ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Tectona grandis chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020098	TAT	4	133	144	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020098	TAATT	3	150	164	15	40 %	60 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020098	T	15	163	177	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
4	NC_020098	AAGT	3	1143	1153	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44274294
5	NC_020098	TTTA	3	3792	3802	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_020098	CATT	3	4071	4082	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_020098	AATCAA	3	4380	4397	18	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
8	NC_020098	TTTAA	3	4398	4412	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
9	NC_020098	AAAG	3	4536	4547	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
10	NC_020098	GAAA	3	4758	4768	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
11	NC_020098	ACAAT	3	4811	4825	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
12	NC_020098	C	12	5222	5233	12	0 %	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020098	AACA	3	6223	6235	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	44274294
14	NC_020098	AT	6	6477	6487	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
15	NC_020098	AATTT	3	6779	6793	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
16	NC_020098	TA	9	7161	7178	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
17	NC_020098	TA	6	7397	7407	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_020098	CTTT	4	7861	7876	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
19	NC_020098	AAT	4	8128	8138	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_020098	A	15	8702	8716	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
21	NC_020098	TC	6	8874	8884	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
22	NC_020098	TA	6	8899	8910	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_020098	GATT	3	9113	9125	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020098	TAT	6	9165	9181	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
25	NC_020098	CAA	4	9208	9219	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
26	NC_020098	GTCT	3	11661	11672	12	0 %	50 %	25 %	25 %	0 %	44274294
27	NC_020098	ATT	4	12194	12206	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
28	NC_020098	ATGA	3	12792	12804	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	44274294
29	NC_020098	TTTCT	3	12920	12933	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	44274294
30	NC_020098	TAT	4	14721	14731	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
31	NC_020098	ATTT	3	14752	14762	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
32	NC_020098	AT	6	15840	15850	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44274295
33	NC_020098	A	15	16854	16868	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
34	NC_020098	TGTTT	3	17157	17171	15	0 %	80 %	20 %	0 %	6 %	44274295
35	NC_020098	T	15	19068	19082	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	44274295
36	NC_020098	CGTT	3	19435	19446	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	44274295
37	NC_020098	AT	7	20447	20459	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	44274295
38	NC_020098	GAAT	3	23299	23309	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44274295
39	NC_020098	TTAATT	3	23313	23331	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	44274295
40	NC_020098	ATTT	3	23625	23636	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44274295
41	NC_020098	CCTA	3	25146	25156	11	25 %	25 %	0 %	50 %	9 %	44274295
42	NC_020098	GA	6	27974	27984	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_020098	TCT	5	28736	28749	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
44	NC_020098	AAT	4	30123	30133	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
45	NC_020098	CTAAGA	3	30296	30312	17	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
46	NC_020098	AAAG	3	31192	31203	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_020098	AT	8	32189	32203	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
48	NC_020098	TAT	4	32503	32513	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_020098	TCT	4	32767	32778	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
50	NC_020098	TCTA	3	32896	32907	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020098	AAGGAA	3	33199	33217	19	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	5 %	Non-Coding
52	NC_020098	GAAA	3	35195	35206	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	44274295
53	NC_020098	TTC	4	36045	36056	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	44274295
54	NC_020098	AG	6	36405	36415	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
55	NC_020098	TC	6	37007	37017	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44274296
56	NC_020098	AAAAGA	3	37118	37136	19	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
57	NC_020098	A	12	37539	37550	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
58	NC_020098	ATG	4	39574	39584	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44274296
59	NC_020098	GCA	4	41472	41483	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44274296
60	NC_020098	TG	6	41509	41519	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	44274296
61	NC_020098	ATTT	3	42802	42813	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_020098	ATTT	3	43286	43297	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
63	NC_020098	AAATAA	3	43401	43418	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
64	NC_020098	ATA	4	45261	45272	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44274296
65	NC_020098	A	17	45269	45285	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	44274296
66	NC_020098	GTA	4	45617	45627	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
67	NC_020098	TTTA	3	46373	46384	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_020098	ATTC	3	47275	47287	13	25 %	50 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
69	NC_020098	CTAAA	4	47323	47343	21	60 %	20 %	0 %	20 %	9 %	Non-Coding
70	NC_020098	TAT	5	47421	47436	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_020098	AT	9	47431	47447	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
72	NC_020098	A	13	48081	48093	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_020098	CATA	3	49384	49394	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
74	NC_020098	T	16	49504	49519	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
75	NC_020098	GATT	3	51675	51686	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
76	NC_020098	ATTT	3	51864	51875	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
77	NC_020098	TAAA	3	51989	51999	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_020098	ATT	4	52011	52021	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
79	NC_020098	GATC	3	52438	52450	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	Non-Coding
80	NC_020098	TTA	4	52686	52697	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_020098	ATA	5	55671	55686	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	44274297
82	NC_020098	CCAAT	3	55808	55822	15	40 %	20 %	0 %	40 %	6 %	Non-Coding
83	NC_020098	TATT	3	56032	56042	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_020098	TGCA	3	57341	57353	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	44274297
85	NC_020098	GTTA	4	58246	58260	15	25 %	50 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
86	NC_020098	CCTT	3	60051	60062	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	44274297
87	NC_020098	ATT	4	60101	60111	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_020098	AGCA	3	60115	60126	12	50 %	0 %	25 %	25 %	8 %	Non-Coding
89	NC_020098	TTTC	3	60397	60408	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
90	NC_020098	TAA	4	60676	60688	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_020098	A	13	60752	60764	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
92	NC_020098	AT	6	63541	63551	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44274297
93	NC_020098	T	13	64652	64664	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020098	T	13	64729	64741	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
95	NC_020098	A	14	65076	65089	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_020098	AT	7	65146	65158	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_020098	ATT	4	65691	65703	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_020098	TTTC	3	66460	66471	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
99	NC_020098	AGAAT	3	67772	67786	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
100	NC_020098	ATA	4	68116	68127	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_020098	GAAA	3	69081	69092	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	44274298
102	NC_020098	AAAC	5	69244	69264	21	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
103	NC_020098	ATTT	3	71199	71209	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	44332961
104	NC_020098	ATAA	3	71583	71593	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44332961
105	NC_020098	T	13	71841	71853	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	44332961
106	NC_020098	TTTC	3	72126	72136	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	44332961
107	NC_020098	AAAAT	3	73417	73430	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	44332961
108	NC_020098	GGTT	3	74760	74771	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	44332961
109	NC_020098	TCT	4	75131	75142	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44332961
110	NC_020098	A	14	76419	76432	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	44332961
111	NC_020098	T	14	76876	76889	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	44332961
112	NC_020098	T	17	79430	79446	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44332961
113	NC_020098	ATA	4	80227	80238	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44332961
114	NC_020098	T	17	81841	81857	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44332961
115	NC_020098	ATT	5	81852	81866	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	44332961
116	NC_020098	AAAT	3	82486	82496	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44332961
117	NC_020098	GTTC	3	83273	83284	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	44332961
118	NC_020098	TTTC	3	83528	83539	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	44332961
119	NC_020098	CAAT	3	83986	83996	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	44332961
120	NC_020098	T	14	85003	85016	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	44332961
121	NC_020098	CTT	4	85464	85475	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44332961
122	NC_020098	GAT	4	85932	85942	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44332961
123	NC_020098	GAT	4	87306	87316	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44332961
124	NC_020098	GAT	4	90345	90356	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44332961
125	NC_020098	TGA	4	92039	92050	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	44332961
126	NC_020098	AATA	3	92925	92937	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	44332961
127	NC_020098	TTTCG	3	97787	97800	14	0 %	60 %	20 %	20 %	7 %	44332961
128	NC_020098	TTTGTT	3	98179	98197	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	44332961
129	NC_020098	TTC	4	99573	99584	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
130	NC_020098	TTAGA	3	100118	100131	14	40 %	40 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
131	NC_020098	ATCC	3	103199	103210	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
132	NC_020098	TCTA	3	103594	103605	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
133	NC_020098	AAGG	3	103733	103743	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
134	NC_020098	TTAT	4	104998	105012	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
135	NC_020098	AGGT	3	106687	106698	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
136	NC_020098	TAAG	3	107807	107817	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
137	NC_020098	ATTT	3	108846	108856	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
138	NC_020098	AGAAA	4	109659	109677	19	80 %	0 %	20 %	0 %	10 %	Non-Coding
139	NC_020098	GGAA	3	109842	109852	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
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146	NC_020098	TATTT	3	113315	113329	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
147	NC_020098	ACTT	3	113991	114002	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
148	NC_020098	AAATC	3	114166	114179	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
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151	NC_020098	ACCA	3	119306	119317	12	50 %	0 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020098	ATTTTG	3	119368	119385	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
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159	NC_020098	TA	7	123960	123972	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
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167	NC_020098	ATAA	4	130414	130428	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
168	NC_020098	CTTA	3	131455	131465	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
169	NC_020098	CCTT	3	135529	135539	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
170	NC_020098	GGAT	3	136062	136073	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
171	NC_020098	GAA	4	139688	139699	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
172	NC_020098	CATAC	3	144673	144686	14	40 %	20 %	0 %	40 %	7 %	44274302
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176	NC_020098	TTTG	3	150883	150893	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	44274302
177	NC_020098	ATC	4	151956	151966	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	Non-Coding
178	NC_020098	ATC	4	153330	153340	11	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	9 %	44274302
179	NC_020098	GAA	5	153796	153810	15	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	6 %	44274302

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Tectona grandis chloroplast