ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Chrysanthemum x morifolium chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020092	CTAT	3	91	102	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020092	TCT	4	795	805	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	44140327
3	NC_020092	AAGT	3	1165	1175	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	44140327
4	NC_020092	A	12	1674	1685	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
5	NC_020092	TAAA	3	1784	1795	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
6	NC_020092	T	17	1948	1964	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020092	ATT	4	1981	1992	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
8	NC_020092	TTC	4	2190	2201	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44140327
9	NC_020092	GAA	4	2967	2978	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44140327
10	NC_020092	GAA	4	2995	3006	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44140327
11	NC_020092	AAAT	3	4432	4442	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
12	NC_020092	TAAA	3	4626	4636	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
13	NC_020092	TA	6	4800	4811	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020092	AGA	5	5090	5103	14	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
15	NC_020092	TATT	3	5169	5179	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
16	NC_020092	TCTCT	3	5349	5362	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	44140327
17	NC_020092	ATAAA	4	5504	5524	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	44140327
18	NC_020092	ATA	4	5649	5663	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	44140327
19	NC_020092	AATT	3	6054	6065	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44140327
20	NC_020092	TTCT	3	7761	7771	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	44140327
21	NC_020092	GTTT	3	9077	9088	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
22	NC_020092	TAAT	3	10536	10551	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	44140327
23	NC_020092	TTCT	3	10914	10926	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
24	NC_020092	AAG	4	12260	12272	13	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_020092	T	16	12646	12661	16	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020092	A	12	13338	13349	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	44140327
27	NC_020092	ATTC	3	16812	16822	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	44140328
28	NC_020092	GAA	4	17332	17343	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44140328
29	NC_020092	GAA	4	17378	17388	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	44140328
30	NC_020092	TA	6	18606	18617	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_020092	AACA	3	23616	23626	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	44140328
32	NC_020092	ACTT	3	24288	24298	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	44140328
33	NC_020092	GTT	5	24772	24786	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	44140328
34	NC_020092	AT	6	26583	26594	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
35	NC_020092	ATTT	4	27938	27953	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_020092	T	13	27947	27959	13	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020092	TGT	4	28195	28206	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	44140328
38	NC_020092	A	14	29758	29771	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
39	NC_020092	AATA	4	29884	29899	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
40	NC_020092	ATCT	4	30411	30426	16	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
41	NC_020092	AT	6	30814	30825	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
42	NC_020092	TA	6	30953	30964	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
43	NC_020092	TAA	4	31004	31015	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
44	NC_020092	TAA	4	31926	31937	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_020092	GAAA	3	33592	33603	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	44140328
46	NC_020092	GAG	4	33712	33722	11	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	9 %	44140328
47	NC_020092	TTC	4	34442	34453	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	44140328
48	NC_020092	AG	6	34770	34780	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
49	NC_020092	ATATAA	3	35060	35078	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
50	NC_020092	TGTA	3	35117	35127	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_020092	TC	6	35377	35387	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44140328
52	NC_020092	CTT	4	35529	35540	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
53	NC_020092	AAAT	4	35563	35577	15	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
54	NC_020092	AT	9	35634	35650	17	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
55	NC_020092	AATT	3	37843	37853	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44140329
56	NC_020092	ATG	4	37997	38007	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44140329
57	NC_020092	AATG	3	39490	39501	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	44140329
58	NC_020092	GCA	4	39895	39906	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44140329
59	NC_020092	ATG	4	40221	40231	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44140329
60	NC_020092	A	18	41564	41581	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
61	NC_020092	TGA	4	41715	41726	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
62	NC_020092	AATCTA	3	41785	41801	17	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
63	NC_020092	TTTAT	3	42199	42214	16	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	44140329
64	NC_020092	TTTCT	3	42591	42604	14	0 %	80 %	0 %	20 %	7 %	44140329
65	NC_020092	TAAAG	3	43330	43343	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	44140329
66	NC_020092	TTTTC	3	43586	43600	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	44140329
67	NC_020092	GAAA	3	44083	44093	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_020092	AGAAAA	5	45816	45844	29	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	10 %	Non-Coding
69	NC_020092	AATA	3	45968	45980	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_020092	AT	8	46160	46175	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
71	NC_020092	A	15	46256	46270	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
72	NC_020092	AATC	3	46880	46891	12	50 %	25 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020092	TA	7	47233	47245	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
74	NC_020092	ATA	4	47573	47585	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
75	NC_020092	TACAA	3	47643	47656	14	60 %	20 %	0 %	20 %	7 %	Non-Coding
76	NC_020092	ATACA	5	47657	47679	23	60 %	20 %	0 %	20 %	8 %	Non-Coding
77	NC_020092	AAAT	3	47853	47864	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_020092	ATTTT	3	48064	48078	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
79	NC_020092	TTTTTC	3	50170	50186	17	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
80	NC_020092	TAT	4	50270	50280	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
81	NC_020092	TTTA	4	50282	50297	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_020092	TTA	4	51091	51102	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
83	NC_020092	ATA	4	54017	54027	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_020092	TTG	4	54698	54708	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
85	NC_020092	TAA	4	58536	58548	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
86	NC_020092	TA	6	58600	58610	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
87	NC_020092	ATA	4	58640	58651	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
88	NC_020092	TCAG	3	59543	59554	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	44140330
89	NC_020092	A	14	59857	59870	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
90	NC_020092	ATT	4	60815	60826	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020092	AT	6	60984	60994	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44140330
92	NC_020092	TTC	4	61782	61793	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44140330
93	NC_020092	AAT	4	62398	62410	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
94	NC_020092	TTTG	3	62973	62984	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	44140330
95	NC_020092	TTG	4	63627	63639	13	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	7 %	Non-Coding
96	NC_020092	TCTT	3	63859	63870	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
97	NC_020092	TA	6	64106	64119	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
98	NC_020092	TA	6	64129	64142	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
99	NC_020092	TTA	6	64140	64156	17	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
100	NC_020092	AAAG	3	65312	65323	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_020092	AAAG	3	65329	65340	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_020092	ATA	4	65605	65616	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_020092	TA	6	66616	66626	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_020092	TATT	3	66670	66681	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020092	A	13	67152	67164	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_020092	TGAA	3	67687	67698	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
107	NC_020092	TTTC	3	67721	67733	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
108	NC_020092	ATTT	3	67841	67851	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
109	NC_020092	AAGA	3	68983	68993	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	44140331
110	NC_020092	TTTA	3	69157	69168	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44140331
111	NC_020092	ATA	4	69336	69346	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44140331
112	NC_020092	TA	6	69988	69998	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44140331
113	NC_020092	ATTG	3	70033	70044	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	44140331
114	NC_020092	ATTC	3	70209	70220	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44140331
115	NC_020092	CATAGT	3	71042	71058	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	44140331
116	NC_020092	CTTT	3	71089	71099	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	44140331
117	NC_020092	GGTT	3	72127	72138	12	0 %	50 %	50 %	0 %	8 %	44140331
118	NC_020092	TCT	4	72498	72509	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44140331
119	NC_020092	TAAA	3	72923	72934	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44140331
120	NC_020092	TTTC	3	73815	73825	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	44140331
121	NC_020092	TG	6	75521	75531	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	44140331
122	NC_020092	AGAA	3	75684	75694	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	44140331
123	NC_020092	AAAT	3	76461	76472	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44140331
124	NC_020092	T	17	76755	76771	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44140331
125	NC_020092	AATC	4	76873	76888	16	50 %	25 %	0 %	25 %	6 %	44140331
126	NC_020092	CTG	4	77477	77489	13	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	7 %	44140331
127	NC_020092	ATA	4	77546	77557	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44140331
128	NC_020092	AAAG	3	79706	79717	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	44140331
129	NC_020092	AATTC	3	80292	80306	15	40 %	40 %	0 %	20 %	0 %	44140331
130	NC_020092	TTCT	4	80952	80967	16	0 %	75 %	0 %	25 %	6 %	44140331
131	NC_020092	AT	6	81069	81079	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44140331
132	NC_020092	TTAT	3	81140	81151	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44140331
133	NC_020092	AATAAA	3	81289	81307	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	44140331
134	NC_020092	CAAT	3	81435	81445	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	44140331
135	NC_020092	TATC	3	82116	82127	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	44140331
136	NC_020092	TA	6	82522	82532	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44140331
137	NC_020092	GAT	4	84786	84796	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44140331
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139	NC_020092	AATA	3	90374	90386	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	44140331
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186	NC_020092	CTTA	3	128421	128431	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	44140331
187	NC_020092	CCTT	3	132479	132489	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	44140331
188	NC_020092	GGAT	3	132844	132855	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	44140331
189	NC_020092	TAATA	3	136149	136164	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	44140331
190	NC_020092	GAA	4	136676	136687	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44140331
191	NC_020092	ACCGG	3	141036	141050	15	20 %	0 %	40 %	40 %	6 %	Non-Coding
192	NC_020092	TATT	3	143428	143440	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	44140335
193	NC_020092	TGAT	3	144427	144439	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	44140335
194	NC_020092	ATTG	3	146632	146643	12	25 %	50 %	25 %	0 %	0 %	44140335
195	NC_020092	ATTT	3	147174	147185	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44140335

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Chrysanthemum x morifolium chloroplast