ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Arundinaria gigantea chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020341	CAG	4	680	691	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284946
2	NC_020341	AAGT	3	786	796	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284946
3	NC_020341	TCTTT	3	2602	2616	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	45284946
4	NC_020341	A	20	3556	3575	20	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
5	NC_020341	TAAA	3	4453	4464	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_020341	TTTA	3	4498	4509	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_020341	CTT	4	4533	4544	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284946
8	NC_020341	TCTCT	3	4682	4695	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45284946
9	NC_020341	TTCT	3	5141	5151	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284946
10	NC_020341	TTAT	3	5856	5866	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_020341	TTTAA	3	5969	5982	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_020341	TAA	4	6382	6392	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_020341	CTT	4	6786	6796	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
14	NC_020341	AGT	4	6919	6930	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_020341	TTGAC	3	6989	7003	15	20 %	40 %	20 %	20 %	6 %	Non-Coding
16	NC_020341	GAA	4	9015	9026	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
17	NC_020341	GAAA	3	10902	10913	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284946
18	NC_020341	TTG	4	11307	11317	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284946
19	NC_020341	AG	6	12025	12035	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_020341	AAGT	3	12322	12332	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
21	NC_020341	CGTAG	3	12915	12928	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
22	NC_020341	CTTT	6	13238	13261	24	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020341	AATCT	3	13805	13818	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020341	CCTT	3	14685	14696	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
25	NC_020341	AAGA	3	14841	14852	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_020341	A	15	15753	15767	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_020341	T	12	15811	15822	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020341	TAT	4	16005	16015	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_020341	ATTT	3	16448	16458	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_020341	GTAT	3	17380	17390	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_020341	T	12	17702	17713	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020341	TAA	4	18099	18109	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_020341	ACTTCT	3	18198	18215	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	Non-Coding
34	NC_020341	ATAC	4	18257	18272	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
35	NC_020341	TAT	4	18792	18802	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_020341	TTTC	3	18854	18864	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_020341	AAAT	3	18894	18905	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_020341	TAAGAA	3	19067	19083	17	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
39	NC_020341	AAAG	3	19347	19357	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
40	NC_020341	ATCA	3	19534	19544	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_020341	ATGA	3	19892	19903	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_020341	A	13	20086	20098	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
43	NC_020341	ATA	4	20846	20856	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_020341	CTA	4	21186	21197	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
45	NC_020341	ATT	4	21294	21304	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_020341	TTTC	3	22252	22264	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	45284947
47	NC_020341	AAAAG	3	23047	23060	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	45284947
48	NC_020341	AAC	4	24924	24935	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	45284947
49	NC_020341	AAT	5	26612	26626	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45284947
50	NC_020341	AGAA	3	26840	26851	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284947
51	NC_020341	AT	6	27911	27921	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284947
52	NC_020341	TTCA	3	29581	29591	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284947
53	NC_020341	AGAAAG	3	29808	29824	17	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	45284947
54	NC_020341	GAA	4	30106	30117	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284947
55	NC_020341	ATTT	3	31729	31740	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_020341	ATTTTA	3	31778	31796	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
57	NC_020341	ATT	4	31885	31897	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
58	NC_020341	A	17	31968	31984	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
59	NC_020341	AGA	4	32374	32384	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284947
60	NC_020341	AT	6	32842	32852	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_020341	TA	6	33016	33026	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284947
62	NC_020341	GTT	5	33576	33590	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	45284947
63	NC_020341	AT	6	34043	34053	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
64	NC_020341	T	12	34523	34534	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020341	TGC	4	34566	34577	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284947
66	NC_020341	CTTT	3	34833	34843	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
67	NC_020341	A	12	36098	36109	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284947
68	NC_020341	AAAAG	3	36131	36144	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	45284947
69	NC_020341	TTTC	3	38470	38480	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
70	NC_020341	T	13	38487	38499	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_020341	AAAAC	3	39283	39296	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
72	NC_020341	AAGA	3	41773	41784	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284948
73	NC_020341	TG	6	42614	42624	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	45284948
74	NC_020341	CTAG	3	42716	42728	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45284948
75	NC_020341	AAG	4	44709	44720	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284948
76	NC_020341	ATCA	3	44752	44762	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45284948
77	NC_020341	AGT	4	45111	45121	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284948
78	NC_020341	TCCT	3	45160	45171	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	45284948
79	NC_020341	T	13	45258	45270	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284948
80	NC_020341	A	25	46238	46262	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284948
81	NC_020341	TAT	4	46746	46756	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_020341	AAAG	3	47219	47229	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_020341	GGGGAA	3	47303	47321	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
84	NC_020341	TA	6	48132	48142	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_020341	ATCTTA	3	48403	48421	19	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
86	NC_020341	TTTTG	3	48776	48789	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_020341	A	13	48872	48884	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_020341	G	15	48935	48949	15	0 %	0 %	100 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_020341	TTGA	3	49193	49205	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_020341	CTT	4	50337	50348	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
91	NC_020341	TATT	3	50466	50477	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020341	CAGA	3	50960	50970	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	45284948
93	NC_020341	T	14	52071	52084	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284948
94	NC_020341	TAGG	4	54142	54157	16	25 %	25 %	50 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_020341	AATT	3	56279	56290	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_020341	AATA	4	58609	58625	17	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
97	NC_020341	TTGAA	3	60728	60742	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_020341	TCTT	3	61735	61746	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284949
99	NC_020341	ATTC	3	61909	61919	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
100	NC_020341	TTC	4	62894	62905	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284949
101	NC_020341	TGTT	3	63087	63097	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_020341	TCT	4	63321	63331	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
103	NC_020341	TTA	4	65145	65156	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_020341	TAAA	3	65351	65362	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_020341	TTGAA	3	65472	65486	15	40 %	40 %	20 %	0 %	6 %	45284950
106	NC_020341	AAAG	3	66075	66085	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_020341	TATT	3	66989	66999	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_020341	TTC	4	67045	67056	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
109	NC_020341	AAAT	3	67317	67328	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284950
110	NC_020341	AT	7	67455	67467	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_020341	ATA	4	67473	67483	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_020341	ATTT	3	67577	67588	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_020341	AGAA	3	70359	70370	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	45284946
114	NC_020341	T	13	70391	70403	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284946
115	NC_020341	T	13	73484	73496	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284946
116	NC_020341	TTTA	3	73688	73699	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	45284946
117	NC_020341	A	19	73731	73749	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45284946
118	NC_020341	GAAA	4	73801	73816	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	45284946
119	NC_020341	TCTT	5	75538	75556	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	45284946
120	NC_020341	TTTC	3	76263	76273	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284946
121	NC_020341	AGA	4	76294	76305	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284946
122	NC_020341	TAT	4	77352	77362	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284946
123	NC_020341	AGAA	3	78221	78231	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284946
124	NC_020341	T	12	78543	78554	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	45284946
125	NC_020341	T	12	78561	78572	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	45284946
126	NC_020341	T	15	79152	79166	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	45284946
127	NC_020341	TTC	4	80904	80916	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	45284946
128	NC_020341	TCT	4	82558	82571	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	45284946
129	NC_020341	T	16	82638	82653	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	45284946
130	NC_020341	AGAAT	3	83032	83045	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	45284946
131	NC_020341	AATG	3	83046	83056	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284946
132	NC_020341	TTC	4	83661	83671	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284946
133	NC_020341	TA	6	86950	86961	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45284946
134	NC_020341	TCAAAA	4	87993	88016	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	45284946
135	NC_020341	ATA	4	90317	90327	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284946
136	NC_020341	TTTGTT	3	91236	91254	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	45284946
137	NC_020341	TTCT	3	91375	91385	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284946
138	NC_020341	TAC	4	92133	92144	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45284946
139	NC_020341	AAAC	3	96263	96275	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	45284950
140	NC_020341	ATCC	3	96397	96408	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	45284950
141	NC_020341	CTAT	3	96785	96796	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284950
142	NC_020341	ACGG	3	99655	99666	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	45284950
143	NC_020341	AGGT	3	99939	99950	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45284950
144	NC_020341	AACG	3	101264	101275	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	45284950
145	NC_020341	AAAG	4	102601	102616	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	45284950
146	NC_020341	GAAT	3	104218	104228	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284950
147	NC_020341	AAGG	3	104230	104241	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	45284950
148	NC_020341	AAAG	3	104511	104521	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284950
149	NC_020341	GTTA	3	104672	104684	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284950
150	NC_020341	AAG	4	105877	105888	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284950
151	NC_020341	T	17	107211	107227	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45284950
152	NC_020341	CAAA	3	107723	107734	12	75 %	0 %	0 %	25 %	0 %	45284950
153	NC_020341	ATA	4	107955	107965	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284950
154	NC_020341	CAA	4	111222	111232	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	45284950
155	NC_020341	AAAT	4	111749	111768	20	75 %	25 %	0 %	0 %	5 %	45284950
156	NC_020341	TAT	5	112057	112070	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	45284950
157	NC_020341	TTTA	3	112556	112567	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284950
158	NC_020341	AATA	3	114945	114956	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	45284950
159	NC_020341	TC	6	116909	116920	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45284950
160	NC_020341	ATTC	3	117340	117350	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284950
161	NC_020341	TAA	4	117429	117439	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284950
162	NC_020341	CTTT	4	118952	118967	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	45284950
163	NC_020341	TCGT	3	120292	120303	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	45284950
164	NC_020341	CTTA	3	120499	120509	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284950
165	NC_020341	CCGT	3	121902	121913	12	0 %	25 %	25 %	50 %	8 %	45284950
166	NC_020341	AGGA	3	124936	124947	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	45284950
167	NC_020341	GGAT	3	125160	125171	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45284950
168	NC_020341	ATAAGC	3	125762	125779	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	45284950
169	NC_020341	GTA	4	129424	129435	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284950
170	NC_020341	AGAA	3	130183	130193	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284953
171	NC_020341	GAAAA	3	130742	130757	16	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
172	NC_020341	TTTTGA	4	133552	133575	24	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	8 %	Non-Coding
173	NC_020341	TGAA	3	135704	135715	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
174	NC_020341	CATT	3	138512	138522	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
175	NC_020341	ATTCT	3	138523	138536	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
176	NC_020341	A	15	138920	138934	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Arundinaria gigantea chloroplast