ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Chrysanthemum indicum voucher HeN001 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020320	TCT	4	786	796	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284903
2	NC_020320	ATT	5	1996	2009	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_020320	TTC	4	2184	2195	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284903
4	NC_020320	GAA	4	2961	2972	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284903
5	NC_020320	GAA	4	2989	3000	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284903
6	NC_020320	AGA	5	5071	5084	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
7	NC_020320	ATA	5	5638	5652	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45284903
8	NC_020320	AAG	4	12265	12277	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_020320	GAA	4	17337	17348	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284903
10	NC_020320	GAA	4	17383	17393	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284903
11	NC_020320	TAA	4	23099	23110	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020320	GTT	5	24777	24791	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	45284904
13	NC_020320	TGT	4	28200	28211	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45284904
14	NC_020320	TAA	4	31018	31029	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_020320	TAA	4	31940	31951	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_020320	GAG	4	33726	33736	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	45284904
17	NC_020320	TTC	4	34456	34467	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45284904
18	NC_020320	CTT	4	35543	35554	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
19	NC_020320	ATG	4	38011	38021	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284905
20	NC_020320	GCA	4	39909	39920	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284905
21	NC_020320	ATG	4	40235	40245	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284905
22	NC_020320	TGA	4	41740	41751	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020320	ATA	4	47604	47616	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020320	TAT	4	50291	50301	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
25	NC_020320	TTA	4	51107	51118	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_020320	ATA	4	54034	54044	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
27	NC_020320	TTG	4	54719	54729	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_020320	TAA	7	58556	58577	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_020320	ATA	4	58669	58680	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
30	NC_020320	ATT	4	60840	60851	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020320	TTC	4	61807	61818	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284906
32	NC_020320	TTG	4	63652	63664	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_020320	TTA	6	64088	64104	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_020320	ATA	4	65558	65569	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020320	ATA	4	69287	69297	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284903
36	NC_020320	TCT	4	72457	72468	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284903
37	NC_020320	CTG	4	77434	77446	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	45284903
38	NC_020320	ATA	4	77503	77514	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284903
39	NC_020320	GAT	4	84740	84750	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284903
40	NC_020320	TTC	4	97076	97087	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284907
41	NC_020320	GAA	5	107889	107903	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	45284907
42	NC_020320	ATT	6	112487	112507	21	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	45284907
43	NC_020320	AGA	5	115874	115888	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	45284907
44	NC_020320	TAA	4	117094	117106	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284907
45	NC_020320	ATA	4	122061	122071	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284907
46	NC_020320	CTT	4	122410	122421	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284907
47	NC_020320	GAA	4	136609	136620	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284907

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Chrysanthemum indicum voucher HeN001 chloroplast