	30516	30533	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
32	NC_020361	AT	8	30792	30806	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
33	NC_020361	TTCTAC	3	30842	30860	19	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	10 %	Non-Coding
34	NC_020361	TTGA	3	31203	31214	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020361	AT	6	31394	31405	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_020361	GACA	3	32407	32418	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	45606135
37	NC_020361	TC	8	32995	33009	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
38	NC_020361	GAAT	3	33889	33899	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_020361	GGAA	3	34000	34011	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_020361	TTAC	3	34140	34150	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45606135
41	NC_020361	AAT	4	36256	36266	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_020361	AT	7	36458	36470	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_020361	CAT	4	37406	37416	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45606135
44	NC_020361	ATG	4	38910	38920	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45606135
45	NC_020361	TATT	3	41143	41153	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_020361	AAAG	3	41210	41221	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606135
47	NC_020361	GA	6	41258	41268	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45606135
48	NC_020361	AAAT	3	42148	42158	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45606135
49	NC_020361	CT	6	42740	42750	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
50	NC_020361	CTAT	4	42803	42818	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
51	NC_020361	ATAG	3	42823	42834	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020361	GAA	4	43072	43083	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45606135
53	NC_020361	G	12	45667	45678	12	0 %	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020361	TTC	4	45928	45939	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
55	NC_020361	TCATT	3	46537	46551	15	20 %	60 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020361	CGATC	3	49618	49631	14	20 %	20 %	20 %	40 %	7 %	45606135
57	NC_020361	ATTC	3	49904	49915	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45606135
58	NC_020361	ATT	4	51329	51340	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_020361	ATGTAT	3	51526	51543	18	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
60	NC_020361	TTC	4	56353	56364	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606136
61	NC_020361	TTC	4	56374	56385	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606136
62	NC_020361	TTC	4	56395	56406	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45606136
63	NC_020361	TTTC	3	57628	57638	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
64	NC_020361	TTCT	3	58189	58200	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
65	NC_020361	TCT	4	59237	59248	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
66	NC_020361	CAAT	3	59692	59702	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45606137
67	NC_020361	AT	6	61683	61694	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	45606137
68	NC_020361	T	13	61909	61921	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45606137
69	NC_020361	AATT	3	62243	62253	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606137
70	NC_020361	TCCA	3	63014	63025	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
71	NC_020361	AT	6	63066	63076	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_020361	TCT	4	63476	63486	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45606137
73	NC_020361	ATCT	3	63504	63514	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45606137
74	NC_020361	TTCT	3	65197	65208	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45606137
75	NC_020361	AT	7	65404	65419	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45606137
76	NC_020361	GA	6	65698	65708	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	45606137
77	NC_020361	TA	6	65914	65924	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606137
78	NC_020361	A	12	66733	66744	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45606137
79	NC_020361	TA	8	68502	68516	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45606137
80	NC_020361	CAAA	3	68550	68561	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	45606137
81	NC_020361	AT	6	68700	68711	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606137
82	NC_020361	TCTT	3	68987	68999	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	45606137
83	NC_020361	TCTA	3	69131	69142	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45606137
84	NC_020361	A	12	71917	71928	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45606137
85	NC_020361	AT	6	71952	71962	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606137
86	NC_020361	AGA	4	72016	72027	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45606137
87	NC_020361	C	13	72121	72133	13	0 %	0 %	0 %	100 %	7 %	45606137
88	NC_020361	ATTT	3	75992	76003	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45606137
89	NC_020361	ATT	4	76140	76151	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45606137
90	NC_020361	CTGT	3	76984	76996	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	45606137
91	NC_020361	AT	6	77033	77044	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606137
92	NC_020361	AT	12	78820	78841	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606137
93	NC_020361	A	15	80199	80213	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45606137
94	NC_020361	GAA	4	80521	80532	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45606137
95	NC_020361	AAAC	3	80634	80644	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	45606137
96	NC_020361	GAG	4	83944	83955	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	45606137
97	NC_020361	GAG	4	84049	84060	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	45606137
98	NC_020361	GAA	4	84124	84134	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45606137
99	NC_020361	GAG	4	84157	84167	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	45606137
100	NC_020361	AATC	3	88067	88078	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45606137
101	NC_020361	GCT	4	89758	89769	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45606137
102	NC_020361	TTATA	3	90512	90527	16	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	45606137
103	NC_020361	TAGAT	4	91458	91476	19	40 %	40 %	20 %	0 %	10 %	45606137
104	NC_020361	CAAT	3	91903	91915	13	50 %	25 %	0 %	25 %	7 %	45606137
105	NC_020361	GTTT	3	92396	92406	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	45606137
106	NC_020361	AAAT	3	92640	92652	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45606137
107	NC_020361	TTGA	3	93246	93257	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	45606137
108	NC_020361	AT	8	93842	93856	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45606137
109	NC_020361	TA	6	93880	93890	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45606137
110	NC_020361	TA	7	93895	93907	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45606137
111	NC_020361	TCGA	3	94336	94347	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	45606137
112	NC_020361	AAAAT	3	96358	96371	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	45606137
113	NC_020361	A	12	97325	97336	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45606137
114	NC_020361	TCGA	3	97789	97801	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45606137
115	NC_020361	CTAC	3	99166	99177	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	45606137
116	NC_020361	AT	6	103287	103298	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45606137
117	NC_020361	ATTA	4	103333	103348	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45606137
118	NC_020361	A	15	105507	105521	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45606137
119	NC_020361	TTA	4	106026	106036	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45606137
120	NC_020361	ACAT	3	107311	107321	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45606137
121	NC_020361	AAAG	3	108260	108271	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606137
122	NC_020361	T	12	112006	112017	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
123	NC_020361	GAAA	3	113654	113664	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45606139
124	NC_020361	AAAG	3	114960	114971	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45606139
125	NC_020361	CTTT	3	115188	115198	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45606139
126	NC_020361	TC	6	115220	115230	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45606139
127	NC_020361	TTTCAA	3	115922	115939	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	45606139
128	NC_020361	TTG	4	116549	116560	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45606139
129	NC_020361	CATT	3	117078	117089	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45606139
130	NC_020361	ATT	4	118724	118735	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45606139
131	NC_020361	TA	6	119324	119334	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
132	NC_020361	ATA	4	119735	119746	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
133	NC_020361	ATA	5	119899	119914	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
134	NC_020361	TTA	4	121401	121412	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45606140
135	NC_020361	AAT	4	121887	121897	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45606140
136	NC_020361	ACT	4	122897	122907	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
137	NC_020361	TA	8	122955	122970	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
138	NC_020361	AAGT	3	124415	124425	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45606140
139	NC_020361	CATA	3	124818	124829	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020361	ATAG	3	124951	124962	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020361	CATT	3	126636	126647	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45606140
142	NC_020361	AAAT	3	126766	126777	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45606140
143	NC_020361	ATG	4	126886	126897	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45606140
144	NC_020361	TA	9	127491	127508	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
145	NC_020361	ATTT	3	127658	127668	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
146	NC_020361	CCTATT	3	128701	128718	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
147	NC_020361	CTTT	3	128826	128837	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
148	NC_020361	CTA	4	130463	130473	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45606140
149	NC_020361	CTAT	3	130707	130718	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
150	NC_020361	ATTA	4	130876	130890	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
151	NC_020361	TTTC	3	131403	131413	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45606140
152	NC_020361	ATTC	3	131790	131801	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
153	NC_020361	AGT	4	132047	132058	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45606140
154	NC_020361	GA	6	132234	132245	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
155	NC_020361	ATATA	3	132494	132507	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
156	NC_020361	ATACAT	3	132866	132883	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
157	NC_020361	ACT	4	133133	133143	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Podocarpus totara chloroplast