ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Quercus rubra plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020152	TAAA	4	237	252	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020152	AAGT	3	1238	1248	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44326728
3	NC_020152	CATT	3	2781	2792	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44326728
4	NC_020152	T	15	4121	4135	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
5	NC_020152	ATAAA	3	4893	4907	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_020152	A	17	5097	5113	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
7	NC_020152	TTAAT	3	5444	5458	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	44326728
8	NC_020152	CTCTT	3	5620	5633	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	44326728
9	NC_020152	AAAC	3	6466	6478	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	44326728
10	NC_020152	AT	7	6770	6782	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_020152	AT	8	6795	6809	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
12	NC_020152	TA	7	6823	6835	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_020152	TCAA	3	7377	7388	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020152	AT	6	7420	7431	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_020152	ATG	4	7725	7736	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
16	NC_020152	AT	6	8122	8134	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
17	NC_020152	A	15	8457	8471	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
18	NC_020152	ATAAG	3	8812	8826	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
19	NC_020152	ATCT	3	9101	9111	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
20	NC_020152	TTCT	3	9186	9197	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	44326729
21	NC_020152	ATAA	3	9254	9264	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44326729
22	NC_020152	A	12	9354	9365	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020152	AAAT	3	9894	9906	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020152	TGATT	3	10034	10047	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_020152	ATT	4	10152	10162	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
26	NC_020152	T	18	10168	10185	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
27	NC_020152	TAAA	3	10296	10307	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
28	NC_020152	TTTA	3	10320	10331	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_020152	TA	6	11291	11301	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
30	NC_020152	TAATT	3	11462	11476	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
31	NC_020152	A	14	13425	13438	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
32	NC_020152	A	13	14055	14067	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	44326729
33	NC_020152	T	12	14149	14160	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	44326729
34	NC_020152	A	14	14272	14285	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	44326729
35	NC_020152	TA	6	14825	14836	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
36	NC_020152	TTA	5	17599	17614	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
37	NC_020152	AG	6	18370	18380	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
38	NC_020152	TTA	4	18505	18517	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_020152	AAATAA	4	18536	18559	24	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_020152	T	12	20646	20657	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	44326729
41	NC_020152	GAAT	3	21050	21060	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44326729
42	NC_020152	T	12	21174	21185	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	44326729
43	NC_020152	AT	7	22015	22027	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	44326729
44	NC_020152	C	13	24714	24726	13	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	44326729
45	NC_020152	A	17	24727	24743	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	44326729
46	NC_020152	TTCA	3	24787	24798	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44326729
47	NC_020152	T	17	24799	24815	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44326729
48	NC_020152	GTT	4	25820	25831	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	44326729
49	NC_020152	CCTA	3	26741	26751	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	44326729
50	NC_020152	T	12	28450	28461	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	44326729
51	NC_020152	GA	6	29596	29606	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_020152	TTA	4	29937	29948	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
53	NC_020152	TTTG	4	30750	30765	16	0 %	75 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_020152	TAATGA	3	31078	31094	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_020152	T	19	31616	31634	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
56	NC_020152	TAA	4	31731	31741	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
57	NC_020152	AAT	4	32325	32335	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_020152	AAGTAT	3	33071	33087	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
59	NC_020152	AAGA	3	33227	33238	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
60	NC_020152	ATAA	5	33694	33714	21	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_020152	T	13	33791	33803	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
62	NC_020152	ATTCAT	3	34708	34725	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
63	NC_020152	A	14	34915	34928	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_020152	TTCA	5	35021	35040	20	25 %	50 %	0 %	25 %	5 %	Non-Coding
65	NC_020152	A	15	35094	35108	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020152	T	13	35165	35177	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
67	NC_020152	CTA	4	35741	35752	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
68	NC_020152	TTA	4	35814	35825	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_020152	ATTT	5	35878	35897	20	25 %	75 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
70	NC_020152	TAA	4	35942	35953	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020152	TAT	5	35987	36000	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
72	NC_020152	TGAA	3	36020	36030	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_020152	TTAAA	3	36374	36388	15	60 %	40 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020152	GAAA	3	38737	38748	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	44326730
75	NC_020152	TTGC	3	39138	39148	11	0 %	50 %	25 %	25 %	9 %	44326730
76	NC_020152	AT	9	39942	39958	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
77	NC_020152	AG	6	39972	39982	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_020152	TTATT	3	40071	40086	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_020152	T	16	40088	40103	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
80	NC_020152	TA	7	40197	40210	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_020152	A	14	40240	40253	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
82	NC_020152	TC	6	40629	40639	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44326730
83	NC_020152	A	12	40756	40767	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020152	TAAT	3	40839	40850	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_020152	ATA	4	40977	40988	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_020152	TAT	4	40996	41007	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
87	NC_020152	TA	6	41069	41079	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_020152	A	15	41497	41511	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_020152	ATG	4	43606	43616	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44326730
90	NC_020152	AATG	3	45099	45110	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	44326730
91	NC_020152	GCA	4	45504	45515	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44326730
92	NC_020152	TG	6	45541	45551	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	44326730
93	NC_020152	TACT	3	47063	47073	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
94	NC_020152	ATA	4	47380	47391	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_020152	ATTT	3	49463	49474	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
96	NC_020152	AT	7	50204	50217	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_020152	ATTT	3	51601	51611	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_020152	A	14	51718	51731	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_020152	A	13	52314	52326	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
100	NC_020152	AT	6	52407	52417	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
101	NC_020152	AATA	3	52505	52516	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_020152	TTTA	3	52998	53009	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020152	T	13	53341	53353	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
104	NC_020152	AT	6	53369	53379	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_020152	T	14	54231	54244	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_020152	T	16	54317	54332	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_020152	A	14	55117	55130	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
108	NC_020152	GTCT	3	55604	55615	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	44326731
109	NC_020152	TCTTTA	3	55857	55874	18	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	44326731
110	NC_020152	AT	6	56444	56454	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
111	NC_020152	TAT	4	56622	56633	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_020152	TATT	3	57766	57777	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
113	NC_020152	ATCCA	3	59905	59919	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
114	NC_020152	TGCA	3	61456	61468	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	44326731
115	NC_020152	GCT	4	61933	61945	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	44326731
116	NC_020152	AT	7	62159	62172	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
117	NC_020152	TTGTT	3	62510	62523	14	0 %	80 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
118	NC_020152	CAATTA	3	63178	63195	18	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	44326731
119	NC_020152	ATT	4	64188	64199	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44326731
120	NC_020152	T	12	64195	64206	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	44326731
121	NC_020152	TTCC	3	64385	64395	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
122	NC_020152	AT	12	64668	64689	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
123	NC_020152	AT	6	64747	64758	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_020152	T	12	65046	65057	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020152	TAT	4	65142	65153	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_020152	TAT	5	65295	65308	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
127	NC_020152	TGAAA	3	66018	66033	16	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_020152	TTTTG	3	66178	66192	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
129	NC_020152	T	14	66265	66278	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020152	CTTT	3	67576	67586	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	44326732
131	NC_020152	AT	6	67630	67640	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326732
132	NC_020152	A	17	69128	69144	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
133	NC_020152	AT	8	69198	69212	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
134	NC_020152	CTTT	4	70541	70555	15	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
135	NC_020152	GTA	4	70615	70625	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
136	NC_020152	TGTT	3	70802	70812	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_020152	C	12	70817	70828	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020152	AGTA	3	70866	70876	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
139	NC_020152	GGGC	3	70999	71009	11	0 %	0 %	75 %	25 %	9 %	Non-Coding
140	NC_020152	TAAAGT	3	71169	71185	17	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
141	NC_020152	T	17	71496	71512	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
142	NC_020152	TTAA	3	72061	72072	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44326732
143	NC_020152	ATTA	5	72663	72681	19	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
144	NC_020152	TA	7	73830	73842	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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147	NC_020152	TTAT	3	75975	75985	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	44326728
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153	NC_020152	AT	6	77373	77386	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	44326728
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171	NC_020152	AT	6	90138	90148	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326728
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179	NC_020152	GAT	4	95582	95593	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44326728
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181	NC_020152	TGAT	3	97300	97312	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	44326728
182	NC_020152	AATA	3	98114	98126	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	44326728
183	NC_020152	AAAT	3	99899	99909	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44326728
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241	NC_020152	GGAT	3	143005	143016	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	44326733
242	NC_020152	CATTG	3	146122	146136	15	20 %	40 %	20 %	20 %	0 %	44326733
243	NC_020152	ACTAAT	5	146303	146331	29	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	6 %	44326733
244	NC_020152	AAAT	3	146889	146900	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44326733
245	NC_020152	TATT	3	151936	151946	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	44326737
246	NC_020152	CATAC	3	152045	152058	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	44326737
247	NC_020152	ATC	4	156253	156264	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	44326737
248	NC_020152	AAAG	3	156409	156419	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	44326737
249	NC_020152	GTAA	3	157440	157451	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	44326737
250	NC_020152	TATT	3	157471	157482	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44326737
251	NC_020152	ATC	4	159302	159312	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
252	NC_020152	ATC	4	160713	160723	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	44326737
253	NC_020152	GAA	5	161179	161193	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	44326737

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Quercus rubra plastid