ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Taxus mairei voucher NN014 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020321	AT	15	334	361	28	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
2	NC_020321	TCT	4	928	938	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284911
3	NC_020321	CAG	4	1192	1203	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284911
4	NC_020321	TTTA	3	1760	1772	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_020321	GAAT	3	2160	2171	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284911
6	NC_020321	ATC	4	2376	2386	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45284911
7	NC_020321	TAAA	3	2585	2595	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284911
8	NC_020321	TCCA	3	3205	3216	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	45284911
9	NC_020321	AACA	3	4772	4783	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
10	NC_020321	ATCTA	3	6986	6999	14	40 %	40 %	0 %	20 %	7 %	45284911
11	NC_020321	TTA	4	7801	7812	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020321	TCTG	3	8950	8961	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
13	NC_020321	GAT	4	9055	9065	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
14	NC_020321	T	14	9378	9391	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284911
15	NC_020321	ATAA	3	10451	10461	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284911
16	NC_020321	TAC	4	13330	13341	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45284911
17	NC_020321	GGA	4	13426	13436	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	45284911
18	NC_020321	GAAA	3	16344	16355	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284912
19	NC_020321	AAGA	3	16356	16367	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284912
20	NC_020321	AT	7	17049	17061	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
21	NC_020321	AAT	4	17129	17139	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
22	NC_020321	AGGG	3	17220	17232	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_020321	AATT	3	17553	17565	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020321	CT	6	17684	17694	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
25	NC_020321	CTG	4	17936	17947	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284912
26	NC_020321	AAAG	3	18450	18461	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284912
27	NC_020321	TATT	3	21384	21394	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_020321	AC	6	21942	21953	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
29	NC_020321	AGAAA	3	22620	22633	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
30	NC_020321	TAA	4	23592	23603	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_020321	CT	6	24044	24054	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
32	NC_020321	TATT	3	24685	24695	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_020321	TTAC	3	24804	24814	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_020321	TA	14	25689	25714	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
35	NC_020321	AAAT	3	25979	25990	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284912
36	NC_020321	TTAT	3	27213	27224	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284912
37	NC_020321	AGA	4	28142	28153	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284912
38	NC_020321	AAC	4	29168	29179	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	45284912
39	NC_020321	ATA	4	30149	30160	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284912
40	NC_020321	GAG	4	30577	30587	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	45284912
41	NC_020321	GAA	4	30632	30642	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284912
42	NC_020321	AT	7	32846	32859	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45284912
43	NC_020321	TCA	4	34975	34985	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45284912
44	NC_020321	A	14	35018	35031	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45284912
45	NC_020321	TAT	4	35113	35123	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
46	NC_020321	A	12	35653	35664	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_020321	TAT	4	37050	37060	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_020321	CTG	4	37588	37599	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284913
49	NC_020321	AAAT	3	38149	38161	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45284913
50	NC_020321	AAC	4	38650	38661	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	45284913
51	NC_020321	TTGA	3	38718	38729	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	45284913
52	NC_020321	A	13	39337	39349	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_020321	AT	8	39353	39367	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_020321	TCGA	3	39802	39813	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	45284913
55	NC_020321	TTTA	3	40959	40969	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_020321	TTTA	3	41160	41171	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_020321	ATT	4	41476	41487	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_020321	TTTTA	3	41490	41504	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_020321	TAA	4	43257	43268	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_020321	AAT	4	43440	43451	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
61	NC_020321	CAA	4	44143	44154	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020321	TAGA	3	45693	45704	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020321	TCTA	3	45709	45720	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	45284913
64	NC_020321	ATA	5	47787	47801	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
65	NC_020321	TAT	4	48659	48669	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284914
66	NC_020321	T	12	50696	50707	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020321	TAAA	3	50789	50799	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_020321	CATA	4	50842	50856	15	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
69	NC_020321	AGC	4	51164	51175	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284914
70	NC_020321	GAC	5	53905	53919	15	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
71	NC_020321	AGA	4	54147	54158	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020321	AAT	4	54364	54375	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_020321	TAA	4	55071	55081	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284914
74	NC_020321	TA	6	55267	55277	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_020321	GAA	92	55403	55678	276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_020321	AGA	8	55415	55437	23	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_020321	GAA	5	55445	55459	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
78	NC_020321	GAA	5	55463	55477	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_020321	GATAAG	3	56060	56077	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
80	NC_020321	GAG	5	56078	56092	15	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	6 %	Non-Coding
81	NC_020321	GAT	4	56372	56383	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_020321	AATT	5	56433	56451	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
83	NC_020321	TAA	4	56510	56522	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
84	NC_020321	AAAT	3	56713	56724	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_020321	AT	6	57373	57384	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_020321	TA	6	57396	57407	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_020321	TAATA	3	57424	57438	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020321	AATTT	3	57886	57899	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_020321	AAT	4	57931	57941	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_020321	AATA	3	61500	61511	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_020321	AG	6	61622	61632	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_020321	TA	6	61979	61989	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_020321	ATTATA	3	62556	62572	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
94	NC_020321	TC	6	62807	62818	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020321	AT	6	64542	64552	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_020321	TTTC	3	64818	64829	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284915
97	NC_020321	ATA	4	64944	64956	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_020321	TATT	4	65315	65329	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
99	NC_020321	TAT	4	66055	66065	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
100	NC_020321	TATAA	3	66129	66142	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
101	NC_020321	TTAT	4	66216	66230	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
102	NC_020321	TTA	4	68233	68244	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284915
103	NC_020321	TAT	4	68612	68623	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_020321	ATT	4	68958	68968	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_020321	GA	6	69607	69618	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_020321	T	13	69846	69858	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_020321	T	15	69864	69878	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020321	ATA	4	70464	70475	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
109	NC_020321	T	14	70723	70736	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
110	NC_020321	GATA	3	71692	71702	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_020321	AAATA	3	72501	72515	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	45284916
112	NC_020321	AATA	3	72544	72555	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_020321	TAAA	3	74072	74082	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
114	NC_020321	TAGA	3	74517	74527	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
115	NC_020321	AATTT	4	74818	74836	19	40 %	60 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
116	NC_020321	AAT	5	76669	76683	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_020321	TTTC	3	77058	77069	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
118	NC_020321	ATA	4	77505	77516	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284917
119	NC_020321	TTTTAT	3	77604	77621	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	45284917
120	NC_020321	CTT	4	78822	78832	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284917
121	NC_020321	AATT	3	80015	80025	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284917
122	NC_020321	CCT	4	80263	80273	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	45284917
123	NC_020321	TAT	4	80429	80441	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	45284917
124	NC_020321	TAT	4	80805	80815	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
125	NC_020321	AATAT	4	80835	80855	21	60 %	40 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_020321	TA	12	81927	81948	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
127	NC_020321	TA	12	81951	81973	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
128	NC_020321	ATTT	3	82067	82077	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_020321	AAG	4	82676	82687	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_020321	TCAT	3	85327	85338	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284917
131	NC_020321	AATA	3	85657	85668	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284917
132	NC_020321	TAGG	3	88133	88143	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	45284917
133	NC_020321	AAG	4	88762	88773	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284917
134	NC_020321	TTTC	3	90054	90065	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284917
135	NC_020321	ATA	4	90097	90107	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284917
136	NC_020321	T	19	90778	90796	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45284917
137	NC_020321	GATA	3	91670	91680	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284917
138	NC_020321	GATC	3	92386	92397	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
139	NC_020321	AC	6	93285	93295	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
140	NC_020321	TAC	4	93631	93642	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
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142	NC_020321	ATTT	3	94023	94033	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
143	NC_020321	GA	6	94442	94452	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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145	NC_020321	AT	6	94959	94969	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
146	NC_020321	TAGA	3	95132	95142	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
147	NC_020321	TTTA	3	97095	97106	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020321	TA	9	97333	97350	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
149	NC_020321	TAAT	3	97462	97473	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
150	NC_020321	TAA	5	97510	97524	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
151	NC_020321	CCCA	3	97590	97601	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
152	NC_020321	CCT	4	97836	97848	13	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	7 %	Non-Coding
153	NC_020321	AGGT	3	100263	100274	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020321	TAAA	3	102459	102469	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
155	NC_020321	ACC	4	102797	102808	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
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157	NC_020321	A	12	103067	103078	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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163	NC_020321	AT	6	104893	104904	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45284917
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167	NC_020321	GTTT	3	107033	107044	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
168	NC_020321	TGT	4	107135	107146	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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172	NC_020321	TTAT	3	111116	111127	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
173	NC_020321	A	14	111133	111146	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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177	NC_020321	AAT	4	112366	112377	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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179	NC_020321	AAAT	3	113858	113868	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284918
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183	NC_020321	TATTAA	3	117189	117207	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
184	NC_020321	ATTT	3	117227	117237	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
185	NC_020321	GTAC	3	117609	117620	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
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189	NC_020321	TCCTT	3	118894	118907	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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191	NC_020321	GTTTT	3	119090	119103	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
192	NC_020321	AAT	4	121281	121291	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
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197	NC_020321	TTCT	4	122919	122934	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
198	NC_020321	CTAT	3	122941	122952	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
199	NC_020321	TCC	4	123344	123355	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
200	NC_020321	AAT	4	124114	124125	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
201	NC_020321	GAAT	3	124185	124195	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
202	NC_020321	GAAT	3	124215	124225	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
203	NC_020321	AT	7	124592	124605	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
204	NC_020321	ATT	4	124906	124917	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
205	NC_020321	ATA	5	125150	125163	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284919
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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