ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Monomorphina aenigmatica strain UTEX1284 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020018	TAT	4	776	787	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
2	NC_020018	TATT	3	930	942	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
3	NC_020018	ATTT	3	1465	1475	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	44080191
4	NC_020018	TTC	4	1639	1650	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	44080191
5	NC_020018	ATAG	3	2598	2608	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
6	NC_020018	TTAA	3	2866	2877	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44080191
7	NC_020018	ATT	4	3077	3088	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44080191
8	NC_020018	AT	8	3720	3734	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	44080191
9	NC_020018	GTTA	3	4615	4626	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	44080192
10	NC_020018	TTA	4	4718	4730	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	44080192
11	NC_020018	CTTT	3	5101	5112	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	44080192
12	NC_020018	TTTA	3	5184	5195	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44080192
13	NC_020018	TAA	4	5547	5558	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44080192
14	NC_020018	TTAA	3	7623	7633	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44080192
15	NC_020018	TTTTAT	3	7715	7733	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	44080192
16	NC_020018	TTTA	3	9191	9202	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44080192
17	NC_020018	TCTTT	3	9502	9516	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	44080192
18	NC_020018	TGG	4	9729	9740	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	44080192
19	NC_020018	GCT	4	10423	10434	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44080192
20	NC_020018	T	18	10647	10664	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
21	NC_020018	AAG	4	11452	11463	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44080192
22	NC_020018	TTA	4	12311	12323	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
23	NC_020018	TAATT	3	12907	12921	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	44080192
24	NC_020018	TTTTA	3	13626	13640	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
25	NC_020018	TAT	4	13763	13774	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
26	NC_020018	AGAA	3	14165	14175	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	44080192
27	NC_020018	AT	6	14592	14602	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_020018	TTTTAG	3	14824	14841	18	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	5 %	44080193
29	NC_020018	AATA	3	14888	14899	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	44080193
30	NC_020018	ATTT	3	15307	15318	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_020018	ATATA	3	15319	15333	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
32	NC_020018	TATT	4	15691	15705	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	44080193
33	NC_020018	ATTTT	3	15900	15914	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	44080193
34	NC_020018	TAT	4	16021	16031	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	44080193
35	NC_020018	AATTT	3	16634	16648	15	40 %	60 %	0 %	0 %	6 %	44080193
36	NC_020018	T	17	16689	16705	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	44080193
37	NC_020018	ATT	4	18561	18572	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44080193
38	NC_020018	TTATT	3	19764	19777	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	44080193
39	NC_020018	TTTC	3	19962	19973	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	44080193
40	NC_020018	TA	6	21410	21421	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	44080193
41	NC_020018	ATTTT	3	21490	21504	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	44080193
42	NC_020018	TATT	3	23635	23646	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44080193
43	NC_020018	TATT	4	24673	24687	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	44080193
44	NC_020018	ATTT	4	25707	25721	15	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	44080193
45	NC_020018	TATT	3	26176	26187	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	44080193
46	NC_020018	CTTT	3	28655	28666	12	0 %	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020018	TAT	5	28959	28972	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
48	NC_020018	AT	6	31110	31120	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44080193
49	NC_020018	TCAA	3	31491	31501	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	44080193
50	NC_020018	TTTA	3	32183	32193	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
51	NC_020018	TTTTAT	3	32426	32443	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	44080194
52	NC_020018	TAA	4	32817	32828	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	44080194
53	NC_020018	AGTAA	3	32928	32942	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	44080194
54	NC_020018	TA	7	33764	33776	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_020018	ATAAAT	3	34527	34545	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	44080194
56	NC_020018	AAT	4	34666	34676	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44080194
57	NC_020018	TAA	4	36203	36214	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020018	AAAT	3	37351	37362	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
59	NC_020018	AAATT	4	37365	37383	19	60 %	40 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
60	NC_020018	AATT	3	37402	37413	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020018	ATA	4	37615	37625	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44080194
62	NC_020018	TAA	4	37955	37965	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44080194
63	NC_020018	ATAA	3	38026	38037	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44080194
64	NC_020018	AAGTA	3	38406	38419	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	44080194
65	NC_020018	TTAA	3	38603	38614	12	50 %	50 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020018	AGT	4	39052	39064	13	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	7 %	44080194
67	NC_020018	ATAAA	3	39197	39211	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	44080194
68	NC_020018	TTTA	3	39214	39225	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_020018	AATT	3	39607	39618	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_020018	AATT	3	39799	39810	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
71	NC_020018	TAAA	3	41389	41400	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44080194
72	NC_020018	ATAA	4	43428	43443	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_020018	ATA	4	44595	44608	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	44080195
74	NC_020018	CAAA	3	46133	46145	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	Non-Coding
75	NC_020018	AAAT	3	46164	46174	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
76	NC_020018	TAAATT	3	46249	46267	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
77	NC_020018	CCAAA	3	47234	47247	14	60 %	0 %	0 %	40 %	7 %	44080195
78	NC_020018	AACAA	3	47991	48006	16	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	44080195
79	NC_020018	TAAA	3	48259	48270	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020018	TAA	5	48610	48623	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
81	NC_020018	ACGT	3	48783	48794	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	44080195
82	NC_020018	TAA	4	48962	48973	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44080195
83	NC_020018	TAAA	3	48982	48992	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44080195
84	NC_020018	ATT	4	49087	49098	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44080195
85	NC_020018	AGAAA	3	50268	50281	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	44080195
86	NC_020018	AAAGT	3	50532	50546	15	60 %	20 %	20 %	0 %	6 %	44080195
87	NC_020018	TAA	5	50736	50750	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	44080195
88	NC_020018	AAAT	3	51071	51082	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	44080195
89	NC_020018	TTA	4	51345	51355	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	44080195
90	NC_020018	ATA	4	51357	51367	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44080195
91	NC_020018	TAA	4	51449	51460	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44080195
92	NC_020018	ATA	4	51764	51775	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_020018	AT	6	52606	52616	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_020018	AAACT	3	52708	52722	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
95	NC_020018	AAAC	3	53219	53230	12	75 %	0 %	0 %	25 %	8 %	44080196
96	NC_020018	TAAA	3	53663	53673	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44080196
97	NC_020018	CAA	4	53694	53704	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	44080196
98	NC_020018	TAAA	4	53838	53853	16	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020018	CAAT	3	54052	54062	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	44080196
100	NC_020018	ATA	4	54696	54707	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44080196
101	NC_020018	ACAAA	3	54954	54968	15	80 %	0 %	0 %	20 %	6 %	44080196
102	NC_020018	TACT	4	55107	55121	15	25 %	50 %	0 %	25 %	6 %	Non-Coding
103	NC_020018	ATTT	3	55260	55271	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
104	NC_020018	TAAA	3	55314	55325	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
105	NC_020018	ATTAA	3	55343	55358	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
106	NC_020018	AAT	4	55857	55869	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
107	NC_020018	AT	6	55916	55926	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
108	NC_020018	AATAA	3	56550	56563	14	80 %	20 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
109	NC_020018	AT	6	56639	56649	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	44080196
110	NC_020018	A	19	57817	57835	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
111	NC_020018	TTA	4	58299	58310	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	44080196
112	NC_020018	AAAC	3	58629	58639	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
113	NC_020018	TTAT	3	58887	58898	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
114	NC_020018	GTTT	3	58997	59008	12	0 %	75 %	25 %	0 %	0 %	44080196
115	NC_020018	ATA	4	59024	59035	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44080196
116	NC_020018	ACC	4	60116	60127	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	44080197
117	NC_020018	AATA	3	60629	60639	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	44080197
118	NC_020018	AGCTAA	3	60797	60814	18	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	5 %	44080197
119	NC_020018	CTTG	3	62172	62184	13	0 %	50 %	25 %	25 %	7 %	44080197
120	NC_020018	ACC	4	62395	62406	12	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	8 %	44080197
121	NC_020018	ATT	5	62866	62880	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	44080197
122	NC_020018	AGC	4	62920	62931	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	44080197
123	NC_020018	ATG	4	63247	63257	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	44080197
124	NC_020018	AAAG	3	63341	63353	13	75 %	0 %	25 %	0 %	7 %	44080197
125	NC_020018	AGA	4	64889	64900	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	44080197
126	NC_020018	AAAAAC	3	65250	65268	19	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	10 %	44080197
127	NC_020018	TA	6	65636	65646	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
128	NC_020018	ATA	4	66446	66457	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	44080197
129	NC_020018	ATA	4	66481	66491	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	44080197
130	NC_020018	AAGA	3	68101	68112	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	44080197
131	NC_020018	AAAT	3	68164	68175	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	44080197
132	NC_020018	AAAT	3	74610	74621	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Monomorphina aenigmatica strain UTEX1284 chloroplast