ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Magnolia officinalis subsp. biloba voucher SC001 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020317	A	16	212	227	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_020317	GAAA	3	327	338	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_020317	CAG	4	1070	1081	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284875
4	NC_020317	AAGT	3	1176	1186	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284875
5	NC_020317	A	14	1734	1747	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
6	NC_020317	AGA	4	2200	2211	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284875
7	NC_020317	A	12	4421	4432	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_020317	AATA	5	4429	4449	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_020317	T	13	4617	4629	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
10	NC_020317	TAGA	3	4708	4719	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_020317	AAG	5	4873	4886	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
12	NC_020317	TCTCT	3	5207	5220	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45284875
13	NC_020317	A	16	5433	5448	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45284875
14	NC_020317	CAT	4	6656	6667	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
15	NC_020317	AAATC	3	6715	6728	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
16	NC_020317	TATTTT	3	7530	7546	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
17	NC_020317	GATAA	3	8728	8742	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_020317	GA	6	9311	9322	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_020317	TCTTT	3	9460	9473	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
20	NC_020317	TA	6	9476	9487	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_020317	T	13	10401	10413	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_020317	ATCT	3	10761	10772	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020317	GTTT	3	11390	11401	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	45284875
24	NC_020317	A	18	12835	12852	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
25	NC_020317	A	16	13929	13944	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45284875
26	NC_020317	T	13	14223	14235	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_020317	TAT	5	14308	14321	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_020317	AAAT	3	14875	14886	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_020317	ATT	5	14912	14927	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
30	NC_020317	TGAAA	3	15557	15571	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_020317	T	13	15900	15912	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_020317	T	12	17629	17640	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020317	TGT	4	17973	17983	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284876
34	NC_020317	TCAA	3	18066	18077	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45284876
35	NC_020317	T	13	19830	19842	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284876
36	NC_020317	TTCA	3	23921	23932	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284876
37	NC_020317	GAAT	3	24020	24030	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284876
38	NC_020317	GTT	4	24877	24888	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45284876
39	NC_020317	GAAA	3	27523	27535	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	45284876
40	NC_020317	TCAT	3	28183	28193	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
41	NC_020317	AGCT	3	28713	28724	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
42	NC_020317	GT	6	29168	29178	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_020317	CAG	4	29491	29502	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
44	NC_020317	TGAT	3	29677	29689	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_020317	T	14	31443	31456	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_020317	TTA	4	32047	32057	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_020317	AT	6	33426	33438	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_020317	TGTA	3	33928	33939	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
49	NC_020317	TA	6	34714	34725	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_020317	TAAAG	3	34922	34937	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_020317	TTCGA	3	35001	35014	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
52	NC_020317	TA	6	35081	35094	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
53	NC_020317	GTA	4	35100	35110	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_020317	GAAA	3	36994	37005	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284876
55	NC_020317	TTG	4	37399	37409	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284876
56	NC_020317	AG	6	38199	38209	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_020317	TC	6	38803	38813	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284876
58	NC_020317	A	15	38971	38985	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020317	GAAT	3	41048	41058	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284877
60	NC_020317	ATG	4	41403	41413	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284877
61	NC_020317	AATG	3	42896	42907	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284877
62	NC_020317	GCA	4	43301	43312	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284877
63	NC_020317	TG	6	43338	43348	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	45284877
64	NC_020317	TTCCT	3	44610	44623	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
65	NC_020317	TTTA	3	44645	44656	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
66	NC_020317	TAA	4	44906	44918	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_020317	ATATCT	3	44930	44947	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
68	NC_020317	ATCA	3	45526	45536	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45284877
69	NC_020317	TCTT	4	46015	46030	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	45284877
70	NC_020317	TCTT	3	46932	46942	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284877
71	NC_020317	TAAA	4	46985	47000	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	45284877
72	NC_020317	ATT	4	47357	47368	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
73	NC_020317	TTTTA	3	48560	48573	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_020317	AAAG	3	48818	48828	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_020317	TATAAC	3	49118	49134	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
76	NC_020317	ATT	4	49216	49226	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_020317	GA	7	49513	49526	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_020317	TTGA	3	49776	49788	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_020317	TTAT	3	50073	50084	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
80	NC_020317	GGAA	3	51080	51092	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_020317	AC	6	52042	52053	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
82	NC_020317	GTTT	3	53268	53280	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
83	NC_020317	GAAT	3	53425	53436	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_020317	AGTC	3	53623	53633	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
85	NC_020317	AATT	3	53930	53941	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_020317	ATAAAA	3	54213	54230	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
87	NC_020317	TTTGT	3	55966	55979	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
88	NC_020317	ATA	5	57969	57982	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284877
89	NC_020317	TA	6	60295	60306	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
90	NC_020317	GTTA	3	60692	60702	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
91	NC_020317	TTA	4	63299	63309	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_020317	TGAA	3	64028	64038	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_020317	TC	6	64422	64433	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
94	NC_020317	A	15	64828	64842	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
95	NC_020317	AATG	3	65642	65653	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	45284878
96	NC_020317	CTT	4	67646	67658	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
97	NC_020317	AGT	4	69241	69253	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_020317	TTA	4	69683	69694	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
99	NC_020317	TTGCA	3	70586	70599	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
100	NC_020317	GAAT	3	71255	71266	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_020317	GAAT	3	71493	71503	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_020317	TCT	4	71616	71627	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
103	NC_020317	TA	7	71920	71933	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_020317	AGA	4	72436	72446	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_020317	ATTT	3	73089	73099	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_020317	ATAA	4	73192	73207	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_020317	CTG	4	74043	74054	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284875
108	NC_020317	AGA	4	74304	74315	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284875
109	NC_020317	TTTA	3	74496	74507	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284875
110	NC_020317	TAT	5	74778	74793	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	45284875
111	NC_020317	TCT	4	74820	74831	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284875
112	NC_020317	T	12	75556	75567	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	45284875
113	NC_020317	TGAA	3	76167	76177	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284875
114	NC_020317	CATTC	3	79172	79185	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	45284875
115	NC_020317	TTCTA	3	80752	80765	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	45284875
116	NC_020317	ATA	4	82901	82912	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284875
117	NC_020317	TACG	3	83017	83029	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45284875
118	NC_020317	GGA	4	83996	84008	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	45284875
119	NC_020317	GAAA	4	85068	85082	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	45284875
120	NC_020317	AGAA	3	85095	85106	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284875
121	NC_020317	CTTT	3	85787	85799	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	45284875
122	NC_020317	GTTA	3	86457	86467	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	45284875
123	NC_020317	TC	6	87333	87343	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284875
124	NC_020317	TC	7	87359	87373	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	45284875
125	NC_020317	CCT	4	87420	87431	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	45284875
126	NC_020317	ACAT	3	87765	87776	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	45284875
127	NC_020317	CTT	4	88297	88308	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284875
128	NC_020317	TTCT	3	89754	89765	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284875
129	NC_020317	GAT	4	90128	90138	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284875
130	NC_020317	TTCT	3	91823	91833	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284875
131	NC_020317	N	85	92948	93032	85	0 %	0 %	0 %	0 %	0 %	45284875
132	NC_020317	GAT	4	93156	93167	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284875
133	NC_020317	TGAT	3	94838	94850	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284875
134	NC_020317	TGA	4	94889	94900	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284875
135	NC_020317	AATA	3	95727	95739	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45284875
136	NC_020317	TTTC	3	95789	95800	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284875
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186	NC_020317	ATTT	3	144252	144263	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284879
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197	NC_020317	TGAT	3	153537	153549	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284883
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202	NC_020317	AGAA	3	158527	158538	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284883
203	NC_020317	AAAG	3	160082	160093	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Magnolia officinalis subsp. biloba voucher SC001 chloroplast