ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Magnolia grandiflora voucher NJ016 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020318	GAAA	3	226	237	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020318	GAAA	3	338	349	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_020318	CAG	4	1076	1087	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284883
4	NC_020318	AAGT	3	1182	1192	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284883
5	NC_020318	AGA	4	2183	2194	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284883
6	NC_020318	A	16	4401	4416	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_020318	TAGA	3	4677	4688	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_020318	TCTCT	3	5171	5184	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45284883
9	NC_020318	A	18	5399	5416	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	45284883
10	NC_020318	ATAA	3	6571	6581	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_020318	CAT	4	6609	6620	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
12	NC_020318	AAATC	3	6668	6681	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
13	NC_020318	TATTTT	3	7475	7491	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
14	NC_020318	TAAC	4	7682	7697	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
15	NC_020318	GA	6	9256	9267	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_020318	TCTTT	3	9405	9418	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
17	NC_020318	TA	6	9421	9432	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_020318	ATCT	3	10703	10714	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_020318	ATT	4	10858	10869	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_020318	GTTT	3	11296	11307	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	45284884
21	NC_020318	A	23	12738	12760	23	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_020318	TAT	5	14206	14219	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_020318	AAAT	3	14773	14784	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
24	NC_020318	ATT	5	14810	14825	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_020318	TGAAA	3	15454	15468	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_020318	CTTT	3	17514	17525	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_020318	TGT	4	17885	17895	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284884
28	NC_020318	TCAA	3	17978	17989	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45284884
29	NC_020318	T	13	19742	19754	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284884
30	NC_020318	GAAT	3	23932	23942	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284884
31	NC_020318	GTT	4	24789	24800	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45284884
32	NC_020318	GAAA	3	27435	27447	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	45284884
33	NC_020318	TCAT	3	28095	28105	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
34	NC_020318	AGCT	3	28625	28636	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020318	GT	6	29080	29090	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_020318	CAG	4	29408	29419	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
37	NC_020318	T	14	31353	31366	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
38	NC_020318	AT	6	33052	33064	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_020318	TGTA	3	33553	33564	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_020318	TA	6	34340	34351	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_020318	TAAAG	3	34548	34563	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
42	NC_020318	TTCGA	3	34627	34640	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
43	NC_020318	TA	6	34706	34719	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
44	NC_020318	GTA	4	34725	34735	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_020318	GAAA	3	36619	36630	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284885
46	NC_020318	TTG	4	37024	37034	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284885
47	NC_020318	AG	6	37824	37834	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_020318	TC	6	38428	38438	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284885
49	NC_020318	GAAT	3	40666	40676	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284885
50	NC_020318	ATG	4	41021	41031	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284885
51	NC_020318	AATG	3	42514	42525	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284885
52	NC_020318	GCA	4	42919	42930	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284885
53	NC_020318	TG	6	42956	42966	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	45284885
54	NC_020318	TTCCT	3	44228	44241	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
55	NC_020318	TTTA	3	44263	44274	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
56	NC_020318	TAA	4	44524	44536	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
57	NC_020318	ATATCT	3	44548	44565	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
58	NC_020318	TTAA	3	44785	44796	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_020318	T	12	45107	45118	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	45284885
60	NC_020318	ATCA	3	45168	45178	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45284885
61	NC_020318	TCTT	4	45657	45672	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	45284885
62	NC_020318	TCTT	3	46574	46584	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284885
63	NC_020318	TAAA	4	46627	46642	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	45284885
64	NC_020318	ATT	4	46998	47009	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
65	NC_020318	AGT	4	47881	47892	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284885
66	NC_020318	TTTAT	3	48153	48166	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_020318	ATT	4	48808	48818	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_020318	GA	7	49105	49118	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
69	NC_020318	TTGA	3	49368	49380	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_020318	TTAT	3	49665	49675	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
71	NC_020318	GGAA	3	50668	50680	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_020318	AC	6	51630	51641	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
73	NC_020318	GTTT	3	52850	52862	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_020318	GAAT	3	53007	53018	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
75	NC_020318	ATAAAT	3	53096	53114	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
76	NC_020318	AGTC	3	53201	53211	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
77	NC_020318	AATT	3	53508	53519	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_020318	ATAAAA	3	53791	53808	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
79	NC_020318	TTTGT	3	55543	55556	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_020318	ATA	5	57546	57559	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284886
81	NC_020318	TA	6	59872	59883	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
82	NC_020318	GTTA	3	60268	60278	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_020318	TTA	4	62876	62886	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_020318	TGAA	3	63605	63615	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_020318	A	13	64412	64424	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_020318	AATG	3	65224	65235	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	45284886
87	NC_020318	CTT	4	67225	67237	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
88	NC_020318	AGT	4	68822	68834	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
89	NC_020318	TTA	4	69260	69274	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
90	NC_020318	TTGCA	3	70167	70180	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
91	NC_020318	GAAT	3	70836	70847	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_020318	GAAT	3	71067	71077	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_020318	TCT	4	71190	71201	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
94	NC_020318	TA	7	71494	71507	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_020318	AGA	4	72008	72018	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
96	NC_020318	ATTT	3	72659	72669	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_020318	ATAA	4	72762	72777	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_020318	CTG	4	73613	73624	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284883
99	NC_020318	AGA	4	73874	73885	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284883
100	NC_020318	TTTA	3	74066	74077	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284883
101	NC_020318	T	13	74144	74156	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284883
102	NC_020318	TAT	5	74352	74367	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	45284883
103	NC_020318	TGAA	3	75737	75747	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284883
104	NC_020318	TTTGA	4	77558	77577	20	20 %	60 %	20 %	0 %	10 %	45284883
105	NC_020318	TTCTA	3	80320	80333	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	45284883
106	NC_020318	ATA	4	82469	82480	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284883
107	NC_020318	TACG	3	82590	82602	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45284883
108	NC_020318	GGA	4	83569	83581	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	45284883
109	NC_020318	GAAA	4	84643	84657	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	45284883
110	NC_020318	AGAA	3	84670	84681	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284883
111	NC_020318	CTTT	3	85361	85373	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	45284883
112	NC_020318	GTTA	3	86031	86041	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	45284883
113	NC_020318	TC	6	86908	86918	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284883
114	NC_020318	TC	11	86931	86952	22	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284883
115	NC_020318	ACAT	3	87324	87335	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	45284883
116	NC_020318	CTT	4	87857	87868	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284883
117	NC_020318	TTCT	3	89314	89325	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284883
118	NC_020318	GAT	4	89688	89698	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284883
119	NC_020318	TTCT	3	91383	91393	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284883
120	NC_020318	CTTT	3	92561	92571	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284883
121	NC_020318	GAT	4	92716	92727	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284883
122	NC_020318	TGAT	3	94398	94410	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284883
123	NC_020318	TGA	4	94449	94460	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284883
124	NC_020318	AATA	3	95287	95299	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45284883
125	NC_020318	TTTC	3	95349	95360	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284883
126	NC_020318	ATTAGA	3	95886	95903	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	45284883
127	NC_020318	GAAGGA	3	96079	96096	18	50 %	0 %	50 %	0 %	5 %	45284883
128	NC_020318	TCTA	3	97384	97394	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284883
129	NC_020318	TCCGG	3	98286	98300	15	0 %	20 %	40 %	40 %	6 %	45284883
130	NC_020318	TTTCG	3	100893	100906	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	45284883
131	NC_020318	TTTGTT	3	101311	101329	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	45284883
132	NC_020318	TATTAG	3	103260	103282	23	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	4 %	45284888
133	NC_020318	ATCC	3	106551	106562	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	45284888
134	NC_020318	TCTA	3	106940	106951	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284888
135	NC_020318	CTT	4	107031	107042	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284888
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168	NC_020318	CTTT	3	131492	131503	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284888
169	NC_020318	TTCC	3	134180	134190	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284888
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171	NC_020318	T	12	135633	135644	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	45284888
172	NC_020318	AATAAG	3	135645	135663	19	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	5 %	45284888
173	NC_020318	CTTA	3	136248	136258	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	45284888
174	NC_020318	CCTT	3	140293	140303	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284888
175	NC_020318	GGAT	3	140819	140830	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	45284888
176	NC_020318	ATTT	3	143783	143794	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284888
177	NC_020318	ACTAAT	4	144098	144120	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	45284888
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181	NC_020318	CATAC	3	150413	150426	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
182	NC_020318	CTCCTT	3	151284	151301	18	0 %	50 %	0 %	50 %	5 %	45284891
183	NC_020318	CTTCTA	3	151476	151493	18	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	5 %	45284891
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186	NC_020318	TGAT	3	153066	153078	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284891
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188	NC_020318	AAAG	3	154810	154820	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	45284891
189	NC_020318	ATTT	3	155861	155872	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284891
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191	NC_020318	AGAA	3	158056	158067	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284891

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

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