ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Chrysanthemum indicum voucher HeN001 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020320	CTAT	3	81	92	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020320	TCT	4	786	796	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284903
3	NC_020320	AAGT	3	1156	1166	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284903
4	NC_020320	A	13	1665	1677	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_020320	TAAA	3	1776	1787	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_020320	T	18	1948	1965	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020320	ATT	5	1996	2009	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_020320	TTC	4	2184	2195	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284903
9	NC_020320	GAA	4	2961	2972	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284903
10	NC_020320	GAA	4	2989	3000	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284903
11	NC_020320	AAAT	3	4427	4437	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_020320	TAAA	3	4622	4632	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_020320	TA	6	4796	4807	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020320	AGA	5	5071	5084	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_020320	TATT	3	5150	5160	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_020320	TCTCT	3	5330	5343	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45284903
17	NC_020320	ATA	5	5638	5652	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	45284903
18	NC_020320	AATT	3	6036	6047	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45284903
19	NC_020320	TTCT	3	7743	7753	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284903
20	NC_020320	GTTT	3	9079	9090	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_020320	TAAT	3	10538	10553	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45284903
22	NC_020320	T	14	10660	10673	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_020320	TTCT	3	10917	10929	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020320	A	13	11217	11229	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_020320	AAG	4	12265	12277	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_020320	T	16	12651	12666	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020320	A	12	13342	13353	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284903
28	NC_020320	ATTC	3	16817	16827	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284903
29	NC_020320	GAA	4	17337	17348	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284903
30	NC_020320	GAA	4	17383	17393	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284903
31	NC_020320	TA	6	18611	18622	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_020320	A	13	23089	23101	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_020320	TAA	4	23099	23110	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_020320	AACA	3	23621	23631	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	45284904
35	NC_020320	ACTT	3	24293	24303	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284904
36	NC_020320	GTT	5	24777	24791	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	45284904
37	NC_020320	AT	6	26589	26600	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
38	NC_020320	ATTT	4	27944	27959	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
39	NC_020320	T	12	27953	27964	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020320	TGT	4	28200	28211	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45284904
41	NC_020320	A	17	29764	29780	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
42	NC_020320	AATA	4	29893	29908	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_020320	ATCT	4	30420	30435	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
44	NC_020320	AT	6	30823	30834	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_020320	TA	8	30962	30977	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
46	NC_020320	TAA	4	31018	31029	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_020320	TAA	4	31940	31951	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
48	NC_020320	GAAA	3	33606	33617	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284904
49	NC_020320	GAG	4	33726	33736	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	45284904
50	NC_020320	TTC	4	34456	34467	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45284904
51	NC_020320	AG	6	34784	34794	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_020320	TGTA	3	35131	35141	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_020320	TC	6	35391	35401	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284904
54	NC_020320	CTT	4	35543	35554	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
55	NC_020320	AAAT	4	35577	35591	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
56	NC_020320	AT	9	35648	35664	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
57	NC_020320	AATT	3	37857	37867	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284905
58	NC_020320	ATG	4	38011	38021	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284905
59	NC_020320	AATG	3	39504	39515	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284905
60	NC_020320	GCA	4	39909	39920	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284905
61	NC_020320	ATG	4	40235	40245	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284905
62	NC_020320	A	22	41587	41608	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
63	NC_020320	TGA	4	41740	41751	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
64	NC_020320	AATCTA	3	41811	41827	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
65	NC_020320	TTTAT	3	42225	42240	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	45284905
66	NC_020320	TTTCT	3	42617	42630	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	45284905
67	NC_020320	TAAAG	3	43356	43369	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	45284905
68	NC_020320	GAAA	3	44111	44121	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
69	NC_020320	AATA	3	46001	46013	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_020320	AT	8	46193	46208	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_020320	A	18	46286	46303	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_020320	AATC	3	46911	46922	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020320	AT	6	47265	47275	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
74	NC_020320	ATA	4	47604	47616	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_020320	TACAA	3	47674	47687	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
76	NC_020320	ATACA	3	47688	47701	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
77	NC_020320	AAAT	3	47875	47886	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_020320	ATTTT	3	48085	48099	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_020320	T	12	50197	50208	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_020320	TAT	4	50291	50301	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_020320	TTTA	4	50303	50318	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_020320	TTA	4	51107	51118	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_020320	ATA	4	54034	54044	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_020320	T	14	54387	54400	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020320	TTG	4	54719	54729	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
86	NC_020320	GGATAA	3	56195	56212	18	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	5 %	45284905
87	NC_020320	TAA	7	58556	58577	22	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_020320	TA	6	58629	58639	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_020320	ATA	4	58669	58680	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_020320	TCAG	3	59570	59581	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	45284906
91	NC_020320	A	15	59881	59895	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
92	NC_020320	ATT	4	60840	60851	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020320	AT	6	61009	61019	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284906
94	NC_020320	TTC	4	61807	61818	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284906
95	NC_020320	AATT	3	62426	62436	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_020320	TTTG	3	62998	63009	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	45284906
97	NC_020320	TTG	4	63652	63664	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_020320	TCTT	3	63884	63895	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_020320	TA	6	64077	64090	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_020320	TTA	6	64088	64104	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_020320	AAAG	3	65265	65276	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_020320	AAAG	3	65282	65293	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_020320	ATA	4	65558	65569	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_020320	TA	6	66565	66575	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_020320	TATT	3	66619	66630	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020320	A	13	67101	67113	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_020320	TGAA	3	67638	67649	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
108	NC_020320	TTTC	3	67672	67684	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
109	NC_020320	ATTT	3	67792	67802	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
110	NC_020320	AAGA	3	68934	68944	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284903
111	NC_020320	TTTA	3	69108	69119	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284903
112	NC_020320	T	14	69204	69217	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284903
113	NC_020320	ATA	4	69287	69297	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284903
114	NC_020320	TA	6	69939	69949	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284903
115	NC_020320	ATTG	3	69984	69995	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	45284903
116	NC_020320	ATTC	3	70168	70179	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284903
117	NC_020320	CATAGT	3	71001	71017	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	45284903
118	NC_020320	CTTT	3	71048	71058	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284903
119	NC_020320	GGTT	3	72086	72097	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	45284903
120	NC_020320	TCT	4	72457	72468	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284903
121	NC_020320	TAAA	3	72882	72892	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284903
122	NC_020320	TTTC	3	73772	73782	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284903
123	NC_020320	TG	6	75478	75488	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	45284903
124	NC_020320	AGAA	3	75641	75651	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284903
125	NC_020320	AAAT	3	76418	76429	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284903
126	NC_020320	T	17	76712	76728	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	45284903
127	NC_020320	AATC	4	76830	76845	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	45284903
128	NC_020320	CTG	4	77434	77446	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	45284903
129	NC_020320	ATA	4	77503	77514	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284903
130	NC_020320	T	17	79130	79146	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45284903
131	NC_020320	T	13	79636	79648	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284903
132	NC_020320	AAAG	3	79671	79682	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284903
133	NC_020320	TTCT	4	80911	80926	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	45284903
134	NC_020320	AT	6	81028	81038	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284903
135	NC_020320	TTAT	3	81099	81110	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284903
136	NC_020320	CAAT	3	81388	81398	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45284903
137	NC_020320	TATC	3	82069	82080	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284903
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188	NC_020320	CCTT	3	132405	132415	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284907
189	NC_020320	GGAT	3	132771	132782	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45284907
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ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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