ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Nannochloropsis gaditana chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_020014	TGG	4	1975	1985	11	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	9 %	43585617
2	NC_020014	TGTT	3	2002	2012	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	43585619
3	NC_020014	CAA	4	2630	2641	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	43585612
4	NC_020014	ACTT	3	3968	3979	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	43585612
5	NC_020014	TCCA	3	4106	4118	13	25 %	25 %	0 %	50 %	7 %	43585612
6	NC_020014	TAAA	3	7372	7382	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	43585620
7	NC_020014	TCT	4	8039	8050	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	43585622
8	NC_020014	TTTAT	3	8562	8575	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_020014	ATATA	3	8588	8602	15	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
10	NC_020014	A	13	9049	9061	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_020014	ATA	4	9692	9703	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	43585617
12	NC_020014	ATT	4	11097	11108	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	43585617
13	NC_020014	TAAT	3	12139	12150	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
14	NC_020014	TGAC	3	13776	13786	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	43585612
15	NC_020014	TTC	4	13849	13860	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	43585612
16	NC_020014	ATT	4	14048	14058	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	43585612
17	NC_020014	TTGA	3	14089	14100	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	43585612
18	NC_020014	AAT	4	15019	15030	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	43585612
19	NC_020014	ATTT	3	17010	17020	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	43585623
20	NC_020014	TTAT	3	18651	18662	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
21	NC_020014	TGA	4	18871	18882	12	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	8 %	43585619
22	NC_020014	CTT	4	19805	19817	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	43585614
23	NC_020014	GTT	5	19990	20004	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	43585614
24	NC_020014	TCA	4	20350	20361	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	0 %	43585614
25	NC_020014	TTGT	3	21276	21286	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	43585617
26	NC_020014	AAT	4	22265	22276	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	43585618
27	NC_020014	TAT	4	22484	22494	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	43585617
28	NC_020014	TGTA	3	22690	22701	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	43585617
29	NC_020014	CTTT	3	22883	22893	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	43585617
30	NC_020014	TTAA	3	23366	23377	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	43585613
31	NC_020014	TTCA	3	27111	27121	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	43585616
32	NC_020014	TTCT	3	30638	30648	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	43585620
33	NC_020014	ATTA	3	31638	31649	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_020014	AATC	3	32630	32641	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	43585615
35	NC_020014	TAAA	3	32810	32820	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	43585615
36	NC_020014	GTT	4	34965	34976	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	43585612
37	NC_020014	CAAA	3	35052	35062	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	43585612
38	NC_020014	GCTT	3	36256	36267	12	0 %	50 %	25 %	25 %	8 %	43585612
39	NC_020014	TTAA	3	36860	36871	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_020014	ATTTT	3	37631	37644	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
41	NC_020014	TTAT	3	37699	37709	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
42	NC_020014	CTT	4	38054	38066	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	43585614
43	NC_020014	GGT	4	39431	39442	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	43585613
44	NC_020014	TGG	4	39511	39522	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	43585613
45	NC_020014	CTTAT	3	39666	39679	14	20 %	60 %	0 %	20 %	7 %	43585613
46	NC_020014	AAAAC	3	40700	40713	14	80 %	0 %	0 %	20 %	7 %	43585613
47	NC_020014	ATTT	3	41595	41606	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	43585613
48	NC_020014	AAAAT	4	43004	43022	19	80 %	20 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
49	NC_020014	ATTTT	3	43023	43036	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
50	NC_020014	TAAA	3	45529	45539	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	43585620
51	NC_020014	TA	6	47511	47522	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
52	NC_020014	AAAAAT	3	47823	47841	19	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
53	NC_020014	TAAA	3	53074	53084	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	43585618
54	NC_020014	ATTTT	4	53797	53816	20	20 %	80 %	0 %	0 %	10 %	43585618
55	NC_020014	TTTTC	3	57692	57706	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	43585616
56	NC_020014	ATT	4	59208	59218	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	43585613
57	NC_020014	TCT	5	59690	59705	16	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	43585613
58	NC_020014	AATT	3	60095	60106	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	43585613
59	NC_020014	GTAA	3	60127	60139	13	50 %	25 %	25 %	0 %	7 %	43585613
60	NC_020014	TTAT	3	60547	60559	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	43585613
61	NC_020014	TTTG	3	62541	62552	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	43585616
62	NC_020014	AAT	4	63390	63402	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
63	NC_020014	TTAT	3	64230	64241	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	43585616
64	NC_020014	CT	6	65235	65245	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
65	NC_020014	TCGGT	3	68503	68516	14	0 %	40 %	40 %	20 %	7 %	43585614
66	NC_020014	AAG	4	69136	69147	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	43585614
67	NC_020014	TTTG	3	70151	70162	12	0 %	75 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
68	NC_020014	GCT	4	71018	71029	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	43585613
69	NC_020014	TTTTA	3	71928	71941	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
70	NC_020014	TA	7	72025	72038	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_020014	AAAT	3	72589	72600	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	43585614
72	NC_020014	TTTAA	3	73345	73358	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
73	NC_020014	TGC	4	73751	73762	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	43585615
74	NC_020014	TGTAC	3	75918	75931	14	20 %	40 %	20 %	20 %	7 %	43585613
75	NC_020014	TAT	4	76397	76407	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	43585617
76	NC_020014	GCTG	3	76642	76653	12	0 %	25 %	50 %	25 %	8 %	43585617
77	NC_020014	TTATTT	3	76741	76759	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
78	NC_020014	AAT	5	77367	77380	14	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
79	NC_020014	ATT	4	78621	78633	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	43585611
80	NC_020014	TAGTT	3	81505	81518	14	20 %	60 %	20 %	0 %	7 %	43585612
81	NC_020014	TAAA	3	81742	81752	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	43585612
82	NC_020014	TTAT	3	82472	82484	13	25 %	75 %	0 %	0 %	7 %	43585612
83	NC_020014	AATT	3	83609	83620	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	43585611
84	NC_020014	ATTAAT	3	85626	85644	19	50 %	50 %	0 %	0 %	10 %	43585611
85	NC_020014	AAAT	3	85791	85801	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	43585611
86	NC_020014	AAAT	3	87243	87255	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	43585611
87	NC_020014	AAGA	3	87499	87509	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	43585615
88	NC_020014	GTT	4	87934	87944	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	43585615
89	NC_020014	AAAG	3	88758	88768	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	43585615
90	NC_020014	CAA	4	92502	92512	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	43585612
91	NC_020014	TAATA	3	92798	92811	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	43585612
92	NC_020014	TAA	4	92974	92985	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
93	NC_020014	GTT	4	94447	94458	12	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	8 %	43585614
94	NC_020014	TTTG	3	95307	95317	11	0 %	75 %	25 %	0 %	9 %	43585615
95	NC_020014	CATG	3	95752	95762	11	25 %	25 %	25 %	25 %	9 %	43585615
96	NC_020014	ATTT	3	95927	95937	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	43585615
97	NC_020014	TAA	5	97604	97619	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
98	NC_020014	CAA	5	100875	100889	15	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	6 %	43585612
99	NC_020014	TCAA	3	101259	101270	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	43585612
100	NC_020014	AAAT	4	102174	102189	16	75 %	25 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
101	NC_020014	TCT	4	102600	102610	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	43585611
102	NC_020014	TAA	4	103078	103088	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	43585611
103	NC_020014	AAT	4	103906	103916	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	43585611
104	NC_020014	TTAAA	3	106694	106707	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
105	NC_020014	GAA	4	106762	106773	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
106	NC_020014	AC	6	107538	107548	11	50 %	0 %	0 %	50 %	9 %	43585617
107	NC_020014	TAA	4	109045	109055	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	43585615
108	NC_020014	ATAAA	3	109340	109354	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
109	NC_020014	TAT	4	109792	109803	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_020014	TTTA	3	114870	114880	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Nannochloropsis gaditana chloroplast