ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Quercus rubra plastid

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020152	ATG	4	7725	7736	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020152	ATT	4	10152	10162	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
3	NC_020152	TTA	5	17599	17614	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_020152	TTA	4	18505	18517	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_020152	GTT	4	25820	25831	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	44326729
6	NC_020152	TTA	4	29937	29948	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_020152	TAA	4	31731	31741	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
8	NC_020152	AAT	4	32325	32335	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
9	NC_020152	CTA	4	35741	35752	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
10	NC_020152	TTA	4	35814	35825	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
11	NC_020152	TAA	4	35942	35953	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020152	TAT	5	35987	36000	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
13	NC_020152	ATA	4	40977	40988	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020152	TAT	4	40996	41007	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_020152	ATG	4	43606	43616	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44326730
16	NC_020152	GCA	4	45504	45515	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44326730
17	NC_020152	ATA	4	47380	47391	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
18	NC_020152	TAT	4	56622	56633	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
19	NC_020152	GCT	4	61933	61945	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	44326731
20	NC_020152	ATT	4	64188	64199	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44326731
21	NC_020152	TAT	4	65142	65153	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_020152	TAT	5	65295	65308	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_020152	GTA	4	70615	70625	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
24	NC_020152	AGA	4	76901	76911	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	44326728
25	NC_020152	TCT	4	79937	79948	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44326728
26	NC_020152	ATA	6	88027	88045	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	44326728
27	NC_020152	CTT	4	90655	90666	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44326728
28	NC_020152	GAT	4	91123	91133	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44326728
29	NC_020152	GAT	4	92534	92544	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44326728
30	NC_020152	GAT	4	95582	95593	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44326728
31	NC_020152	CTT	4	109321	109333	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	44326733
32	NC_020152	AAG	4	117827	117838	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44326733
33	NC_020152	TCT	5	118691	118705	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	44326733
34	NC_020152	ATA	4	123792	123802	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44326733
35	NC_020152	TCT	4	128007	128018	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	44326733
36	NC_020152	TAT	4	128100	128111	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44326733
37	NC_020152	TAA	4	130446	130457	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44326733
38	NC_020152	CTT	4	131233	131244	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44326733
39	NC_020152	TCT	4	133222	133232	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	44326733
40	NC_020152	ATA	4	133438	133451	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	44326733
41	NC_020152	TTA	4	134438	134449	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44326733
42	NC_020152	ATT	4	135019	135030	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	44326733
43	NC_020152	ATC	4	156253	156264	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	44326737
44	NC_020152	ATC	4	159302	159312	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
45	NC_020152	ATC	4	160713	160723	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	44326737
46	NC_020152	GAA	5	161179	161193	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	44326737

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Tri-nucleotide Imperfect Repeats of Quercus rubra plastid