ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Ophioglossum californicum chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020147	GGGA	3	514	525	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	44326720
2	NC_020147	A	14	1252	1265	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	44326720
3	NC_020147	AT	12	1275	1298	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44326720
4	NC_020147	ACAT	3	1299	1310	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	44326720
5	NC_020147	GTA	4	1477	1487	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44326720
6	NC_020147	GCAT	3	2957	2968	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	44326720
7	NC_020147	GAAC	3	3370	3380	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	44326720
8	NC_020147	A	12	4439	4450	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	44326720
9	NC_020147	A	12	5991	6002	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	44326720
10	NC_020147	TTAA	3	6134	6146	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	44326720
11	NC_020147	AT	6	6363	6373	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326720
12	NC_020147	AAAT	3	8518	8529	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44326720
13	NC_020147	GAT	4	9683	9693	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44326720
14	NC_020147	ATT	4	12828	12838	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	44326720
15	NC_020147	A	13	13104	13116	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	44326720
16	NC_020147	GGAA	3	13432	13443	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	44326720
17	NC_020147	GATC	3	14396	14407	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	44326720
18	NC_020147	A	13	14839	14851	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	44326720
19	NC_020147	AT	13	14849	14874	26	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	44326720
20	NC_020147	GTAA	3	15164	15174	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44326720
21	NC_020147	ATGG	3	17527	17538	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	44326720
22	NC_020147	AT	6	19498	19508	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326720
23	NC_020147	GGAA	3	19644	19656	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	44326720
24	NC_020147	AG	6	22851	22861	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	44326720
25	NC_020147	TA	10	23064	23083	20	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	44326720
26	NC_020147	TGA	4	24509	24520	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44326720
27	NC_020147	GCA	4	26757	26768	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44326720
28	NC_020147	A	22	27159	27180	22	100 %	0 %	0 %	0 %	9 %	44326720
29	NC_020147	TA	16	27179	27210	32	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326720
30	NC_020147	TCC	4	29170	29180	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	44326720
31	NC_020147	TCT	4	30017	30027	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	44326720
32	NC_020147	ATTC	3	31728	31739	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44326720
33	NC_020147	ACGG	3	33162	33174	13	25 %	0 %	50 %	25 %	7 %	44326720
34	NC_020147	AT	6	34203	34213	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326720
35	NC_020147	GA	7	36819	36832	14	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	44326720
36	NC_020147	ATTT	3	37072	37083	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44326720
37	NC_020147	GTAT	3	38505	38516	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	44326720
38	NC_020147	AATA	3	40088	40098	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44326720
39	NC_020147	TAA	4	41879	41890	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44326720
40	NC_020147	T	19	42334	42352	19	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44326720
41	NC_020147	GTA	4	42832	42843	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44326720
42	NC_020147	ATCCC	3	43533	43547	15	20 %	20 %	0 %	60 %	6 %	44326720
43	NC_020147	TC	6	44404	44415	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	44326720
44	NC_020147	CT	6	44504	44514	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44326720
45	NC_020147	GAA	4	44621	44632	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	44326720
46	NC_020147	GGAT	3	46998	47008	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	44326720
47	NC_020147	TC	6	47179	47190	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	44326720
48	NC_020147	GGAT	3	47412	47422	11	25 %	25 %	50 %	0 %	9 %	44326720
49	NC_020147	TAT	4	47504	47516	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	44326720
50	NC_020147	AAAT	3	49112	49124	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	44326720
51	NC_020147	CTTT	3	50462	50472	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	44326720
52	NC_020147	TAT	5	59600	59614	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	44326720
53	NC_020147	T	14	59611	59624	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	44326720
54	NC_020147	TA	12	59847	59869	23	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44326720
55	NC_020147	CTA	4	60421	60432	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	44326720
56	NC_020147	CTTCC	3	61129	61143	15	0 %	40 %	0 %	60 %	6 %	44326720
57	NC_020147	TC	6	61177	61188	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	44326720
58	NC_020147	ATT	4	63145	63155	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	44326720
59	NC_020147	GATA	3	63164	63174	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44326720
60	NC_020147	TCCA	3	64948	64959	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	44326720
61	NC_020147	CATT	3	67254	67264	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	44326720
62	NC_020147	AT	6	69092	69102	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326720
63	NC_020147	TA	6	72938	72949	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44326720
64	NC_020147	TCAT	3	73007	73018	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44326720
65	NC_020147	TCAC	3	73348	73359	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	44326720
66	NC_020147	GAG	4	73525	73536	12	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	8 %	44326720
67	NC_020147	AATT	3	74528	74539	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44326720
68	NC_020147	CTC	4	74666	74676	11	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	9 %	44326720
69	NC_020147	ATGA	3	75847	75858	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	44326720
70	NC_020147	ATA	4	76518	76529	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44326720
71	NC_020147	AAT	4	77990	78002	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	44326720
72	NC_020147	A	15	79138	79152	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	44326720
73	NC_020147	AAT	4	79578	79590	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	44326720
74	NC_020147	AT	29	79965	80020	56	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44326720
75	NC_020147	CAAA	3	80778	80789	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	44326720
76	NC_020147	TTTG	3	81323	81333	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	44326720
77	NC_020147	TC	6	81416	81426	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44326720
78	NC_020147	TAGA	3	82339	82349	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44326720
79	NC_020147	AAAT	3	83898	83908	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44326725
80	NC_020147	AGGG	3	83972	83983	12	25 %	0 %	75 %	0 %	0 %	44326725
81	NC_020147	AAAT	3	84834	84844	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
82	NC_020147	TTA	4	84860	84870	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_020147	TTA	4	84880	84891	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
84	NC_020147	TAGGT	3	86179	86192	14	20 %	40 %	40 %	0 %	7 %	44326725
85	NC_020147	CTT	5	86544	86557	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	44326725
86	NC_020147	ATAA	3	86806	86817	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020147	TA	6	86910	86920	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_020147	CTC	4	88107	88118	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	44326725
89	NC_020147	GGAG	3	89594	89605	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	44326725
90	NC_020147	AT	11	89630	89651	22	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44326725
91	NC_020147	GAA	5	89927	89941	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	0 %	44326725
92	NC_020147	AATA	3	91067	91078	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44326725
93	NC_020147	TC	7	92413	92425	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	Non-Coding
94	NC_020147	TA	9	93540	93557	18	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020147	CTC	4	94735	94746	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	44326726
96	NC_020147	T	18	94799	94816	18	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	44326726
97	NC_020147	TCG	4	95510	95520	11	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	9 %	44326726
98	NC_020147	TAA	4	97934	97945	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44326726
99	NC_020147	TTTC	3	98216	98227	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	44326726
100	NC_020147	ATCT	3	98354	98365	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44326726
101	NC_020147	GAG	4	98749	98759	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	Non-Coding
102	NC_020147	CCCT	3	99267	99278	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
103	NC_020147	TC	6	99583	99594	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
104	NC_020147	ATCC	3	102227	102238	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
105	NC_020147	GATGT	3	102571	102585	15	20 %	40 %	40 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_020147	GAGG	3	105377	105388	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_020147	AGGT	3	105590	105601	12	25 %	25 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020147	GAGG	3	106979	106991	13	25 %	0 %	75 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_020147	AAG	4	111391	111402	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44326727
110	NC_020147	GAA	4	111545	111555	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	44326727
111	NC_020147	ATTT	3	111868	111879	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_020147	TCC	4	111981	111992	12	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	8 %	Non-Coding
113	NC_020147	ATTT	3	112368	112380	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
114	NC_020147	CT	6	112500	112510	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44326727
115	NC_020147	AT	23	113492	113537	46	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_020147	GATTT	3	113539	113554	16	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	44326727
117	NC_020147	AAT	4	113819	113830	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44326727
118	NC_020147	AAG	4	114634	114644	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	44326727
119	NC_020147	TTCG	3	116045	116056	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	44326727
120	NC_020147	TTCA	3	116411	116422	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44326727
121	NC_020147	AATT	3	117133	117144	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
122	NC_020147	CCCA	3	117457	117468	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	44326727
123	NC_020147	TCAT	3	118208	118220	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	44326727
124	NC_020147	TC	7	119468	119480	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	44326728
125	NC_020147	ATTG	3	120412	120423	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	44326728
126	NC_020147	T	12	120677	120688	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
127	NC_020147	CT	7	121494	121507	14	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	44326728
128	NC_020147	TCT	4	121724	121735	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44326728
129	NC_020147	TCGA	3	122198	122209	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	44326728
130	NC_020147	TGAA	4	123486	123500	15	50 %	25 %	25 %	0 %	6 %	44326728
131	NC_020147	CTAA	3	124069	124080	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	44326728
132	NC_020147	TAAT	3	125278	125290	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	44326728
133	NC_020147	A	14	125854	125867	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
134	NC_020147	TC	7	126358	126370	13	0 %	50 %	0 %	50 %	7 %	44326728
135	NC_020147	CTAC	3	131726	131737	12	25 %	25 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020147	ACATC	3	134744	134758	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
137	NC_020147	GGAT	3	135091	135102	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_020147	AGGG	3	138051	138062	12	25 %	0 %	75 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Ophioglossum californicum chloroplast