ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Magnolia officinalis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020316	A	15	212	226	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_020316	GAAA	3	326	337	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_020316	CAG	4	1069	1080	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284866
4	NC_020316	AAGT	3	1175	1185	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284866
5	NC_020316	AGA	4	2204	2215	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284866
6	NC_020316	AATA	4	4437	4452	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
7	NC_020316	TAGA	3	4709	4720	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_020316	AAG	5	4872	4885	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_020316	TCTCT	3	5206	5219	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	45284867
10	NC_020316	AAATC	3	6713	6726	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
11	NC_020316	TATTTT	3	7528	7544	17	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
12	NC_020316	GATAA	3	8725	8739	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
13	NC_020316	GA	6	9308	9319	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020316	TCTTT	3	9457	9470	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
15	NC_020316	TA	6	9473	9484	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_020316	AAATA	3	9785	9799	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
17	NC_020316	T	13	10400	10412	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
18	NC_020316	ATCT	3	10761	10772	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
19	NC_020316	GTTT	3	11354	11365	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	45284867
20	NC_020316	A	24	12796	12819	24	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_020316	A	15	13895	13909	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	45284867
22	NC_020316	T	13	14188	14200	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_020316	TAT	5	14273	14286	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020316	AAAT	3	14840	14851	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
25	NC_020316	ATT	5	14877	14892	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_020316	TGAAA	3	15522	15536	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
27	NC_020316	A	12	15878	15889	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_020316	T	13	17596	17608	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020316	TGT	4	17942	17952	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284867
30	NC_020316	TCAA	3	18035	18046	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	45284867
31	NC_020316	T	13	19799	19811	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	45284867
32	NC_020316	TTCA	3	23896	23907	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	45284867
33	NC_020316	GAAT	3	23995	24005	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284867
34	NC_020316	GTT	4	24852	24863	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	45284867
35	NC_020316	GAAA	3	27498	27510	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	45284868
36	NC_020316	TCAT	3	28158	28168	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
37	NC_020316	AGCT	3	28688	28699	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
38	NC_020316	GT	6	29143	29153	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
39	NC_020316	AAATAA	3	29262	29279	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
40	NC_020316	CAG	4	29472	29483	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
41	NC_020316	TGAT	3	29658	29670	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
42	NC_020316	T	15	31433	31447	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
43	NC_020316	TTA	4	32056	32066	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_020316	AT	6	33435	33447	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
45	NC_020316	TGTA	3	33937	33948	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_020316	TA	6	34723	34734	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_020316	TAAAG	3	34930	34945	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_020316	TTCGA	3	35008	35021	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
49	NC_020316	TA	6	35087	35100	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_020316	GTA	4	35106	35116	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_020316	GAAA	3	37000	37011	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284868
52	NC_020316	TTG	4	37405	37415	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	45284868
53	NC_020316	AG	6	38205	38215	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_020316	TC	6	38809	38819	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284868
55	NC_020316	A	14	38976	38989	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
56	NC_020316	GAAT	3	41051	41061	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284868
57	NC_020316	ATG	4	41406	41416	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284868
58	NC_020316	AATG	3	42899	42910	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284868
59	NC_020316	GCA	4	43304	43315	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284868
60	NC_020316	TG	6	43341	43351	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	45284868
61	NC_020316	TTCCT	3	44613	44626	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
62	NC_020316	TTTA	3	44648	44659	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_020316	TAA	4	44909	44921	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_020316	ATATCT	3	44933	44950	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
65	NC_020316	ATCA	3	45530	45540	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	45284868
66	NC_020316	TCTT	4	46019	46034	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	45284868
67	NC_020316	TCTT	3	46936	46946	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284868
68	NC_020316	TAAA	4	46989	47004	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	45284868
69	NC_020316	ATT	4	47362	47373	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_020316	TTTTA	3	48569	48582	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_020316	AAAG	3	48827	48837	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
72	NC_020316	TATAAC	3	49128	49144	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
73	NC_020316	TAT	4	49207	49218	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
74	NC_020316	ATT	4	49226	49236	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_020316	A	13	49466	49478	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
76	NC_020316	GA	7	49525	49538	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
77	NC_020316	TTGA	3	49788	49800	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_020316	TTAT	3	50085	50096	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_020316	GGAA	3	51072	51084	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_020316	AC	6	52034	52045	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
81	NC_020316	GTTT	3	53260	53272	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_020316	GAAT	3	53417	53428	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_020316	AGTC	3	53614	53624	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	Non-Coding
84	NC_020316	AATT	3	53921	53932	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_020316	ATAAAA	3	54204	54221	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
86	NC_020316	TTTGT	3	55958	55971	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
87	NC_020316	ATA	5	57961	57974	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	45284869
88	NC_020316	TA	6	60288	60299	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
89	NC_020316	GTTA	3	60685	60695	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_020316	TATTTT	3	62380	62397	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
91	NC_020316	TTA	4	63294	63304	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
92	NC_020316	TGAA	3	64023	64033	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
93	NC_020316	TC	6	64419	64430	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
94	NC_020316	AATG	3	65643	65654	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	45284870
95	NC_020316	CTT	4	67647	67659	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
96	NC_020316	AGT	4	69236	69248	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_020316	TTA	4	69678	69689	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
98	NC_020316	TTGCA	3	70580	70593	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	Non-Coding
99	NC_020316	GAAT	3	71249	71260	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
100	NC_020316	GAAT	3	71485	71495	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_020316	TCT	4	71608	71619	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
102	NC_020316	TA	7	71912	71925	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
103	NC_020316	AGA	4	72427	72437	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_020316	T	13	72443	72455	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_020316	ATTT	3	73083	73093	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
106	NC_020316	ATAA	4	73186	73201	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_020316	CTG	4	74041	74052	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	45284866
108	NC_020316	AGA	4	74302	74313	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	45284866
109	NC_020316	TTTA	3	74494	74505	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284866
110	NC_020316	TAT	5	74777	74792	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	45284866
111	NC_020316	TCT	4	74819	74830	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284866
112	NC_020316	AAAT	3	75211	75221	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	45284866
113	NC_020316	T	15	75557	75571	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	45284866
114	NC_020316	TGAA	3	76171	76181	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	45284866
115	NC_020316	CATTC	3	79175	79188	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	45284866
116	NC_020316	TTCTA	3	80755	80768	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	45284866
117	NC_020316	ATA	4	82904	82915	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	45284866
118	NC_020316	TACG	3	83020	83032	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	45284866
119	NC_020316	GGA	4	84004	84016	13	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	7 %	45284866
120	NC_020316	GAAA	4	85078	85092	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	45284866
121	NC_020316	AGAA	3	85105	85116	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284866
122	NC_020316	CTTT	3	85797	85809	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	45284866
123	NC_020316	GTTA	3	86467	86477	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	45284866
124	NC_020316	TC	6	87357	87367	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284866
125	NC_020316	TC	7	87383	87397	15	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	45284866
126	NC_020316	TCC	4	87443	87454	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	45284866
127	NC_020316	ACAT	3	87789	87800	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	45284866
128	NC_020316	CTT	4	88321	88332	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	45284866
129	NC_020316	TTCT	3	89778	89789	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284866
130	NC_020316	GAT	4	90152	90162	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	45284866
131	NC_020316	TTCT	3	91847	91857	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284866
132	NC_020316	CTTT	3	93025	93035	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	45284866
133	NC_020316	GAT	4	93180	93191	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284866
134	NC_020316	TGAT	3	94862	94874	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284866
135	NC_020316	TGA	4	94913	94924	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	45284866
136	NC_020316	AATA	3	95751	95763	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	45284866
137	NC_020316	TTTC	3	95813	95824	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	45284866
138	NC_020316	ATTAGA	3	96350	96367	18	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	45284866
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189	NC_020316	CCTT	3	140846	140856	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	45284871
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191	NC_020316	ATTT	3	144340	144351	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284871
192	NC_020316	ACTAAT	4	144655	144677	23	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	4 %	45284871
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197	NC_020316	CATAC	3	150962	150975	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
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200	NC_020316	TGAA	3	152569	152580	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	45284874
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202	NC_020316	TGAT	3	153615	153627	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	45284874
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205	NC_020316	ATTT	3	156410	156421	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	45284874
206	NC_020316	ATC	4	158232	158242	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
207	NC_020316	AGAA	3	158605	158616	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	45284874
208	NC_020316	AAAG	3	160160	160171	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Magnolia officinalis chloroplast