Team
Contact

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

All Imperfect Repeats of Camellia sinensis chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDMotifIterationsStartEndTract LengthA%T%G%C% Imperfection %Protein ID
1NC_020019A1335736913100 %0 %0 %0 %0 %Non-Coding
2NC_020019CAG4105310641233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %43585635
3NC_020019AAGT3115911691150 %25 %25 %0 %9 %43585635
4NC_020019AGAA3332933391175 %0 %25 %0 %9 %43585635
5NC_020019AAAT4434343581675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
6NC_020019AT7463746491350 %50 %0 %0 %7 %Non-Coding
7NC_020019GAA4476147721266.67 %0 %33.33 %0 %8 %Non-Coding
8NC_020019TCTCT352415254140 %60 %0 %40 %7 %43585635
9NC_020019CTTT354595469110 %75 %0 %25 %9 %43585635
10NC_020019AAAT4641664311675 %25 %0 %0 %6 %Non-Coding
11NC_020019AGAT3671067211250 %25 %25 %0 %0 %Non-Coding
12NC_020019ATAA3676267731275 %25 %0 %0 %8 %Non-Coding
13NC_020019CTAA3750075111250 %25 %0 %25 %8 %Non-Coding
14NC_020019GATAA3845784711560 %20 %20 %0 %6 %Non-Coding
15NC_020019T1287708781120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
16NC_020019TTCT388458856120 %75 %0 %25 %8 %43585635
17NC_020019A128915892612100 %0 %0 %0 %0 %43585635
18NC_020019CTT493329342110 %66.67 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
19NC_020019CCTT394929503120 %50 %0 %50 %8 %Non-Coding
20NC_020019TTTA3966096711225 %75 %0 %0 %8 %Non-Coding
21NC_020019ATT410257102671133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
22NC_020019GAAC310283102941250 %0 %25 %25 %8 %Non-Coding
23NC_020019GTCT31202112032120 %50 %25 %25 %0 %43585635
24NC_020019A19125651258319100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
25NC_020019TTTC31327813288110 %75 %0 %25 %9 %43585635
26NC_020019ACAT313324133341150 %25 %0 %25 %9 %43585635
27NC_020019T141394213955140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
28NC_020019AAAAAT314512145281783.33 %16.67 %0 %0 %5 %Non-Coding
29NC_020019T141507415087140 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
30NC_020019ATTT315207152171125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
31NC_020019AT616287162971150 %50 %0 %0 %9 %43585636
32NC_020019A13172881730013100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
33NC_020019TAAAA318656186691480 %20 %0 %0 %7 %43585636
34NC_020019T151949419508150 %100 %0 %0 %6 %43585636
35NC_020019GAATG319889199031540 %20 %40 %0 %6 %43585636
36NC_020019AT720867208791350 %50 %0 %0 %7 %43585636
37NC_020019GTT42457324584120 %66.67 %33.33 %0 %8 %43585636
38NC_020019TCA426921269311133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %43585636
39NC_020019T122719427205120 %100 %0 %0 %8 %43585636
40NC_020019CATT327813278241225 %50 %0 %25 %8 %43585636
41NC_020019TTCA327876278861125 %50 %0 %25 %9 %Non-Coding
42NC_020019CAG429209292201233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %Non-Coding
43NC_020019TTTC33027630287120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
44NC_020019AAAT331514315241175 %25 %0 %0 %9 %Non-Coding
45NC_020019AAAT331676316881375 %25 %0 %0 %7 %Non-Coding
46NC_020019A15326133262715100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
47NC_020019T123325233263120 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
48NC_020019TA633875338851150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
49NC_020019A12342293424012100 %0 %0 %0 %8 %Non-Coding
50NC_020019GAAA336195362061275 %0 %25 %0 %8 %43585636
51NC_020019TTTC33727637286110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
52NC_020019AG637398374081150 %0 %50 %0 %9 %Non-Coding
53NC_020019A17376483766417100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
54NC_020019AT838247382611550 %50 %0 %0 %6 %Non-Coding
55NC_020019A13385223853413100 %0 %0 %0 %7 %Non-Coding
56NC_020019ATG440564405741133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %43585637
57NC_020019AATG342057420681250 %25 %25 %0 %8 %43585637
58NC_020019GCA442462424731233.33 %0 %33.33 %33.33 %8 %43585637
59NC_020019TG64249942509110 %50 %50 %0 %9 %43585637
60NC_020019TTCTAT343777437951916.67 %66.67 %0 %16.67 %5 %Non-Coding
61NC_020019TTTC64528845311240 %75 %0 %25 %8 %43585637
62NC_020019A14462564626914100 %0 %0 %0 %7 %43585637
63NC_020019A17465114652717100 %0 %0 %0 %5 %Non-Coding
64NC_020019CTAAA448303483232160 %20 %0 %20 %9 %Non-Coding
65NC_020019TA648405484151150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
66NC_020019TGAAT448726487452040 %40 %20 %0 %10 %Non-Coding
67NC_020019TTCTAT349150491681916.67 %66.67 %0 %16.67 %10 %Non-Coding
68NC_020019A15493374935115100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
69NC_020019AAAG349591496011175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
70NC_020019CTTT35055650567120 %75 %0 %25 %8 %Non-Coding
71NC_020019T175263452650170 %100 %0 %0 %5 %43585637
72NC_020019AAAT352952529621175 %25 %0 %0 %9 %43585637
73NC_020019GTTT35315353165130 %75 %25 %0 %7 %Non-Coding
74NC_020019T235337053392230 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
75NC_020019ATTT354360543701125 %75 %0 %0 %9 %Non-Coding
76NC_020019ATA456388564001366.67 %33.33 %0 %0 %7 %43585638
77NC_020019T225676856789220 %100 %0 %0 %9 %Non-Coding
78NC_020019TAA456986569961166.67 %33.33 %0 %0 %9 %Non-Coding
79NC_020019TTG45709357103110 %66.67 %33.33 %0 %9 %Non-Coding
80NC_020019TGCA358023580351325 %25 %25 %25 %7 %43585638
81NC_020019TTA458914589261333.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
82NC_020019ATT460648606581133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
83NC_020019T146076160774140 %100 %0 %0 %0 %Non-Coding
84NC_020019AGA561076610891466.67 %0 %33.33 %0 %7 %Non-Coding
85NC_020019TTA461267612771133.33 %66.67 %0 %0 %9 %Non-Coding
86NC_020019ATA461332613431266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
87NC_020019CAAA361465614761275 %0 %0 %25 %8 %43585638
88NC_020019TCAG362280622911225 %25 %25 %25 %8 %43585638
89NC_020019TCT46251462525120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
90NC_020019AAAT362708627191275 %25 %0 %0 %0 %Non-Coding
91NC_020019AT664363643731150 %50 %0 %0 %9 %43585638
92NC_020019GAAA364672646841375 %0 %25 %0 %7 %43585638
93NC_020019AAATA364719647321480 %20 %0 %0 %7 %43585638
94NC_020019A15653246533815100 %0 %0 %0 %6 %Non-Coding
95NC_020019T126546265473120 %100 %0 %0 %8 %Non-Coding
96NC_020019AT665975659851150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
97NC_020019AGAA366104661151275 %0 %25 %0 %8 %Non-Coding
98NC_020019CTTG36728667296110 %50 %25 %25 %9 %Non-Coding
99NC_020019AAAG367620676301175 %0 %25 %0 %9 %Non-Coding
100NC_020019TTA568051680641433.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
101NC_020019ATA469308693191266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
102NC_020019TAA469796698071266.67 %33.33 %0 %0 %8 %Non-Coding
103NC_020019TAT469934699461333.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
104NC_020019TAT470000700121333.33 %66.67 %0 %0 %7 %Non-Coding
105NC_020019TCT47008770098120 %66.67 %0 %33.33 %8 %Non-Coding
106NC_020019TACA370318703291250 %25 %0 %25 %8 %43585639
107NC_020019TA670407704171150 %50 %0 %0 %9 %Non-Coding
108NC_020019AAAC370517705291375 %0 %0 %25 %7 %Non-Coding
109NC_020019T137096470976130 %100 %0 %0 %7 %Non-Coding
110NC_020019TGAA371452714631250 %25 %25 %0 %8 %43585639
111NC_020019TTTC37148671498130 %75 %0 %25 %7 %Non-Coding
112NC_020019TTTC37160971619110 %75 %0 %25 %9 %Non-Coding
113NC_020019TTTA572988730061925 %75 %0 %0 %10 %43585635
114NC_020019ATA474603746131166.67 %33.33 %0 %0 %9 %43585635
115NC_020019GGTT37593775948120 %50 %50 %0 %8 %43585635
116NC_020019TCT47630876319120 %66.67 %0 %33.33 %8 %43585635
117NC_020019TTTC37760877618110 %75 %0 %25 %9 %43585635
118NC_020019GAT477706777161133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %43585635
119NC_020019AAT477838778491266.67 %33.33 %0 %0 %8 %43585635
120NC_020019TGATCA379463794791733.33 %33.33 %16.67 %16.67 %5 %43585635
121NC_020019AT779595796071350 %50 %0 %0 %7 %43585635
122NC_020019TCT48073680747120 %66.67 %0 %33.33 %8 %43585635
123NC_020019T158309783111150 %100 %0 %0 %6 %43585635
124NC_020019AT684334843451250 %50 %0 %0 %8 %43585635
125NC_020019TTTC48485484869160 %75 %0 %25 %6 %43585635
126NC_020019AT684972849821150 %50 %0 %0 %9 %43585635
127NC_020019CAAT385322853321150 %25 %0 %25 %9 %43585635
128NC_020019AT785927859391350 %50 %0 %0 %7 %43585635
129NC_020019TTTA386395864051125 %75 %0 %0 %9 %43585635
130NC_020019CTT48680386814120 %66.67 %0 %33.33 %8 %43585635
131NC_020019GAT487270872801133.33 %33.33 %33.33 %0 %9 %43585635
132NC_020019AT787298873101350 %50 %0 %0 %7 %43585635
133NC_020019ATATG388604886181540 %40 %20 %0 %6 %43585635
134NC_020019TTCT39034790357110 %75 %0 %25 %9 %43585635
135NC_020019ATCG391111911231325 %25 %25 %25 %7 %43585635
136NC_020019CTTT39154091550110 %75 %0 %25 %9 %43585635
137NC_020019GAT491695917061233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %43585635
138NC_020019TGA493419934301233.33 %33.33 %33.33 %0 %8 %43585635
139NC_020019AATA394305943171375 %25 %0 %0 %7 %43585635
140NC_020019TCTA394673946841225 %50 %0 %25 %0 %43585635
141NC_020019TCCGG39693096944150 %20 %40 %40 %6 %43585635
142NC_020019TTTCG39951999532140 %60 %20 %20 %7 %43585635
143NC_020019TTTGTT39993999957190 %83.33 %16.67 %0 %10 %43585635
144NC_020019TTATT31013561013691420 %80 %0 %0 %7 %43585639
145NC_020019ATTAGT31019071019231733.33 %50 %16.67 %0 %5 %43585639
146NC_020019ATCC31051921052031225 %25 %0 %50 %8 %43585639
147NC_020019TCTA31055841055951225 %50 %0 %25 %8 %43585639
148NC_020019AAGG31057291057391150 %0 %50 %0 %9 %43585639
149NC_020019GAGG31084541084651225 %0 %75 %0 %8 %43585639
150NC_020019AGGT31086661086771225 %25 %50 %0 %8 %43585639
151NC_020019TAAG31097861097961150 %25 %25 %0 %9 %43585639
152NC_020019CCCT4110117110132160 %25 %0 %75 %6 %43585639
153NC_020019CTTTTT3110806110823180 %83.33 %0 %16.67 %0 %43585639
154NC_020019GAA51118171118311566.67 %0 %33.33 %0 %6 %43585639
155NC_020019TAA41134511134621266.67 %33.33 %0 %0 %8 %43585639
156NC_020019AAG41141901142011266.67 %0 %33.33 %0 %8 %43585639
157NC_020019GAA41149511149621266.67 %0 %33.33 %0 %8 %43585639
158NC_020019AATTT31154161154301540 %60 %0 %0 %6 %43585639
159NC_020019T13115435115447130 %100 %0 %0 %0 %43585639
160NC_020019A1511607311608715100 %0 %0 %0 %6 %43585639
161NC_020019TTCT3116202116212110 %75 %0 %25 %9 %43585639
162NC_020019TA61163491163591150 %50 %0 %0 %9 %43585639
163NC_020019AGAT31169001169121350 %25 %25 %0 %7 %43585639
164NC_020019AAAT31178001178101175 %25 %0 %0 %9 %43585639
165NC_020019GAAA31182411182521275 %0 %25 %0 %0 %43585639
166NC_020019T16121448121463160 %100 %0 %0 %6 %43585639
167NC_020019TTC5122734122748150 %66.67 %0 %33.33 %6 %43585639
168NC_020019ATA41231031231151366.67 %33.33 %0 %0 %7 %43585639
169NC_020019ATTTT31231551231681420 %80 %0 %0 %7 %43585639
170NC_020019TTTC3123379123390120 %75 %0 %25 %8 %43585639
171NC_020019GAAT31238751238851150 %25 %25 %0 %9 %43585639
172NC_020019GAAA31239401239521375 %0 %25 %0 %7 %43585639
173NC_020019AATTT31265921266051440 %60 %0 %0 %7 %43585639
174NC_020019T12127409127420120 %100 %0 %0 %0 %43585639
175NC_020019A1412768212769514100 %0 %0 %0 %0 %43585639
176NC_020019AAGA31283821283931275 %0 %25 %0 %8 %43585639
177NC_020019TTTTA31285941286071420 %80 %0 %0 %7 %43585639
178NC_020019AAT41286761286871266.67 %33.33 %0 %0 %8 %43585639
179NC_020019TCTTTT3129016129033180 %83.33 %0 %16.67 %5 %43585639
180NC_020019ATTT31290471290581225 %75 %0 %0 %8 %43585639
181NC_020019TTTTA31291051291181420 %80 %0 %0 %7 %43585639
182NC_020019TTTTG3129147129160140 %80 %20 %0 %7 %43585639
183NC_020019A1212932812933912100 %0 %0 %0 %0 %43585639
184NC_020019TCT4129773129783110 %66.67 %0 %33.33 %9 %43585639
185NC_020019T17130242130258170 %100 %0 %0 %0 %43585639
186NC_020019TTC6131912131930190 %66.67 %0 %33.33 %10 %43585639
187NC_020019AGGG31336151336301625 %0 %75 %0 %6 %43585639
188NC_020019CTTA31339511339611125 %50 %0 %25 %9 %43585639
189NC_020019GGAT31385441385551225 %25 %50 %0 %8 %43585639
190NC_020019ACTAAT31418241418401750 %33.33 %0 %16.67 %5 %43585639
191NC_020019GAA41422031422141266.67 %0 %33.33 %0 %8 %43585639
192NC_020019AAAAAT31423621423801983.33 %16.67 %0 %0 %10 %43585639
193NC_020019AAAT31423861423971275 %25 %0 %0 %8 %43585639
194NC_020019ACCGG31468021468161520 %0 %40 %40 %6 %Non-Coding
195NC_020019CATAC31477841477971440 %20 %0 %40 %7 %43585643
196NC_020019ATAG31490621490731250 %25 %25 %0 %0 %43585643
197NC_020019TATT31494301494421325 %75 %0 %0 %7 %43585643
198NC_020019TGAT31504621504741325 %50 %25 %0 %7 %43585643
199NC_020019ATC41520411520521233.33 %33.33 %0 %33.33 %8 %43585643
200NC_020019AAAG31521971522071175 %0 %25 %0 %9 %43585643
201NC_020019CGAT31526241526361325 %25 %25 %25 %7 %43585643
202NC_020019ATTT31532631532741225 %75 %0 %0 %8 %43585643
203NC_020019ATC41550901551001133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %Non-Coding
204NC_020019AT71564371564491350 %50 %0 %0 %7 %43585643
205NC_020019ATC41564671564771133.33 %33.33 %0 %33.33 %9 %43585643
206NC_020019GAA51569321569461566.67 %0 %33.33 %0 %6 %43585643