ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Cycas revoluta chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020319	ATCG	3	81	92	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020319	ATAG	4	220	235	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
3	NC_020319	CTAT	4	232	247	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
4	NC_020319	AG	6	729	740	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_020319	CGT	4	2626	2636	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	45284892
6	NC_020319	CTAC	3	3820	3831	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020319	TTC	4	6956	6966	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
8	NC_020319	GGAT	3	7249	7260	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_020319	AGAA	3	7774	7786	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_020319	AAAG	3	10012	10022	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284892
11	NC_020319	CCAA	3	10701	10713	13	50 %	0 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
12	NC_020319	A	14	11048	11061	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_020319	TTC	4	11354	11365	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020319	GTA	4	11593	11604	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
15	NC_020319	TCTA	3	12831	12843	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	45284892
16	NC_020319	AAGAA	3	16633	16646	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	45284892
17	NC_020319	TCT	4	16821	16832	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
18	NC_020319	CGAA	3	19798	19808	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	45284892
19	NC_020319	TTCTT	3	20407	20421	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	45284892
20	NC_020319	AGA	4	22674	22685	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
21	NC_020319	GAAA	3	23850	23861	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284892
22	NC_020319	CTTT	3	23976	23986	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284892
23	NC_020319	TTACA	4	24277	24295	19	40 %	40 %	0 %	20 %	10 %	45284892
24	NC_020319	ATCT	3	24418	24429	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284892
25	NC_020319	TA	6	24502	24512	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284892
26	NC_020319	ATGA	3	24525	24537	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	45284892
27	NC_020319	AAG	4	24801	24811	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
28	NC_020319	TTC	4	25035	25045	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284892
29	NC_020319	GAA	4	26386	26396	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
30	NC_020319	A	12	27191	27202	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284892
31	NC_020319	AGA	4	27300	27310	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
32	NC_020319	A	18	29121	29138	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45284892
33	NC_020319	A	25	29425	29449	25	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284892
34	NC_020319	T	14	30111	30124	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284892
35	NC_020319	TAA	4	30528	30540	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284892
36	NC_020319	CTA	4	30739	30750	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
37	NC_020319	GGAA	3	30855	30866	12	50 %	0 %	50 %	0 %	0 %	45284892
38	NC_020319	GAAT	3	31744	31754	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284892
39	NC_020319	AT	6	34032	34043	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45284892
40	NC_020319	TCCATC	3	37744	37762	19	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	10 %	45284892
41	NC_020319	A	23	39870	39892	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	45284892
42	NC_020319	GAAA	3	39931	39941	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284892
43	NC_020319	GAT	4	40091	40101	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
44	NC_020319	TATTTT	5	40853	40883	31	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	9 %	45284892
45	NC_020319	ACTT	3	41753	41763	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284892
46	NC_020319	T	13	43034	43046	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45284892
47	NC_020319	A	19	43344	43362	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45284892
48	NC_020319	TCTTT	3	43392	43407	16	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	45284892
49	NC_020319	A	17	44058	44074	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45284892
50	NC_020319	AGAA	4	44208	44222	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	45284892
51	NC_020319	T	14	45287	45300	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45284892
52	NC_020319	TC	6	45610	45621	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	45284892
53	NC_020319	TCC	4	45966	45977	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	45284892
54	NC_020319	CCGTT	3	46900	46914	15	0 %	40 %	20 %	40 %	6 %	45284892
55	NC_020319	A	16	50641	50656	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45284892
56	NC_020319	CTT	4	51376	51387	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
57	NC_020319	GATA	3	52018	52029	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284892
58	NC_020319	A	18	56339	56356	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45284892
59	NC_020319	TAT	4	56667	56678	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	45284892
60	NC_020319	AAT	4	58374	58384	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284892
61	NC_020319	A	15	59343	59357	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45284892
62	NC_020319	ATAG	3	59680	59691	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284892
63	NC_020319	GTT	4	63728	63738	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
64	NC_020319	AT	6	64961	64971	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284892
65	NC_020319	G	13	65863	65875	13	0 %	0 %	100 %	0 %	7 %	45284892
66	NC_020319	A	15	65927	65941	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45284892
67	NC_020319	CTT	4	68479	68490	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
68	NC_020319	CAA	4	69499	69509	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	45284892
69	NC_020319	TAC	4	71765	71776	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
70	NC_020319	CAT	4	72520	72530	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	45284892
71	NC_020319	TAG	4	73180	73191	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
72	NC_020319	ATCT	4	77026	77041	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	45284892
73	NC_020319	GAT	4	77571	77582	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
74	NC_020319	CT	6	77789	77799	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284892
75	NC_020319	TC	6	77951	77962	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45284892
76	NC_020319	CTG	4	78044	78055	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284892
77	NC_020319	AG	6	78560	78571	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	45284892
78	NC_020319	CTTTTT	4	81034	81057	24	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	8 %	45284892
79	NC_020319	T	14	81462	81475	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284892
80	NC_020319	TA	6	82217	82228	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45284892
81	NC_020319	GAA	4	82495	82506	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
82	NC_020319	ATCTAT	3	84065	84082	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	45284892
83	NC_020319	AT	20	84159	84196	38	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	45284892
84	NC_020319	CTCTT	3	85368	85381	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45284892
85	NC_020319	ATTCAA	3	90361	90379	19	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	10 %	45284892
86	NC_020319	AAAG	3	90585	90595	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284892
87	NC_020319	CAT	4	92288	92299	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
88	NC_020319	GAA	4	93627	93637	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
89	NC_020319	ATTCT	3	93690	93703	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	45284892
90	NC_020319	TTTC	3	96317	96328	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284892
91	NC_020319	TGAA	3	97059	97070	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284892
92	NC_020319	AT	8	98209	98223	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45284892
93	NC_020319	TA	8	98350	98365	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	45284892
94	NC_020319	A	18	98528	98545	18	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45284892
95	NC_020319	A	13	99805	99817	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45284892
96	NC_020319	AAG	4	99888	99898	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	45284892
97	NC_020319	AAG	4	100652	100663	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
98	NC_020319	CAGG	3	101100	101111	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	45284892
99	NC_020319	T	12	102305	102316	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	45284892
100	NC_020319	GAA	4	102639	102650	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284892
101	NC_020319	ATAA	3	103649	103660	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	45284892
102	NC_020319	TC	6	103712	103723	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45284892
103	NC_020319	TAAAA	3	103808	103821	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	45284892
104	NC_020319	A	16	103892	103907	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45284892
105	NC_020319	GATTC	3	104060	104073	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	45284892
106	NC_020319	TC	6	104382	104393	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	45284892
107	NC_020319	GAA	5	104475	104489	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	45284892
108	NC_020319	TAA	4	104934	104944	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	45284892
109	NC_020319	T	27	105715	105741	27	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284892
110	NC_020319	A	14	108061	108074	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45284892
111	NC_020319	GGAAA	3	108077	108091	15	60 %	0 %	40 %	0 %	6 %	45284892
112	NC_020319	A	14	108511	108524	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	45284892
113	NC_020319	CTAT	3	108665	108676	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	45284892
114	NC_020319	ATAG	3	108677	108688	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	45284892
115	NC_020319	GAAT	5	110901	110921	21	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284892
116	NC_020319	TCCAT	3	110931	110944	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	45284892
117	NC_020319	ATAG	3	112183	112194	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284892
118	NC_020319	TA	19	112551	112587	37	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	45284892
119	NC_020319	GCT	4	113256	113267	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284892
120	NC_020319	AT	6	114025	114035	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284892
121	NC_020319	CTT	4	114300	114310	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	45284892
122	NC_020319	TCAT	3	114574	114586	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	45284892
123	NC_020319	TA	6	114599	114609	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	45284892
124	NC_020319	ATAG	3	114680	114691	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284892
125	NC_020319	ATCG	3	116142	116153	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	45284892
126	NC_020319	CTT	4	116427	116438	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
127	NC_020319	TTCG	3	119303	119313	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	45284892
128	NC_020319	TTTC	3	123891	123902	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284892
129	NC_020319	AGAT	3	125495	125505	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284892
130	NC_020319	TAC	4	127507	127518	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	45284892
131	NC_020319	GAA	4	127746	127757	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
132	NC_020319	T	13	128053	128065	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_020319	TTTC	3	128175	128185	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
134	NC_020319	CTTT	3	129089	129099	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284900
135	NC_020319	TTCT	3	131325	131337	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
136	NC_020319	ATCC	3	131851	131862	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
137	NC_020319	GAGG	3	135065	135076	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_020319	AGGT	3	135278	135289	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020319	GAC	4	136474	136484	11	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	9 %	45284901
140	NC_020319	GATC	3	138295	138306	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
141	NC_020319	CT	6	138371	138382	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
142	NC_020319	ATAG	4	138864	138879	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
143	NC_020319	CTAT	4	138876	138891	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
144	NC_020319	TTA	4	139441	139452	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
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150	NC_020319	TATC	4	147438	147453	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
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155	NC_020319	ATCT	3	153472	153483	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
156	NC_020319	TAT	4	153560	153571	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020319	T	14	154151	154164	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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161	NC_020319	TATC	3	158879	158890	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020319	A	29	159910	159938	29	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
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165	NC_020319	TTTC	3	161324	161335	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284902
166	NC_020319	ATCG	3	162226	162237	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
167	NC_020319	ATAG	4	162365	162380	16	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
168	NC_020319	CTAT	4	162377	162392	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Cycas revoluta chloroplast