ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Equisetum hyemale chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020146	AT	8	83	98	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
2	NC_020146	AGT	4	325	336	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
3	NC_020146	ATA	4	1240	1251	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44332961
4	NC_020146	A	19	1831	1849	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	44332961
5	NC_020146	TAAA	4	2040	2055	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	44332961
6	NC_020146	GAAA	3	2476	2487	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	44332961
7	NC_020146	ACTC	3	2519	2530	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	44332961
8	NC_020146	GCAT	3	2784	2795	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	44332961
9	NC_020146	ATT	4	3075	3085	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	44332961
10	NC_020146	TTTA	3	3288	3298	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_020146	TCT	4	4177	4188	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44332961
12	NC_020146	TAC	4	4738	4750	13	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	7 %	44332961
13	NC_020146	TAAA	3	5016	5027	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44332961
14	NC_020146	GAA	4	5588	5599	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44332961
15	NC_020146	AAT	4	5841	5852	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44332961
16	NC_020146	AT	6	6575	6585	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44332961
17	NC_020146	TA	6	7027	7038	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44332961
18	NC_020146	AAT	4	7184	7196	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	44332961
19	NC_020146	TCAAC	3	7222	7235	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	44332961
20	NC_020146	GAAAA	3	7257	7271	15	80 %	0 %	20 %	0 %	0 %	44332961
21	NC_020146	ATT	4	7320	7331	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44332961
22	NC_020146	ACTT	3	8111	8122	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44332961
23	NC_020146	TTTG	3	8292	8303	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	44332961
24	NC_020146	ATTT	3	8330	8340	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	44332961
25	NC_020146	AACA	3	8430	8441	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	44332961
26	NC_020146	AAAT	3	9122	9133	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44332961
27	NC_020146	GTT	4	10088	10098	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	44332961
28	NC_020146	AT	7	11147	11161	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
29	NC_020146	A	12	11388	11399	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020146	T	12	11513	11524	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_020146	T	12	11545	11556	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020146	TCT	4	11953	11963	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	44332961
33	NC_020146	T	20	13063	13082	20	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
34	NC_020146	ATA	4	13412	13423	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44332961
35	NC_020146	AATT	3	14615	14625	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44332961
36	NC_020146	CCAA	3	14749	14760	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
37	NC_020146	T	18	14939	14956	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
38	NC_020146	AT	6	15102	15113	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
39	NC_020146	T	18	15429	15446	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
40	NC_020146	TAT	4	15799	15810	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
41	NC_020146	AT	6	15881	15892	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_020146	ACTC	3	16062	16073	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
43	NC_020146	A	15	16168	16182	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
44	NC_020146	T	25	17863	17887	25	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_020146	T	12	18720	18731	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
46	NC_020146	AG	6	19223	19233	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_020146	AGAAA	3	19325	19339	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_020146	TCCCC	3	20156	20170	15	0 %	20 %	0 %	80 %	6 %	Non-Coding
49	NC_020146	AT	6	20303	20313	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_020146	A	12	20887	20898	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020146	GATA	3	21292	21302	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_020146	T	12	21357	21368	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020146	AATT	3	22399	22409	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44332962
54	NC_020146	A	13	23683	23695	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	44332962
55	NC_020146	AATC	3	23700	23710	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	44332962
56	NC_020146	A	12	24354	24365	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
57	NC_020146	TAAT	3	24377	24387	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
58	NC_020146	TA	7	24854	24868	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
59	NC_020146	CAT	4	26191	26202	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
60	NC_020146	AT	6	26210	26220	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_020146	AAT	4	26359	26370	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_020146	TACC	3	26857	26867	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	44332962
63	NC_020146	T	12	27093	27104	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	44332962
64	NC_020146	AACC	3	27238	27249	12	50 %	0 %	0 %	50 %	8 %	44332962
65	NC_020146	CAAA	3	27923	27934	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	44332962
66	NC_020146	AAT	4	28046	28057	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44332962
67	NC_020146	TTTTA	3	29097	29110	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	44332962
68	NC_020146	TTTA	3	29292	29302	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	44332962
69	NC_020146	AAAT	3	31246	31257	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_020146	CTAAA	3	33087	33101	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	44332962
71	NC_020146	T	17	33310	33326	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44332962
72	NC_020146	TAA	4	36792	36802	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44332962
73	NC_020146	TCTAAT	3	36859	36876	18	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	5 %	44332962
74	NC_020146	ACTA	3	36975	36985	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	44332962
75	NC_020146	TTC	4	37212	37223	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44332962
76	NC_020146	T	15	37351	37365	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
77	NC_020146	A	13	37610	37622	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
78	NC_020146	A	13	38139	38151	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020146	TAA	4	38207	38217	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
80	NC_020146	A	13	38578	38590	13	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020146	AATT	3	40262	40273	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020146	TGA	4	41035	41045	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
83	NC_020146	AATT	4	42952	42967	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
84	NC_020146	ATA	4	42978	42990	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
85	NC_020146	AACT	3	43142	43153	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
86	NC_020146	AACT	3	43338	43349	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
87	NC_020146	TAA	4	43431	43442	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_020146	TAAAA	3	44126	44140	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
89	NC_020146	TAAAA	4	44446	44464	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
90	NC_020146	TCAA	3	44642	44652	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
91	NC_020146	AGGA	3	45511	45523	13	50 %	0 %	50 %	0 %	7 %	44332963
92	NC_020146	CT	6	46101	46111	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
93	NC_020146	CAAAT	5	48919	48942	24	60 %	20 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
94	NC_020146	TTC	4	48993	49003	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
95	NC_020146	T	18	49034	49051	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_020146	ATT	4	49985	49995	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_020146	TCA	4	52651	52661	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	44332963
98	NC_020146	CCCA	3	53511	53522	12	25 %	0 %	0 %	75 %	8 %	44332963
99	NC_020146	GTA	4	54910	54921	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44332963
100	NC_020146	TC	6	55047	55057	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
101	NC_020146	T	12	55113	55124	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_020146	T	15	55145	55159	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
103	NC_020146	TTA	4	55220	55231	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020146	TTAT	3	55275	55285	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
105	NC_020146	GTA	4	56199	56210	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44332963
106	NC_020146	A	16	58592	58607	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
107	NC_020146	TTTA	3	58617	58627	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_020146	A	15	59405	59419	15	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020146	TTTAT	3	61424	61438	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
110	NC_020146	T	12	61510	61521	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020146	TTA	4	62204	62214	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
112	NC_020146	TTA	5	62221	62235	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
113	NC_020146	A	12	62668	62679	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_020146	AAAC	3	62982	62992	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
115	NC_020146	TA	6	64909	64920	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
116	NC_020146	ATCA	3	64943	64958	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
117	NC_020146	A	12	65314	65325	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_020146	CCCT	3	67008	67019	12	0 %	25 %	0 %	75 %	8 %	Non-Coding
119	NC_020146	T	12	67333	67344	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020146	ATTG	3	67406	67416	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
121	NC_020146	ATGT	3	67776	67786	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	44332964
122	NC_020146	TG	6	67807	67818	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	44332964
123	NC_020146	T	12	68839	68850	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
124	NC_020146	GAAAA	3	69117	69131	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	44332964
125	NC_020146	GAAAA	3	70443	70456	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	44332964
126	NC_020146	AAG	4	70963	70974	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44332964
127	NC_020146	AATG	3	71486	71497	12	50 %	25 %	25 %	0 %	0 %	44332964
128	NC_020146	T	21	71630	71650	21	0 %	100 %	0 %	0 %	4 %	Non-Coding
129	NC_020146	TCT	4	72714	72726	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
130	NC_020146	TTTC	5	73737	73755	19	0 %	75 %	0 %	25 %	10 %	Non-Coding
131	NC_020146	A	15	73758	73772	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
132	NC_020146	T	12	73926	73937	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020146	TTTG	3	74100	74111	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	44332965
134	NC_020146	TTG	4	76353	76364	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	44332965
135	NC_020146	A	12	76400	76411	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	44332965
136	NC_020146	TA	7	76410	76423	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
137	NC_020146	CAA	4	76597	76607	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	44332965
138	NC_020146	TTG	4	76699	76710	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
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215	NC_020146	TA	6	131467	131478	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
216	NC_020146	TA	8	131537	131554	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
217	NC_020146	TAAA	3	131602	131612	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
218	NC_020146	A	15	131741	131755	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Equisetum hyemale chloroplast